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基于783份大豆种质资源的叶柄夹角全基因组关联分析
被引量：
9
1
作者
陈玲玲
李战
+4 位作者
刘亭萱
谷勇哲
宋健
王俊
邱丽娟
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第6期1333-1345,共13页
叶柄夹角是影响植株高效受光态势的重要因素,通过调节叶柄夹角实现大豆株型改良,对大豆产量提高非常重要。大豆叶柄夹角为数量性状,目前大多数研究处于QTL定位阶段,已报道的控制叶柄夹角GmILPA1基因也是从突变体中克隆得到,因此亟须发...
叶柄夹角是影响植株高效受光态势的重要因素,通过调节叶柄夹角实现大豆株型改良,对大豆产量提高非常重要。大豆叶柄夹角为数量性状,目前大多数研究处于QTL定位阶段,已报道的控制叶柄夹角GmILPA1基因也是从突变体中克隆得到,因此亟须发掘更多调控基因及优异等位变异,以促进大豆叶柄夹角调控机制的解析及育种利用。本研究于2019年和2020年分别在海南、北京种植783份和690份大豆种质资源并调查叶柄夹角表型,通过分布于大豆全基因组的单核苷酸多态性(SNP)标记对叶柄夹角进行关联分析。结果表明,不同节位叶柄夹角呈现正态分布,属于典型的数量遗传特征。全基因组关联分析共统计到325个与叶柄夹角显著相关的SNP位点,在顶部节位关联到51个SNP位点,中部节位关联到230个SNP位点,底部节位关联到10个SNPs位点, 3个节位的平均值关联到34个SNP位点。显著位点LDblock进一步分析得到3个候选基因,第1个是生长素类调节蛋白相关的基因Glyma.05G059700,在茎尖分生组织中特异性表达,第2个是生长素反应因子(AFR)类蛋白相关基因Glyma.06G076900,在叶片和茎尖分生组织中高表达;第3个是COP9信号体复合物相关的基因Glyma.06G076000,在叶片、茎尖分生组织以及茎中均高表达。
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关键词
大豆
叶柄夹角
全基因组关联分析
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职称材料
大豆叶柄夹角相关基因GmILPA1单倍型分析
被引量：
8
2
作者
陈玲玲
刘亭萱
+3 位作者
谷勇哲
宋健
王俊
邱丽娟
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第6期1698-1707,共10页
GmILPA1是控制大豆叶柄夹角的重要基因,其主要通过促进细胞的生长和分裂来影响叶枕形成,该基因突变后可使叶枕发育异常、叶柄夹角增大。然而,该基因在大豆种质资源的多态性变异与叶柄夹角的关系未见报道。本研究利用783份大豆种质资源...
GmILPA1是控制大豆叶柄夹角的重要基因,其主要通过促进细胞的生长和分裂来影响叶枕形成,该基因突变后可使叶枕发育异常、叶柄夹角增大。然而,该基因在大豆种质资源的多态性变异与叶柄夹角的关系未见报道。本研究利用783份大豆种质资源的重测序数据,对该基因进行单倍型分析,挖掘GmILPA1基因序列的自然变异,分析与叶柄夹角的关系。结果表明,在783份种质资源中共检测到32个多态性位点,包括13个SNPs和19个Indel,频率分别为1SNP/285 bp和1Indel/195 bp,共组成9种单倍型,其中Hap1为主要单倍型,Hap3具有两个非同义突变。分别对Hap1和Hap3类型的蛋白结构进行预测,结果表明Hap1与Hap3蛋白在二级结构上有3个α螺旋结构长度上的差异,三级结构预测模型几乎一致。对不同单倍型的表型进行观察,发现叶柄夹角并无显著差异。单倍型分析表明,GmILPA1从地方品种到选育品种的多态性位点数目及单倍型分布类型逐渐减少,说明GmILPA1基因由地方向选育驯化的过程中因正向选择作用而固定了有益变异,表现出瓶颈效应。
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关键词
大豆
叶柄夹角
GmILPA1
单核苷酸多态性
单倍型
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职称材料
题名
基于783份大豆种质资源的叶柄夹角全基因组关联分析
被引量：
9
1
作者
陈玲玲
李战
刘亭萱
谷勇哲
宋健
王俊
邱丽娟
机构
长江大学
农作物基因资源与遗传改良国家重大科学工程/农业农村部种质资源利用重点实验室/中国农业科学院作物科学研究所
出处
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第6期1333-1345,共13页
基金
大豆种质资源保存(19211205)
荆州市科技计划项目(2020CB21-28)资助。
文摘
叶柄夹角是影响植株高效受光态势的重要因素,通过调节叶柄夹角实现大豆株型改良,对大豆产量提高非常重要。大豆叶柄夹角为数量性状,目前大多数研究处于QTL定位阶段,已报道的控制叶柄夹角GmILPA1基因也是从突变体中克隆得到,因此亟须发掘更多调控基因及优异等位变异,以促进大豆叶柄夹角调控机制的解析及育种利用。本研究于2019年和2020年分别在海南、北京种植783份和690份大豆种质资源并调查叶柄夹角表型,通过分布于大豆全基因组的单核苷酸多态性(SNP)标记对叶柄夹角进行关联分析。结果表明,不同节位叶柄夹角呈现正态分布,属于典型的数量遗传特征。全基因组关联分析共统计到325个与叶柄夹角显著相关的SNP位点,在顶部节位关联到51个SNP位点,中部节位关联到230个SNP位点,底部节位关联到10个SNPs位点, 3个节位的平均值关联到34个SNP位点。显著位点LDblock进一步分析得到3个候选基因,第1个是生长素类调节蛋白相关的基因Glyma.05G059700,在茎尖分生组织中特异性表达,第2个是生长素反应因子(AFR)类蛋白相关基因Glyma.06G076900,在叶片和茎尖分生组织中高表达;第3个是COP9信号体复合物相关的基因Glyma.06G076000,在叶片、茎尖分生组织以及茎中均高表达。
关键词
大豆
叶柄夹角
全基因组关联分析
Keywords
soybean
leaf petiole angle
GWAS
分类号
S565.1 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
大豆叶柄夹角相关基因GmILPA1单倍型分析
被引量：
8
2
作者
陈玲玲
刘亭萱
谷勇哲
宋健
王俊
邱丽娟
机构
长江大学农学院
长江大学生命科学学院
中国农业科学院作物科学研究所
出处
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第6期1698-1707,共10页
基金
中国农业科学院科技创新工程和大豆种质资源保护与利用项目(2019NWB036-05)
荆州市科技计划项目(2020CB21-28)
现代作物生产省部共建协同创新中心。
文摘
GmILPA1是控制大豆叶柄夹角的重要基因,其主要通过促进细胞的生长和分裂来影响叶枕形成,该基因突变后可使叶枕发育异常、叶柄夹角增大。然而,该基因在大豆种质资源的多态性变异与叶柄夹角的关系未见报道。本研究利用783份大豆种质资源的重测序数据,对该基因进行单倍型分析,挖掘GmILPA1基因序列的自然变异,分析与叶柄夹角的关系。结果表明,在783份种质资源中共检测到32个多态性位点,包括13个SNPs和19个Indel,频率分别为1SNP/285 bp和1Indel/195 bp,共组成9种单倍型,其中Hap1为主要单倍型,Hap3具有两个非同义突变。分别对Hap1和Hap3类型的蛋白结构进行预测,结果表明Hap1与Hap3蛋白在二级结构上有3个α螺旋结构长度上的差异,三级结构预测模型几乎一致。对不同单倍型的表型进行观察,发现叶柄夹角并无显著差异。单倍型分析表明,GmILPA1从地方品种到选育品种的多态性位点数目及单倍型分布类型逐渐减少,说明GmILPA1基因由地方向选育驯化的过程中因正向选择作用而固定了有益变异,表现出瓶颈效应。
关键词
大豆
叶柄夹角
GmILPA1
单核苷酸多态性
单倍型
Keywords
soybean
leaf petiole angle
GmILPA1
single nucleotide polymorphism
haplotype
分类号
S565.1 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于783份大豆种质资源的叶柄夹角全基因组关联分析
陈玲玲
李战
刘亭萱
谷勇哲
宋健
王俊
邱丽娟
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
9
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
大豆叶柄夹角相关基因GmILPA1单倍型分析
陈玲玲
刘亭萱
谷勇哲
宋健
王俊
邱丽娟
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
8
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职称材料
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