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基于统计语言模型及动态规划算法的蛋白质表达载体的优化设计
1
作者
方刚
《轻工学报》
CAS
2016年第4期88-94,共7页
针对合成生物学基因片段组装中选择最优"零件"组装功能性蛋白质表达载体费时且易出错的问题,提出一种基于引入统计语言模型(SLM)与动态规划算法的蛋白质表达载体设计方法.该方法通过统计合成生物学标准"零件"(Bio B...
针对合成生物学基因片段组装中选择最优"零件"组装功能性蛋白质表达载体费时且易出错的问题,提出一种基于引入统计语言模型(SLM)与动态规划算法的蛋白质表达载体设计方法.该方法通过统计合成生物学标准"零件"(Bio Brick)的参数,将基础"零件"组装过程转化为SLM,用动态规划算法找到最优路径,以实现蛋白质表达载体的设计.实验结果证明该方法准确率高,可以减少真实装配过程的冗余操作,节省时间和费用,可用来优化其他合成生物学软件设计结果,也可独立使用来模拟装配合成生物学基因片段产生蛋白质表达载体,还可被迭代从而给出不同的优化结果供选择.
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关键词
统计语言模型
动态规划算法
蛋白质表达载体
合成生物学标准“零件”
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职称材料
题名
基于统计语言模型及动态规划算法的蛋白质表达载体的优化设计
1
作者
方刚
机构
西安文理学院生物与环境工程学院
出处
《轻工学报》
CAS
2016年第4期88-94,共7页
基金
国家自然科学基金项目(61173113)
文摘
针对合成生物学基因片段组装中选择最优"零件"组装功能性蛋白质表达载体费时且易出错的问题,提出一种基于引入统计语言模型(SLM)与动态规划算法的蛋白质表达载体设计方法.该方法通过统计合成生物学标准"零件"(Bio Brick)的参数,将基础"零件"组装过程转化为SLM,用动态规划算法找到最优路径,以实现蛋白质表达载体的设计.实验结果证明该方法准确率高,可以减少真实装配过程的冗余操作,节省时间和费用,可用来优化其他合成生物学软件设计结果,也可独立使用来模拟装配合成生物学基因片段产生蛋白质表达载体,还可被迭代从而给出不同的优化结果供选择.
关键词
统计语言模型
动态规划算法
蛋白质表达载体
合成生物学标准“零件”
Keywords
statistical language model（SLM）
dynamic programming
protein expression vector
BioBrick
分类号
TP319.9 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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题名
作者
出处
发文年
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1
基于统计语言模型及动态规划算法的蛋白质表达载体的优化设计
方刚
《轻工学报》
CAS
2016
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