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蛋白质序列在频率域上的一种特征提取方法
被引量：
1
1
作者
赵剑
许金涛
顾凌榕
《南京工业大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2013年第6期113-119,共7页
针对不同蛋白质选取不同的氨基酸指数进行蛋白质研究,提取氨基酸序列的位置和排列信息在频率上的特征频谱作为特征向量,通过计算特征向量的距离考察蛋白质的相似性。这是一种非比对相似性的判别方法。蛋白质组的聚类结果表明,蛋白质序...
针对不同蛋白质选取不同的氨基酸指数进行蛋白质研究,提取氨基酸序列的位置和排列信息在频率上的特征频谱作为特征向量,通过计算特征向量的距离考察蛋白质的相似性。这是一种非比对相似性的判别方法。蛋白质组的聚类结果表明,蛋白质序列在频率域上的特征提取方法具有一定的应用价值和生物学意义。
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关键词
氨基酸
序列
互相关
自相关
特征提取
向量序列傅里叶变换
信噪比
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职称材料
数学结构的蛋白质二维数字表达及其应用
被引量：
2
2
作者
赵剑
阮越
王嘉松
《数据采集与处理》
CSCD
北大核心
2013年第6期770-776,共7页
提出了蛋白质的一种二维数字表达,该表达考虑了组成蛋白质的核苷酸在DNA双螺旋结构中的对称性和密码子当中的核苷酸组成规律,使之与生物学意义相符合。Cosic′s的一维共鸣识别方法是一种数学物理模型,它使用信号处理的方法识别蛋白质序...
提出了蛋白质的一种二维数字表达,该表达考虑了组成蛋白质的核苷酸在DNA双螺旋结构中的对称性和密码子当中的核苷酸组成规律,使之与生物学意义相符合。Cosic′s的一维共鸣识别方法是一种数学物理模型,它使用信号处理的方法识别蛋白质序列当中包含的信息。对蛋白质的二维数字表达结合使用向量序列的傅里叶变换理论,提出高维共鸣识别方法。实验结果显示,所提出的蛋白质二维数字表达和高维共鸣识别在判别双序列的蛋白质相似性时同样有效。
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关键词
蛋白质
序列
高维数字表达
向量序列傅里叶变换
高维共鸣识别
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职称材料
高维共鸣识别——蛋白质比较的新方法
被引量：
2
3
作者
赵剑
王嘉松
刘国庆
《计算机工程与应用》
CSCD
2013年第9期224-228,共5页
在提出的符号序列的高维数字表达以及高维傅里叶变换概念的基础上,提出了蛋白质比较的新方法——高维共鸣识别。将两种蛋白质对应的氨基酸序列转化为向量序列,分别计算它们对应的向量序列的离散傅里叶变换。据此,定义两个蛋白质序列所...
在提出的符号序列的高维数字表达以及高维傅里叶变换概念的基础上,提出了蛋白质比较的新方法——高维共鸣识别。将两种蛋白质对应的氨基酸序列转化为向量序列,分别计算它们对应的向量序列的离散傅里叶变换。据此,定义两个蛋白质序列所对应的交叉谱函数,考查交叉谱函数的信噪比,判断两种蛋白质序列的相似性或差异性。计算结果显示它是蛋白质比对的又一个有效方法,是Cosic一维共鸣识别的拓展。
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关键词
蛋白质比较
高维数字表达
向量
序列
的
傅里
叶
变换
交叉谱函数
信噪比
高维共鸣识别
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职称材料
题名
蛋白质序列在频率域上的一种特征提取方法
被引量：
1
1
作者
赵剑
许金涛
顾凌榕
机构
南京工业大学理学院
南京工业大学生物与制药工程学院
出处
《南京工业大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2013年第6期113-119,共7页
基金
南京工业大学青年教师基金(44204117)
文摘
针对不同蛋白质选取不同的氨基酸指数进行蛋白质研究,提取氨基酸序列的位置和排列信息在频率上的特征频谱作为特征向量,通过计算特征向量的距离考察蛋白质的相似性。这是一种非比对相似性的判别方法。蛋白质组的聚类结果表明,蛋白质序列在频率域上的特征提取方法具有一定的应用价值和生物学意义。
关键词
氨基酸
序列
互相关
自相关
特征提取
向量序列傅里叶变换
信噪比
Keywords
amino acid sequence
cross correlation
auto-correlation
feature extraction Fourier transformof vector sequences
signal to noise ratio
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
数学结构的蛋白质二维数字表达及其应用
被引量：
2
2
作者
赵剑
阮越
王嘉松
机构
南京工业大学理学院
南京工业大学生物与制药工程学院
里昂国立应用科学院(法国)生物信息系
南京大学数学系
出处
《数据采集与处理》
CSCD
北大核心
2013年第6期770-776,共7页
基金
南京工业大学青年教师基金(44204117)资助项目
文摘
提出了蛋白质的一种二维数字表达,该表达考虑了组成蛋白质的核苷酸在DNA双螺旋结构中的对称性和密码子当中的核苷酸组成规律,使之与生物学意义相符合。Cosic′s的一维共鸣识别方法是一种数学物理模型,它使用信号处理的方法识别蛋白质序列当中包含的信息。对蛋白质的二维数字表达结合使用向量序列的傅里叶变换理论,提出高维共鸣识别方法。实验结果显示,所提出的蛋白质二维数字表达和高维共鸣识别在判别双序列的蛋白质相似性时同样有效。
关键词
蛋白质
序列
高维数字表达
向量序列傅里叶变换
高维共鸣识别
Keywords
protein sequence
higher-dimensional numerical representation
Fourier transform of vector sequence
higher-dimensional resonance recognition model （HD-RRM）
分类号
R857.3 [医药卫生—航空、航天与航海医学]
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职称材料
题名
高维共鸣识别——蛋白质比较的新方法
被引量：
2
3
作者
赵剑
王嘉松
刘国庆
机构
南京工业大学理学院应用数学系
南京大学数学系
出处
《计算机工程与应用》
CSCD
2013年第9期224-228,共5页
文摘
在提出的符号序列的高维数字表达以及高维傅里叶变换概念的基础上,提出了蛋白质比较的新方法——高维共鸣识别。将两种蛋白质对应的氨基酸序列转化为向量序列,分别计算它们对应的向量序列的离散傅里叶变换。据此,定义两个蛋白质序列所对应的交叉谱函数,考查交叉谱函数的信噪比,判断两种蛋白质序列的相似性或差异性。计算结果显示它是蛋白质比对的又一个有效方法,是Cosic一维共鸣识别的拓展。
关键词
蛋白质比较
高维数字表达
向量
序列
的
傅里
叶
变换
交叉谱函数
信噪比
高维共鸣识别
Keywords
protein comparison
numerical representation of higher dimension
Fourier transform of vector sequence
cross-spectralfunction
signal to noise ratio
resonance recognition model of higher dimension
分类号
R857.3 [医药卫生—航空、航天与航海医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
蛋白质序列在频率域上的一种特征提取方法
赵剑
许金涛
顾凌榕
《南京工业大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2013
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
数学结构的蛋白质二维数字表达及其应用
赵剑
阮越
王嘉松
《数据采集与处理》
CSCD
北大核心
2013
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
高维共鸣识别——蛋白质比较的新方法
赵剑
王嘉松
刘国庆
《计算机工程与应用》
CSCD
2013
2
在线阅读
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职称材料
已选择
0
条
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引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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