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斑茅过氧化氢酶基因(EaCAT-1a)克隆与序列分析
被引量：
5
1
作者
刘洋
姚艳丽
+3 位作者
胡小文
徐磊
邢淑莲
张树珍
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2015年第4期1535-1541,共7页
斑茅是栽培种甘蔗最重要的近缘物种之一,具有抗逆性强等特点。本文以高粱过氧化氢酶基因(NCBI登录号为XM002437586.1)c DNA序列为探针,对甘蔗属EST数据库进行同源检索、筛选和拼接,后经基因组PCR、分子克隆、序列分析验证成功分离了1个...
斑茅是栽培种甘蔗最重要的近缘物种之一,具有抗逆性强等特点。本文以高粱过氧化氢酶基因(NCBI登录号为XM002437586.1)c DNA序列为探针,对甘蔗属EST数据库进行同源检索、筛选和拼接,后经基因组PCR、分子克隆、序列分析验证成功分离了1个斑茅过氧化氢酶基因DNA序列(Ea CAT-1a,Gen Bank登录号为KF864223)。该序列全长3831 bp,包含8个外显子和7个内含子,c DNA序列长为1532 bp,包含10 bp的5’非翻译区(UTR)和43 bp的3’UTR,以及一个1479 bp的开放读码框,编码492个氨基酸,此蛋白序列具有过氧化氢酶保守结构域,属于CAT家族。将推测的Ea CAT-1a蛋白序列与高粱、水稻、玉米等物种进行同源进化分析,均表现出较高的保守性。
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关键词
斑茅
过氧化氢酶
基因克隆
同源进化分析
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职称材料
小麦BES1转录因子全基因组鉴定与分析
被引量：
2
2
作者
卢晨
李寒
+4 位作者
王书平
张迎新
尹军良
马东方
方正武
《西北农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期365-376,共12页
为了解小麦中BES1基因家族功能,根据已公布的小麦基因组信息(IWGSC v1.1),对小麦BES1基因家族进行全基因组鉴定。根据已报道的BES1基因,采用同源比对法检索小麦基因组中的BES1家族基因,pfam鉴定并进行编号,通过ExPASy Proteomics Serve...
为了解小麦中BES1基因家族功能,根据已公布的小麦基因组信息(IWGSC v1.1),对小麦BES1基因家族进行全基因组鉴定。根据已报道的BES1基因,采用同源比对法检索小麦基因组中的BES1家族基因,pfam鉴定并进行编号,通过ExPASy Proteomics Server预测小麦BES1氨基酸序列的基本信息,利用Cell-PLoc进行亚细胞定位预测,采用MEGA 7软件构建进化树,利用R软件包pheatmap绘制启动子的热图和circlize绘制同源关系图谱。结果表明,小麦共有15个BES1基因,被分为4组;小麦BES1编码的蛋白质等电点为8.13~9.4,不稳定指数为50.78~69.99;小麦BES1启动子区域一共含有838个顺式元件,471(56.2%)个与生长发育有关,201(24%)个与非生物/生物胁迫有关,166(19.8%)个与激素反应有关;与普通小麦相关的同源物共52对,有13对(25%)旁系同源物和39对(75%)直系同源物。表明小麦BES1基因家族包括15个成员,全部为碱性蛋白质和不稳定蛋白质,小部分(13对25%)来源于自身的进化,大部分(39对75%)来源于3种亚基因组供体小麦。
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关键词
小麦BES1基因
全基因组鉴定
启动子
分析
同源
性
进化
分析
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职称材料
题名
斑茅过氧化氢酶基因(EaCAT-1a)克隆与序列分析
被引量：
5
1
作者
刘洋
姚艳丽
胡小文
徐磊
邢淑莲
张树珍
机构
中国热带农业科学院湛江实验站/热带旱作农业研究中心
中国热带农业科学院热带生物技术研究所/甘蔗研究中心
出处
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2015年第4期1535-1541,共7页
基金
中央公益性科研基本业务费项目(ITBB120504和ITBB140103)
文摘
斑茅是栽培种甘蔗最重要的近缘物种之一,具有抗逆性强等特点。本文以高粱过氧化氢酶基因(NCBI登录号为XM002437586.1)c DNA序列为探针,对甘蔗属EST数据库进行同源检索、筛选和拼接,后经基因组PCR、分子克隆、序列分析验证成功分离了1个斑茅过氧化氢酶基因DNA序列(Ea CAT-1a,Gen Bank登录号为KF864223)。该序列全长3831 bp,包含8个外显子和7个内含子,c DNA序列长为1532 bp,包含10 bp的5’非翻译区(UTR)和43 bp的3’UTR,以及一个1479 bp的开放读码框,编码492个氨基酸,此蛋白序列具有过氧化氢酶保守结构域,属于CAT家族。将推测的Ea CAT-1a蛋白序列与高粱、水稻、玉米等物种进行同源进化分析,均表现出较高的保守性。
关键词
斑茅
过氧化氢酶
基因克隆
同源进化分析
Keywords
Erianthus arundinaceus L.
Catalase
Clone
PCR
EST database
分类号
S566.1 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
小麦BES1转录因子全基因组鉴定与分析
被引量：
2
2
作者
卢晨
李寒
王书平
张迎新
尹军良
马东方
方正武
机构
长江大学农学院
西北农林科技大学
出处
《西北农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期365-376,共12页
基金
湖北省技术创新专项(2018ABA085)
大学生创新创业计划(2019268)。
文摘
为了解小麦中BES1基因家族功能,根据已公布的小麦基因组信息(IWGSC v1.1),对小麦BES1基因家族进行全基因组鉴定。根据已报道的BES1基因,采用同源比对法检索小麦基因组中的BES1家族基因,pfam鉴定并进行编号,通过ExPASy Proteomics Server预测小麦BES1氨基酸序列的基本信息,利用Cell-PLoc进行亚细胞定位预测,采用MEGA 7软件构建进化树,利用R软件包pheatmap绘制启动子的热图和circlize绘制同源关系图谱。结果表明,小麦共有15个BES1基因,被分为4组;小麦BES1编码的蛋白质等电点为8.13~9.4,不稳定指数为50.78~69.99;小麦BES1启动子区域一共含有838个顺式元件,471(56.2%)个与生长发育有关,201(24%)个与非生物/生物胁迫有关,166(19.8%)个与激素反应有关;与普通小麦相关的同源物共52对,有13对(25%)旁系同源物和39对(75%)直系同源物。表明小麦BES1基因家族包括15个成员,全部为碱性蛋白质和不稳定蛋白质,小部分(13对25%)来源于自身的进化,大部分(39对75%)来源于3种亚基因组供体小麦。
关键词
小麦BES1基因
全基因组鉴定
启动子
分析
同源
性
进化
分析
Keywords
Wheat BES1 gene
Genome-wide identification
Promoter analysis
Hhomology evolution analysis
分类号
S184 [农业科学—农业基础科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
斑茅过氧化氢酶基因(EaCAT-1a)克隆与序列分析
刘洋
姚艳丽
胡小文
徐磊
邢淑莲
张树珍
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2015
5
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
小麦BES1转录因子全基因组鉴定与分析
卢晨
李寒
王书平
张迎新
尹军良
马东方
方正武
《西北农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
2
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职称材料
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参考文献
引证文献
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