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题名肠道噬菌体组生物信息学分析方法的研究进展
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作者
胡晴玥
李德志
刘箐
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机构
上海理工大学健康科学与工程学院
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出处
《微生物学杂志》
CAS
CSCD
2022年第3期89-99,共11页
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基金
国家自然科学基金项目(31871897)。
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文摘
噬菌体是感染细菌的病毒,广泛存在于各类环境中。由于传统实验研究的局限性及噬菌体基因的特异性,导致对肠道噬菌体的研究很少。随着宏基因组测序技术的发展和各种生物信息分析软件的开发,可以通过噬菌体组学,加深对肠道噬菌体的认识。噬菌体组分析流程主要包括原始数据质量控制和预处理,病毒基因组序列的拼接组装,类病毒颗粒的筛选和系统分类注释以及进化分析和预测相应宿主细菌。本文对噬菌体组分析流程和其中所需要的常用生物信息分析工具和数据库进行详细的介绍,可以为肠道噬菌体研究以及相关的研究人员提供参考。
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关键词
肠道噬菌体
生物信息学
噬菌体组
病毒组
机器学习软件
数据库
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Keywords
intestinal phages
bioinformatics
phageome
virome
machine learning software
database
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分类号
Q939.9
[生物学—微生物学]
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题名噬菌体培养与鉴定方法研究进展
被引量：5
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作者
郭文琼
卢家辉
潘伍亮
乐率
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机构
成都医学院护理学院
成都医学院临床医学院
陆军军医大学基础医学院微生物学教研室
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出处
《中国抗生素杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第9期872-878,共7页
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基金
国家自然科学基金(No.31870167)
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文摘
噬菌体是地球上数量最多的生命体,不仅广泛存在于自然界,也大量存在于人体之中。但是,目前分离、鉴定的噬菌体数量却仅有数万个。虽然宏基因组技术的出现为探究噬菌体提供了高通量的方法,但是宏基因组测序结果中,大量噬菌体序列功能未知,也不知道其来源于何宿主菌,是一个亟须研究的“黑匣子”。微生物的分离培养是研究微生物的起点,噬菌体的研究亦是如此。本文首先对噬菌体分离、培养与鉴定研究进行总结,然后对裂解性和溶原性噬菌体分离方法进行归纳和分析,为分离新的噬菌体提供较为全面的方法学综述。
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关键词
噬菌体分离鉴定
微生物组
噬菌体组
溶原性噬菌体
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Keywords
Bacteriophage isolation
Microbiome
Virome
Lysogenic phages
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分类号
Q939.48
[生物学—微生物学]
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