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鲤和斑马鱼HOX基因家族同义密码子使用偏性的分析被引量：7: 1; 作者周丹薛仁余 +4 位作者张晓峰杜科马吉敏顾颖孙效文《水产学杂志》 CAS 2013年第2期19-25,共7页; 运用Codon W程序计算和统计分析了鲤和斑马鱼HOX基因家族密码子组成、同义密码子使用频率。结果表明,鲤和斑马鱼HOX基因家族的最优密码子分别为6和9种。鲤和斑马鱼以A或U结尾的密码子发生强烈偏向;最优密码子的使用频率(Fop)与密码子适... 展开更多; 关键词鲤鱼斑马鱼 HOX基因家族同义密码子使用偏性最优密码子 GC含量; 在线阅读下载PDF 职称材料

鲤鱼和斑马鱼同义密码子使用偏性分析被引量：10: 2; 作者张晓峰孙效文《水产学杂志》 CAS 2010年第4期23-29,共7页; 本研究利用鲤鱼454测序所获得的基因的表达序列和GeneBank中斑马鱼全部基因的编码序列,采用多重变量分析软件CodonW对鲤鱼和斑马鱼影响密码子用法的因素进行了分析。结果表明,两个在59种同义密码子中有27种为最优密码子。同时还指出,最... 展开更多; 关键词鲤鱼斑马鱼同义密码子使用偏性最优密码子 GC含量; 在线阅读下载PDF 职称材料

玉米同义密码子使用偏性分析被引量：5: 3; 作者于金海《黑龙江农业科学》 2010年第7期1-4,共4页; 利用玉米B73全基因组53 764个基因的表达序列数据,使用多重变量分析软件CodonW对影响密码子用法的因素进行分析。结果表明:在59种同义密码子中有27种为玉米最优密码子。同时还指出,最优密码子的使用频率(FOP)与基因的G+C含量(GC),尤其是... 展开更多; 关键词玉米同义密码子使用偏性最优密码子 GC含量; 在线阅读下载PDF 职称材料

软体动物密码子使用偏好规律解析: 4; 作者唐凌雲滕铭轩 +2 位作者王浩叶质曾启繁《中国海洋大学学报(自然科学版)》北大核心 2025年第11期89-98,共10页; 为探究软体动物中无板纲、双壳纲、头足纲和腹足纲四个主要类群在演化历程中的遗传特征和适应策略,进而推断其演化动力,本研究系统地分析了近年来发表的41种软体动物的基因编码序列的密码子使用偏好(Codon usage bias)。结果显示,大部... 展开更多; 关键词软体动物密码子使用偏好有效密码子数量基因组演化同义密码子使用频率中性演化; 在线阅读下载PDF 职称材料

不同折叠类型蛋白中基于密码子的二级结构偏向性分析被引量：1: 5; 作者顾万君周童 +2 位作者马建民孙啸陆祖宏《东南大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2004年第1期72-77,共6页; 在传统的Chou Fasman蛋白质二级结构预测方法的基础上引入同义密码子使用的信息 ,计算了 2 0 0个蛋白 ( 4 9种全α结构蛋白 ,69种全β结构蛋白 ,38种α + β结构蛋白 ,44种α/β结构蛋白 )中不同密码子对应的氨基酸形成不同二级结构 (... 展开更多; 关键词同义密码子使用氨基酸二级结构偏向性蛋白质二级结构预测蛋白质折叠类型蛋白设计; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名鲤和斑马鱼HOX基因家族同义密码子使用偏性的分析被引量：7: 1; 作者周丹薛仁余张晓峰杜科马吉敏顾颖孙效文; 机构大连海洋大学水产与生命学院中国水产科学研究院黑龙江水产研究所农业部淡水水产生物技术与遗传育种重点实验室; 出处《水产学杂志》 CAS 2013年第2期19-25,共7页; 基金国家重大基础研究发展规划(973)项目(2010CB126305) 黑龙江所基本科研业务费专项(2009HSYZX-SJ-07); 文摘运用Codon W程序计算和统计分析了鲤和斑马鱼HOX基因家族密码子组成、同义密码子使用频率。结果表明,鲤和斑马鱼HOX基因家族的最优密码子分别为6和9种。鲤和斑马鱼以A或U结尾的密码子发生强烈偏向;最优密码子的使用频率(Fop)与密码子适应指数(CAI)、密码子偏爱指数(CBI)、基因的G+C含量(GC),尤其是第三位密码子的G+C百分含量(GC3S)之间呈极显著的正相关(鲤和斑马鱼的相关系数分别为r=0.5946和0.7884、0.9772和0.9616、0.3356和0.5380、0.5424和0.8144),而与有效等位基因数ENc存在显著负相关(相关系数r=-0.1241和0.3987)。实验表明:同义密码子第三位密码子碱基含量和组成直接影响着最优密码子使用偏性,基因的表达水平越高,对密码子的使用偏性越强。; 关键词鲤鱼斑马鱼 HOX基因家族同义密码子使用偏性最优密码子 GC含量; Keywords carp （ Cyprinus carpio ） zebrafish （Danio rerio ） HOX gene synonymous codon usage bias optimal codon GC content; 分类号 Q755 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名鲤鱼和斑马鱼同义密码子使用偏性分析被引量：10: 2; 作者张晓峰孙效文; 机构中国水产科学研究院黑龙江水产研究所; 出处《水产学杂志》 CAS 2010年第4期23-29,共7页; 文摘本研究利用鲤鱼454测序所获得的基因的表达序列和GeneBank中斑马鱼全部基因的编码序列,采用多重变量分析软件CodonW对鲤鱼和斑马鱼影响密码子用法的因素进行了分析。结果表明,两个在59种同义密码子中有27种为最优密码子。同时还指出,最优密码子的使用频率（Fop）与基因的G＋C含量（GC）,尤其是第三位密码子的G＋C百分含量（GC3S）、密码子适应指数（CAI）和密码子偏爱指数（CBI）之间均呈现极显著的正相关（鲤鱼和斑马鱼的相关系数分别为r=0.4108和0.4087、0.5354和0.5628、0.7547和0.7771、0.9803和0.9741）,而与有效等位基因数ENc存在显著负相关（相关系数r=-0.2832和-0.2390）。表明基因GC含量直接影响密码子使用的偏性,同时基因的表达水平越高,对密码子的使用偏向性越强。; 关键词鲤鱼斑马鱼同义密码子使用偏性最优密码子 GC含量; Keywords carp zebrafish synonymous codon usage bias optimal codons GC content; 分类号 Q953 [生物学—动物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名玉米同义密码子使用偏性分析被引量：5: 3; 作者于金海; 机构黑龙江省农业科学院作物育种研究所; 出处《黑龙江农业科学》 2010年第7期1-4,共4页; 文摘利用玉米B73全基因组53 764个基因的表达序列数据,使用多重变量分析软件CodonW对影响密码子用法的因素进行分析。结果表明:在59种同义密码子中有27种为玉米最优密码子。同时还指出,最优密码子的使用频率(FOP)与基因的G+C含量(GC),尤其是第3位密码子的G+C百分含量(GC3S)、密码子适应指数(CAI)和密码子偏爱指数(CBI)之间均呈现极显著的正相关(相关系数分别为r=0.780 7、0.822 3、0.731 4和0.986 3),而与有效等位基因数ENc存在显著负相关(相关系数r=-0.681 5)。表明基因GC含量直接影响玉米密码子使用的偏性,同时基因的表达水平越高,对密码子的使用偏向性越强。27个最优密码子的首次确定将对玉米转基因具有重要指导意义。; 关键词玉米同义密码子使用偏性最优密码子 GC含量; Keywords maize synonymous codon usage bias optimal codons GC content; 分类号 S513.035.3 [农业科学—作物学] Q755 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名软体动物密码子使用偏好规律解析: 4; 作者唐凌雲滕铭轩王浩叶质曾启繁; 机构中国海洋大学三亚海洋研究院中国海洋大学海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室; 出处《中国海洋大学学报(自然科学版)》北大核心 2025年第11期89-98,共10页; 基金国家自然科学基金面上项目(32373122) 国家自然科学基金青年科学基金项目(32002388)资助。; 文摘为探究软体动物中无板纲、双壳纲、头足纲和腹足纲四个主要类群在演化历程中的遗传特征和适应策略,进而推断其演化动力,本研究系统地分析了近年来发表的41种软体动物的基因编码序列的密码子使用偏好(Codon usage bias)。结果显示,大部分软体动物的密码子偏好性较弱且呈现出按纲分类阶元分层的密码子使用偏好类型:双壳纲和头足纲动物偏向于使用以腺嘌呤或胸腺嘧啶结尾的密码子;而腹足纲和无板纲动物则偏向于使用以鸟嘌呤或胞嘧啶结尾的密码子。演化动力分析显示,软体动物的密码子使用偏好类型是由中性演化和自然选择共同塑造的,但是这两种因素在四个类群间的影响存在差异,具体而言,腹足动物受到的选择压力显著强于其他三个纲,且该选择压力集中作用于编码精氨酸的三种密码子上。本研究系统绘制了软体动物的密码子选择偏好图谱,为深入理解这一庞大、多样且具有重要进化地位的动物类群的基因组演化研究提供了重要见解。; 关键词软体动物密码子使用偏好有效密码子数量基因组演化同义密码子使用频率中性演化; Keywords mollusks codon usage bias effective number of codons genome evolution relative synonymous codon usage neutral evolution; 分类号 Q319.1 [生物学—遗传学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名不同折叠类型蛋白中基于密码子的二级结构偏向性分析被引量：1: 5; 作者顾万君周童马建民孙啸陆祖宏; 机构东南大学吴健雄实验室; 出处《东南大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2004年第1期72-77,共6页; 基金国家自然科学基金资助项目 ( 60 12 110 1); 文摘在传统的Chou Fasman蛋白质二级结构预测方法的基础上引入同义密码子使用的信息 ,计算了 2 0 0个蛋白 ( 4 9种全α结构蛋白 ,69种全β结构蛋白 ,38种α + β结构蛋白 ,44种α/β结构蛋白 )中不同密码子对应的氨基酸形成不同二级结构 (α :螺旋 ,β :折叠 ,C :卷曲 )的偏向性参数 .通过对这些密码子对应氨基酸二级结构偏向性的分析 ,得到了氨基酸二级结构偏向性分析中所忽略的同义密码子的蛋白结构信息 .; 关键词同义密码子使用氨基酸二级结构偏向性蛋白质二级结构预测蛋白质折叠类型蛋白设计; Keywords synonymous codon usage secondary structural propensity of amino acid protein secondary structure prediction protein folding type protein design; 分类号 Q52 [生物学—生物化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	鲤和斑马鱼HOX基因家族同义密码子使用偏性的分析	周丹薛仁余张晓峰杜科马吉敏顾颖孙效文	《水产学杂志》 CAS	2013	7	在线阅读下载PDF 职称材料
2	鲤鱼和斑马鱼同义密码子使用偏性分析	张晓峰孙效文	《水产学杂志》 CAS	2010	10	在线阅读下载PDF 职称材料
3	玉米同义密码子使用偏性分析	于金海	《黑龙江农业科学》	2010	5	在线阅读下载PDF 职称材料
4	软体动物密码子使用偏好规律解析	唐凌雲滕铭轩王浩叶质曾启繁	《中国海洋大学学报(自然科学版)》北大核心	2025	0	在线阅读下载PDF 职称材料
5	不同折叠类型蛋白中基于密码子的二级结构偏向性分析	顾万君周童马建民孙啸陆祖宏	《东南大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心	2004	1	在线阅读下载PDF 职称材料