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利用基于条件表型值的关联分析发掘粳稻生育期和单株有效穗数有利等位变异
被引量：
3
1
作者
江建华
陈兰
+2 位作者
刘强明
赫英俊
洪德林
《中国水稻科学》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第5期542-548,共7页
发掘控制粳稻生育期和单株有效穗数的有利等位变异和携带有利等位变异的载体材料,为培育适应性广和产量竞争优势强的杂交粳稻组合提供遗传信息和育种材料。以94个粳稻品种构成的自然群体为试验材料,调查2个环境下各品种的生育期、单株...
发掘控制粳稻生育期和单株有效穗数的有利等位变异和携带有利等位变异的载体材料,为培育适应性广和产量竞争优势强的杂交粳稻组合提供遗传信息和育种材料。以94个粳稻品种构成的自然群体为试验材料,调查2个环境下各品种的生育期、单株有效穗数和株高,采用QGAStation软件中线性模型的方法进行条件表型值的转换,并利用TASSEL软件中的GLM进行生育期和单株有效穗数的基于非条件和条件表型值的关联分析。2个环境下共检测到34个与生育期和单株有效穗数相关联的SSR标记位点,其中15个与生育期关联,19个与单株有效穗数关联。RM8095-120bp、RM7102-176bp、RM72-170bp和RM72-178bp是与生育期关联的4个有利等位变异,其载体品种分别是红芒沙粳、日本晴、红芒沙粳和南农粳62401。将这些载体品种中的有利等位变异导入改良材料中,可缩短生育期2.03～9.93d。RM72-182bp是与单株有效穗数关联的有利等位变异,其载体材料为小青种。将小青种中的RM72-182bp条带导入改良材料中可以增加单株有效穗数3个左右。且利用上述载体材料中的有利等位变异改良目标性状时不会对另外2个性状产生影响。
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关键词
粳稻
生育期
单株有效穗数
株高
基于条件表型值的关联分析
有利等位变异
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职称材料
基于全基因组关联分析挖掘水牛产奶相关基因
2
作者
谢其洋
黎旺长
+6 位作者
郑海英
尚江华
段安琴
黄丽清
冯超
杨小淦
杨春艳
《南方农业学报》
北大核心
2025年第4期1255-1267,共13页
【目的】基于全基因组关联分析筛选影响水牛产奶量和产奶质量的相关基因,并验证这些基因的潜在功能,为加快优质高产水牛品种选育提供理论依据。【方法】选取70头水牛(36头杂交水牛、18头摩拉水牛和16头尼里—拉菲水牛)进行产奶性状表型...
【目的】基于全基因组关联分析筛选影响水牛产奶量和产奶质量的相关基因,并验证这些基因的潜在功能,为加快优质高产水牛品种选育提供理论依据。【方法】选取70头水牛(36头杂交水牛、18头摩拉水牛和16头尼里—拉菲水牛)进行产奶性状表型值测量,同时提取70头水牛的基因组DNA进行简化基因组重测序,结合水牛产奶性状进行主成分分析和全基因组关联分析,基于筛选到的SNP位点查找候选基因并进行GO功能注释分析和KEGG信号通路富集分析。【结果】70头水牛均具有完整的表型值,且这些产奶性状间存在极显著相关性(P<0.01);70头水牛不存在明显的群体分层,基本上可视为1个群体。在与水牛产奶量关联的12个SNPs附近筛选到9个候选基因,其中CDH8、SLC30A7和FANCC等3个基因是与水牛产奶量相关的关键基因;在与水牛高峰产奶量关联的32个SNPs附近筛选到28个候选基因,Yeats4、SMC6、SUMO1、Grin2a、INO80、GEN1、Exd1、GDPD4、ABCG5、LRRK2、Arx和GRM5等12个基因是与水牛高峰产奶量相关的关键基因;在与水牛乳蛋白率关联的3个SNPs附近筛选到1个候选基因(MID1),显著富集于GO功能条目和KEGG信号通路上(P<0.05,下同);在与水牛乳脂率关联的3个SNPs附近筛选到1个候选基因(CNTN5),显著富集于GO功能条目上;在与水牛乳蛋白含量关联的4个SNPs附近筛选到1个候选基因(FAM160A1),但该基因并未富集到GO功能条目或KEGG信号通路上;在与水牛乳脂含量关联的7个SNPs附近筛选到6个候选基因,其中CTNNA2、SSBP2和IPOll基因是与水牛乳脂含量相关的关键基因。【结论】基于全基因组关联分析从70头水牛中挖掘出46个产奶性状候选基因,其中20个是水牛产奶性状的关键基因,因此,生产中可选用这些基因作为新的分子标记资源,加速水牛良种选育。此外,基于全基因组关联分析能高效挖掘出水牛产奶相关基因,为数量性状研究开辟了新方向。
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关键词
水牛
产奶性状
表型
值
候选基因
全基因组
关联
分析
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职称材料
题名
利用基于条件表型值的关联分析发掘粳稻生育期和单株有效穗数有利等位变异
被引量：
3
1
作者
江建华
陈兰
刘强明
赫英俊
洪德林
机构
南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室
安徽省农业科学院作物研究所
出处
《中国水稻科学》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第5期542-548,共7页
基金
国家863计划资助项目(2010AA101301)
高等学校学科创新引智计划资助项目(B08025)
+1 种基金
农业部948计划资助项目[2006-G8(4)-31-1]
教育部科技基础条件平台重点资助项目(505005)
文摘
发掘控制粳稻生育期和单株有效穗数的有利等位变异和携带有利等位变异的载体材料,为培育适应性广和产量竞争优势强的杂交粳稻组合提供遗传信息和育种材料。以94个粳稻品种构成的自然群体为试验材料,调查2个环境下各品种的生育期、单株有效穗数和株高,采用QGAStation软件中线性模型的方法进行条件表型值的转换,并利用TASSEL软件中的GLM进行生育期和单株有效穗数的基于非条件和条件表型值的关联分析。2个环境下共检测到34个与生育期和单株有效穗数相关联的SSR标记位点,其中15个与生育期关联,19个与单株有效穗数关联。RM8095-120bp、RM7102-176bp、RM72-170bp和RM72-178bp是与生育期关联的4个有利等位变异,其载体品种分别是红芒沙粳、日本晴、红芒沙粳和南农粳62401。将这些载体品种中的有利等位变异导入改良材料中,可缩短生育期2.03～9.93d。RM72-182bp是与单株有效穗数关联的有利等位变异,其载体材料为小青种。将小青种中的RM72-182bp条带导入改良材料中可以增加单株有效穗数3个左右。且利用上述载体材料中的有利等位变异改良目标性状时不会对另外2个性状产生影响。
关键词
粳稻
生育期
单株有效穗数
株高
基于条件表型值的关联分析
有利等位变异
Keywords
japonica rice
growth duration
productive panicle number per plant
plant height
association mapping with conditional phenotypic value
elite allele
分类号
S511.22 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
基于全基因组关联分析挖掘水牛产奶相关基因
2
作者
谢其洋
黎旺长
郑海英
尚江华
段安琴
黄丽清
冯超
杨小淦
杨春艳
机构
广西大学动物科学技术学院
广西水牛研究所/广西水牛遗传繁育重点实验室
出处
《南方农业学报》
北大核心
2025年第4期1255-1267,共13页
基金
国家自然科学基金项目(U20A2051)
广西科技重大专项(桂科AA22068099)
国家现代农业产业技术体系广西奶水牛产业创新团队项目(nycytxgxcxtd-2021-21-01)。
文摘
【目的】基于全基因组关联分析筛选影响水牛产奶量和产奶质量的相关基因,并验证这些基因的潜在功能,为加快优质高产水牛品种选育提供理论依据。【方法】选取70头水牛(36头杂交水牛、18头摩拉水牛和16头尼里—拉菲水牛)进行产奶性状表型值测量,同时提取70头水牛的基因组DNA进行简化基因组重测序,结合水牛产奶性状进行主成分分析和全基因组关联分析,基于筛选到的SNP位点查找候选基因并进行GO功能注释分析和KEGG信号通路富集分析。【结果】70头水牛均具有完整的表型值,且这些产奶性状间存在极显著相关性(P<0.01);70头水牛不存在明显的群体分层,基本上可视为1个群体。在与水牛产奶量关联的12个SNPs附近筛选到9个候选基因,其中CDH8、SLC30A7和FANCC等3个基因是与水牛产奶量相关的关键基因;在与水牛高峰产奶量关联的32个SNPs附近筛选到28个候选基因,Yeats4、SMC6、SUMO1、Grin2a、INO80、GEN1、Exd1、GDPD4、ABCG5、LRRK2、Arx和GRM5等12个基因是与水牛高峰产奶量相关的关键基因;在与水牛乳蛋白率关联的3个SNPs附近筛选到1个候选基因(MID1),显著富集于GO功能条目和KEGG信号通路上(P<0.05,下同);在与水牛乳脂率关联的3个SNPs附近筛选到1个候选基因(CNTN5),显著富集于GO功能条目上;在与水牛乳蛋白含量关联的4个SNPs附近筛选到1个候选基因(FAM160A1),但该基因并未富集到GO功能条目或KEGG信号通路上;在与水牛乳脂含量关联的7个SNPs附近筛选到6个候选基因,其中CTNNA2、SSBP2和IPOll基因是与水牛乳脂含量相关的关键基因。【结论】基于全基因组关联分析从70头水牛中挖掘出46个产奶性状候选基因,其中20个是水牛产奶性状的关键基因,因此,生产中可选用这些基因作为新的分子标记资源,加速水牛良种选育。此外,基于全基因组关联分析能高效挖掘出水牛产奶相关基因,为数量性状研究开辟了新方向。
关键词
水牛
产奶性状
表型
值
候选基因
全基因组
关联
分析
Keywords
buffalo
milk production traits
phenotypic value
candidate genes
genome-wide association analysis
分类号
S823.83 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
利用基于条件表型值的关联分析发掘粳稻生育期和单株有效穗数有利等位变异
江建华
陈兰
刘强明
赫英俊
洪德林
《中国水稻科学》
CAS
CSCD
北大核心
2012
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于全基因组关联分析挖掘水牛产奶相关基因
谢其洋
黎旺长
郑海英
尚江华
段安琴
黄丽清
冯超
杨小淦
杨春艳
《南方农业学报》
北大核心
2025
0
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职称材料
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参考文献
引证文献
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