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ITS序列在酵母批量分子鉴定中的适用性 被引量:6
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作者 陈源源 陈浩 +1 位作者 石贵阳 王正祥 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期11-14,共4页
内部转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列是目前最常用的酵母分子鉴定标识之一。该文利用ITS序列同源性分析法对保藏于中国高校工业微生物资源与信息中心的623株酵母分离物进行了鉴定。实验结果显示:581株酵母分离物(93.3%... 内部转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列是目前最常用的酵母分子鉴定标识之一。该文利用ITS序列同源性分析法对保藏于中国高校工业微生物资源与信息中心的623株酵母分离物进行了鉴定。实验结果显示:581株酵母分离物(93.3%)可通过ITS序列直接鉴定到种一级,40株分离物(6.4%)可鉴定至属一级,仅有2株酵母分离物无法通过ITS序列获得有效鉴定。上述结果表明,ITS序列在大多数酵母种属鉴定中具有很高的敏感性和特异性,可以作为第一分子标识用于大批量酵母分离物的分子鉴定。 展开更多
关键词 酵母 ITS序列 同源性比对 分子鉴定
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C基因型牛副流感3型病毒的分离鉴定 被引量:6
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作者 冉旭华 张峣 +6 位作者 曹思 卢元赫 张玲玲 刘阳阳 倪宏波 朱战波 闻晓波 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第5期1368-1373,共6页
为了对宁夏地区患有呼吸系统疾病的舍饲牛进行病原鉴定,试验主要利用RT-PCR方法对样品进行牛副流感3型病毒(BPIV3)M基因序列扩增,将扩增产物连接在pMD18-T载体后转化到大肠杆菌DH5α感受态细胞中进行亚克隆。通过氨苄青霉素平板筛选,将... 为了对宁夏地区患有呼吸系统疾病的舍饲牛进行病原鉴定,试验主要利用RT-PCR方法对样品进行牛副流感3型病毒(BPIV3)M基因序列扩增,将扩增产物连接在pMD18-T载体后转化到大肠杆菌DH5α感受态细胞中进行亚克隆。通过氨苄青霉素平板筛选,将鉴定为阳性的克隆菌进行核苷酸序列测定并利用分子生物学软件与GenBank上参考序列进行同源性比对。测序结果表明,从样品中分离到了1株BPIV3,并命名为NX49,其M基因全长为1 056bp;进化分析表明,NX49隶属于BPIV3C基因型,其M基因与中国山东C型分离株SD0835具有较高同源性,核苷酸同源性为99.4%;理化分析表明,该毒株对温度、酸及有机物均敏感,高温孵育下Mg2+对该病毒无保护力;血凝试验表明,NX49对豚鼠红细胞凝集效价仅为1∶4,且仅在4℃孵育时出现凝集反应。本研究成功分离得到一株BPIV3C型毒株,这将有助于中国BPIV3分子进化规律及病毒流行特点的进一步研究。 展开更多
关键词 牛副流感3型病毒 C基因型 分离 鉴定 同源性比对
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某猪场猪瘟病例的综合诊断及病原基因分析 被引量:4
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作者 古金元 王玉超 +5 位作者 彭涛 马梓承 刘照虎 孟凡亮 王文武 刘思当 《中国动物检疫》 CAS 2017年第11期8-12,16,共6页
2017年3月山东省莱芜市某猪场保育猪群发生以高热(40.8~41.5℃)、精神高度沉郁、食欲不振、皮肤出血潮红及耳尖发绀为主要症状的急性热性传染病。为明确引起此次疫情的致病因素,对患病猪进行了病理剖检、组织病理学检查、分子生物学检... 2017年3月山东省莱芜市某猪场保育猪群发生以高热(40.8~41.5℃)、精神高度沉郁、食欲不振、皮肤出血潮红及耳尖发绀为主要症状的急性热性传染病。为明确引起此次疫情的致病因素,对患病猪进行了病理剖检、组织病理学检查、分子生物学检测、病毒分离与鉴定,对分离病毒进行了E2基因的分子克隆测序及同源性比对,最终确定该病由猪瘟病毒感染引起,并分离到1株猪瘟病毒(SDLW2017)。该病毒株E2基因全长1119个碱基(nt),共编码373个氨基酸(aa);相似性分析表明,SDLW2017分离株与其它参考株的核苷酸相似性介于82.1%~96.3%,氨基酸相似性介于88.5%~97.6%,与1.1亚群HCLV株的核苷酸和氨基酸相似性最低,分别为82.1%和88.5%,而与2.1亚群参考株的核苷酸和氨基酸相似性较高,分别为91.8%~96.3%和95.2%~97.6%,其中与2.1b亚型参考株(GXWZ02)的相似性最高,分别为96.3%和97.6%。 展开更多
关键词 猪瘟病毒 病毒分离鉴定 同源性比对
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2012—2014年我国鸡传染性支气管炎分子流行病学调查 被引量:8
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作者 宋新宇 刘兆霞 +3 位作者 窦小龙 郭莉莉 马爽 范根成 《中国动物检疫》 CAS 2016年第1期13-17,共5页
为了解近年来我国鸡传染性支气管炎病毒的主要类型,2012—2014年,从华东、华北和华中等地区出现传染性支气管炎(IB)的养鸡场中,采集病料进行病毒分离。从中分离鉴定出IBV流行株69株。对所有分离株进行S1基因扩增、测序和遗传进化分析。... 为了解近年来我国鸡传染性支气管炎病毒的主要类型,2012—2014年,从华东、华北和华中等地区出现传染性支气管炎(IB)的养鸡场中,采集病料进行病毒分离。从中分离鉴定出IBV流行株69株。对所有分离株进行S1基因扩增、测序和遗传进化分析。结果显示毒株共包含6个基因型,根据各基因型中包含的毒株数量多少依次为:QX型(54株,占78.26%)、Mass型(6株,占8.7%)、4/91型(3株,占4.35%)、TW-I型(2株,占2.90%)、tl/CH/LDT3/03型(2株,占2.90%)和CK/CH/LSC/99I型(2株,占2.90%)。将Gen Bank中收录的所有2012—2014年间国内分离株S1基因序列下载并构建遗传进化树,结果表明QX型IBV已成为当前国内流行的绝对优势基因型。 展开更多
关键词 流行病学调查 鸡传染性支气管炎病毒 同源性比对 一致 QX型
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