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黄色短杆菌中L-异亮氨酸同位素丰度及分布的分析方法研究
1
作者
赵雅梦
范若宁
雷雯
《分析测试学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期496-500,共5页
随着代谢组学、蛋白质组学等生命科学领域的迅猛发展,稳定同位素标记试剂,尤其是标记氨基酸,因无放射性、与非标记化合物理化性质一致等优势得到广泛应用。该文建立了一种稳健、快速的氨基酸同位素丰度分析方法。方法采用Hypersil Gold ...
随着代谢组学、蛋白质组学等生命科学领域的迅猛发展,稳定同位素标记试剂,尤其是标记氨基酸,因无放射性、与非标记化合物理化性质一致等优势得到广泛应用。该文建立了一种稳健、快速的氨基酸同位素丰度分析方法。方法采用Hypersil Gold Vanquish(100 mm×2.1 mm,1.9µm)色谱柱,以水和含0.1%甲酸的甲醇为流动相,正离子模式下进行液相色谱-高分辨质谱联用(LC-HRMS)分析;测得细菌发酵液中L异亮氨酸-15N的同位素丰度为98.58%,相对标准偏差为0.03%,可应用于不同稳定同位素(15N或^(13)C)示踪的黄色短杆菌中L-异亮氨酸同位素丰度及分布的准确测定。该方法具有简便、灵敏、稳健等优点,有望在合成生物学、同位素示踪代谢流等研究中发挥重要作用。
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关键词
同位素标记氨基酸
液相色谱-高分辨质谱(LC-HRMS)
黄色短杆菌
同位素
分布及丰度
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职称材料
利用最小二乘法判断同位素标记肽的假阳性
2
作者
宋培明
张扬
+4 位作者
颜志国
骆建华
刘银坤
杨芃原
陈先
《上海交通大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2009年第1期15-18,24,共5页
提出了1种判别标记肽假阳性的方法,根据同位素分布的概率原理计算出不同标记效率下的理论同位素分布,利用最小二乘法拟合得到标记肽的标记效率,根据标记肽的假阳性阈值来判断标记肽的假阳性,并使用本方法判断了比较蛋白质组试验中的3个...
提出了1种判别标记肽假阳性的方法,根据同位素分布的概率原理计算出不同标记效率下的理论同位素分布,利用最小二乘法拟合得到标记肽的标记效率,根据标记肽的假阳性阈值来判断标记肽的假阳性,并使用本方法判断了比较蛋白质组试验中的3个标记肽.结果表明,在这3个标记肽中有2个阳性标记肽结果,1个假阳性标记肽,说明此方法简单可靠,可用于判定标记肽的假阳性,衡量标记肽和正常肽之间的相似性,判断质谱峰型的变化,排除标记肽假阳性对蛋白质定量的影响.
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关键词
最小二乘法
同位素
分布
比较蛋白质组
氨基酸
同位素
标记
定量
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职称材料
磷酸化蛋白质组学鉴定PTPLAD1调控的结肠癌细胞酪氨酸磷酸化蛋白质
被引量：
3
3
作者
胡阳
杨杰
+1 位作者
余汝媛
汪洋
《中国病理生理杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第5期845-851,共7页
目的:用磷酸化蛋白质组学的方法鉴定并分析结肠癌细胞中含蛋白酪氨酸磷酸酶样A结构域蛋白1(PTPLAD1)调控的酪氨酸磷酸化蛋白。方法:运用siRNA技术沉默PTPLAD1的表达,于细胞培养条件下运用氨基酸稳定同位素标记技术(stable lsotope label...
目的:用磷酸化蛋白质组学的方法鉴定并分析结肠癌细胞中含蛋白酪氨酸磷酸酶样A结构域蛋白1(PTPLAD1)调控的酪氨酸磷酸化蛋白。方法:运用siRNA技术沉默PTPLAD1的表达,于细胞培养条件下运用氨基酸稳定同位素标记技术(stable lsotope labeling with amino acids in cell culture,SILAC)标记细胞,用酪氨酸磷酸化抗体免疫沉淀富集酪氨酸磷酸化蛋白,用LTQ-Orbitrap XL质谱鉴定因敲低PTPLAD1所出现的差异表达的酪氨酸磷酸化蛋白,进一步利用Ingenuity Pathway Analysis(IPA)软件对这些差异蛋白进行生物信息学分析。结果:用real-time PCR筛选得到有效的siRNA干扰片段,Western blot验证其干扰效果及有效干扰时间。质谱鉴定PTPLAD1调控的差异酪氨酸磷酸化蛋白共20个,其中显著上调的8个,显著下调的10个,主要为转录因子及肿瘤标志物相关蛋白。IPA软件的结果表明PTPLAD1调控的差异酪氨酸磷酸化蛋白的功能主要与器官发育分化、维持组织分化类型及细胞凋亡、增殖相关。结论:成功鉴定出PTPLAD1调控的差异酪氨酸磷酸化蛋白,可以为后续研究PTPLAD1在结肠癌的发生发展中的作用及机理提供基础。
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关键词
含蛋白酪氨酸磷酸酶样A结构域蛋白1
HCT-116细胞
小干扰RNA
氨基酸
稳定
同位素
标记
技术
磷酸化蛋白质组学
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职称材料
题名
黄色短杆菌中L-异亮氨酸同位素丰度及分布的分析方法研究
1
作者
赵雅梦
范若宁
雷雯
机构
上海化工研究院有限公司
上海市稳定同位素检测及应用研发专业技术服务平台
出处
《分析测试学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期496-500,共5页
基金
国家重点研发计划项目典型同位素试剂研发及科研试剂技术标准研究(2021YFF0701900)
上海市2021年度“科技创新行动计划”临床质谱检测用系列同位素标记试剂的制备及应用研究(21142201600)
上海市2022年度“科技创新行动计划”长三角科技创新共同体领域项目基于自主可控原材料的临床质谱试剂盒全链条开发及产业化(22002400400)。
文摘
随着代谢组学、蛋白质组学等生命科学领域的迅猛发展,稳定同位素标记试剂,尤其是标记氨基酸,因无放射性、与非标记化合物理化性质一致等优势得到广泛应用。该文建立了一种稳健、快速的氨基酸同位素丰度分析方法。方法采用Hypersil Gold Vanquish(100 mm×2.1 mm,1.9µm)色谱柱,以水和含0.1%甲酸的甲醇为流动相,正离子模式下进行液相色谱-高分辨质谱联用(LC-HRMS)分析;测得细菌发酵液中L异亮氨酸-15N的同位素丰度为98.58%,相对标准偏差为0.03%,可应用于不同稳定同位素(15N或^(13)C)示踪的黄色短杆菌中L-异亮氨酸同位素丰度及分布的准确测定。该方法具有简便、灵敏、稳健等优点,有望在合成生物学、同位素示踪代谢流等研究中发挥重要作用。
关键词
同位素标记氨基酸
液相色谱-高分辨质谱(LC-HRMS)
黄色短杆菌
同位素
分布及丰度
Keywords
stable isotope labeled amino acid
liquid chromatography-high resolution mass spec⁃trometry(LC-HRMS)
Brebvibacterium flavum
isotope distribution and abundance
分类号
O657.72 [理学—分析化学]
O629.7 [理学—有机化学]
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职称材料
题名
利用最小二乘法判断同位素标记肽的假阳性
2
作者
宋培明
张扬
颜志国
骆建华
刘银坤
杨芃原
陈先
机构
上海交通大学生命科学技术学院
复旦大学生物医学研究院
出处
《上海交通大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2009年第1期15-18,24,共5页
基金
上海市科委国际合作项目(06SR07109)
国家(“十五”)科技攻关项目资助(2002BAC11A11,2004BA711A19)
+1 种基金
国家自然科学基金资助项目(20328508,30670574)
国家高科技研究发展计划(863)项目资助(2006AA020805)
文摘
提出了1种判别标记肽假阳性的方法,根据同位素分布的概率原理计算出不同标记效率下的理论同位素分布,利用最小二乘法拟合得到标记肽的标记效率,根据标记肽的假阳性阈值来判断标记肽的假阳性,并使用本方法判断了比较蛋白质组试验中的3个标记肽.结果表明,在这3个标记肽中有2个阳性标记肽结果,1个假阳性标记肽,说明此方法简单可靠,可用于判定标记肽的假阳性,衡量标记肽和正常肽之间的相似性,判断质谱峰型的变化,排除标记肽假阳性对蛋白质定量的影响.
关键词
最小二乘法
同位素
分布
比较蛋白质组
氨基酸
同位素
标记
定量
Keywords
least-square method
isotope distribution
comparative proteomies
stable isotope labeling with amino acids in cell culture （SILAC）
分类号
Q657.63 [生物学—生物物理学]
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职称材料
题名
磷酸化蛋白质组学鉴定PTPLAD1调控的结肠癌细胞酪氨酸磷酸化蛋白质
被引量：
3
3
作者
胡阳
杨杰
余汝媛
汪洋
机构
暨南大学生命科学技术学院功能蛋白质研究广东普通高校重点实验室
出处
《中国病理生理杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第5期845-851,共7页
基金
国家重点基础研究发展计划(973计划)项目(No.2011CB910700)
文摘
目的:用磷酸化蛋白质组学的方法鉴定并分析结肠癌细胞中含蛋白酪氨酸磷酸酶样A结构域蛋白1(PTPLAD1)调控的酪氨酸磷酸化蛋白。方法:运用siRNA技术沉默PTPLAD1的表达,于细胞培养条件下运用氨基酸稳定同位素标记技术(stable lsotope labeling with amino acids in cell culture,SILAC)标记细胞,用酪氨酸磷酸化抗体免疫沉淀富集酪氨酸磷酸化蛋白,用LTQ-Orbitrap XL质谱鉴定因敲低PTPLAD1所出现的差异表达的酪氨酸磷酸化蛋白,进一步利用Ingenuity Pathway Analysis(IPA)软件对这些差异蛋白进行生物信息学分析。结果:用real-time PCR筛选得到有效的siRNA干扰片段,Western blot验证其干扰效果及有效干扰时间。质谱鉴定PTPLAD1调控的差异酪氨酸磷酸化蛋白共20个,其中显著上调的8个,显著下调的10个,主要为转录因子及肿瘤标志物相关蛋白。IPA软件的结果表明PTPLAD1调控的差异酪氨酸磷酸化蛋白的功能主要与器官发育分化、维持组织分化类型及细胞凋亡、增殖相关。结论:成功鉴定出PTPLAD1调控的差异酪氨酸磷酸化蛋白,可以为后续研究PTPLAD1在结肠癌的发生发展中的作用及机理提供基础。
关键词
含蛋白酪氨酸磷酸酶样A结构域蛋白1
HCT-116细胞
小干扰RNA
氨基酸
稳定
同位素
标记
技术
磷酸化蛋白质组学
Keywords
Protein tyrosine phosphatase-like A domain containing protein 1
HCT-116 cells
Small inter-fering RNA
Stable isotope labeling with amino acid
Phosphoproteomics
分类号
R329.21 [医药卫生—人体解剖和组织胚胎学]
R730.23 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
黄色短杆菌中L-异亮氨酸同位素丰度及分布的分析方法研究
赵雅梦
范若宁
雷雯
《分析测试学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
利用最小二乘法判断同位素标记肽的假阳性
宋培明
张扬
颜志国
骆建华
刘银坤
杨芃原
陈先
《上海交通大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2009
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
磷酸化蛋白质组学鉴定PTPLAD1调控的结肠癌细胞酪氨酸磷酸化蛋白质
胡阳
杨杰
余汝媛
汪洋
《中国病理生理杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2015
3
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职称材料
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