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由残基计算蛋白质的可及表面积 被引量:1
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作者 温元凯 戴亚 +1 位作者 孟庆涛 赵辉 《生物化学杂志》 CSCD 1989年第4期344-347,343,共5页
蛋白质的高级结构是由一级结构决定的,这就是说,蛋白质中氨基酸的排列顺序及其相互作用决定了蛋白质的结构和功能。本文从这一基本原则出发,分析并计算了氨基酸残基在折叠和非折叠状态下的暴露和埋藏,得到了一种计算蛋白质可及表面积的... 蛋白质的高级结构是由一级结构决定的,这就是说,蛋白质中氨基酸的排列顺序及其相互作用决定了蛋白质的结构和功能。本文从这一基本原则出发,分析并计算了氨基酸残基在折叠和非折叠状态下的暴露和埋藏,得到了一种计算蛋白质可及表面积的新方法。 展开更多
关键词 蛋白 氨基酸残基 可及表面积
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基于序列剖面和可及表面积的蛋白质相互作用位点的预测 被引量:1
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作者 刘阳 张冬宁 +3 位作者 邵建林 沈称意 汤正诠 王翼飞 《上海大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期593-598,共6页
蛋白质相互作用位点的预测对于突变设计和蛋白质相互作用网络的重构都是至关重要的.由于实验确定的蛋白质复合物和蛋白质配体复合物的结构依然相当少,预测蛋白质相互作用位点的计算方法就显得十分重要.该文提出了一种以支持向量机为分类... 蛋白质相互作用位点的预测对于突变设计和蛋白质相互作用网络的重构都是至关重要的.由于实验确定的蛋白质复合物和蛋白质配体复合物的结构依然相当少,预测蛋白质相互作用位点的计算方法就显得十分重要.该文提出了一种以支持向量机为分类器,以邻近残基的序列剖面和可及表面积为输入数据来预测蛋白质相互作用位点的方法.计算结果显示,界面残基和非界面残基被识别的准确率为75.12%,假阳性率为28.04%.与输入数据仅有序列剖面的方法相比,界面残基和非界面残基被识别的准确率提高了4.34%,假阳性率降低了4.63%. 展开更多
关键词 蛋白质相互作用位点 支持向量机 剖面 可及表面积
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4株新城疫病毒F蛋白和HN蛋白的计算机模建与表面抗原分析 被引量:4
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作者 胡思科 席瑞珍 +1 位作者 任涛 廖明 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期87-92,共6页
选取新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)广东分离毒GM株(强毒株)和JM株(弱毒株)以及疫苗毒La-Sota株和标准强毒F48E9株,对其融合蛋白(F)和神经氨酸酶(HN)的编码基因序列进行分析,并利用Insight II软件包(Version 2000)进行F蛋白... 选取新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)广东分离毒GM株(强毒株)和JM株(弱毒株)以及疫苗毒La-Sota株和标准强毒F48E9株,对其融合蛋白(F)和神经氨酸酶(HN)的编码基因序列进行分析,并利用Insight II软件包(Version 2000)进行F蛋白和HN蛋白C端蛋白单体的空间结构模建.结果显示,4个NDV毒株F蛋白单体分子的空间结构极为相似,大致分为3部分,即头部、茎部和柄部.其中头部结构主要由一些折叠股组成,茎部和柄部主要由螺旋结构组成.比较各毒株F蛋白表面蛋白溶剂可及表面积(ASA)后发现,该蛋白有5个线性B细胞表位和8个比较保守的抗原决定簇位点,蛋白头部残基的空间位置随毒株的不同而变异较大.GM株与F48E9株存在36个氨基酸残基的差异,JM株和LaSota株存在20个氨基酸残基的差异.研究结果还表明,4个NDV毒株的HN蛋白C端空间结构较保守,由多个折叠股和4段螺旋结构组成,其抗原决定簇位点也高度保守,只有4个氨基酸残基存在差异. 展开更多
关键词 F蛋白 HN蛋白 模建 表面蛋白溶剂可及表面积(ASA)
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聚乙二醇修饰猪血红蛋白的计算机模拟研究 被引量:2
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作者 胡远东 白坚石 +2 位作者 焦克芳 卜凤荣 李松 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2001年第3期263-267,共5页
对猪血红蛋白αβ二聚晶体结构的分析和氨基酸残基溶剂可及表面积的计算表明 ,猪血红蛋白表面赖氨酸 (Lys)上的氨基适合进行聚乙二醇 (PEG)修饰 ,对其修饰不会影响血红蛋白的携氧能力 ,在此基础上设计了连接物连接PEG和猪血红蛋白。猪... 对猪血红蛋白αβ二聚晶体结构的分析和氨基酸残基溶剂可及表面积的计算表明 ,猪血红蛋白表面赖氨酸 (Lys)上的氨基适合进行聚乙二醇 (PEG)修饰 ,对其修饰不会影响血红蛋白的携氧能力 ,在此基础上设计了连接物连接PEG和猪血红蛋白。猪血红蛋白和牛血红蛋白赖氨酸的保守性及其氨基可及性的差异表明 ,同源的蛋白质性质相似 ,但依据同源性分析单个氨基酸残基的性质时可能会有一定的偏差。分子模拟研究结果显示 。 展开更多
关键词 猪血红蛋白 聚乙二醇 血液代用品 PEG 计算机模拟 溶剂可及表面积
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PEG在线定点修饰水蛭素及其修饰位点的理论预测与分析 被引量:3
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作者 赵军 李雪芹 修志龙 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2009年第7期1410-1416,共7页
比较了液相和固相修饰水蛭素的实验结果,并在实验的基础上对水蛭素以及水蛭素/凝血酶复合物进行分子动力学模拟,分析了容易被修饰的水蛭素赖氨酸残基的位点.结果表明,在液相修饰的时候,水蛭素在水溶液中可被修饰的赖氨酸残基除Lys47外,... 比较了液相和固相修饰水蛭素的实验结果,并在实验的基础上对水蛭素以及水蛭素/凝血酶复合物进行分子动力学模拟,分析了容易被修饰的水蛭素赖氨酸残基的位点.结果表明,在液相修饰的时候,水蛭素在水溶液中可被修饰的赖氨酸残基除Lys47外,都容易被修饰.而在固相修饰的时候,水蛭素仅Lys35和Lys27容易被修饰. 展开更多
关键词 水蛭素 分子动力学模拟 聚乙二醇(PEG)修饰 溶液可及表面积
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伴刀豆球蛋白A-糖复合物的模拟分析 被引量:3
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作者 吴显辉 郭明雄 +4 位作者 冯胜彦 陈蔚梅 艾建宇 吴斌 熊晓然 《武汉植物学研究》 CSCD 2003年第1期66-72,共7页
主要分析 Con A与不同的糖特异性结合时其活性位点构象变化的特征。模拟分析了 Con A糖结合活性中心氨基酸残基结构特征 ,同时对相应残基原子可及性表面进行了计算和分析。结果表明 :(1) Con A在和不同的糖结合时 ,存在不同的结合方式 ;... 主要分析 Con A与不同的糖特异性结合时其活性位点构象变化的特征。模拟分析了 Con A糖结合活性中心氨基酸残基结构特征 ,同时对相应残基原子可及性表面进行了计算和分析。结果表明 :(1) Con A在和不同的糖结合时 ,存在不同的结合方式 ;(2 )不管 Con A和什么糖结合 ,主要的作用是由活性中心的 Tyr12、Asn14、Asp2 0 8和 Arg2 2 8提供的 ;(3)无论是结合单糖还是寡糖 ,活性中心总是与第一个糖环起主要的结合作用。 展开更多
关键词 伴刀豆球蛋白A 溶剂可及表面积 模拟
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基于朴素贝叶斯分类器的蛋白质界面残基识别(英文) 被引量:1
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作者 王池社 程家兴 +1 位作者 苏守宝 徐栋哲 《计算机科学与探索》 CSCD 2009年第3期293-302,共10页
蛋白质相互作用中界面残基的识别在药物设计与生物体的新陈代谢等方面有着广泛应用。基于朴素贝叶斯分类器对属性条件独立性的要求,构建了由蛋白质序列谱和溶剂可及表面积组成的蛋白质相互作用特征模型。在一个具有代表性的蛋白质异源... 蛋白质相互作用中界面残基的识别在药物设计与生物体的新陈代谢等方面有着广泛应用。基于朴素贝叶斯分类器对属性条件独立性的要求,构建了由蛋白质序列谱和溶剂可及表面积组成的蛋白质相互作用特征模型。在一个具有代表性的蛋白质异源复合物组成的数据集中取得了68.1%的准确率、0.201 的相关系数、40.2%的特异度和 49.9%的灵敏度,取得了比其他方法更优的结果,且远优于随机的实验结果。通过一个三维可视化的结果更好地验证了方法的有效性。 展开更多
关键词 朴素贝叶斯分类器 蛋白质相互作用界面 序列谱 残基溶剂可及表面积
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应用支持向量机预测蛋白质相互作用位点 被引量:1
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作者 孟炜 王飞飞 +2 位作者 彭新俊 沈称意 王翼飞 《应用科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期403-408,共6页
蛋白质相互作用位点的识别对于突变设计和预测蛋白质相互作用的网络是非常重要的.基于支持向量机学习方法,该文提出一种用于预测蛋白质相互作用位点的有效数据属性抽取方法,该方法利用蛋白质的序列信息、蛋白质残基的可及表面积和进化... 蛋白质相互作用位点的识别对于突变设计和预测蛋白质相互作用的网络是非常重要的.基于支持向量机学习方法,该文提出一种用于预测蛋白质相互作用位点的有效数据属性抽取方法,该方法利用蛋白质的序列信息、蛋白质残基的可及表面积和进化率来构造向量,通过十倍交叉验证来对数据进行训练和预测.实际计算的结果显示,该方法的准确率为72.19%,比只利用序列信息和进化率信息的方法提高了5.71%. 展开更多
关键词 蛋白质相互作用位点 支持向量机 序列信息 可及表面积 进化率
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蛋白质系统突变分析及系综优化算法的计算机实现
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作者 沈称意 李冯 +2 位作者 彭新俊 刘祥 王翼飞 《上海大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期377-382,共6页
蛋白质突变分析是研究蛋白质活性位点、蛋白质相互作用分析及蛋白质功能的重要手段,由于常规的实验方法费时费力,计算机模拟蛋白质位点系统突变,并对突变的效果作合理的评价就显得尤为重要.介绍了计算机模拟蛋白质位点系统突变的实现方... 蛋白质突变分析是研究蛋白质活性位点、蛋白质相互作用分析及蛋白质功能的重要手段,由于常规的实验方法费时费力,计算机模拟蛋白质位点系统突变,并对突变的效果作合理的评价就显得尤为重要.介绍了计算机模拟蛋白质位点系统突变的实现方法,利用系综优化算法对各突变体的自由能进行计算,并提出合理的评估标准.与现有的生物学实验结果相比较,计算机模拟计算的正确率为69.23%,假阳性率为30.77%. 展开更多
关键词 自治系综优化 蛋白质系统突变 突变分析 可及表面积
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机器学习在蛋白质疏水相互作用模型研究中的应用
10
作者 冯晨博 马维强 +1 位作者 程润 王骏 《南京大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期919-927,共9页
疏水相互作用是一种十分复杂的非线性多体等效相互作用,在蛋白质折叠中发挥着主导作用,对蛋白质溶剂可及表面积(SASA)的分析是刻画该作用的重要手段.为了解决SASA解析或数值方法难以平衡计算成本和精确度的问题,将机器学习方法应用于蛋... 疏水相互作用是一种十分复杂的非线性多体等效相互作用,在蛋白质折叠中发挥着主导作用,对蛋白质溶剂可及表面积(SASA)的分析是刻画该作用的重要手段.为了解决SASA解析或数值方法难以平衡计算成本和精确度的问题,将机器学习方法应用于蛋白质SASA的预测中.与传统的典型方法进行比较,该方法得到的结果,误差小了一个数量级,计算速度比解析方法提升了近两个数量级.将该方法拓展到基于蛋白质粗粒化结构的SASA预测上,也取得了良好的结果.该方法为蛋白质物理的研究提供了新的高效计算工具. 展开更多
关键词 蛋白质折叠 疏水相互作用 溶剂可及表面积(SASA) 机器学习
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