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题名利用人体皮肤及口腔微生物群进行地理溯源
被引量：1
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作者
董新宇
朱如心
雷印蕾
陶瑞旸
李成涛
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机构
山西医科大学法医学院
司法鉴定科学研究院上海市法医学重点实验室司法部司法鉴定重点实验室上海市司法鉴定专业技术服务平台
遵义医科大学基础医学院
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出处
《法医学杂志》
CAS
CSCD
2023年第6期557-563,共7页
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基金
国家重点研发计划资助项目(2022YFC3302004)
国家自然科学基金资助项目(81930056)
+3 种基金
中央级公益性科研院所资助项目(GY2022G-6)
上海市法医学重点实验室资助项目(21DZ2270800)
司法部司法鉴定重点实验室资助项目
上海市司法鉴定专业技术服务平台资助项目。
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文摘
目的 通过对细菌16S rRNA基因全长的测序分析,探究利用人类皮肤及口腔微生物推断个体地理位置来源的可能性。方法 提取上海和内蒙古赤峰两地汉族人群手掌及口腔微生物DNA,通过16S rRNA基因全长测序,分析两地人群微生物群组成和多样性情况,随后筛选差异性物种并构建地理位置预测模型。结果 上海与赤峰两地汉族人群手掌侧皮肤及口腔微生物的组成结构均不相同。对于手掌侧皮肤微生物,赤峰样本的丰富度和均匀度均高于上海样本,而口腔微生物的差异则不显著。置换多元方差分析(permutational multivariate analysis of variance,PERMANOVA)证实两地样本的β多样性差异具有统计学意义,皮肤样本与口腔样本的决定系数(R~2)分别为0.129和0.102。通过主坐标分析(principal co-ordinates analysis,PCoA)可以对两地样本进行初步区分。预测模型利用皮肤和口腔样本对地理来源进行预测的准确率分别为0.90和0.83。结论 上海和赤峰两地汉族人群手掌侧皮肤和口腔微生物的结构均存在差异,利用随机森林算法构建的预测模型可以对来自以上两地的未知个体进行溯源。
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关键词
法医物证学
16S
rRNA
皮肤微生物群
口腔微生物群
地理位置溯源
高通量测序
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Keywords
forensic genetics
16S rRNA
skin microbiota
oral microbiota
geographic location traceability
high-throughput sequencing
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分类号
R89
[医药卫生—法医学]
DF795.2
[医药卫生—法医学]
D919.2
[医药卫生—法医学]
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