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题名鲤和斑马鱼HOX基因家族同义密码子使用偏性的分析
被引量：7
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作者
周丹
薛仁余
张晓峰
杜科
马吉敏
顾颖
孙效文
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机构
大连海洋大学水产与生命学院
中国水产科学研究院黑龙江水产研究所农业部淡水水产生物技术与遗传育种重点实验室
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出处
《水产学杂志》
CAS
2013年第2期19-25,共7页
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基金
国家重大基础研究发展规划(973)项目(2010CB126305)
黑龙江所基本科研业务费专项(2009HSYZX-SJ-07)
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文摘
运用Codon W程序计算和统计分析了鲤和斑马鱼HOX基因家族密码子组成、同义密码子使用频率。结果表明,鲤和斑马鱼HOX基因家族的最优密码子分别为6和9种。鲤和斑马鱼以A或U结尾的密码子发生强烈偏向;最优密码子的使用频率(Fop)与密码子适应指数(CAI)、密码子偏爱指数(CBI)、基因的G+C含量(GC),尤其是第三位密码子的G+C百分含量(GC3S)之间呈极显著的正相关(鲤和斑马鱼的相关系数分别为r=0.5946和0.7884、0.9772和0.9616、0.3356和0.5380、0.5424和0.8144),而与有效等位基因数ENc存在显著负相关(相关系数r=-0.1241和0.3987)。实验表明:同义密码子第三位密码子碱基含量和组成直接影响着最优密码子使用偏性,基因的表达水平越高,对密码子的使用偏性越强。
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关键词
鲤鱼
斑马鱼
HOX基因家族
同义密码子使用偏性
最优密码子
GC含量
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Keywords
carp （ Cyprinus carpio ）
zebrafish （Danio rerio ）
HOX gene
synonymous codon usage bias
optimal codon
GC content
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分类号
Q755
[生物学—分子生物学]
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题名鲤鱼和斑马鱼同义密码子使用偏性分析
被引量：10
- 2
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作者
张晓峰
孙效文
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机构
中国水产科学研究院黑龙江水产研究所
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出处
《水产学杂志》
CAS
2010年第4期23-29,共7页
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文摘
本研究利用鲤鱼454测序所获得的基因的表达序列和GeneBank中斑马鱼全部基因的编码序列,采用多重变量分析软件CodonW对鲤鱼和斑马鱼影响密码子用法的因素进行了分析。结果表明,两个在59种同义密码子中有27种为最优密码子。同时还指出,最优密码子的使用频率（Fop）与基因的G＋C含量（GC）,尤其是第三位密码子的G＋C百分含量（GC3S）、密码子适应指数（CAI）和密码子偏爱指数（CBI）之间均呈现极显著的正相关（鲤鱼和斑马鱼的相关系数分别为r=0.4108和0.4087、0.5354和0.5628、0.7547和0.7771、0.9803和0.9741）,而与有效等位基因数ENc存在显著负相关（相关系数r=-0.2832和-0.2390）。表明基因GC含量直接影响密码子使用的偏性,同时基因的表达水平越高,对密码子的使用偏向性越强。
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关键词
鲤鱼
斑马鱼
同义密码子使用偏性
最优密码子
GC含量
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Keywords
carp
zebrafish
synonymous codon usage bias
optimal codons
GC content
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分类号
Q953
[生物学—动物学]
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题名玉米同义密码子使用偏性分析
被引量：5
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作者
于金海
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机构
黑龙江省农业科学院作物育种研究所
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出处
《黑龙江农业科学》
2010年第7期1-4,共4页
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文摘
利用玉米B73全基因组53 764个基因的表达序列数据,使用多重变量分析软件CodonW对影响密码子用法的因素进行分析。结果表明:在59种同义密码子中有27种为玉米最优密码子。同时还指出,最优密码子的使用频率(FOP)与基因的G+C含量(GC),尤其是第3位密码子的G+C百分含量(GC3S)、密码子适应指数(CAI)和密码子偏爱指数(CBI)之间均呈现极显著的正相关(相关系数分别为r=0.780 7、0.822 3、0.731 4和0.986 3),而与有效等位基因数ENc存在显著负相关(相关系数r=-0.681 5)。表明基因GC含量直接影响玉米密码子使用的偏性,同时基因的表达水平越高,对密码子的使用偏向性越强。27个最优密码子的首次确定将对玉米转基因具有重要指导意义。
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关键词
玉米
同义密码子使用偏性
最优密码子
GC含量
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Keywords
maize
synonymous codon usage bias
optimal codons
GC content
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分类号
S513.035.3
[农业科学—作物学]
Q755
[生物学—分子生物学]
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