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吉尔吉斯白桦BkWRKY1基因克隆与序列分析
1
作者
田玉富
崔璨
+2 位作者
谢龙飞
李桂英
杨成君
《安徽农业科学》
CAS
2014年第23期7703-7709,共7页
从吉尔吉斯白桦转录组文库测序中获得白桦BkWRKY1转录因子的cDNA序列,该序列包含2 189个碱基。序列比对和同源性分析表明,该基因cDNA序列包含1 728 bp的开放阅读框,可编码575个氨基酸,5'非翻译区(UTR)为119 bp,3'非翻译区(UTR)...
从吉尔吉斯白桦转录组文库测序中获得白桦BkWRKY1转录因子的cDNA序列,该序列包含2 189个碱基。序列比对和同源性分析表明,该基因cDNA序列包含1 728 bp的开放阅读框,可编码575个氨基酸,5'非翻译区(UTR)为119 bp,3'非翻译区(UTR)为342bp。该基因属于WRKY transcription factor家族,含有2个WRKY结构域,蛋白分子量为62.483 kD,理论等电点为7.32,负电荷残基(Asp+Glu)总数为62个,正电荷残基(Arg+Lys)总数为62个。蛋白不含有信号肽,具有一定的亲水性,为亲水蛋白,无跨膜结构。同源性比较与进化树分析表明,吉尔吉斯白桦WRKY蛋白与大豆和蒺藜苜蓿的WRKY蛋白在进化上关系较近。该基因在0.6%NaHCO3胁迫处理后表达量增加,为上调表达基因。
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关键词
吉尔吉斯白桦
WRKY转录因子
生物信息学分析
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职称材料
NaHCO3胁迫下吉尔吉斯白桦MADS基因家族生物信息学及表达分析
2
作者
刘伟莹
张雨晴
+2 位作者
王丹玉
李佳妮
杨成君
《江苏农业科学》
2020年第10期85-93,共9页
为了探索MADS基因家族的耐盐胁迫功能,从以吉尔吉斯白桦(Betula kirghisorum)23号为试验材料测得的转录组文库中筛选出28个吉尔吉斯白桦的MADS-box基因序列对其编码蛋白的基本理化性质、亚细胞定位、二级结构、跨膜结构和信号肽、基因...
为了探索MADS基因家族的耐盐胁迫功能,从以吉尔吉斯白桦(Betula kirghisorum)23号为试验材料测得的转录组文库中筛选出28个吉尔吉斯白桦的MADS-box基因序列对其编码蛋白的基本理化性质、亚细胞定位、二级结构、跨膜结构和信号肽、基因结构、保守基序、蛋白系统进化等方面进行初步生物信息学分析,并在NaHCO3胁迫下对其表达情况进行分析。结果显示,除蛋白BkMADS1和BkMADS20外,其余均为亲水性蛋白;在28个吉尔吉斯白桦MADS蛋白中有19个定位在细胞核中;蛋白BkMADS7和BkMADS12的二级结构组成以无规则卷曲为主,其余蛋白则以α-螺旋为主;所有蛋白均没有信号肽,即全为非分泌性蛋白。此外,进化分析结果表明,MADS盒为MADS-box转录因子高度保守的结构域,大多数吉尔吉斯白桦MADS蛋白为Ⅱ型。在0.6%NaHCO3胁迫下,15个BkMADS基因上调表达,13个BkMADS个基因下调表达。
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关键词
吉尔吉斯白桦
MADS基因家族
MADS-box转录因子
转录组文库
非分泌性蛋白
生物信息学
NaHNO3胁迫
基因表达
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职称材料
题名
吉尔吉斯白桦BkWRKY1基因克隆与序列分析
1
作者
田玉富
崔璨
谢龙飞
李桂英
杨成君
机构
东北林业大学林学院
出处
《安徽农业科学》
CAS
2014年第23期7703-7709,共7页
基金
中央高校基本科研业务费专项资金项目(DL12CA13)
东北林业大学大学生创新训练项目(201310225101)
文摘
从吉尔吉斯白桦转录组文库测序中获得白桦BkWRKY1转录因子的cDNA序列,该序列包含2 189个碱基。序列比对和同源性分析表明,该基因cDNA序列包含1 728 bp的开放阅读框,可编码575个氨基酸,5'非翻译区(UTR)为119 bp,3'非翻译区(UTR)为342bp。该基因属于WRKY transcription factor家族,含有2个WRKY结构域,蛋白分子量为62.483 kD,理论等电点为7.32,负电荷残基(Asp+Glu)总数为62个,正电荷残基(Arg+Lys)总数为62个。蛋白不含有信号肽,具有一定的亲水性,为亲水蛋白,无跨膜结构。同源性比较与进化树分析表明,吉尔吉斯白桦WRKY蛋白与大豆和蒺藜苜蓿的WRKY蛋白在进化上关系较近。该基因在0.6%NaHCO3胁迫处理后表达量增加,为上调表达基因。
关键词
吉尔吉斯白桦
WRKY转录因子
生物信息学分析
Keywords
Betla. kirhisorum
WRKY transcription factor
Bioinformatics analysis
分类号
S188 [农业科学—农业基础科学]
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职称材料
题名
NaHCO3胁迫下吉尔吉斯白桦MADS基因家族生物信息学及表达分析
2
作者
刘伟莹
张雨晴
王丹玉
李佳妮
杨成君
机构
东北林业大学林学院
出处
《江苏农业科学》
2020年第10期85-93,共9页
基金
东北林业大学大学生创新训练项目(编号:201810225478)。
文摘
为了探索MADS基因家族的耐盐胁迫功能,从以吉尔吉斯白桦(Betula kirghisorum)23号为试验材料测得的转录组文库中筛选出28个吉尔吉斯白桦的MADS-box基因序列对其编码蛋白的基本理化性质、亚细胞定位、二级结构、跨膜结构和信号肽、基因结构、保守基序、蛋白系统进化等方面进行初步生物信息学分析,并在NaHCO3胁迫下对其表达情况进行分析。结果显示,除蛋白BkMADS1和BkMADS20外,其余均为亲水性蛋白;在28个吉尔吉斯白桦MADS蛋白中有19个定位在细胞核中;蛋白BkMADS7和BkMADS12的二级结构组成以无规则卷曲为主,其余蛋白则以α-螺旋为主;所有蛋白均没有信号肽,即全为非分泌性蛋白。此外,进化分析结果表明,MADS盒为MADS-box转录因子高度保守的结构域,大多数吉尔吉斯白桦MADS蛋白为Ⅱ型。在0.6%NaHCO3胁迫下,15个BkMADS基因上调表达,13个BkMADS个基因下调表达。
关键词
吉尔吉斯白桦
MADS基因家族
MADS-box转录因子
转录组文库
非分泌性蛋白
生物信息学
NaHNO3胁迫
基因表达
分类号
Q943.2 [生物学—植物学]
R857.3 [医药卫生—航空、航天与航海医学]
在线阅读
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
吉尔吉斯白桦BkWRKY1基因克隆与序列分析
田玉富
崔璨
谢龙飞
李桂英
杨成君
《安徽农业科学》
CAS
2014
0
在线阅读
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职称材料
2
NaHCO3胁迫下吉尔吉斯白桦MADS基因家族生物信息学及表达分析
刘伟莹
张雨晴
王丹玉
李佳妮
杨成君
《江苏农业科学》
2020
0
在线阅读
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职称材料
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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