基于Illumina MiSeq测序和传统可培养方法的洪湖鲊广椒乳酸菌多样性研究 被引量：10

1

作者 李娜 崔梦君 +3 位作者 马佳佳 雷炎 郭壮 张振东 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期110-115,122,共7页

为明确洪湖鲊广椒的乳酸菌多样性,从湖北省荆州市洪湖市采集了7份鲊广椒样品,分别采用传统可培养方法与Illumina MiSeq高通量技术对其进行多样性评价。高通量测序结果表明,硬壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Ba... 为明确洪湖鲊广椒的乳酸菌多样性,从湖北省荆州市洪湖市采集了7份鲊广椒样品,分别采用传统可培养方法与Illumina MiSeq高通量技术对其进行多样性评价。高通量测序结果表明,硬壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)是鲊广椒样品中的优势细菌门,平均相对含量分别为77.78%、18.09%、1.74%和1.51%;优势菌属为乳杆菌属(Lactobacillus),海洋芽孢杆菌属(Oceanobacillus),盐单胞菌属(Halomonas),平均相对含量分别为67.97%,3.88%,3.47%。在分类操作单元(operational taxonomic units,OTU)水平上,有12个平均相对含量>1.0%的OTU,其中9个隶属于乳杆菌属。由此可见,该地区鲊广椒中主要含乳酸杆菌属。基于传统可培养分离方法表明,从鲊广椒样品中分离到的29株乳酸菌被鉴定为3个属和8个种,其中植物乳杆菌(L.plantarum)和福莱乳杆菌(L.futsaii)分别有10株与8株,是优势菌。与其他地区不一样的是,洪湖鲊广椒中除了植物乳杆菌,还含有较多的福莱乳杆菌。 展开更多

关键词 鲊广椒 高通量测序 传统可培养方法 乳酸菌 多样性

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基于高通量测序和可培养方法的勐海发酵普洱茶真菌多样性分析 被引量：23

2

作者 白飞荣 姚粟 +7 位作者 田海霞 赵婷 张欣 马跃 李颂 郝彬秀 程池 王春玲 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2018年第12期43-51,共9页

通过高通量测序技术和传统可培养方法跟踪分析了勐海百中堂茶厂普洱茶发酵过程不同阶段的真菌多样性,采用多相鉴定方法准确鉴定了可培养真菌的分类学地位。可培养方法共分离到真菌107株,包括11个属,16个种,优势种为琉球曲霉(Aspergillus... 通过高通量测序技术和传统可培养方法跟踪分析了勐海百中堂茶厂普洱茶发酵过程不同阶段的真菌多样性,采用多相鉴定方法准确鉴定了可培养真菌的分类学地位。可培养方法共分离到真菌107株,包括11个属,16个种,优势种为琉球曲霉(Aspergillus luchuensis)、新黑曲霉(Aspergillus neoniger)、烟曲霉(Aspergillus fumigatus)、青霉(Penicillium sp.)、枝孢菌(Cladosporium sp.)、微小根毛霉(Rhizomucor pusillus)、伞枝横梗霉(Lichtheimia corymbifera)、食腺嘌呤芽生葡萄孢酵母(Blastobotrys adeninivorans)、法布里德巴利酵母(Debaryomyces fabryi)、布兰克假丝酵母(Candida blankii)。高通量测序共分析到真菌69个属,189个OTU,优势属包括枝孢菌属(Cladosporium)、芽生葡萄孢酵母属(Blastobotrys)、假丝酵母属(Candida)。结果显示,普洱茶发酵过程中前期真菌多样性较后期高,研究结果为发酵普洱茶微生物安全性评价及功能性分析奠定了基础。 展开更多

关键词 普洱茶 真菌 高通量测序 可培养方法

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生物有机肥对连作香蕉根际土壤可培养细菌区系的影响 被引量：31

3

作者 付琳 阮云泽 +3 位作者 沈宗专 李荣 杨兴明 沈其荣 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期82-88,共7页

采用可培养平板计数方法和PCR-DGGE技术,以施用生物有机肥(BIO)健康(BIOH)、发病(BIOW)和未施用BIO健康(CKH)、发病(CKW)4个处理的根际土壤为供试样品,研究可培养芽孢杆菌、假单胞菌、自生固氮菌、氨化细菌、亚硝化细菌、反硝化细菌的... 采用可培养平板计数方法和PCR-DGGE技术,以施用生物有机肥(BIO)健康(BIOH)、发病(BIOW)和未施用BIO健康(CKH)、发病(CKW)4个处理的根际土壤为供试样品,研究可培养芽孢杆菌、假单胞菌、自生固氮菌、氨化细菌、亚硝化细菌、反硝化细菌的数量变化,以及可培养细菌的EP指数差异和细菌的群落结构变化。结果表明:施用BIO能显著增加健康植株根际土壤中芽孢杆菌、假单胞菌、自生固氮菌、氨化细菌、亚硝化细菌的数量,并减少根际土壤中的反硝化细菌数量(P<0.05);不同根际土壤样品的快速生长细菌和慢速生长细菌在群体中所占比例有明显差异,快速生长细菌分别占群体总数的40.9%(BIOW)、50.7%(CKW)、20.6%(BIOH)和22.1%(CKH),其中BIOH处理不同生长速率细菌分布最均匀,EP指数值最高,为0.794;DGGE条带回收测序结果表明,BIOH处理中多样性较高,其优势菌群为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacte-ria),而CKW处理中的优势菌群大部分都属于拟杆菌门(Bacteroidetes)。结论:健康根际土壤的可培养细菌区系显著不同于发病根际土壤,通过外源有益生物与有机载体同时导入土壤,有可能达到调控植物根际土壤微生物区系的目的。 展开更多

关键词 香蕉枯萎病 可培养方法 PCR-DGGE技术 可培养细菌数量 可培养细菌群落结构

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天然香料植物油樟叶可培养内生细菌群落结构与多样性 被引量：9

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作者 周万海 杨立艳 +6 位作者 李苗 黄金凤 梁玉娟 王鑫 罗思灿 魏琴 刘洋 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2019年第20期43-51,共9页

该文旨在研究天然香料植物油樟叶内生细菌群落组成。利用传统平板分离法对春夏秋冬4个季节油樟叶内生细菌进行分离,并通过形态观察挑取166株有代表性的菌株进行基于16S rDNA基因序列的系统发育和多样性分析。结果表明,不同季节油樟叶片... 该文旨在研究天然香料植物油樟叶内生细菌群落组成。利用传统平板分离法对春夏秋冬4个季节油樟叶内生细菌进行分离,并通过形态观察挑取166株有代表性的菌株进行基于16S rDNA基因序列的系统发育和多样性分析。结果表明,不同季节油樟叶片中的内生细菌数量在0.7×10^3~4.5×10^4 CFU/g,其中秋季的数量最多。扩增16S rDNA基因序列鉴定所得菌株可分为3个门13个属40个种,其中春季9个属23个种,夏季4个属4个种,秋季5个属11个种,冬季1个属2个种,4个季节优势菌均为芽胞杆菌(Bacillus),且不同季节的内生细菌种群数量、均匀度、优势度存在差异,秋季群种类较丰富,优势属突出,且分布均匀,冬季多样性、优势度和均匀度较低。该研究为进一步挖掘油樟与其内生菌之间的互作关系提供参考依据,可为深入研究油樟叶内生菌与其物质代谢和樟油合成调控提供供试菌种资源基础。 展开更多

关键词 油樟 叶片 内生细菌 可培养方法 多样性

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中国传统发酵食品发酵系统中的未培养微生物研究进展 被引量：7

5

作者 王镓璇 郝淑月 任清 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期306-314,共9页

中国传统发酵食品历史悠久,因其丰富的营养和独特的风味深受人们喜爱。在传统发酵食品的发酵过程中,微生物承担着重要角色,对发酵食品的风味和品质有重要影响。然而,中国传统发酵食品发酵系统中的大部分微生物仍处在尚不可培养或难培养... 中国传统发酵食品历史悠久,因其丰富的营养和独特的风味深受人们喜爱。在传统发酵食品的发酵过程中,微生物承担着重要角色,对发酵食品的风味和品质有重要影响。然而,中国传统发酵食品发酵系统中的大部分微生物仍处在尚不可培养或难培养状态。该文介绍了自然界中的未培养微生物、传统发酵食品发酵系统中的未培养微生物以及未培养微生物的研究方法,展望了传统发酵食品发酵系统中未培养微生物的开发利用途径。旨在更加全面地了解中国传统发酵食品发酵系统中的微生物多样性及其未培养微生物,以期达到对未培养微生物更好地开发利用,促进中国传统发酵食品发展。 展开更多

关键词 中国传统发酵食品 未培养微生物 微生物多样性 可培养方法

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基于微生物分离培养的3种甜菜土壤细菌多样性研究 被引量：1

6

作者 李苗 杨福珍 +2 位作者 武纤雨 闫海 刘洋 《安徽农业科学》 CAS 2019年第18期157-161,共5页

通过传统微生物培养方法,对甜菜头茬土、根际土及迎际土的细菌群落结构多样性进行分析。结果表明,甜菜头茬土、迎茬土、根际土的细菌群落结构具有多样性。甜菜头茬土细菌含5个分类操作单元(operational taxonomic units,OTU),分属 Prote... 通过传统微生物培养方法,对甜菜头茬土、根际土及迎际土的细菌群落结构多样性进行分析。结果表明,甜菜头茬土、迎茬土、根际土的细菌群落结构具有多样性。甜菜头茬土细菌含5个分类操作单元(operational taxonomic units,OTU),分属 Proteobacteria、Actinobacteria类群,其中,第一优势属为Pseudarthrobacter,丰度为42.86%。甜菜根际土细菌含23个OTU,分属 Firmicutes、Actinobacteria类群,其中,第一优势属为Bacillus,丰度为12.96%,第二优势属为 Microbacterium,第三优势菌属为Planomicrobium和Streptomyces。甜菜迎茬土细菌含15个OTU,分属 Actinobacteria、Firmicutes、Proteobacteria 类群,其中,第一优势属为 Pseudarthrobacter,丰度为30.95%,第二优势属为 Pseudomonas,第三优势菌属为Arthrobacter和Paenarthrobacter。这表明土壤的性质对土壤中细菌种类多样性具有一定的影响,不同性质土壤中细菌的OTU数目不同,且细菌群落结构也有所差异。这是首次以不同性质的甜菜土壤为试验材料研究甜菜土壤细菌种类多样性与土壤性质的关系。 展开更多

关键词 甜菜土壤 土壤细菌 可培养方法 物种多样性

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高通量测序结合传统微生物培养研究酱醪中微生物多样性及群落变化 被引量：2

7

作者 伍亚龙 杨恺 +5 位作者 史莓梅 吕鹏军 汪冬冬 李龙 唐垚 张其圣 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期75-82,共8页

为了探究不同发酵时期酱醪中微生物群落结构及其动态变化,采用传统可培养和Illumina MiSeq高通量测序技术相结合的方法,研究0~6个月酱醪中的微生物群落多样性和动态变化。结果显示,酱醪发酵整个阶段细菌群落厚壁菌门(Firmicutes)占94.0... 为了探究不同发酵时期酱醪中微生物群落结构及其动态变化,采用传统可培养和Illumina MiSeq高通量测序技术相结合的方法,研究0~6个月酱醪中的微生物群落多样性和动态变化。结果显示,酱醪发酵整个阶段细菌群落厚壁菌门(Firmicutes)占94.04%,为优势菌门。四联球菌属(Tetragenococcus)和魏斯氏菌属(Weissella)分别占41.55%和25.84%,为优势菌属。发酵前期非嗜盐乳酸菌含量最高,活菌数达到108CFU/mL,发酵中期乳酸菌种类和数量逐渐减少,发酵后期以嗜盐乳酸菌为主导。真菌群落主要以子囊菌门(Ascomycota)为优势菌门,占99.83%;Starmerella、Candida和Aspergillus为优势真菌属,该研究首次发现Starmerella在酱醪发酵过程中作为主要真菌属。研究表明,酱醪发酵主要参与的微生物是米曲霉、酵母菌和乳酸菌,其中米曲霉仅存在于发酵前期,发酵中期主要以乳酸菌为主要菌属,发酵后期以嗜盐乳酸菌和酵母菌为主。探究酱油酿造中微生物的变化规律,有利于指导人工添加乳酸菌和酵母菌来提高国内酱油的风味和品质。 展开更多

关键词 酱醪 高通量测序 微生物多样性 可培养方法

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茅台镇不同海拔酒厂环境可培养酵母多样性分析

8

作者 王星 谯露 +3 位作者 周叶鸣 董醇波 韩燕峰 邹晓 《山地农业生物学报》 2023年第6期65-71,共7页

以中国酱香酒核心产区仁怀市茅台镇为研究区域,探索高温大曲和环境中可培养酵母的物种多样性,以及在不同海拔下的种群结构和相对丰度。结果显示,从高温大曲和环境样品中最终分离474株酵母,鉴定为21属32个种,其中从环境样品中共分离269... 以中国酱香酒核心产区仁怀市茅台镇为研究区域,探索高温大曲和环境中可培养酵母的物种多样性,以及在不同海拔下的种群结构和相对丰度。结果显示,从高温大曲和环境样品中最终分离474株酵母,鉴定为21属32个种,其中从环境样品中共分离269株酵母,鉴定为19属28个种;从大曲中共分离205株酵母,鉴定为15属18个种。Wickerhamomyces anomalus在环境和大曲中均作为核心酵母菌。环境中分离出的酵母菌多样性指数高于高温大曲。在不同海拔梯度上,环境样品中酵母多样性和丰度差异明显,高温大曲中酵母多样性和丰度差异较小,主要的优势菌群均保持一定的相似性和稳定性。总的来说,海拔500 m以上的酵母菌群落结构较为相似;海拔500~600 m的酵母菌群相对丰度及多样性最高,海拔600 m以上酵母多样性及丰度要低于海拔500 m以下。 展开更多

关键词 环境 大曲 可培养方法 不同海拔 酵母菌群多样性

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基于可培养技术的中国不同城市家用冰箱中真菌多样性研究

9

作者 刘学孜 张晶晶 +8 位作者 刘冲 白飞荣 赵贞尧 袁帅 庞玲玲 张永飞 张文赵 王喆 姚粟 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2023年第23期275-282,共8页

该研究旨在基于可培养方法分析中国不同城市家用冰箱中真菌卫生状况及多样性。选取哈尔滨、北京、青岛、成都、广东5所城市的15台冰箱为研究对象,采用马铃薯葡萄糖琼脂(potato dextrose agar,PDA)和麦芽汁琼脂(malt extract agar,MEA)... 该研究旨在基于可培养方法分析中国不同城市家用冰箱中真菌卫生状况及多样性。选取哈尔滨、北京、青岛、成都、广东5所城市的15台冰箱为研究对象,采用马铃薯葡萄糖琼脂(potato dextrose agar,PDA)和麦芽汁琼脂(malt extract agar,MEA)培养基,分别于28℃和6.5℃条件下培养,对冰箱果蔬篮、冷藏室门搁架、冷冻室内壁、冷藏室空气4个不同采样点的微生物进行分离鉴定研究。结果表明,冰箱中接触表面的平均真菌菌落数为170 CFU/cm^(2),冷藏室空气真菌总数平均<1 CFU/m^(3)。可培养方法在60个采样位点共分离获得39个属57个种的216株真菌,其中嗜冷真菌共13个属,47株。冰箱中的优势真菌主要有青霉属(Penicillium)20.37%、枝孢菌属(Cladosporium)18.98%、曲霉属(Aspergillus)12.96%、红酵母属(Rhodotorula)9.72%和线黑粉酵母属(Filobasidium)4.16%,其中青霉属(Penicillium)在5个城市中均有分布,且在不同采样位置中均有分离到。该研究为定向筛选冰箱中优势微生物资源奠定基础,为冰箱抗菌、抑菌评价试验的标准菌株开发提供数据支撑。 展开更多

关键词 冰箱 真菌多样性 可培养方法

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3个杂交水稻亲本成熟期种子内生细菌多样性研究 被引量：8

10

作者 李南南 黎妮 +4 位作者 曹艳花 张欣 肖明 刘洋 王伟平 《食品科学技术学报》 CAS 2017年第4期56-64,共9页

通过传统微生物培养方法,对成熟期的杂交水稻亲本"深08S"、"和620S"及"16A007"种子内生细菌群落结构多样性进行分析。实验表明,处于成熟期的杂交水稻亲本种子内生细菌群落结构具有多样性。"深08S&qu... 通过传统微生物培养方法,对成熟期的杂交水稻亲本"深08S"、"和620S"及"16A007"种子内生细菌群落结构多样性进行分析。实验表明,处于成熟期的杂交水稻亲本种子内生细菌群落结构具有多样性。"深08S"种子内生细菌含40个分类操作单元(operational taxonomic units,OTU),分属Firmicutes、Proteobacteria、Actinobacteria及Bacteroidetes类群,其中,第一优势菌属为Rhizobium,丰度为15.83%,第二优势菌属为Bacillus,第三优势菌属为Sphingomonas和Curtobacterium。"和620S"种子内生细菌含20个OTU,分属Firmicutes、Proteobacteria及Actinobacteria类群,其中,第一优势菌属为Curtobacterium,丰度为25.33%,第二和第三优势菌属分别为Microbacterium和Pantoea。"16A007"种子内生细菌含24个OTU,分属Firmicutes、Proteobacteria及Actinobacteria类群,其中,第一优势菌属为Pantoea,丰度为35.00%,第二优势菌属和第三优势菌属分别为Micrococcus和Pseudomonas。相比处于灌浆期的水稻种子内生细菌,成熟期的水稻种子内生细菌更丰富,种类更多。由研究可见,种子内生细菌的种类随种子成熟度而变化,成熟期的水稻种子具有丰富的内生菌资源,可为开发新的植物益生菌剂奠定基础,且水稻种子内生细菌的组成与水稻品种有一定的关系。 展开更多

关键词 杂交水稻亲本 成熟期 种子内生细菌 可培养方法 群落多样性

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优异杂交水稻亲本灌浆期种子内生细菌多样性研究 被引量：6

11

作者 李南南 黎妮 +4 位作者 赵燃 袁隆平 肖明 刘洋 王伟平 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2017年第2期20-25,共6页

通过传统微生物培养方法,对处于灌浆期的杂交水稻亲本"深08S"、"和620S"及"16A007"种子内生细菌群落结构多样性进行研究。实验表明,处于灌浆期的杂交水稻亲本种子仍然存在内生细菌群落结构的多样性。&qu... 通过传统微生物培养方法,对处于灌浆期的杂交水稻亲本"深08S"、"和620S"及"16A007"种子内生细菌群落结构多样性进行研究。实验表明,处于灌浆期的杂交水稻亲本种子仍然存在内生细菌群落结构的多样性。"深08S"种子内生细菌含6个OTU,第一优势菌属为Pantoea,丰度为52.04%,第二和第三优势菌属分别为Pseudomonas和Rhizobium;"和620S"种子内生细菌含10个OTU,第一优势菌属为Pantoea,丰度为69.02%,第二优势菌属为Pseudomonas,并列第三优势菌属为Rhizobium和Sphingomonas;"16A007"种子内生细菌含11个OTU,第一优势菌属为Pseudomonas,丰度为45.12%,第二优势菌属和第三优势菌属分别为Pantoea和Sphingomonas。由研究结果可见,具有遗传相关性的水稻种子"深08S"和"和620S"内生细菌的第一和第二优势菌属相同,同时,三种水稻亲本种子优势菌属都有Pantoea和Pseudomonas,表明水稻种子基因型对其内生细菌结构多样性具有一定的影响。 展开更多

关键词 杂交水稻亲本 灌浆期 种子内生细菌 可培养方法 群落多样性

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酱香型白酒高温大曲发酵过程中真菌多样性研究 被引量：9

12

作者 吴成 程平言 +6 位作者 谢丹 黄魏 李岭卓 张健 尤小龙 胡峰 钟方达 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期95-103,共9页

基于传统可培养方法和单分子实时测序技术对酱香型白酒仿生机制曲和传统人工曲发酵过程的真菌群落组成及特征进行了研究。结果表明,Wicherhanmomyces anomalus、Pichia kudriavzevii、Candida tropicalis、Kodamaea ohmeri、Kazachstani... 基于传统可培养方法和单分子实时测序技术对酱香型白酒仿生机制曲和传统人工曲发酵过程的真菌群落组成及特征进行了研究。结果表明,Wicherhanmomyces anomalus、Pichia kudriavzevii、Candida tropicalis、Kodamaea ohmeri、Kazachstania humilis、Kluveromyces marxianus和Aspergillus属丝状真菌,可以同时被2种方法检出,从曲坯成型入仓到发酵结束出仓,真菌多样性呈现逐渐降低的趋势。同时,与二代高通量测序结果相比,单分子实时测序技术在种水平上更适合于小类真菌多样性的鉴定。此外,高温大曲多数优势真菌属之间呈显著正相关调节机制,其中包括55个真菌属呈显著正相关,6个真菌属呈显著负相关。本研究揭示了酱香型白酒高温大曲制作过程的真菌群落组成及其特征,旨在为挖掘高温大曲中功能微生物及阐明高温大曲发酵机理提供依据。 展开更多

关键词 高温大曲 单分子实时测序 可培养方法 物种相关性分析

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