-
题名甘蓝型油菜LPAT4基因克隆及其生物信息学分析
被引量：2
- 1
-
-
作者
肖旦望
刘聪
胡学芳
邬克彬
官春云
熊兴华
-
机构
湖南农业大学作物基因工程重点实验室
湖南农业大学国家油料改良中心湖南分中心
-
出处
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2014年第3期52-58,共7页
-
基金
国家高技术研究发展计划"863"计划项目(2012AA101107-3)
湖南农业大学作物学科开放基金项目(ZWKF201303)
-
文摘
为进一步研究油菜LPAT4基因,通过检索与拟南芥LPAT4序列相似度较高的油菜EST序列,拼接后与白菜和甘蓝的LPAT4序列进行同源比对,设计一对引物,从甘蓝型油菜湘油15中扩增全长LPAT4 CDs序列。共获得2条CDs序列,它们的长度分别为1 143,1 140 bp,分别命名为BnLPAT4-1和BnLPAT4-2。BnLPAT4-1编码380个氨基酸,所得蛋白质的相对分子质量和等电点分别为43.29 kDa和8.74;BnLPAT4-2编码379个氨基酸,所得蛋白质的相对分子质量和等电点分别为43.16 kDa和8.93。他们均具有LPLAT_LCLAT1样结构域,同属于LPLAT超基因家族。比较所用油菜序列SNP分析显示,LPAT4共存在41个多态性位点,其中单变异位点7个,简约信息位点34个。这41个多态性位点中,引起同义变异的位点为23个,引起取代变异的位点18个,共导致16个氨基酸发生改变。分析表明,BnLPAT4-1和BnLPAT4-2为甘蓝型油菜湘油15号LPAT4基因的2个拷贝,从序列组成、理化性质、保守结构域以及同源建模4个方面来看,它们均具备LPLAT超基因家族的特征,为该基因家族的2个成员。
-
关键词
LPAT4
甘蓝型油菜
同源建模分析
保守结构域
SNP
-
Keywords
LPAT4
Brassica napus L.
Sequence analysis
Homology-modeling analysis
SNP
-
分类号
S565.4
[农业科学—作物学]
-
