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非小细胞肺癌同源重组修复通路基因与临床特征的相关性分析 被引量:1
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作者 杨茜 赵洁 +4 位作者 唐海涛 廖鑫 牟康 李小松 沈依帆 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期871-876,共6页
目的:采用基因组不稳定评分(genomic instability score,GIS)描述非小细胞肺癌患者的同源重组修复缺陷(homolo⁃gous recombination deficiency,HRD)状态,探讨HRD状态及同源重组通路基因(homologous recombination repair,HRR)与临床特... 目的:采用基因组不稳定评分(genomic instability score,GIS)描述非小细胞肺癌患者的同源重组修复缺陷(homolo⁃gous recombination deficiency,HRD)状态,探讨HRD状态及同源重组通路基因(homologous recombination repair,HRR)与临床特征的相关性。方法:本研究纳入2020年1月至2022年1月在重庆医科大学附属第一医院接受治疗的335例非小细胞肺癌患者,采用二代测序法检测GIS评分及35个HRR基因,根据杂合性缺失(loss of heterozygosity,LOH)、端粒等位基因失衡(telo⁃meric allelic imbalance,TAI)、大片段迁移(large-scale state transition,LST)综合评估GIS评分。GIS评分及HRR基因与临床特征之间的关系通过Mann-Whitney U检验,Kruskal-Wallis检验和Dunn-Bonferroni检验分析。GIS评分和肿瘤突变负荷(tumor mutation burden,TMB)值的相关性采用Spearman分析。结果:在335例患者中,男性患者、年龄大、分期晚、有吸烟史、鳞癌均会导致GIS评分更高,GIS评分Md(P25,P75)分别是13(4,26.75),12(3,22.5),21.5(12,30),16(4,27)和24(18,38.25)(Z=-5.083,P<0.001;Z=2.973,P=0.003;Z=8.225,P<0.001;Z=4.655,P<0.001;Z=-7.082,P<0.001)。HRR体系基因突变组样本GIS评分高于野生组,2组GIS评分分别为18.5(5.25,28.75)和6(1,16)(Z=5.012,P<0.001)。共检测到33个HRR相关基因突变,主要集中在ATM、RECQL4、ATR、FANCM、BRCA1、FANCA、BRIP1、NBN、WRN等基因,其中BRCA2、FANCI、FANCA基因突变均会导致GIS评分升高,GIS评分Md(P25,P75)分别是34(25.25,51),31.5(14.5,50)和22(12,44)(Z=-2.805,P=0.005;Z=-2.216,P=0.027;Z=-2.478,P=0.013)。GIS评分和TMB值之间呈正相关(rs=0.504,P<0.001)。结论:揭示中国非小细胞肺癌患者GIS评分及HRR基因突变特征,提示基于二代测序的GIS评分及HRR基因检测可能成为非小细胞肺癌患者靶向治疗及免疫治疗新的生物标志物。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 同源重组修复缺陷 基因组不稳定评分 同源重组通路
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基于同源重组的CRISPR精准基因编辑技术及其在农作物育种中的应用 被引量:4
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作者 江桐欣 李晓琳 +5 位作者 朱庆锋 张琪 张爱霞 刘勤坚 于洋 刘文华 《广东农业科学》 CAS 2022年第11期119-127,共9页
随着CRISPR基因编辑技术的出现,几乎在任何动植物细胞基因组的特定目标位点,DNA大片段的“无缝”插入或替换,均可在CRISPR核酸酶产生双链切口后,在供体DNA存在的情况下,诱导同源定向修复来实现。目前,这种基于同源重组的CRISPR精准基因... 随着CRISPR基因编辑技术的出现,几乎在任何动植物细胞基因组的特定目标位点,DNA大片段的“无缝”插入或替换,均可在CRISPR核酸酶产生双链切口后,在供体DNA存在的情况下,诱导同源定向修复来实现。目前,这种基于同源重组的CRISPR精准基因编辑在农作物基因功能分析和新技术育种中正发挥着越来越重要的作用。围绕在植物细胞中高效实现同源重组介导的CRISPR精准编辑这一目标,简述CRISPR精准编辑依赖的两种主要的基于同源重组的细胞修复机制,即合成依赖的链退火修复机制和非同源末端连接辅助的单链退火修复机制;在此基础上,详述产生DNA双链切口并诱导同源重组定向修复的CRISPR核酸酶和供体DNA/RNA,主要包括Cas9/12及其融合蛋白、sgRNA/crRNA及其修饰物、供体DNA/RNA及其修饰物;进而总结在植物遗传转化中为保障DNA双链切口和供体DNA/RNA发生的时空一致性以提高同源重组效率,而通常采用的CRISPR组分及供体DNA/RNA细胞递送方式;最后从功能基因组学研究和农作物新技术育种等方面,展望基于同源重组的CRISPR精准基因编辑技术的应用前景。 展开更多
关键词 CRISPR DNA双链切口 同源重组 同源定向修复 基因编辑
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叶绿体基因编辑技术:进展与展望 被引量:3
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作者 原明星 尹康权 +2 位作者 李俄仁措 尚海忠 杜芳 《中国草地学报》 CSCD 北大核心 2024年第6期126-134,共9页
叶绿体是植物进行光合作用,参与多个代谢途径和免疫反应的重要场所。叶绿体基因组非常小,只有100多个基因,但对植物生长发育具有重要意义。本文首先总结了叶绿体的起源、结构与功能及叶绿体基因组研究的最新进展。其次,梳理了同源重组... 叶绿体是植物进行光合作用,参与多个代谢途径和免疫反应的重要场所。叶绿体基因组非常小,只有100多个基因,但对植物生长发育具有重要意义。本文首先总结了叶绿体的起源、结构与功能及叶绿体基因组研究的最新进展。其次,梳理了同源重组、碱基编辑两种叶绿体基因编辑技术,重点介绍了碱基编辑技术中的胞嘧啶碱基编辑器和腺嘌呤碱基编辑器,认为相较于传统的同源重组技术,碱基编辑技术可以针对特定靶位点进行定向修饰,单次选择就能获得同质转化植株,且可以不用保留外源DNA片段,实现了非转基因的基因编辑。最后展望了叶绿体基因编辑技术的广阔发展前景,以期促进精准高效的叶绿体基因编辑工具开发,为研究叶绿体基因功能以及加速对叶绿体的合理利用开辟新思路。 展开更多
关键词 叶绿体 叶绿体基因 基因编辑 同源重组 碱基编辑
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Red同源重组技术在大肠埃希菌基因敲除中的应用 被引量:8
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作者 吴程华 严玉霖 +2 位作者 高洪 谭锐 董骎 《上海畜牧兽医通讯》 2015年第1期9-11,共3页
近年来,大肠埃希菌一直是分子生物学和基因组学的重要研究对象。20世纪80年代以来,生物学家发展了一种新型分子生物学技术-基因敲除。大肠埃希菌基因敲除技术发展迅速,各种新型技术的出现使得其基因组的改造较以往更为快速、简单,尤其是... 近年来,大肠埃希菌一直是分子生物学和基因组学的重要研究对象。20世纪80年代以来,生物学家发展了一种新型分子生物学技术-基因敲除。大肠埃希菌基因敲除技术发展迅速,各种新型技术的出现使得其基因组的改造较以往更为快速、简单,尤其是Red同源重组技术在大肠埃希菌基因敲除中的应用已经越来越成熟。本文简要综述了利用Red同源重组技术进行大肠埃希菌基因敲除的原理、策略及应用现状。 展开更多
关键词 大肠埃希菌 基因敲除 Red同源重组技术
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植物DNA双链断裂修复机制及其在重离子诱变和基因编辑中的作用
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作者 隆静 陈婧敏 +3 位作者 刘霄 张一凡 周利斌 杜艳 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期55-67,共13页
在自然界中,植物会遭受各种环境或内源因素导致的DNA损伤,其中DNA双链断裂(double strand breaks,DSBs)的影响最为严重,如果修复不当,将导致基因组不稳定、基因突变甚至细胞死亡。一方面,植物进化出了强大且有序的损伤修复机制,以确保... 在自然界中,植物会遭受各种环境或内源因素导致的DNA损伤,其中DNA双链断裂(double strand breaks,DSBs)的影响最为严重,如果修复不当,将导致基因组不稳定、基因突变甚至细胞死亡。一方面,植物进化出了强大且有序的损伤修复机制,以确保其存活及正常繁衍;另一方面,基于修复过程的容错性及致突变性,T-DNA插入、基因编辑、物理诱变等技术广泛应用于动植物品种改良。相较于哺乳动物,植物DSBs修复通路及其分子机制报道较为有限。本文综述了植物对DSBs损伤的响应、主要修复途径及关键因子,介绍了通路机制尚未完全解析的替代末端连接(alternative end joining,Alt-EJ)的最新研究进展;此外,探讨了重离子束引起的植物DSBs修复特征和多途径选择,以及基于不同DSBs修复途径的基因编辑技术的研究进展,旨在为深入了解植物DSBs损伤响应及修复的分子机制和研发高效生物育种技术提供参考。 展开更多
关键词 植物DSBs损伤修复 同源重组 同源末端连接 重离子束 基因编辑
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同源重组修复通路基因遗传变异与结直肠癌易感性的关联研究 被引量:3
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作者 禚昌龙 陈维艳 +6 位作者 龙琦 夏宜馨 王灵巧 杨桓 曹佳 周紫垣 张爱华 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第18期1769-1775,共7页
目的探讨我国人群同源重组修复(homologous recombination repair,HRR)通路关键基因的单核苷酸多态性与结直肠癌(colorectal cancer,CRC)易感性关联。方法以生物信息学分析结合文献筛选同源重组修复通路关键基因;采用基于通路分析的病例... 目的探讨我国人群同源重组修复(homologous recombination repair,HRR)通路关键基因的单核苷酸多态性与结直肠癌(colorectal cancer,CRC)易感性关联。方法以生物信息学分析结合文献筛选同源重组修复通路关键基因;采用基于通路分析的病例-对照研究设计,共纳入2001年1月至2004年6月于陆军军医大学3所附属医院普通外科经病理诊断的413例新发CRC病例与1 671例非肿瘤患者对照。以ILLUMINA人类基因组芯片对筛选出的基因上下游50 kb区域内的TagSNPs分型,采用logistic回归模型计算SNPs与CRC的关联。结果筛选出17个HRR通路中的关键基因;在17个基因及上下游50 kb区域内的2 207个SNP中有16个位点与结直肠癌风险关联显著,其中RAD52基因3’-UTR的rs11226位点携带A等位基因者的CRC风险相对携带G者增加约1.4倍(OR=1.42,95%CI=1.22~1.66,P=6.67×10-6);CRTC3-AS1基因内含子区rs75893366位点携带G等位基因者的CRC风险仅为携带A者的0.4倍(OR=0.43,95%CI=0.25~0.74,P=1.81×10-3)。但仅rs11226位点经bonferroni校正后在男性和女性中均具有显著性。结论同源重组修复通路中17个关键基因的单核苷酸多态性与结直肠癌患病风险显著关联,提示同源重组修复通路基因的遗传变异可能影响结直肠癌的遗传易感性。 展开更多
关键词 结直肠癌 同源重组修复基因 单核苷酸多态性
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复发性卵巢癌两次手术基因同源重组修复缺陷状态变化与临床价值分析 被引量:1
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作者 张天歌 赵英姿 +3 位作者 李洪琦 李玉荣 刘敏 李长忠 《实用妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期711-713,共3页
目的:分析复发性卵巢癌患者两次手术基因同源重组修复缺陷(HRD)状态的改变,探讨卵巢癌复发时是否需要再次进行HRD检测。方法:收集2017年3月至2021年8月山东省3家三级甲等医院卵巢癌术后复发,再次行卵巢肿瘤减灭术并行HRD检测的9例上皮... 目的:分析复发性卵巢癌患者两次手术基因同源重组修复缺陷(HRD)状态的改变,探讨卵巢癌复发时是否需要再次进行HRD检测。方法:收集2017年3月至2021年8月山东省3家三级甲等医院卵巢癌术后复发,再次行卵巢肿瘤减灭术并行HRD检测的9例上皮性卵巢癌患者的临床资料,比较两次手术样本肿瘤乳腺癌易感基因(BRCA)突变情况、HRD评分以及HRD状态的变化。结果:9例晚期上皮性卵巢癌患者中位年龄为54.8岁,中位无进展生存期为12.4个月。二次手术BRCA突变状态较初次手术均无变化,其中3例患者BRCA突变均为胚系突变,突变位点未发生改变。9例患者中HRD状态阳性6例,阴性3例。所有患者二次手术HRD评分均发生改变,但根据预先设定的HRD状态判定标准,HRD状态无变化。结论:HRD状态在原发和复发样本之间保持不变。初始肿瘤的HRD评分对于接受过含铂治疗的复发性上皮性卵巢癌的治疗方案选择仍有参考价值,提示卵巢癌复发时无需再次进行HRD检测。 展开更多
关键词 复发性卵巢癌 两次手术 基因检测 同源重组修复缺陷
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Ⅲ型家族性噬血细胞性淋巴组织细胞增生症易感基因UNC13D参与同源重组修复 被引量:1
8
作者 常丽贤 曾慧敏 +6 位作者 周全全 高敏 魏蔚 周剑峰 安文彬 袁卫平 竺晓凡 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期692-695,共4页
本研究从DNA双链断裂同源重组修复角度探讨UNC13D(秀丽新小杆线虫)基因参与Ⅲ型家族性噬血细胞性淋巴组织细胞增生症(familial hemophagocytic lymphohistiocytosis type 3,FHL3)的发病机制。利用DNA同源重组修复方法,检测正常对照组及U... 本研究从DNA双链断裂同源重组修复角度探讨UNC13D(秀丽新小杆线虫)基因参与Ⅲ型家族性噬血细胞性淋巴组织细胞增生症(familial hemophagocytic lymphohistiocytosis type 3,FHL3)的发病机制。利用DNA同源重组修复方法,检测正常对照组及UNC13D基因下调后DR-U2OS细胞同源重组修复率的变化情况,并研究此基因的相关功能。结果表明:下调DR-U2OS细胞的UNC13D基因表达后,同源重组修复率较正常对照组明显下降,且差异有统计学意义(P<0.05),提示UNC13D编码蛋白Munc13-4不仅参与到细胞毒颗粒的胞吐过程中,而且在DNA双链断裂修复中也起作用。结论:UNC13D基因突变可能通过抑制细胞毒颗粒的胞吐和降低DNA双链断裂后的同源重组修复率参与FHL3发病过程,这一研究结果为揭示FHL3的发病机制提供新的理论基础。 展开更多
关键词 Ⅲ型家族性噬血细胞性淋巴组织细胞增生症 UNC13D基因 DNA双链断裂 同源重组修复
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基于CRISPR/Cas9介导的同源重组技术构建TK、gE和gI基因缺失的伪狂犬病病毒 被引量:3
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作者 张华伟 周明光 +4 位作者 侯真真 朱娴静 郝根喜 金建云 徐高原 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期206-212,共7页
为构建TK、gE和gI基因缺失的伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV),采用CRISPR/Cas9介导的同源重组技术,对从湖北某猪场送检的病料中分离到的PRV HB2017株进行基因编辑,并利用蚀斑纯化等方法获取基因缺失株。随后,采用PCR、基因测序、... 为构建TK、gE和gI基因缺失的伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV),采用CRISPR/Cas9介导的同源重组技术,对从湖北某猪场送检的病料中分离到的PRV HB2017株进行基因编辑,并利用蚀斑纯化等方法获取基因缺失株。随后,采用PCR、基因测序、间接免疫荧光试验、生长曲线测定及安全性和效力试验对基因缺失株的特性进行初步研究。结果显示:PRV HB2017株的TK、gE和gI基因已缺失,缺失毒株PRV HB2017ΔTKΔgE/gI与亲本毒株PRV HB2017株在PK-15细胞中的生长曲线差异不明显且具有较高的病毒滴度;PRV HB2017ΔTKΔgE/gI株传代至30代,TK和gE/gI基因缺失部分序列稳定,不能恢复;PRV HB2017ΔTKΔgE/gI株对仔猪是安全的;将该基因缺失株以10^(6.0) TCID_(50)和10^(7.0) TCID_(50)的病毒剂量接种仔猪,可保护仔猪免受10^(8.0) TCID_(50)病毒剂量强毒的攻击。 展开更多
关键词 伪狂犬病病毒 CRISPR/Cas9 同源重组 基因缺失 基因工程疫苗 病毒编辑 疫苗研制
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102例乳腺癌同源重组修复相关胚系基因突变研究
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作者 史晓青 王珏 +3 位作者 丁颖 陈锐 朱倩男 查小明 《南京医科大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期1600-1606,共7页
目的:探讨乳腺癌患者同源重组修复(homologous recombination repair,HRR)相关胚系基因的突变情况及其与临床病理特征之间的关系。方法:检测本中心102例乳腺癌患者同源重组修复高度相关的21个胚系基因的变异情况,收集患者的年龄、肿瘤... 目的:探讨乳腺癌患者同源重组修复(homologous recombination repair,HRR)相关胚系基因的突变情况及其与临床病理特征之间的关系。方法:检测本中心102例乳腺癌患者同源重组修复高度相关的21个胚系基因的变异情况,收集患者的年龄、肿瘤大小、淋巴结状态、病理类型及家族史等临床资料,统计分析基因突变与各临床病理特征之间的关系。结果:携带HRR相关胚系基因突变(含BRCA及非BRCA基因)的患者与未携带突变的患者在临床特征方面(如年龄、淋巴结状态、肿瘤大小和肿瘤分子分型等)并无统计学差异。携带BRCA突变的患者往往有肿瘤家族史(95%CI:0.997~6.142,P=0.047),尤其是乳腺癌/卵巢癌家族史(95%CI:1.227~9.953,P=0.015)。同时,ATM基因突变在人表皮生长因子受体-2(human epidermal growth factor receptor-2,Her-2)阳性患者中的发生率显著高于Her-2阴性患者(P=0.045)。结论:患者的肿瘤家族史,尤其是乳腺癌/卵巢癌家族史是发生BRCA突变的重要危险因素;Her-2阳性乳腺癌可能与ATM突变存在一定的相关性。 展开更多
关键词 乳腺癌 同源重组修复 基因突变 二代测序
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植物基因组编辑及衍生技术最新研究进展 被引量:71
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作者 单奇伟 高彩霞 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期953-973,共21页
基因组编辑技术已经在多个模式植物、动物以及其他生物中得到成功应用。基因组编辑是利用序列特异核酸酶(Sequence-specific nucleases,SSNs)在基因组特定位点产生DNA双链断裂(Double-strand breaks,DSBs),从而激活细胞自身修复机制—... 基因组编辑技术已经在多个模式植物、动物以及其他生物中得到成功应用。基因组编辑是利用序列特异核酸酶(Sequence-specific nucleases,SSNs)在基因组特定位点产生DNA双链断裂(Double-strand breaks,DSBs),从而激活细胞自身修复机制——非同源末端连接(Non-homologous end joining,NHEJ)或同源重组(Homologous recombination,HR),实现基因敲除、染色体重组以及基因定点插入或替换等。锌指核酸酶(Zinc finger nuclease,ZFN)、TALEN(Transcription activator-like effector nuclease)和CRISPR/Cas9(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated 9)系统是最主要的3类SSNs。ZFN和TALEN是利用蛋白与DNA结合方式靶向特定的基因组位点,而最新的CIRISPR/Cas9系统则是利用更简单的核苷酸互补配对方式结合在基因组靶位点,其构建简单、效率更高效,因而促进了基因组编辑在植物中的广泛应用。利用基因组编辑技术除了实现植物基因定点突变外,还可以将SSNs的DNA结合域与其他功能蛋白融合,实现基因的靶向激活、抑制和表观调控等衍生技术。本文从基因组编辑技术的原理与优势、SSNs组成及构建方法、基因组编辑及衍生技术在植物中应用、优化SSNs突变效率和减少脱靶突变方法等方面进行了系统介绍,并对未来需要迫切解决的一些问题进行了分析和展望。 展开更多
关键词 基因编辑 CRISPR/Cas9 同源重组 脱靶突变
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CRISPR-Cas9基因编辑技术在病毒感染疾病治疗中的应用 被引量:15
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作者 殷利眷 胡斯奇 郭斐 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期412-418,共7页
CRISPR-Cas9基因编辑技术是基于细菌或古细菌CRISPR介导的获得性免疫系统衍生而来,由一段RNA通过碱基互补配对识别DNA,指导Cas9核酸酶切割识别的双链DNA,诱发同源重组或非同源末端链接,进而实现在目的 DNA上进行编辑。病毒通过特异的受... CRISPR-Cas9基因编辑技术是基于细菌或古细菌CRISPR介导的获得性免疫系统衍生而来,由一段RNA通过碱基互补配对识别DNA,指导Cas9核酸酶切割识别的双链DNA,诱发同源重组或非同源末端链接,进而实现在目的 DNA上进行编辑。病毒通过特异的受体侵染细胞,其基因组在细胞内发生复制、转录、翻译等过程完成其生活周期,某些DNA病毒或逆转录病毒基因组会整合到宿主基因组中。基因治疗是病毒感染疾病治疗的新趋势。因此,基因编辑技术在持续感染的病毒或潜伏感染病毒疾病治疗中具有重大的潜在意义。文章主要从CRISPR-Cas9作用机制以及在病毒感染疾病治疗中的应用等方面进行了综述。 展开更多
关键词 CRISPR 同源重组 同源末端链接 基因编辑 病毒
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基于小型化Cas蛋白的CRISPR/Gal4BD-Cas供体适配基因编辑系统研究
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作者 杨森 马宝霞 +7 位作者 钱泓润 崔婕妤 张潇筠 李利达 魏泽辉 张智英 王建刚 徐坤 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期716-726,共11页
在哺乳动物细胞中,利用同源引导修复(homology-directed repair,HDR)机制的基因编辑策略能够实现精准的点编辑和敲入,但是HDR的低效性严重制约了该策略在精准医疗和分子设计育种中的应用。鉴于HDR机制所需的供体DNA模板不能自主募集到... 在哺乳动物细胞中,利用同源引导修复(homology-directed repair,HDR)机制的基因编辑策略能够实现精准的点编辑和敲入,但是HDR的低效性严重制约了该策略在精准医疗和分子设计育种中的应用。鉴于HDR机制所需的供体DNA模板不能自主募集到基因组双链断裂(double-stranded break,DSB)处,本课题组提出了供体适配系统(donor adapting system,DAS)的概念并开发出CRISPR/SpCas9-Gal4BD供体适配基因编辑系统。由于SpCas9蛋白分子较大,与Gal4BD适配器结合不利于表达、病毒载体包装及活体递送等过程,因此本研究进一步采用两种小型化Cas蛋白——路邓葡萄球菌(Staphylococcus lugdunensis)源SlugCas9变体SlugCas9-HF与氨基酸球菌(Acidaminococcus sp.)源AsCas12a,开发了新型的CRISPR/Gal4BD-SlugCas9和CRISPR/Gal4BD-AsCas12a供体适配基因编辑系统。通过SSA活性报告实验初步证明了Gal4BD与SlugCas9、AsCas12a N-端融合对其打靶活性影响较小。通过HDR效率报告实验进行功能验证并优化供体设计方案,结果表明:对于CRISPR/Gal4BD-AsCas12a DAS,适配器结合序列(binding sequence,BS)与供体5′-端融合(BS-dsDNA)效果较好;对于CRISPR/Gal4BD-SlugCas9 DAS,则BS与供体3′-端融合(dsDNA-BS)较佳。最终,利用CRISPR/Gal4BD-SlugCas9 DAS对HEK293T细胞中的EMX1、NUDT5、AAVS1三个基因位点分别实现了24%、37%、31%的精准编辑,相比对照组得到了显著提高。本研究为供体适配基因编辑系统的进一步优化提供了参考和借鉴,为后续动物分子设计育种应用研究提供了新的基因编辑工具。 展开更多
关键词 基因编辑 同源引导修复 供体适配 小型化Cas蛋白 适配器
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DNA同源重组修复与乳腺癌的研究进展 被引量:7
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作者 邱宇凡 胡蕴慧 张瑾 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第7期910-914,共5页
双链断裂是真核细胞最严重的DNA损伤类型,主要依赖同源重组途径进行修复。BRCA1/2是该修复通路中的关键因子,以其为核心组成的BRCA肿瘤抑制因子网络中多种致病性突变均可损伤基因组完整性和稳定性,增高乳腺癌易感性。该文结合最新研究进... 双链断裂是真核细胞最严重的DNA损伤类型,主要依赖同源重组途径进行修复。BRCA1/2是该修复通路中的关键因子,以其为核心组成的BRCA肿瘤抑制因子网络中多种致病性突变均可损伤基因组完整性和稳定性,增高乳腺癌易感性。该文结合最新研究进展,对DNA同源重组修复网络中关键基因突变与乳腺癌易感性及个体化治疗策略进行综述,旨在促进相关突变携带者的乳腺癌早期预防、分子诊断和精准治疗。 展开更多
关键词 DNA双链断裂 同源重组修复 乳腺肿瘤 易感基因 抑癌基因 BRCA 化疗
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不同CRISPR/Cas9供体适配基因编辑系统的比较及优化研究
15
作者 马宝霞 杨森 +6 位作者 吕明 王昱人 常立业 韩艺帆 王建刚 郭杨 徐坤 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期466-477,共12页
在哺乳动物细胞中进行基因敲入通常采用同源定向修复(homology-directed repair,HDR)机制将外源DNA模板整合到目标基因组靶点中。然而HDR效率往往较低,其中外源DNA模板与目标基因组靶点的共定位是关键限制因素之一。为提高CRISPR/Cas9... 在哺乳动物细胞中进行基因敲入通常采用同源定向修复(homology-directed repair,HDR)机制将外源DNA模板整合到目标基因组靶点中。然而HDR效率往往较低,其中外源DNA模板与目标基因组靶点的共定位是关键限制因素之一。为提高CRISPR/Cas9系统介导的HDR效率,本团队及前人研究将不同接头蛋白与SpCas9蛋白融合表达,利用其与特异性DNA序列结合的特性,构建了多种CRISPR/SpCas9供体适配基因编辑系统。为了便于比较、优化不同CRISPR/Cas9供体适配系统,本研究利用这些系统在HEK293T细胞GAPDH和ACTB基因末位外显子3′-端进行了eGFP基因敲入,并采用了优化的供体DNA模板设计方式,通过PCR和Sanger测序检测敲入的准确性,流式细胞分析进行敲入效率的检测。结果表明,将yGal4BD、hGal4BD、hLacI、hTHAP11和N57等接头蛋白与SpCas9蛋白C-端融合对其活性均无显著性影响;在GAPDH位点上,SpCas9融合yGal4BD、hGal4BD、hLacI和hTHAP11的供体适配系统等均能显著提高敲入效率;在ACTB位点上,SpCas9融合yGal4BD和hGal4BD能显著提高敲入效率;且增加供体DNA模板中的结合序列(binding sequence,BS)数量,有利于提高SpCas9-hTHAP11系统介导的敲入效率。总之,本研究比较并优化了不同的CRISPR/Cas9供体适配基因编辑系统,为后续相关的基因编辑应用研究提供了参考和借鉴。 展开更多
关键词 基因编辑 基因敲入 CRISPR/Cas9 供体适配 同源定向修复
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基因组编辑技术中供体DNA类型及选择 被引量:2
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作者 邵斯旻 徐坤 张智英 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期1-10,共10页
基因组编辑技术能够实现基因组的精确修饰和改造,是后基因组时代研究基因功能和遗传信息的主要手段。传统的基因打靶技术通过低效率的细胞自发同源重组实现目的基因的定点修饰。真核细胞中DNA双链断裂介导的同源重组效率远高于自发同源... 基因组编辑技术能够实现基因组的精确修饰和改造,是后基因组时代研究基因功能和遗传信息的主要手段。传统的基因打靶技术通过低效率的细胞自发同源重组实现目的基因的定点修饰。真核细胞中DNA双链断裂介导的同源重组效率远高于自发同源重组,利用人工核酸内切酶特异性地在基因组靶序列处引入双链断裂,通过提供适当形式的、含有一定长度同源臂的供体DNA,能够实现相对高效的基因组靶向编辑。本文系统总结了环状质粒、线性化质粒、聚合酶链式反应产物及单链寡聚脱氧核苷酸4种类型的供体DNA在基因组精确编辑研究中的应用及候选原则,以期为以后相关研究中供体DNA的选择、设计提供参考和借鉴。 展开更多
关键词 基因编辑技术 同源重组 人工核酸内切酶 供体DNA
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不同打靶位点影响人诱导多能干细胞MYO7A杂合突变位点的基因校正中CRISPR/Cas9介导的同源重组效率 被引量:1
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作者 唐子华 陈加荣 +3 位作者 丁洁 陈建玲 王翠翠 王金福 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期975-985,共11页
应用CRISPR-Cas9系统对人诱导多能干细胞(human induced pluripotent stem cells,hiPSCs)进行基因编辑,为疾病模型的建立、致病机制研究、药物筛选及基因校正治疗疾病提供了更广阔的平台。相对于CRISPR-Cas9介导的基因敲除,应用该系统... 应用CRISPR-Cas9系统对人诱导多能干细胞(human induced pluripotent stem cells,hiPSCs)进行基因编辑,为疾病模型的建立、致病机制研究、药物筛选及基因校正治疗疾病提供了更广阔的平台。相对于CRISPR-Cas9介导的基因敲除,应用该系统介导的同源重组实现基因点突变或突变校正效率要低、且难度偏大。为了实现对MYO7A杂合点突变(c.4118C>T)的人i PSCs的点突变校正,本文构建了表达maxGFP的pX330质粒。针对需校正的突变位点,设计5组识别序列并连接到maxGFP-pX330中构建靶向质粒。将5组打靶质粒分别转染HEK 293FT细胞48 h,细胞表达GFP;测序结果显示,MYO7A基因相应位点出现杂峰,表明打靶质粒具有打断活性。将同源模版单链寡核苷酸链(single-stranded DNA oligonucleotides,ss ODN)与打靶质粒共同电转入人i PSCs后48 h,经流式分选出(5. 8±2. 2)%的细胞表达GFP。分选后细胞行单克隆扩增并测序。结果显示,打靶质粒1和ss ODN组合对点突变校正未成功;打靶质粒2、3、4、5与ss ODN组合均获得了校正后的细胞株。本研究表明,打断位点是影响同源重组校正效率的关键因素。当应用CRISPR/Cas9(或其它核酸酶)介导的同源重组进行基因编辑操作时,可以同时选择多个打靶位点造成基因组不同位置上的双链打断(double-stranded break,DSB)位点,以获得目的单克隆细胞株。本研究为应用CRISPR-Cas9系统对人诱导多能干细胞进行基因编辑提供了有力参考。 展开更多
关键词 人诱导多能干细胞 CRISPR-Cas9系统 同源重组 基因编辑 点突变校正
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基因编辑技术在谷氨酸棒杆菌中的应用研究进展 被引量:1
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作者 王婷 赵兰坤 +4 位作者 扈临风 孙钦波 王小平 张婷婷 陈宁 《中国酿造》 CAS 北大核心 2023年第4期35-39,共5页
谷氨酸棒杆菌(Corynebacterium glutamicum)是一种绿色高效的底盘微生物,可用于生产大宗氨基酸、精细化学品、营养保健品等众多高附加值产品。基因编辑技术作为一种有效的调控菌株代谢网络的手段,在谷氨酸棒杆菌合成生物学研究、理性改... 谷氨酸棒杆菌(Corynebacterium glutamicum)是一种绿色高效的底盘微生物,可用于生产大宗氨基酸、精细化学品、营养保健品等众多高附加值产品。基因编辑技术作为一种有效的调控菌株代谢网络的手段,在谷氨酸棒杆菌合成生物学研究、理性改造高产菌株等方面发挥着巨大潜力。然而,谷氨酸棒杆菌的遗传操作仍存在挑战。该文综述了谷氨酸棒杆菌常用基因编辑技术,详细阐述了传统基因编辑技术、规律成簇间隔短回文重复序列及其相关的蛋白(CRISPR/Cas)介导的基因编辑技术及CRISPR干扰(CRISPRi)技术的作用机制及其在谷氨酸棒杆菌中的应用研究进展。旨在为基因编辑技术在谷氨酸棒杆菌菌株设计和生产高附加值产品方面提供依据。 展开更多
关键词 谷氨酸棒杆菌 基因编辑 同源重组 CRISPR/Cas系统
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基因组编辑技术研究进展 被引量:10
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作者 吴璐 王磊 +1 位作者 任远 原辉 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期84-90,共7页
利用基因组编辑技术可以对生物基因组特定位点进行人工修饰,研究相关基因的功能,进而应用于基础研究和临床治疗方面。序列特异性的DNA结合结构域与非特异性的DNA修饰结构域组合而成的人工酶是基因组编辑工具的重要组成部分。主要介绍了... 利用基因组编辑技术可以对生物基因组特定位点进行人工修饰,研究相关基因的功能,进而应用于基础研究和临床治疗方面。序列特异性的DNA结合结构域与非特异性的DNA修饰结构域组合而成的人工酶是基因组编辑工具的重要组成部分。主要介绍了锌指核酸酶(ZFNs)、转录激活样效应因子核酸酶(TALEN)、归巢核酸内切酶(Meganucleases)和成簇间隔短回文重复(CRISPR)4种基因组编辑技术的特点、原理、构建方法及应用,为相关的研究和应用提供参考。 展开更多
关键词 基因编辑 同源重组
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基因重组技术在猪伪狂犬病毒基因工程疫苗中的研究进展 被引量:3
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作者 柯海意 王帅 +5 位作者 徐民生 蔡汝健 勾红潮 臧莹安 李春玲 简运华 《广东农业科学》 CAS 2021年第5期124-131,共8页
猪伪狂犬病是一种由伪狂犬病病毒(Pseudorabies virus,PRV)感染引起的急性高度接触性传染病,可造成不同日龄的猪发病,给养猪业造成了严重的经济损失。预防、控制甚至消灭猪伪狂犬病的主要措施之一是疫苗免疫接种。通过基因重组技术对PR... 猪伪狂犬病是一种由伪狂犬病病毒(Pseudorabies virus,PRV)感染引起的急性高度接触性传染病,可造成不同日龄的猪发病,给养猪业造成了严重的经济损失。预防、控制甚至消灭猪伪狂犬病的主要措施之一是疫苗免疫接种。通过基因重组技术对PRV关键毒力基因进行改造,敲除毒力基因或插入免疫增强基因,是降低PRV毒力或提高病毒免疫保护效果的有效方法之一,也是研制安全高效PRV基因工程疫苗的重要手段。从基因同源重组、Cre/lox P位点特异性重组、细菌人工染色体和CRISPR基因编辑等不同基因重组技术应用方面对猪PRV基因工程疫苗的研制进行综述,为PRV重组疫苗的进一步深入研究提供参考。 展开更多
关键词 猪伪狂犬病毒 基因工程疫苗 基因编辑 同源重组 位点特异 CRISPR
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