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单胺氧化酶A启动子可变数目重复序列多态性与中国北方汉族人群重性抑郁症的关联分析 被引量:7
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作者 张洁旭 陈彦博 +2 位作者 张克让 许琪 沈岩 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期728-734,共7页
目的探讨单胺氧化酶A(MAOA)基因启动子可变数目重复序列(VNTR)多态性与重性抑郁症易感性的关系。方法采用PCR技术检测512例重性抑郁症患者与566名对照VNTR重复序列分布频率是否具有差异,并使用汉密顿焦虑量表对重性抑郁症患者进行评估... 目的探讨单胺氧化酶A(MAOA)基因启动子可变数目重复序列(VNTR)多态性与重性抑郁症易感性的关系。方法采用PCR技术检测512例重性抑郁症患者与566名对照VNTR重复序列分布频率是否具有差异,并使用汉密顿焦虑量表对重性抑郁症患者进行评估。结果男性及女性重性抑郁症患者MAOA VNTR等位基因频率与对照相比差异无显著性;基因型分析显示,女性重性抑郁症患者与对照相比,L等位基因携带者频率显著升高(P=0.002),男性患者与对照相比分布频率差异无显著性(P=0.17)。表型分析显示,女性患者携带L等位基因的基因型(P=0.0056)与汉密顿焦虑量表"害怕"表型的发生显著相关。结论MAOA VNTR多态性可能与女性中国北方汉族人群重性抑郁症发病相关,且可提高抑郁症表型的发生。 展开更多
关键词 重性抑郁症 单胺氧化酶A基因 可变数目重复序列多态性 汉密顿焦虑量表
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数目可变串联重复序列用于江苏省168株结核分枝杆菌菌株的基因分型研究 被引量:8
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作者 许卫国 虞浩 +2 位作者 杨丹丹 吕华坤 周扬 《南京医科大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2007年第12期1509-1512,1516,共5页
目的:初步了解江苏省结核分枝杆菌临床分离菌株的数目可变串联重复序列(Variable number of tandem repeats,VNTR)的基因型及VNTR基因分布特征。方法:在苏南、苏中、苏北三个地区13个结核病定点诊疗单位收集临床分离菌株。选取结核分枝... 目的:初步了解江苏省结核分枝杆菌临床分离菌株的数目可变串联重复序列(Variable number of tandem repeats,VNTR)的基因型及VNTR基因分布特征。方法:在苏南、苏中、苏北三个地区13个结核病定点诊疗单位收集临床分离菌株。选取结核分枝杆菌基因组中11个具有明显多态性特征的VNTR位点,通过PCR扩增,2%琼脂糖凝胶电泳和Bio Numerics(Version 3.0)软件进行结核菌株VNTR的多态性和聚类分析。结果:共收集到168株结核分枝杆菌。不同的菌株在同一位点上具有多态性。共分为10个基因型(Ⅰ,Ⅱ~Ⅹ型),其中以Ⅷ型为主要基因型,占75.0%、其次为Ⅱ型5.4%、Ⅳ型4.2%、Ⅶ型9.5%。不同地区之间,苏南、苏中、苏北三个地区也都以Ⅷ型为主要基因型,分别占各地区的83.5%,57.1%,76.6%;但是苏南、苏中、苏北三地的Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅶ型菌株分布在各地菌株中的比例有差异显著性((2=54.710,P<0.0001),Ⅱ型以苏中为主(11.9%)、Ⅲ型以苏南为主(3.8%)、Ⅳ型以苏南、苏北为主(5.1%与6.4%)、Ⅶ型以苏中为主(31.0%)。结论:江苏省的结核分枝杆菌具有明显的多态性,以Ⅷ型为主要流行型,不同地区间同样以Ⅷ型为主要流行型,但菌型分布存在一定的差异。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 多位点数目可变串联重复序列分析 基因分型
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老年住院患者肺炎克雷伯菌临床分离株多位点可变数目串联重复序列基因分型特征分析 被引量:6
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作者 张媛媛 徐雅萍 +5 位作者 杜鹏程 强裕俊 张雯 陈晨 于季红 郭军 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期434-437,共4页
目的探讨老年住院患者肺炎克雷伯菌分离株多位点可变数目串联重复序列分析的基因分型特点。方法收集解放军总医院南楼临床部老年住院患者肺炎克雷伯菌临床分离菌株184株,提取基因组DNA,采用多重PCR和毛细管电泳对7个位点进行分析,利用Bi... 目的探讨老年住院患者肺炎克雷伯菌分离株多位点可变数目串联重复序列分析的基因分型特点。方法收集解放军总医院南楼临床部老年住院患者肺炎克雷伯菌临床分离菌株184株,提取基因组DNA,采用多重PCR和毛细管电泳对7个位点进行分析,利用Bio Numerics 5.1软件进行聚类分析。结果 184株肺炎克雷伯菌临床分离株共产生139种基因型,呈现明显的基因多态性;聚类分析结果显示,全部菌株可分为3个基因群,其中Ⅰ群包含93.06%的菌株。结论本医疗中心老年住院患者的肺炎克雷伯菌临床分离株具有明显的优势菌群,其感染来源仍以院内感染为主。 展开更多
关键词 老年住院患者 感染 肺炎克雷伯菌 多位点可变数目串联重复序列分析
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中国汉族人vWF基因内可变数目串联重复序列的研究 被引量:4
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作者 王迎春 李震宇 +4 位作者 王泳 万海英 顾建明 台虹 阮长耿 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 1998年第4期293-296,共4页
用聚合酶链反应(PCR)和聚丙烯酰胶凝胶电泳(PAGE)的方法,研究了71名中国汉族人142条染色体的vWF基因40号内含子的可变数目串联重复序列(VNTR)。中国人群vWF基因内存在ATCT的串联重复序列,其VNTR存在14,13,12,11,10,9,8和7等八种等位基因... 用聚合酶链反应(PCR)和聚丙烯酰胶凝胶电泳(PAGE)的方法,研究了71名中国汉族人142条染色体的vWF基因40号内含子的可变数目串联重复序列(VNTR)。中国人群vWF基因内存在ATCT的串联重复序列,其VNTR存在14,13,12,11,10,9,8和7等八种等位基因,总的理论杂合率为79.4%。该VNTR携带遗传信息量大,作为血管性血友病的遗传指标之一对vWD的遗传咨询和产前诊断具有应用价值。 展开更多
关键词 血管性血友病 von WILLEBRAND因子 VWF基因 可变数目串联重复序列 遗传咨询 遗传性出血性疾病
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DNA数目可变串联重复序列用于结核分枝杆菌分型研究 被引量:8
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作者 阚晓宏 万康林 +7 位作者 金玉莲 刘敬华 杨建安 刘志广 丁虹 赵秀琴 王庆 唐婧 《中国防痨杂志》 CAS 2005年第2期77-81,共5页
目的 采用数目可变串联重复序列 (VNTR)分型方法对安徽省的 5 2株结核分枝杆菌进行分子分型研究 ,探讨该方法用于结核分枝杆菌分型的作用。方法 设计引物 ,采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术对结核分枝杆菌 13个VNTR位点进行检测 ,并通过Bi... 目的 采用数目可变串联重复序列 (VNTR)分型方法对安徽省的 5 2株结核分枝杆菌进行分子分型研究 ,探讨该方法用于结核分枝杆菌分型的作用。方法 设计引物 ,采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术对结核分枝杆菌 13个VNTR位点进行检测 ,并通过BioNumerics 3 0软件进行DNA指纹图谱多态性分析。结果  5 2株结核分枝杆菌可分 4个类别 ,其中 88. 5 %菌株属于一个型 ,其他 3个型所占比例很小 ,分别为 5 . 8%、3 .8%和 1 .9%。结论 来自安徽的结核分枝杆菌存在主要的流行型 ,VNTR分型技术简便、快速 ,是较好的结核分枝杆菌分型方法。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 数目可变串联重复序列 基因分型 琼脂糖凝胶电泳技术
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云南省剑川县鼠疫疫源地分离菌株基因组多态性 被引量:6
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作者 石丽媛 丁奕博 +6 位作者 张海鹏 郭英 段存娟 谭红丽 董珊珊 钟佑宏 王鹏 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期20-24,共5页
目的阐明云南剑川野鼠疫源地鼠疫菌种群的演化及其与云南省其他疫源地菌株之间的遗传进化关系。方法按不同时间、不同疫点、不同分离源,随机选取24株剑川分离鼠疫菌进行研究;采用差异区段(DFR)、规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPRs)... 目的阐明云南剑川野鼠疫源地鼠疫菌种群的演化及其与云南省其他疫源地菌株之间的遗传进化关系。方法按不同时间、不同疫点、不同分离源,随机选取24株剑川分离鼠疫菌进行研究;采用差异区段(DFR)、规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPRs)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)进行基因组多态性分析;以DFR+CRISPRs聚类分析划分簇,再以MLVA26对簇进行聚类分析。结果24株剑川菌株中,20株菌聚为一个簇(剑川野鼠鼠疫簇);2017年疫情分离3株菌位于丽江野鼠鼠疫簇,与丽江菌株(2017LZ)存在2个位点的差异(N2577,M23);剩余1株为一个独立株;50年代菌株与其邻近的80年代菌株间位点差异未超过3。结论剑川原野鼠疫源地的发现时间可往前推至上世纪50年代,同时疫情还波及过家鼠和人群;剑川县境内存在2种类型的野鼠疫源地,其鼠疫防控具有复杂性,应继续加强鼠间鼠疫的动态监测。 展开更多
关键词 鼠疫 剑川 多位点可变数目串联重复序列分析
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儿童结核病101例临床分离结核分枝杆菌多位点串联重复序列分型 被引量:6
7
作者 王均 黄延风 +1 位作者 张爱华 许红梅 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第13期1408-1410,共3页
目的了解重庆地区儿童结核病中结核分枝杆菌临床分离株的数目可变串联重复序列(variable numbertandem repeats,VNTR)的分布特征,寻找适合的VNTR位点组合。方法采用多位点串联重复序列(multiple locus VNTRanalysis,MLVA)分型方法,选择... 目的了解重庆地区儿童结核病中结核分枝杆菌临床分离株的数目可变串联重复序列(variable numbertandem repeats,VNTR)的分布特征,寻找适合的VNTR位点组合。方法采用多位点串联重复序列(multiple locus VNTRanalysis,MLVA)分型方法,选择标化的24个VNTR位点,对101例结核分枝杆菌临床分离株DNA进行检测,结果采用BioNumerics 6.1数据库软件进行聚类分析和单位点Hunter-Gaston分辨率指数(Hunter-Gaston index,HGI)分析,并比较分析国际推荐的分组(12、15、24位点)的基因分型鉴定能力。结果 MLVA分析结果显示24个VNTR位点在不同菌株中存在明显的多态性,101例结核分枝杆菌临床分离株可分为1个基因群83种基因型,其中69种基因型只有1个菌株,占68.32%(69/101),另有32株临床分离株表现出14种基因型,占31.68%(32/101),成簇率为17.82%;24个VNTR位点的HGI具有较大差异(0.168~0.829),HGI能达到0.5以上的VNTR位点数有16个;24个VNTR位点进行不同的位点组合:12、15个和24个位点组合的HGI分别为0.995、0.996、0.996。结论 重庆地区儿童结核病中结核分枝杆菌存在基因多态性,国际推荐的15个VNTR位点组合的MLVA分型方法适用于其流行病学的研究。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 多位点可变数目串联重复序列 基因分型
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陕西老年人群与青年人群YNZ22位点多态性分布的对比分析
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作者 舒青 张思河 +1 位作者 张素珍 李军林 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2003年第3期198-200,204,共4页
应用 PCR- Am p- FL P技术对 75例陕西正常老年人群、94例老年动脉粥样硬化 (AS)患者与 71例陕西正常青年人群的 YNZ2 2 - VNTR(可变数目串联重复序列 variable num ber tandem repeats)位点进行多态性分析。结果显示 ,在正常青年人群中... 应用 PCR- Am p- FL P技术对 75例陕西正常老年人群、94例老年动脉粥样硬化 (AS)患者与 71例陕西正常青年人群的 YNZ2 2 - VNTR(可变数目串联重复序列 variable num ber tandem repeats)位点进行多态性分析。结果显示 ,在正常青年人群中 YNZ2 2位点共检测出 2 9种基因型 ,1 0个等位基因 ,其片段大小在 1 6 8~ 938bp,杂合度为 70 .4 % ,多态信息量 (polym orphism inform ation content,PIC)为 0 .84 ;老年人群中 YNZ2 2基因点共检测出 2 0种基因型 ,9个等位基因 ,其片段大小在 1 6 8~ 798bp,杂合度为 2 4 % ,多态信息量 (PIC)为 0 .84 ,与青年群体的基因频率分布有显著差异 ;动脉粥样硬化 (AS)人群中 YNZ2 2基因点共检测出 2 3种基因型 ,9个等位基因 ,其片段大小在 1 6 8~ 72 8bp,杂合度为 2 4 .4 7% ,多态信息量为 0 .81。表明老年群体杂合度显著降低 ,最主要的是在基因型数目与大基因片段上老年群体与青年群体差异显著。 YNZ2 2位点多态性改变或不稳定可能是引起衰老的原因之一。 展开更多
关键词 陕西 老年人群 青年人群 YNZ22基因 多态性分布 衰老 PCR-Amp-FLP技术 基因型数目 大基因片段 数目可变串联重复序列
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甘肃省肃北蒙古族自治县喜马拉雅旱獭疫源地鼠疫耶尔森菌分子流行病学特征研究
9
作者 郭丽民 张晓玲 +3 位作者 黄燕妍 赵存寿 张成鑫 付国明 《中国人兽共患病学报》 北大核心 2025年第2期158-163,170,共7页
目的 研究肃北县鼠疫菌差异区段(DFR)、规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPR)及可变数目串联重复序列(VNTR)的基因多态性特征,指导突发鼠疫疫情的溯源。方法 对1973-2017年间肃北县鼠疫疫源地不同动物宿主分离的89株鼠疫菌进行培养,提... 目的 研究肃北县鼠疫菌差异区段(DFR)、规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPR)及可变数目串联重复序列(VNTR)的基因多态性特征,指导突发鼠疫疫情的溯源。方法 对1973-2017年间肃北县鼠疫疫源地不同动物宿主分离的89株鼠疫菌进行培养,提取DNA。分别利用DFR、CRISPR和MLVA基因分型的引物进行PCR反应,通过琼脂糖电泳观察扩增产物有无,与中国鼠疫菌DFR数据库比较确定鼠疫菌DFR基因型;通过PCR产物测序,与在线鼠疫菌CRISPR数据库比对确定CRISPR基因型;通过毛细管电泳计算每株鼠疫菌VNTR的重复数,基于肃北县89株与11株青海省喜马拉雅旱獭疫源地的鼠疫菌VNTR重复数应用BioNumerics7.6构建最小生成树。结果 肃北县89株鼠疫菌可分为6个DFR基因型,分别为8型、7型、1b型、5型、32型和44型,其中8型为肃北县鼠疫疫源地主要基因组型。肃北县89株鼠疫菌经CRISPR分型,可分为3个基因簇和3个基因型,其中Ca35′为肃北县鼠疫疫源地的主要基因簇,基因型为26′,主要分布在肃北蒙古族自治县党城湾镇、鱼儿红乡和石包城乡;Ca7和CaΔ5′为肃北县鼠疫疫源地的次要基因簇,基因型为22和24型,分布在党城湾镇、鱼儿红乡和石包城乡。MLVA聚类分析,肃北县鼠疫菌主要分为3个簇,分别为党城湾镇马场簇、鱼儿红乡簇和党城湾镇簇。结论 DFR、CRISPR和MLVA基因分型方法均能将肃北县鼠疫菌分为主要基因型和次要基因型,具有显著的地区分布特征,基因型多样性较高,种群特征复杂,尤其在鼠疫疫情溯源时给予重视。 展开更多
关键词 肃北县 差异区段 规律成簇的间隔短回文重复序列 多位点可变数目串联重复序列
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某高级中学一起结核病聚集性疫情传播的时空序列与分子流行病学分析 被引量:6
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作者 陈蕊明 林健雄 +2 位作者 陈壮濠 刘苏洋 符慧 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2023年第11期1369-1375,共7页
目的探讨本起学校结核病聚集性疫情传播的原因、特点和规律,为持续改进学校结核病控制策略的有效实施提供科学依据。方法遵照广东省汕头市卫生健康局对本起疫情处置工作的具体要求,以指示病例为中心、以学习生活空间要素为重点、以人际... 目的探讨本起学校结核病聚集性疫情传播的原因、特点和规律,为持续改进学校结核病控制策略的有效实施提供科学依据。方法遵照广东省汕头市卫生健康局对本起疫情处置工作的具体要求,以指示病例为中心、以学习生活空间要素为重点、以人际交往活动要素为辅助进行密切接触者筛查,对纳入者进行结核病可疑症状检查、X线胸部检查和结核菌素(PPD)皮肤试验;对其中任何1项异常者进行IFN-γ释放试验、CT影像检查、痰涂片抗酸染色检查、分枝杆菌培养与菌种鉴定和Xpert MTB/RIF分子检测,以综合诊断结核病例;对分离培养获得的结核分枝杆菌,分析其ETRA、ETRB、ETRC、ETRE、ETRF、MIRU10、MIRU20、MIRU26、MIRU39、MIRU40、Mtub04、Mtub21、Mtub38、Oub11b、Qub26等15个基因位点的串联重复拷贝数,分析其成簇性以判断病例间的传播关系。结果(1)指示病例首次结核可疑症状出现并一直在校学习5个月后,出现双肺上叶斑片状、斑点状、条索状密度增高影和左肺上叶多发空洞(最大者约2.1 cm×1.7 cm)等病变,培养与分子检测阳性;(2)指示病例发现的3个月内,在该校相继发现其他15例学生肺结核患者,其中3例有临床症状、3例痰涂片镜检可疑阳性、9例培养阳性、7例分子检测阳性,10例与指示病例有同班上课、同舍住宿和同室晚自习等空间性密切接触,4例与指示病例有直接或间接的人际密切交往,1例则未找到明确的密切交往线索;(3)对9例患者分离培养的结核分枝杆菌进行基因分型,8例得到成功结果,15个VNTR-MIRU分型位点的拷贝数模式完全相同;(4)依据PPD皮肤试验≥5 mm判断结核感染,409例受检者中252例阳性,潜伏感染率为61.61%,潜伏感染率在指示病例班级与后续发现病例班级学生间差异有统计学意义(100%vs.56.58%,χ^(2)=30.781,P<0.001),而在男-女、学生-教职工、寄宿生-走读生、不同楼层学生、同层同侧-同层对侧学生等多组人群间则差异无统计学意义(P>0.05)。结论该起结核聚集性疫情为同一传染源传播所致,且导致了远高于一般人群的结核潜伏感染率,学校结核病控制管理缺失为其主要原因,强化学校结核病控制措施的有效执行力刻不容缓。 展开更多
关键词 结核 学校 聚集性疫情 数目可变串联重复序列-结核分枝杆菌散在重复单位
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福建省2008-2017年人间布鲁氏菌病流行特征及分离株MLVA分型研究 被引量:28
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作者 韩腾伟 林代华 +4 位作者 刘菁 刘维俊 肖方震 陈志平 邓艳琴 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期382-388,共7页
目的探讨福建省人间布鲁氏菌病流行特征,并对其分离株进行分子分型,为制定预防控制策略提供依据。方法收集中国疾病预防控制信息系统中2008-2017年福建省布鲁氏菌病报告数据,进行流行特征分析;采用传统生物学鉴定和BCSP31-PCR、AMOS-PCR... 目的探讨福建省人间布鲁氏菌病流行特征,并对其分离株进行分子分型,为制定预防控制策略提供依据。方法收集中国疾病预防控制信息系统中2008-2017年福建省布鲁氏菌病报告数据,进行流行特征分析;采用传统生物学鉴定和BCSP31-PCR、AMOS-PCR、MLVA-16进行布鲁氏菌分离株分子鉴定和分型,并进行聚类分析。结果福建省2008-2017年布鲁氏菌病发病呈逐年上升趋势,年均发病率0.11/10万;疫情波及福建省80%的县区,呈高度散发态势;发病高峰为4-8月;40~64岁发病数占62.7%,60~64岁组发病率最高(0.27/10万);男女比为2.50∶1,农牧民占50.7%。40株布鲁氏菌分离株分子检测结果与传统分型基本相符,为2个种(羊种和猪种)和2个生物型(羊3型和猪3型),其中羊种布鲁氏菌占绝大多数(87.5%);MLVA-16分型将其分为羊种和猪种2个种群,35株羊种菌分为28种基因型,5株猪种菌分为4种基因型,其中26种基因型为单分离株,6种基因型为共享基因型(共14株,35.0%)。同国内147株布鲁氏菌进行聚类分析显示,福建省菌株与广东和内蒙古地区存在4种共享基因型,均为羊种菌,其他部分菌株与外省菌株存在着较近的遗传距离,主要集中在panel 2B上,仅存在1~3个位点的差异。结论福建省布鲁氏菌病流行强度逐年增高,建议相关部门加强传染源的管控、对疫情高发地区的重点人群采取必要防控措施,控制其发生与流行。福建省布鲁氏菌MLVA-16分型显示高度基因多态性,提示MLVA-16可用于遗传多样性分析和分子流行病学溯源调查,可以提高布鲁氏菌病监测能力。 展开更多
关键词 布鲁氏菌病 流行特征 多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA-16) 福建省
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Spoligotyping和MLVA用于71株浙江省结核分枝杆菌临床分离株基因分型的初步研究 被引量:9
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作者 王晓萌 吕冰 +8 位作者 柳正卫 刘洁 何海波 蒋毅 张媛媛 董海燕 刘志广 赵秀芹 万康林 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第12期1090-1094,共5页
目的初步探讨寡核苷酸分型(Spoligotyping)和多位点数目可变串联重复序列分析(MLVA)用于浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株的分型,以初步了解浙江省结核分枝杆菌的基因型特征。方法随机选取浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株,常规培养,收集... 目的初步探讨寡核苷酸分型(Spoligotyping)和多位点数目可变串联重复序列分析(MLVA)用于浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株的分型,以初步了解浙江省结核分枝杆菌的基因型特征。方法随机选取浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株,常规培养,收集菌体,提取基因组DNA。采用聚合酶链反应(PCR)扩增整个DR区进行Spoligotyping分型,同时分别扩增15个VNTR位点进行MLVA分型。聚类分析采用BioNumerics软件。统计学分析采用卡方检验。结果对70株菌进行了基因分型,Spoligotyping结果显示,可分为2个基因群,即北京家族(Beijingfamily)和非北京家族(Non-Beijingfamily),分别占70和30,49株北京家族菌株中,89.8为典型北京家族;MLVA结果显示,可分4个基因群,分别为Ⅰ群占8.5,含5个基因型,Ⅱ群占18.3,含13个基因型,Ⅲ群占70.4,含38个基因型,Ⅳ群占2.8,含2个基因型。两种方法对菌株的基因分型结果非常吻合,Spoligotyping分型为北京家族的菌株均分布在MLVAⅢ型中,非北京家族菌株的基因多态性,分属于MLVAⅠ、Ⅱ和Ⅳ型。MLVA将70株菌分为58个基因型(含53个独特基因型),而Spoligotyping只分为18种基因型(含12个独特基因型)。结合对临床一线4种药物的耐药检测结果分析,两种方法的分型结果均显示北京家族菌株中表现为全敏感者71.4(35/49),表现为耐药者为28.6(14/49);而非北京家族菌株中表现为全敏感者为66.7,表现为耐药者为33.3,经卡方检验,两者间的差异无统计学意义(χ2=0.158,P>0.05)。结论初步证实浙江省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性,主要流行型为北京家族。北京家族与耐药无明显相关性。MLVA株水平鉴定能力明显高于Spoligotyping,尤其是在鉴别北京家族菌株上具有明显的优势。 展开更多
关键词 结核病 结核分枝杆菌 间隔区寡核苷酸分型 多位点数目可变串联重复序列分析 北京家族 耐药
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贝叶斯判别分析在布氏杆菌常见种别鉴定中的应用 被引量:6
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作者 肖培 崔步云 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2013年第6期802-804,共3页
目的建立布氏杆菌常见种别的Bayes判别模型,为布氏杆菌种别的鉴定提供依据。方法以多位点可变数目串联重复序列分析方法所选择的基因组上16个具有多态性串联重复序列位点为判别指标,应用逐步判别分析方法筛选关键序列位点并构建布氏杆... 目的建立布氏杆菌常见种别的Bayes判别模型,为布氏杆菌种别的鉴定提供依据。方法以多位点可变数目串联重复序列分析方法所选择的基因组上16个具有多态性串联重复序列位点为判别指标,应用逐步判别分析方法筛选关键序列位点并构建布氏杆菌常见种别的Bayes判别模型。结果待选的16个多态性串联重复序列位点全部进入判别函数,建立的模型自身验证的准确率为98.21%,交互验证的准确率为97.75%。结论建立的Bayes判别模型判断布氏杆菌的常见种别正确率很高,是布氏杆菌常见种别判断的有效方法。 展开更多
关键词 布氏杆菌 Bayes判别模型 多位点可变数目串联重复序列分析
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水稻条斑病菌遗传多样性研究 被引量:1
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作者 周丽洪 杨俊 +1 位作者 李淼 姬广海 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期750-759,共10页
为更好监测条斑病菌的流行和鉴定其区域性的群体结构,本研究比较了利用鉴别寄主、毒性相关基因差异、可变数目串联重复序列3种方法对条斑病菌进行小种分类的优劣。结果显示:利用可变数目串联重复序列进行条斑病菌进行小种分类具有快速... 为更好监测条斑病菌的流行和鉴定其区域性的群体结构,本研究比较了利用鉴别寄主、毒性相关基因差异、可变数目串联重复序列3种方法对条斑病菌进行小种分类的优劣。结果显示:利用可变数目串联重复序列进行条斑病菌进行小种分类具有快速有效且精准方便的优势;利用10个可变数目串联重复序列位点分析全国40份菌株,10个VNTR均具有多样性,聚类分析显示:利用多个可变数目串联重复序列进行条斑病菌遗传多样性研究技术,是一种快速而有效的研究技术,能反映出条斑病菌株水平的基因型、系统发育和分类学关系,可应用于种以下水平的分类和鉴定。 展开更多
关键词 条斑病菌 多样性 鉴别寄主 毒性基因 可变数目串联重复序列
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吉林省110株结核分枝杆菌临床分离株MLVA基因分型 被引量:1
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作者 李卓林 王璐璐 +3 位作者 刘日辉 陈燕芬 陈泽良 于雅琴 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期308-312,共5页
目的:利用多位点可变数目串联重复序列(MLVA)分型技术,了解近期吉林省结核分枝杆菌临床分离株基因型分布情况。方法:收集分离自吉林省2011—2012年不同市县来源患者标本的结核分枝杆菌分离株,提取基因组DNA,对12个数目可变串联重复序列(... 目的:利用多位点可变数目串联重复序列(MLVA)分型技术,了解近期吉林省结核分枝杆菌临床分离株基因型分布情况。方法:收集分离自吉林省2011—2012年不同市县来源患者标本的结核分枝杆菌分离株,提取基因组DNA,对12个数目可变串联重复序列(VNTR)位点进行扩增和产物电泳分析,使用Totalab软件对电泳条带进行数据化分析,使用BioNumerics(6.0)软件获得聚类分析结果。结果:对110株结核分枝杆菌临床分离株的12个VNTR位点进行检测,结果显示这些菌株有明显的多态性。12个VNTR位点中Hunter-Gaston指数能达到0.5以上的VNTR位点有9个,位点分辨能力最高的是MIRU26,最低的是MIRU20。基于12个位点的聚类分析,110株分离株可分为6个基因型群,其中分布最多是5群,占34%;其次是1群,占15%。分布最多的5群主要流行于吉林省通化市和松原市等地区。结论:吉林省流行的菌株存在着明显的遗传多态性;不同市县分布的主要基因型群存在差异,表明吉林省内不同地区结核分枝杆菌基因型的流行趋势不同。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 基因分型 多位点可变数目串联重复序列分析 Hunter-Gaston指数
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北京地区实验动物绿脓杆菌分离株MLVA分型 被引量:1
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作者 邢进 吴军 +1 位作者 岳秉飞 贺争鸣 《中国比较医学杂志》 CAS 2012年第5期44-50,85,共8页
目的通过多位点可变数目串联重复序列分析(multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis,MLVA)分型方法,研究北京地区实验动物绿脓杆菌分离株基因型和分布情况。方法选择13个可变数目重复序列(variable-number tandem-repeat... 目的通过多位点可变数目串联重复序列分析(multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis,MLVA)分型方法,研究北京地区实验动物绿脓杆菌分离株基因型和分布情况。方法选择13个可变数目重复序列(variable-number tandem-repeat,VNTR)位点,对实验动物及设施中检测出的141株绿脓杆菌的基因组DNA进行重复序列扩增,所得指纹图谱使用BioNumerics软件进行聚类分析,绘制系统发育树和最小生成树(minimum spanning tree,MST)。结果所采用的13个VNTR位点能够对全部分离株进行有效分型。141株绿脓杆菌主要被分为了3个基因群,56个基因型。各群所占比例分别为A群82.3%,B群占12.8%,C群占5.0%,辛普森多样性指数为0.763。同一区域内相邻实验动物单位的绿脓杆菌分离株同源关系较远。结论 MLVA方法对绿脓杆菌具有很好的分型能力,能够有效的追踪绿脓杆菌的来源。北京地区实验动物中绿脓杆菌分离株基因型多态性丰富,但无地域性同源关系。 展开更多
关键词 绿脓杆菌 多位点可变数目串联重复序列 基因分型 实验动物
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VNTR及RD105缺失检测法对新疆石河子市汉族MTB基因分型及其耐药的研究
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作者 张娟 米利古 +5 位作者 王远志 刘佩芝 梁海燕 黄艺 吕冰 袁俐 《石河子大学学报(自然科学版)》 CAS 2012年第2期220-224,共5页
了解新疆石河子地区汉族结核分枝杆菌基因型特征、"北京家族"基因型的分布及其与耐药的相关性。应用多位点可变串联重复序列(VNTR)技术、RD105缺失检测法分析结核分枝杆菌的基因型,聚类分析采用Bionum-berics5.0软件分析。55... 了解新疆石河子地区汉族结核分枝杆菌基因型特征、"北京家族"基因型的分布及其与耐药的相关性。应用多位点可变串联重复序列(VNTR)技术、RD105缺失检测法分析结核分枝杆菌的基因型,聚类分析采用Bionum-berics5.0软件分析。55株结核分枝杆菌临床分离株中,"北京家族"基因型47株;24位点VNTR检测结果显示明显的基因多态性,经基因聚类分析,可分为7个基因簇和46个独立的基因型,分为8个基因群(Ⅰ-Ⅷ群),其中46株属于Ⅵ群;耐药菌株为19株(34.5%)。新疆石河子地区结核分枝杆菌有明显的基因多态性;"北京家族"基因型为主要流行株,应引起重视;"北京家族"基因型与耐药无明显相关性。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 RD105 数目可变串联重复序列 基因分型 耐药性
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甘肃省临床分离结核分枝杆菌MLVA分型初步研究 被引量:9
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作者 同重湘 赵秀芹 +6 位作者 马建军 刘志广 曹文静 杨永红 吕冰 姜元 万康林 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第7期627-630,共4页
目的随机选取2005-2007年间甘肃省肺科医院临床分离结核分枝杆菌菌株,通过多位点可变数目串联重复序列(Multiple locus variable numbers of tandemrepeats analysis,MLVA)分型,了解甘肃结核分枝杆菌流行菌株基因型情况。方法选择标化... 目的随机选取2005-2007年间甘肃省肺科医院临床分离结核分枝杆菌菌株,通过多位点可变数目串联重复序列(Multiple locus variable numbers of tandemrepeats analysis,MLVA)分型,了解甘肃结核分枝杆菌流行菌株基因型情况。方法选择标化的15个VNTR位点,对临床分离菌株DNA进行检测,DNA指纹图谱使用Bio Numerics4.5软件进行统计分析,得出聚类分析结果。结果 228株结核分枝杆菌被分为4大基因群,7个大基因类型,分别包含13(5.7%)、3(1.3%)、7(3.1%)、1(0.4%)、171(75%)、31(13.6%)、2(0.9%)个株菌;在株水平基因分型上,93(40.8%)株为单菌株基因型;其余菌株基因型分别包含2-10株结核分枝杆菌,共构成132个基因簇。结论甘肃结核分枝杆菌菌株存在丰富的基因多态性,ML-VA方法具有较高的基因分型能力,可以满足结核分枝杆菌株水平DNA分型的需要。甘肃省结核分枝杆菌流行株主要为北京家族基因型菌株。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 多位点可变数目串联重复序列 基因分型 北京家族基因型
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西安市与上海市婴儿感染百日咳鲍特菌基因型比较 被引量:2
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作者 张娟胜 林晨 +3 位作者 常玲 王小强 魏晓光 李浩 《浙江大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期47-52,共6页
目的:探讨西安市与上海市临床分离百日咳鲍特菌的基因型特征。方法:收集2018—2019年在西安市和上海市哨点监测医院和社区采集的1岁以下疑似百日咳患儿的鼻咽拭子,经分离培养所得百日咳鲍特菌采用多位点抗原序列分型(MAST)和多位点可变... 目的:探讨西安市与上海市临床分离百日咳鲍特菌的基因型特征。方法:收集2018—2019年在西安市和上海市哨点监测医院和社区采集的1岁以下疑似百日咳患儿的鼻咽拭子,经分离培养所得百日咳鲍特菌采用多位点抗原序列分型(MAST)和多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)方法分析其基因型。结果:共采集到疑似百日咳患儿鼻咽拭子1200份,经分离培养得到百日咳鲍特菌60株,其中西安市34株,上海市26株。西安市百日咳鲍特菌的主要MAST型别为prn1/ptxP1/ptxA1/fim3-1/fim2-1(32/34,94.12%),而上海市百日咳鲍特菌的主要MAST型别为prn1/ptxP1/ptxA1/fim3-1/fim2-1(13/26,50.00%)和prn2/ptxP3/ptxA1/fim3-1/fim2-1(11/26,42.31%),两市百日咳鲍特菌MAST型别分布差异有统计学意义(χ2=18.642,P<0.01)。西安市百日咳鲍特菌以MT195(13/34,38.24%)、MT55(10/34,29.41%)、MT104(9/34,26.47%)型别居多,而上海市百日咳鲍特菌以MT27型为主(12/26,46.15%),两市百日咳鲍特菌MLVA型别分布差异有统计学意义(χ2=15.866,P<0.01)。结论:西安市与上海市临床分离婴儿感染百日咳鲍特菌基因型存在差异,应进一步加强中国百日咳鲍特菌基因型演变的监测。 展开更多
关键词 百日咳 百日咳鲍特菌 基因型 多位点抗原序列分型 多位点可变数目串联重复序列分析
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无乳链球菌分子流行病学研究进展 被引量:4
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作者 赵晶 刘静娴 刘瑛 《中国感染与化疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期489-494,共6页
无乳链球菌(Streptococcus agalactiae),20世纪30年代由Rebecca Lancefield分离自患牛乳腺炎的奶牛而得名,因其具有兰氏B组抗原,又称被称为B族链球菌(Group B Streptococcus)。《伯杰氏细菌鉴定手册》将其描述为革兰染色阳性、触酶阴性... 无乳链球菌(Streptococcus agalactiae),20世纪30年代由Rebecca Lancefield分离自患牛乳腺炎的奶牛而得名,因其具有兰氏B组抗原,又称被称为B族链球菌(Group B Streptococcus)。《伯杰氏细菌鉴定手册》将其描述为革兰染色阳性、触酶阴性的兼性厌氧菌,呈球形或卵圆形,直径小于2μm。 展开更多
关键词 无乳链球菌 分子流行病学 荚膜血清型 多位点序列分型 脉冲场凝胶电泳 多位点可变数目重复序列分析 成簇的规律间隔的短回文重复序列
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