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马尾松叶表微生物多样性
被引量：
3
1
作者
袁贵云
孙学广
+2 位作者
郑炀
郭其强
丁贵杰
《森林与环境学报》
CSCD
北大核心
2021年第3期318-324,共7页
为发掘对林木生长发育有利的优良微生物资源,并筛选适合叶表微生物的收集方法,以马尾松针叶为试验材料,分别用悬摇法和超声波法收集马尾松叶表微生物,用扩增子高通量测序技术、MUSCLE和Qiime软件研究马尾松叶表微生物的多样性。结果表明...
为发掘对林木生长发育有利的优良微生物资源,并筛选适合叶表微生物的收集方法,以马尾松针叶为试验材料,分别用悬摇法和超声波法收集马尾松叶表微生物,用扩增子高通量测序技术、MUSCLE和Qiime软件研究马尾松叶表微生物的多样性。结果表明:扫描电镜观测结果显示,马尾松针叶表面定殖有大量微生物,包括真菌(菌丝及孢子)和细菌。扩增子高通量测序结果表明,马尾松叶表微生物物种丰富,包含细菌运算分类单位(OTUs)490个,真菌OTUs 1273个。马尾松叶表细菌以未分类的蓝细菌属(unidentified_Cyanobacteria)(36.53%)、未分类的拜叶林克氏菌属(unidentified_Beijerinckia)(28.60%)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)(2.35%)为优势属;叶表真菌以枝孢属(Cladosporium)(2.45%)、拟盘多毛孢属(Pestalotiopsis)(0.92%)、无头孢菌属(Capnobotryella)(0.91%)为优势属。针对叶表细菌多样性的研究表明,悬摇法和超声波法均有较高的物种检出度;在叶表真菌多样性的研究中超声波法优于悬摇法,但超声波法样品间数据变异性较大,测定结果不稳定。
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关键词
马尾松
叶表微生物
细菌多样性
真菌多样性
扩增子高通量测序
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职称材料
基于宏基因组测序的植物叶表微生物富集及DNA提取方法
被引量：
2
2
作者
张雨函
范熠
+4 位作者
李婷婷
庞爽
刘为
白可喻
张西美
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第3期256-263,共8页
获得高质量的微生物基因组DNA是进行复杂微生物群落宏基因组学研究的基础和难点。植物叶表是一个微生物多样性丰富的复杂生态系统,这些微生物群落可以调节叶片功能性状,影响植物的适应性。深入了解叶表微生物群落的基本结构和功能原理,...
获得高质量的微生物基因组DNA是进行复杂微生物群落宏基因组学研究的基础和难点。植物叶表是一个微生物多样性丰富的复杂生态系统,这些微生物群落可以调节叶片功能性状,影响植物的适应性。深入了解叶表微生物群落的基本结构和功能原理,有助于在促进植物生长和植物保护方面发挥重要的应用价值。由于叶表严苛的环境,导致富集叶表微生物难度较大,严重限制了高质量叶表微生物基因组DNA的提取。基于现有DNA提取方法,加入表面活性剂Silwet L-77进行前处理,同时循环利用洗脱液,加强叶表微生物的富集,以提高叶表微生物的获取量。结合商业试剂盒方法进行提取得到高纯度、高浓度的基因组DNA。经过质量控制和建库测序验证,DNA质量达到宏基组建库的要求。通过此方法可以提高叶表微生物分离和收集效率的方法,提高叶表微生物DNA提取成功率,为应用高通量测序技术研究叶表微生物组成和其他植物分子生物学研究提供参考。
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关键词
叶表微生物
Silwet
L-77
DNA提取
宏基因组测序
质量控制
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职称材料
题名
马尾松叶表微生物多样性
被引量：
3
1
作者
袁贵云
孙学广
郑炀
郭其强
丁贵杰
机构
贵州省森林资源与环境研究中心
贵州大学林学院
出处
《森林与环境学报》
CSCD
北大核心
2021年第3期318-324,共7页
基金
贵州省科技计划项目([2018]5261)
国家自然科学基金项目(31971572,31500090)
+1 种基金
广西创新驱动发展专项(AA172040874)
贵州省农业攻关项目([2019]2314)。
文摘
为发掘对林木生长发育有利的优良微生物资源,并筛选适合叶表微生物的收集方法,以马尾松针叶为试验材料,分别用悬摇法和超声波法收集马尾松叶表微生物,用扩增子高通量测序技术、MUSCLE和Qiime软件研究马尾松叶表微生物的多样性。结果表明:扫描电镜观测结果显示,马尾松针叶表面定殖有大量微生物,包括真菌(菌丝及孢子)和细菌。扩增子高通量测序结果表明,马尾松叶表微生物物种丰富,包含细菌运算分类单位(OTUs)490个,真菌OTUs 1273个。马尾松叶表细菌以未分类的蓝细菌属(unidentified_Cyanobacteria)(36.53%)、未分类的拜叶林克氏菌属(unidentified_Beijerinckia)(28.60%)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)(2.35%)为优势属;叶表真菌以枝孢属(Cladosporium)(2.45%)、拟盘多毛孢属(Pestalotiopsis)(0.92%)、无头孢菌属(Capnobotryella)(0.91%)为优势属。针对叶表细菌多样性的研究表明,悬摇法和超声波法均有较高的物种检出度;在叶表真菌多样性的研究中超声波法优于悬摇法,但超声波法样品间数据变异性较大,测定结果不稳定。
关键词
马尾松
叶表微生物
细菌多样性
真菌多样性
扩增子高通量测序
Keywords
Pinus massoniana
leaf surface microorganism
bacterial diversity
fungal diversity
amplicon high-throughput sequencing
分类号
S718.8 [农业科学—林学]
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职称材料
题名
基于宏基因组测序的植物叶表微生物富集及DNA提取方法
被引量：
2
2
作者
张雨函
范熠
李婷婷
庞爽
刘为
白可喻
张西美
机构
中国农业科学院农业环境与可持续发展研究所
中国农业科学院农业资源与农业区划研究所国际生物多样性中心东亚办事处
出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第3期256-263,共8页
基金
国家自然科学基金项目(32071547)。
文摘
获得高质量的微生物基因组DNA是进行复杂微生物群落宏基因组学研究的基础和难点。植物叶表是一个微生物多样性丰富的复杂生态系统,这些微生物群落可以调节叶片功能性状,影响植物的适应性。深入了解叶表微生物群落的基本结构和功能原理,有助于在促进植物生长和植物保护方面发挥重要的应用价值。由于叶表严苛的环境,导致富集叶表微生物难度较大,严重限制了高质量叶表微生物基因组DNA的提取。基于现有DNA提取方法,加入表面活性剂Silwet L-77进行前处理,同时循环利用洗脱液,加强叶表微生物的富集,以提高叶表微生物的获取量。结合商业试剂盒方法进行提取得到高纯度、高浓度的基因组DNA。经过质量控制和建库测序验证,DNA质量达到宏基组建库的要求。通过此方法可以提高叶表微生物分离和收集效率的方法,提高叶表微生物DNA提取成功率,为应用高通量测序技术研究叶表微生物组成和其他植物分子生物学研究提供参考。
关键词
叶表微生物
Silwet
L-77
DNA提取
宏基因组测序
质量控制
Keywords
microorganism on leaf surface
Silwet L-77
DNA extraction
metagenome sequencing
quality control
分类号
Q933 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
马尾松叶表微生物多样性
袁贵云
孙学广
郑炀
郭其强
丁贵杰
《森林与环境学报》
CSCD
北大核心
2021
3
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职称材料
2
基于宏基因组测序的植物叶表微生物富集及DNA提取方法
张雨函
范熠
李婷婷
庞爽
刘为
白可喻
张西美
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
2
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职称材料
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