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四引物扩增受阻突变体系PCR检测水稻白叶枯病抗性基因xa5的优化与应用
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作者 何开碧 武帅民 +4 位作者 尤一航 李瑶 王平 印汉 夏志辉 《种子》 北大核心 2025年第3期222-226,共5页
xa5是水稻抗白叶枯病的隐性基因,其与显性感病等位基因Xa5的功能差异源于Xa5基因开放阅读框116号和117号的TC碱基被替换为AG。为开发稳定且易于识别的共显性功能标记以辅助分子育种,基于四引物扩增受阻突变体系PCR(Tetra-primer ARMS-P... xa5是水稻抗白叶枯病的隐性基因,其与显性感病等位基因Xa5的功能差异源于Xa5基因开放阅读框116号和117号的TC碱基被替换为AG。为开发稳定且易于识别的共显性功能标记以辅助分子育种,基于四引物扩增受阻突变体系PCR(Tetra-primer ARMS-PCR)原理,设计了六组四引物组合。通过优化引物设计及反应体系,筛选出可在1%琼脂糖凝胶电泳中清晰区分xa5纯合子(400/157 bp)、Xa5纯合子(400/289 bp)及杂合子(400/289/157 bp)的共显性标记(组合T5)。该标记经F_(2)群体验证符合孟德尔分离规律(χ^(2)=0.93),且抗病表型与基因型一致。 展开更多
关键词 白叶枯病 xa5 引物受阻突变体系pcr 功能标记
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利用四引物扩增受阻突变体系PCR技术检测水稻低直链淀粉含量基因Wx-mq 被引量:43
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作者 陈涛 骆名瑞 +7 位作者 张亚东 朱镇 赵凌 赵庆勇 周丽慧 姚姝 于新 王才林 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期529-534,共6页
根据Wx-mq基因存在的单核苷酸变异,利用四引物扩增受阻突变体系PCR(Tetra-primer ARMS-PCR)的方法设计特异引物,对12个水稻品种(或品系)以及武育粳3号(不含Wx-mq基因)/关东194(含Wx-mq基因)的F2分离群体进行扩增,依据其PCR产物的带型,... 根据Wx-mq基因存在的单核苷酸变异,利用四引物扩增受阻突变体系PCR(Tetra-primer ARMS-PCR)的方法设计特异引物,对12个水稻品种(或品系)以及武育粳3号(不含Wx-mq基因)/关东194(含Wx-mq基因)的F2分离群体进行扩增,依据其PCR产物的带型,可以准确区分出Wx-mq基因纯合、非Wx-mq基因纯合以及杂合基因型三种类型,其电泳结果与成熟后对胚乳外观特性鉴定完全一致。因此,作为一种简单、低成本的实用技术,四引物ARMS-PCR可以广泛用于Wxmq基因水稻的资源鉴定和分子标记辅助育种。 展开更多
关键词 水稻 低直链淀粉含量 Wx—mq基因 引物受阻突变体系pcr
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四引物扩增受阻突变体系PCR快速测定绵羊BMPR-IB基因型方法的建立 被引量:20
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作者 管峰 杨利国 +2 位作者 艾君涛 刘守仁 石国庆 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期579-583,共5页
四引物ARMSPCR是检测SNP有效、快速、简便的方法。绵羊BMPRIB基因是控制Booroola绵羊多胎性状的主效基因,此研究目的在于建立一种对BMPRIB基因四引物ARMSPCR检测方法。根据四引物ARMSPCR技术原理,在绵羊BMPRIB基因突变位点(A746G)设计... 四引物ARMSPCR是检测SNP有效、快速、简便的方法。绵羊BMPRIB基因是控制Booroola绵羊多胎性状的主效基因,此研究目的在于建立一种对BMPRIB基因四引物ARMSPCR检测方法。根据四引物ARMSPCR技术原理,在绵羊BMPRIB基因突变位点(A746G)设计一对特异性引物,并在突变点两侧设计一对参照引物,用来扩增含有突变点的DNA片段,可在一步PCR反应中根据电泳图谱准确判断绵羊个体的BMPRIB基因型,对比PCRRFLP检测结果表明,所建立的方法简单,操作简便,大大提高了检测效率。 展开更多
关键词 引物受阻突变体系pcr 快速测定 绵羊 BMPR-IB基因型 单核苷酸多态性
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利用四引物扩增受阻突变体系PCR技术检测水稻光温敏核不育基因p/tms12-1 被引量:8
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作者 李军 李白 高荣村 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期442-446,共5页
根据p/tms12-1基因存在的单核苷酸变异,利用四引物扩增受阻突变体系PCR(Tetra-primer ARMS-PCR)的方法设计特异引物,对11个两系不育系水稻品种(或品系)以及2个常规稻品系进行扩增。根据其PCR产物带型,可以准确鉴定光温敏核不育基因p/tms... 根据p/tms12-1基因存在的单核苷酸变异,利用四引物扩增受阻突变体系PCR(Tetra-primer ARMS-PCR)的方法设计特异引物,对11个两系不育系水稻品种(或品系)以及2个常规稻品系进行扩增。根据其PCR产物带型,可以准确鉴定光温敏核不育基因p/tms12-1的基因型,其检测结果与通过CAPS标记检测的结果完全一致。该方法成本低、简单、可靠,可用于p/tms12-1基因的鉴定和分子标记辅助育种。 展开更多
关键词 水稻 光温敏核不育 p/tms12-1基因 引物受阻突变体系pcr
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多重嵌合引物对四引物扩增受阻突变体系PCR的改进及在卵巢癌相关位点中的应用 被引量:4
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作者 刘颖 张晨 +1 位作者 马学军 吴希阳 《暨南大学学报(自然科学与医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期152-155,共4页
目的:建立一种简单快速的方法,可同时检测两个卵巢癌相关单核苷酸多态性位点rs608995和rs749292。方法:采用多重嵌合引物策略改进四引物扩增受阻突变体系聚合酶链式反应(PCR),通过设计rs608995和rs749292的特异性嵌合引物,经单管一次PCR... 目的:建立一种简单快速的方法,可同时检测两个卵巢癌相关单核苷酸多态性位点rs608995和rs749292。方法:采用多重嵌合引物策略改进四引物扩增受阻突变体系聚合酶链式反应(PCR),通过设计rs608995和rs749292的特异性嵌合引物,经单管一次PCR,琼脂糖电泳分析产物长度。结果:对46份全血样本,电泳结果均与测序一致,可准确分型。结论:经多重嵌合引物策略改进的四引物扩增受阻突变体系PCR可简便、快速、准确的获得2个位点的分型结果。 展开更多
关键词 单核苷酸多态 分型 引物受阻突变体系 聚合酶链式反应 卵巢癌 多重嵌合引物
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四引物扩增受阻突变体系PCR在绵羊线粒体基因组SNP检测中的应用 被引量:3
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作者 陈晓勇 向海 +2 位作者 O.H.D.Brahi 敦伟涛 赵兴波 《中国草食动物科学》 CAS 2013年第6期5-8,共4页
为建立绵羊线粒体基因组SNP的四引物扩增受阻突变体系(tetra-primer amplification refractory mutation system,Tetra-primer ARMS)PCR检测方法,选择小尾寒羊线粒体T1112C和C11606T2个SNP,在等位基因特异PCR基础上,根据错配原理设计4... 为建立绵羊线粒体基因组SNP的四引物扩增受阻突变体系(tetra-primer amplification refractory mutation system,Tetra-primer ARMS)PCR检测方法,选择小尾寒羊线粒体T1112C和C11606T2个SNP,在等位基因特异PCR基础上,根据错配原理设计4条引物,优化PCR反应体系,采用琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物。结果表明:T1112C位点检测中,所有个体均能扩增出569 bp最长片段的外引物产物(阳性对照),扩增出349 bp片段的个体为野生型,扩增出263 bp片段的个体为突变型。C11606T位点检测中,所有个体均能扩增出572 bp最长片段的外引物产物(阳性对照),扩增出408 bp片段的个体为野生型,扩增出213 bp片段的个体为突变型。在每个线粒体多态位点均检测到野生型和突变型2种基因型,没有发现异质性。应用Tetra-primer ARMS PCR方法,经一次PCR即可判定线粒体SNP位点的基因型,该方法快速、简便,可应用于绵羊线粒体SNP分型。 展开更多
关键词 引物受阻突变体系pcr 绵羊 线粒体 单核苷酸多态性
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四引物扩增受阻突变体系PCR技术及其在动植物遗传育种研究中的应用 被引量:4
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作者 余钧剑 迟美丽 +3 位作者 贾永义 刘士力 竺俊全 顾志敏 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期32-38,共7页
四引物扩增受阻突变体系PCR(Tetra-primer amplification refractory mutation system PCR,Tetra-primer ARMS PCR)技术是一种在普通PCR基础上发展起来的单核苷酸多态性(SNP)分型技术。该项技术综合了扩增受阻突变体系(Amplification re... 四引物扩增受阻突变体系PCR(Tetra-primer amplification refractory mutation system PCR,Tetra-primer ARMS PCR)技术是一种在普通PCR基础上发展起来的单核苷酸多态性(SNP)分型技术。该项技术综合了扩增受阻突变体系(Amplification refractory mutation system,ARMS)和四引物PCR(tetra-primer PCR)技术的优点,是对等位基因特异性PCR法的改良。它具有操作简便、分型快速、费用低廉等特点,在国内外生命科学领域尤其是遗传育种领域的应用越来越广泛。本文介绍了四引物扩增受阻突变体系PCR的技术原理及优势、结果检测手段和反应体系改进方法,并在此基础上对该技术在遗传育种研究中的应用进行综述。 展开更多
关键词 引物受阻突变体系 单核苷酸多态性(SNP) 遗传育种
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四引物扩增受阻突变体系PCR及其在水稻遗传育种研究中的应用 被引量:7
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作者 张城 吕军 +4 位作者 韩勇 陈亚君 沈枫 王先俱 邵国军 《辽宁农业科学》 2015年第1期47-51,共5页
介绍了四引物扩增受阻突变体系PCR技术,阐述了该SNP基因分型技术的引物设计和反应体系优化方法,综述了该技术在水稻遗传育种研究中的应用,旨在推广这一简单、高效SNP基因分型技术。
关键词 水稻 引物受阻突变体系pcr SNP基因分型 遗传育种
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小麦抗麦红吸浆虫候选基因TraesCS4A01G437800的四引物ARMS-PCR标记开发 被引量:2
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作者 郝志明 章悦 +3 位作者 张力菁 温树敏 刘桂茹 王睿辉 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期1-10,共10页
麦红吸浆虫(Sitodiplosis mosellana Géhin)是影响我国小麦生产的重要害虫,选育抗虫小麦品种是控制虫害最为有效的措施,而利用通量高、成本低的抗虫相关标记对提高小麦抗虫种质资源筛选和分子育种效率具有重要意义。本研究根据前... 麦红吸浆虫(Sitodiplosis mosellana Géhin)是影响我国小麦生产的重要害虫,选育抗虫小麦品种是控制虫害最为有效的措施,而利用通量高、成本低的抗虫相关标记对提高小麦抗虫种质资源筛选和分子育种效率具有重要意义。本研究根据前期挖掘到的抗虫候选基因TraesCS4A01G437800序列中存在的SNP位点开发了1个四引物ARMS-PCR标记T3-1-1,并在92个RIL株系和95个小麦品种中进行了标记有效性检测。结果表明:T3-1-1在RIL株系间的检测有效率在90%左右,在供试高抗、高感小麦品种中的检测有效率较高,分别为63.16%和96.43%,可用于小麦种质资源的抗虫性筛选和抗虫性分子标记辅助选择。进一步分析发现,在具有抗虫位点的14个抗虫小麦品种中,多为生产上很少使用的老品种,因此鉴定和创新小麦抗虫种质资源尤为重要。 展开更多
关键词 小麦 麦红吸浆虫 抗吸浆虫候选基因 单核苷酸多态性(SNP) 引物受阻突变体系pcr(引物arms-pcr)
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PCR-CTPP:一种基于错配技术的SNP分型方法的改良 被引量:16
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作者 王柯 章金涛 +6 位作者 运玉霞 吴晓冰 陈阿群 王鹏 王凯娟 张建营 代丽萍 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期182-188,共7页
为探讨两对交叉引物PCR(PCR-CTPP)技术的原理并提高SNP分型的准确性,以人类MTHFR基因1298位点突变为例,通过设计合理的引物、优化引物终浓度及复性温度等重建PCR-CTPP检测系统,对比常规PCR-CTPP和改良的PCR-CTPP检测系统的可靠性。结果... 为探讨两对交叉引物PCR(PCR-CTPP)技术的原理并提高SNP分型的准确性,以人类MTHFR基因1298位点突变为例,通过设计合理的引物、优化引物终浓度及复性温度等重建PCR-CTPP检测系统,对比常规PCR-CTPP和改良的PCR-CTPP检测系统的可靠性。结果表明,改良的PCR-CTPP检测系统更加准确,支持了常规方法存在理论缺陷的观点;批量鉴定结果进一步验证了改良方法的可靠性。该技术有望在医学和分子生物学等领域广泛应用。 展开更多
关键词 两对交叉引物pcr 引物受阻突变体系pcr SNP分型 人为错配 亚甲基氢叶酸还原酶
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水稻Wx复等位基因基于PCR的功能标记开发与利用 被引量:10
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作者 毛艇 李旭 +1 位作者 李振宇 徐正进 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期1715-1723,共9页
直链淀粉含量是影响稻米食味品质的重要因素,主要由蜡质基因(Wx)调控,Wx基因座存在Wxa、Wxb、Wxin、Wxmw等多个复等位基因,通过分子标记辅助选择(marker-assisted selection,MAS)培育中低直链淀粉含量的水稻品种是提高稻米适口性的重要... 直链淀粉含量是影响稻米食味品质的重要因素,主要由蜡质基因(Wx)调控,Wx基因座存在Wxa、Wxb、Wxin、Wxmw等多个复等位基因,通过分子标记辅助选择(marker-assisted selection,MAS)培育中低直链淀粉含量的水稻品种是提高稻米适口性的重要途径。Wx复等位基因的功能由单碱基核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)决定,其检测依赖于测序或酶切,存在耗时多、费用昂贵等缺点。为提高选择效率,本文利用Wx复等位基因的SNP差异和四引物扩增受阻突变(tetra-primer ARMS-PCR)原理,进行PCR功能标记的开发。引物设计过程中,针对扩增效率低和非匹配的延伸2个技术难题,提出了调整错配位点的解决方案,成功开发了基于PCR技术的两对功能性标记Waxygt-ARMS2和Waxyac-ARMS2,可以准确区分上述复等位基因型,且具有操作简单、耗费较低的特点。利用新开发标记对辽宁省育成的部分水稻品种进行Wx基因型检测的结果表明,40份辽宁育成品种均携带Wxb基因,遗传基础单一。上述结果为利用Wx基因位点的分子标记培育中低直链淀粉含量的水稻品种,改良辽宁省水稻品种的食味品质提供了技术支撑。 展开更多
关键词 水稻 蜡质基因 引物受阻突变体系 直链淀粉含量 稻米食味品质改良
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稻瘟病广谱抗性基因Pigm特异性分子标记的开发和应用 被引量:20
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作者 陈涛 孙旭超 +9 位作者 张善磊 梁文化 周丽慧 赵庆勇 姚姝 赵凌 赵春芳 朱镇 张亚东 王才林 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期28-36,共9页
【目的】来自籼稻品种谷梅4号的Pigm是一个对稻瘟病菌具有广谱和持久抗性的重要基因。为有效提高Pigm基因的选择效率,有必要开发具有特异性的共显性分子标记进行辅助育种。【方法】本研究根据谷梅4号Pigm位点存在的特异性核苷酸变异,利... 【目的】来自籼稻品种谷梅4号的Pigm是一个对稻瘟病菌具有广谱和持久抗性的重要基因。为有效提高Pigm基因的选择效率,有必要开发具有特异性的共显性分子标记进行辅助育种。【方法】本研究根据谷梅4号Pigm位点存在的特异性核苷酸变异,利用Tetra-primerARMS-PCR和KASP两种不同的基因分型技术开发出分子标记T-Pigm和K-Pigm,对不同品种(品系)以及淮稻9号/谷梅4号的F2分离群体进行基因型检测,并结合穗颈瘟人工接种鉴定,对标记的准确性进行评价。【结果】序列比对分析表明,谷梅4号Pigm位点中Pigm-Nbs2基因起始密码子上游515 bp处存在一个特殊的单核苷酸变异。利用已开发的两种类型的分子标记能够有效区分3种不同的基因型,且基因型与穗颈瘟人工接种鉴定结果完全一致。【结论】利用分子标记T-Pigm和K-Pigm可以实现对Pigm基因型快速、准确的检测,加快抗稻瘟病水稻新品种的选育进程。 展开更多
关键词 稻瘟病 Pigm 特异性标记 引物受阻突变体系pcr 竞争性等位基因特异性pcr
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ALS抑制剂类除草剂抗性水稻功能标记的开发与验证 被引量:16
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作者 陈涛 张善磊 +8 位作者 赵凌 张亚东 朱镇 赵庆勇 周丽慧 姚姝 赵春芳 梁文化 王才林 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期137-145,共9页
【目的】培育具有乙酰乳酸合酶(ALS)抑制剂类除草剂抗性的品种是防治水稻直播田杂草危害最经济、有效的途径之一,而利用分子标记辅助选择有助于提高其品种选择效率。【方法】在明确除草剂抗性突变体黄华占M-1 ALS基因编码区碱基差异的... 【目的】培育具有乙酰乳酸合酶(ALS)抑制剂类除草剂抗性的品种是防治水稻直播田杂草危害最经济、有效的途径之一,而利用分子标记辅助选择有助于提高其品种选择效率。【方法】在明确除草剂抗性突变体黄华占M-1 ALS基因编码区碱基差异的基础上,利用四引物扩增受阻突变体系PCR(Tetra-primer ARMS-PCR)技术,设计引物对不同品种(品系)和淮稻5号/黄华占M-1的F2群体进行基因型检测,并结合除草剂的田间试验对标记的准确性进行验证。【结果】ALS基因编码区序列比对分析表明,尽管籼、粳稻之间具有多处差异碱基,但只有第1642和1643碱基TG到AT的变异能导致位于高度保守域的第548位编码氨基酸由色氨酸突变为甲硫氨酸,进而使水稻产生对ALS抑制剂类除草剂的抗性。依据PCR扩增产物的电泳带型,可以准确区分出3种不同的基因型,其基因型与苗期除草剂抗性的表型完全一致。【结论】利用Tetra-primer ARMS-PCR技术,可以实现对两个连续变异碱基位点基因型的快速检测,从而加快ALS抑制剂类除草剂抗性水稻品种的选育进程。 展开更多
关键词 乙酰乳酸合酶基因 除草剂抗性 碱基突变 引物受阻突变体系pcr
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分子标记辅助选择培育低直链淀粉含量抗除草剂水稻
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作者 张浩 柳絮 +4 位作者 宣宁 张华 高瑞钰 赵倩倩 姚方印 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2020年第S01期78-84,共7页
为了提高水稻的食味品质和生产实践,培育了低直链淀粉含量和抗咪唑啉酮类除草剂2种性状兼顾的水稻新品系。利用带有低直链淀粉含量的南粳9108作为软米基因的供体,与显性核不育分离群体中不育单株进行杂交,并用南粳9108作为轮回亲本回交... 为了提高水稻的食味品质和生产实践,培育了低直链淀粉含量和抗咪唑啉酮类除草剂2种性状兼顾的水稻新品系。利用带有低直链淀粉含量的南粳9108作为软米基因的供体,与显性核不育分离群体中不育单株进行杂交,并用南粳9108作为轮回亲本回交2次得到BC_(2)F_(1)群体,利用Wx-mq基因存在单核苷酸变异,对BC_(2)F_(1)群体的单株进行四引物扩增受阻突变体系PCR(Tetra-primer ARMS-PCR)扩增,依据其PCR产物带型可以准确区分Wx-mq纯合基因型、Wx-mq杂合基因型、非Wx-mq纯合基因型,筛选出农艺性状优良带有低直链淀粉含量的不育和可育单株;然后利用带有抗咪唑乙盐酸基因(Acetolactate Synthase,ALS)的金粳818作为抗除草剂基因的供体,与筛选出的带有低直链淀粉含量的不育单株进行杂交得到F_(1)群体,利用编码区ALS基因的碱基变异,进行等位基因特异PCR(AS-PCR)扩增,筛选出抗除草剂纯合基因型、感除草剂纯合基因型、抗除草剂杂合基因型。经ARMS-PCR鉴定结果表明,BC_(2)F_(1)不育群体中检测得到172株单株带型与南粳9108一致,含有糯性基因,性状为糯性;160株单株不含糯性基因;468株单株带型为双亲的杂合基因型。通过AS-PCR进行除草剂抗性鉴定,结果表明,在F_(1)群体1200个单株中,检测得到868个抗除草剂单株和332个感除草剂单株,其中纯合基因型624个,杂合基因型576个。经过逐代低直链淀粉含量和抗除草剂分子标记的选择,在F_(5)选育出同时具有除草剂抗性的低直链淀粉含量的水稻新品系6个。 展开更多
关键词 水稻 咪唑乙烟酸 引物受阻突变体系pcr Wx-mq 分子标记 低直链淀粉
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雌核发育一代翘嘴鲌抑制素βB基因SNP筛选及其与生长性状的关联性分析
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作者 余钧剑 迟美丽 +3 位作者 贾永义 刘士力 竺俊全 顾志敏 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期321-330,共10页
【目的】抑制素属于转化生长因子β(transforming growth factorβ,TGF-β)超家族成员,该超家族的多个基因均已证明直接或间接与肌肉生长发育相关。研究探讨了翘嘴鲌(Culter alburnus)抑制素βB基因(inhibinβB,INHBB)的多态性及其与雌... 【目的】抑制素属于转化生长因子β(transforming growth factorβ,TGF-β)超家族成员,该超家族的多个基因均已证明直接或间接与肌肉生长发育相关。研究探讨了翘嘴鲌(Culter alburnus)抑制素βB基因(inhibinβB,INHBB)的多态性及其与雌核发育一代翘嘴鲌群体生长性状的关联性,为揭示抑制素βB基因对翘嘴鲌生长发育的影响奠定基础。【方法】实验通过翘嘴鲌转录组数据库设计引物,扩增抑制素βB基因的外显子序列,利用直接测序法获得2个单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphisms,SNPs)。然后通过四引物扩增受阻突变体系PCR(tetra-primer amplification refractory mutation system PCR,tetra-primer ARMS PCR)技术,对144个雌核发育一代翘嘴鲌样本的SNP位点进行分型,并将SNP位点基因型与翘嘴鲌7个形态性状(体长、体质量、体厚、体高、全长、尾柄长、尾柄高)进行关联性分析。【结果】优化PCR反应条件后,在退火温度为61.5℃,内、外引物各浓度比例为2∶1时,c.717G>T位点得到良好的分型结果;在退火温度为58.8℃,内、外引物各浓度比例为1∶1时,c.778G>A位点得到良好的分型结果。抑制素βB基因c.717G>T位点和c.778G>A位点不同基因型与7个生长性状之间都存在显著差异(P<0.05)。其中,c.717G>T位点GG基因型和c.778G>A位点GG基因型是与翘嘴鲌生长性状有关的有利突变。一般线性模型分析了这2个SNP位点的3种高频率双倍型(分别为双倍型D1、D2和D3),结果表明双倍型D1和D2的7个生长性状指标均显著高于双倍型D3(P<0.05)。【结论】抑制素βB基因c.717G>T位点和c.778G>A位点均具有作为雌核发育一代翘嘴鲌分子标记辅助选育的潜力,而且c.778G>A位点GG基因型对雌核发育一代翘嘴鲌生长性状的影响更加显著,研究可以为翘嘴鲌分子育种提供新的分子标记。 展开更多
关键词 翘嘴鲌 抑制素βB基因 引物受阻突变体系(tetra-primer ARMS pcr) 单核苷酸多态性(SNP)
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