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同源重组修复通路基因遗传变异与结直肠癌易感性的关联研究
被引量：
3
1
作者
禚昌龙
陈维艳
+6 位作者
龙琦
夏宜馨
王灵巧
杨桓
曹佳
周紫垣
张爱华
《第三军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第18期1769-1775,共7页
目的探讨我国人群同源重组修复(homologous recombination repair,HRR)通路关键基因的单核苷酸多态性与结直肠癌(colorectal cancer,CRC)易感性关联。方法以生物信息学分析结合文献筛选同源重组修复通路关键基因;采用基于通路分析的病例...
目的探讨我国人群同源重组修复(homologous recombination repair,HRR)通路关键基因的单核苷酸多态性与结直肠癌(colorectal cancer,CRC)易感性关联。方法以生物信息学分析结合文献筛选同源重组修复通路关键基因;采用基于通路分析的病例-对照研究设计,共纳入2001年1月至2004年6月于陆军军医大学3所附属医院普通外科经病理诊断的413例新发CRC病例与1 671例非肿瘤患者对照。以ILLUMINA人类基因组芯片对筛选出的基因上下游50 kb区域内的TagSNPs分型,采用logistic回归模型计算SNPs与CRC的关联。结果筛选出17个HRR通路中的关键基因;在17个基因及上下游50 kb区域内的2 207个SNP中有16个位点与结直肠癌风险关联显著,其中RAD52基因3’-UTR的rs11226位点携带A等位基因者的CRC风险相对携带G者增加约1.4倍(OR=1.42,95%CI=1.22~1.66,P=6.67×10-6);CRTC3-AS1基因内含子区rs75893366位点携带G等位基因者的CRC风险仅为携带A者的0.4倍(OR=0.43,95%CI=0.25~0.74,P=1.81×10-3)。但仅rs11226位点经bonferroni校正后在男性和女性中均具有显著性。结论同源重组修复通路中17个关键基因的单核苷酸多态性与结直肠癌患病风险显著关联,提示同源重组修复通路基因的遗传变异可能影响结直肠癌的遗传易感性。
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关键词
结直肠癌
同源重组修复基因
单核苷酸多态性
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职称材料
利用CRISPR/Cas9系统检测同源片段长度对重组效率的影响
被引量：
1
2
作者
孙菱
康月茜
+6 位作者
唐弘
卢楠
徐蕾
杨婕
庄稀尧
王瑜伟
杨春
《重庆医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第1期121-126,共6页
目的:在大肠埃希菌中利用CRISPR/Cas9系统对插入失活的m Cherry红色荧光报告基因进行靶向切割并重组,以研究同源片段长度对重组修复效率的影响。方法:通过Golden Gate克隆方法构建Cas9表达质粒p KD46-Cas,转化至大肠埃希菌DH5α中,阿拉...
目的:在大肠埃希菌中利用CRISPR/Cas9系统对插入失活的m Cherry红色荧光报告基因进行靶向切割并重组,以研究同源片段长度对重组修复效率的影响。方法:通过Golden Gate克隆方法构建Cas9表达质粒p KD46-Cas,转化至大肠埃希菌DH5α中,阿拉伯糖诱导表达Cas9蛋白,Western blot检测蛋白表达。用同样的方法,将一段随机靶标序列引入p Tac-m Cherry-3guid质粒中,造成插入失活,同时在插入序列两侧分别预留0、40、80、120 bp的m Cherry编码区overlap序列,构建出含不同长度同源片段的插入失活m Cherry荧光报告质粒p Q0、p Q40、p Q80、p Q120,并将其分别转化到表达Cas9蛋白的大肠埃希菌DH5α中,对应的细菌平板分别为p Q0组、p Q40组、p Q80组及p Q120组,每组各9个平板,对每个平板的红、白色菌落进行计数,分别计算出红色菌落数/菌落总数的比值,即为重组修复效率。结果:PCR及测序证实p KD46-Cas质粒及插入失活的m Cherry荧光报告载体p Q0、p Q40、p Q80、p Q120构建成功,Western blot鉴定p KD46-Cas在大肠埃希菌DH5α中表达Cas9蛋白;红色菌落计数显示p Q0组为0,其余3组均出现红色菌落,4组重组修复效率的差异有统计学意义(P<0.05),重组修复效率与同源片段长度呈正相关(r=0.792,P<0.01)。结论:成功建立了基于m Cherry红色荧光报告基因和Cas9的同源重组效率检测系统;研究表明不包含同源片段的质粒无法进行有效的重组,当同源片段在0~120 bp时其长度对重组效率有影响。此系统为深入研究原核生物的同源重组提供了一个新的技术平台。
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关键词
CRISPR/Cas9
同源
重组
修复
:
基因
编辑技术
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职称材料
题名
同源重组修复通路基因遗传变异与结直肠癌易感性的关联研究
被引量：
3
1
作者
禚昌龙
陈维艳
龙琦
夏宜馨
王灵巧
杨桓
曹佳
周紫垣
张爱华
机构
贵州医科大学公共卫生学院
陆军军医大学(第三军医大学)军事预防医学系军事环境卫生学教研室
陆军军医大学(第三军医大学)军事预防医学系毒理学研究所
出处
《第三军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第18期1769-1775,共7页
基金
国家自然科学基金面上项目(81273156,30771841)~~
文摘
目的探讨我国人群同源重组修复(homologous recombination repair,HRR)通路关键基因的单核苷酸多态性与结直肠癌(colorectal cancer,CRC)易感性关联。方法以生物信息学分析结合文献筛选同源重组修复通路关键基因;采用基于通路分析的病例-对照研究设计,共纳入2001年1月至2004年6月于陆军军医大学3所附属医院普通外科经病理诊断的413例新发CRC病例与1 671例非肿瘤患者对照。以ILLUMINA人类基因组芯片对筛选出的基因上下游50 kb区域内的TagSNPs分型,采用logistic回归模型计算SNPs与CRC的关联。结果筛选出17个HRR通路中的关键基因;在17个基因及上下游50 kb区域内的2 207个SNP中有16个位点与结直肠癌风险关联显著,其中RAD52基因3’-UTR的rs11226位点携带A等位基因者的CRC风险相对携带G者增加约1.4倍(OR=1.42,95%CI=1.22~1.66,P=6.67×10-6);CRTC3-AS1基因内含子区rs75893366位点携带G等位基因者的CRC风险仅为携带A者的0.4倍(OR=0.43,95%CI=0.25~0.74,P=1.81×10-3)。但仅rs11226位点经bonferroni校正后在男性和女性中均具有显著性。结论同源重组修复通路中17个关键基因的单核苷酸多态性与结直肠癌患病风险显著关联,提示同源重组修复通路基因的遗传变异可能影响结直肠癌的遗传易感性。
关键词
结直肠癌
同源重组修复基因
单核苷酸多态性
Keywords
colorectal cancer
homologous recombination repair
single nucleotide polymorphisms
分类号
R735.34 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
利用CRISPR/Cas9系统检测同源片段长度对重组效率的影响
被引量：
1
2
作者
孙菱
康月茜
唐弘
卢楠
徐蕾
杨婕
庄稀尧
王瑜伟
杨春
机构
重庆医科大学分子医学与肿瘤研究中心病原生物学实验室
重庆市中医院检验科
出处
《重庆医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第1期121-126,共6页
基金
重庆市教委科学技术研究资助项目(编号:KJ1500203)
重庆市卫计委西医资助项目(编号:2015MSXM081)
重庆市科委基础科学与前沿技术研究资助项目(编号:cstc2016jcyj A0277)
文摘
目的:在大肠埃希菌中利用CRISPR/Cas9系统对插入失活的m Cherry红色荧光报告基因进行靶向切割并重组,以研究同源片段长度对重组修复效率的影响。方法:通过Golden Gate克隆方法构建Cas9表达质粒p KD46-Cas,转化至大肠埃希菌DH5α中,阿拉伯糖诱导表达Cas9蛋白,Western blot检测蛋白表达。用同样的方法,将一段随机靶标序列引入p Tac-m Cherry-3guid质粒中,造成插入失活,同时在插入序列两侧分别预留0、40、80、120 bp的m Cherry编码区overlap序列,构建出含不同长度同源片段的插入失活m Cherry荧光报告质粒p Q0、p Q40、p Q80、p Q120,并将其分别转化到表达Cas9蛋白的大肠埃希菌DH5α中,对应的细菌平板分别为p Q0组、p Q40组、p Q80组及p Q120组,每组各9个平板,对每个平板的红、白色菌落进行计数,分别计算出红色菌落数/菌落总数的比值,即为重组修复效率。结果:PCR及测序证实p KD46-Cas质粒及插入失活的m Cherry荧光报告载体p Q0、p Q40、p Q80、p Q120构建成功,Western blot鉴定p KD46-Cas在大肠埃希菌DH5α中表达Cas9蛋白;红色菌落计数显示p Q0组为0,其余3组均出现红色菌落,4组重组修复效率的差异有统计学意义(P<0.05),重组修复效率与同源片段长度呈正相关(r=0.792,P<0.01)。结论:成功建立了基于m Cherry红色荧光报告基因和Cas9的同源重组效率检测系统;研究表明不包含同源片段的质粒无法进行有效的重组,当同源片段在0~120 bp时其长度对重组效率有影响。此系统为深入研究原核生物的同源重组提供了一个新的技术平台。
关键词
CRISPR/Cas9
同源
重组
修复
:
基因
编辑技术
Keywords
CRISPR/Cas9
homologous recombination
gene edition
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
同源重组修复通路基因遗传变异与结直肠癌易感性的关联研究
禚昌龙
陈维艳
龙琦
夏宜馨
王灵巧
杨桓
曹佳
周紫垣
张爱华
《第三军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
利用CRISPR/Cas9系统检测同源片段长度对重组效率的影响
孙菱
康月茜
唐弘
卢楠
徐蕾
杨婕
庄稀尧
王瑜伟
杨春
《重庆医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018
1
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