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变性梯度凝胶电泳(DGGE)在微生物生态学中的应用 被引量:101
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作者 马悦欣 Carola Holmstrm +1 位作者 Jeremy Webb Staffan Kjelleberg 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第8期1561-1569,共9页
由于从环境样品中分离和培养细菌的困难 ,分子生物学方法已发展用来描述和鉴定微生物群落。近年来基于 DNA方法的群落分析得到了迅速的发展 ,如 PCR扩增技术 ,克隆文库法 ,荧光原位杂交法 ,限制性酶切片段长度多态性法 ,变性和温度梯度... 由于从环境样品中分离和培养细菌的困难 ,分子生物学方法已发展用来描述和鉴定微生物群落。近年来基于 DNA方法的群落分析得到了迅速的发展 ,如 PCR扩增技术 ,克隆文库法 ,荧光原位杂交法 ,限制性酶切片段长度多态性法 ,变性和温度梯度凝胶电泳法。DGGE已广泛用于分析自然环境中细菌、蓝细菌 ,古菌、微微型真核生物、真核生物和病毒群落的生物多样性。这一技术能够提供群落中优势种类信息和同时分析多个样品。具有可重复和容易操作等特点 ,适合于调查种群的时空变化 ,并且可通过对切下的带进行序列分析或与特异性探针杂交分析鉴定群落成员。DGGE分析微生物群落的一般步骤如下 :一是核酸的提取 ,二是 1 6Sr RNA,1 8S r RNA或功能基因如可容性甲烷加单氧酶羟化酶基因 ( mmo X)和氨加单氧酶 α-亚单位基因 ( amo A)片段的扩增 ,三是通过DGGE分析 PCR产物。DGGE使用具有化学变性剂梯度的聚丙烯酰胺凝胶 ,该凝胶能够有区别的解链PCR扩增产物。由 PCR产生的不同的 DNA片段长度相同但核苷酸序列不同。因此不同的双链 DNA片段由于沿着化学梯度的不同解链行为将在凝胶的不同位置上停止迁移 [5] 。 DNA解链行为的不同导致一个凝胶带图案 ,该图案是微生物群落中主要种类的一个轮廓。 DGGE使用所有生物中保守的基因? 展开更多
关键词 dgge 微生物生态学 PCR RRNA 变性梯度凝胶电泳
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变性梯度凝胶电泳技术在微生物多样性研究中的应用 被引量:9
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作者 刘鹏飞 赵丹 +1 位作者 宋刚 葛菁萍 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2013年第6期88-92,共5页
变性梯度凝胶电泳是不依赖于培养的、依据DNA分子的大小和所带电荷分析微生物多样性和动态变化的分子生物学技术,具有检测极限低、分析速度快及重复性好等优点。主要对变性梯度凝胶电泳原理、特点及其在微生物多样性应用方面进行综述。
关键词 变性梯度凝胶电泳 微生物多样性 Denatured GRADIENT GEL ELECTROPHORESIS ( dgge)
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利用变性梯度凝胶电泳分析微生物的多样性 被引量:20
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作者 付琳林 李海星 曹郁生 《生物技术通报》 CAS CSCD 2004年第2期38-40,共3页
综述了不依赖于培养的变性梯度凝胶电泳技术 (DGGE)分析微生物多样性的原理 ,并列举它的应用实例。DGGE和传统方法相比有很多优点 ,若将DGGE和其他方法结合起来 ,效果更好 ,应用更广泛。
关键词 变性梯度凝胶电泳 微生物多样性 PCR 16SrRNA dgge
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变性梯度凝胶电泳技术及其在食品微生物研究中的应用 被引量:8
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作者 刘灿 生吉萍 申琳 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第11期266-272,共7页
食品中的很多微生物无法分离培养,传统的微生物研究方法不仅费时费力,而且会造成偏差。变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)是一种不依赖于纯培养的分子技术,因其快速、灵敏、分析全面等特点已被广泛应用... 食品中的很多微生物无法分离培养,传统的微生物研究方法不仅费时费力,而且会造成偏差。变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)是一种不依赖于纯培养的分子技术,因其快速、灵敏、分析全面等特点已被广泛应用于微生物生态学的研究中。本文介绍了DGGE的发展历程、原理、操作步骤及其在食品微生物研究中的进展,评价了该技术的优势和局限性,展望了其在食品领域内的应用前景。 展开更多
关键词 食品微生物 变性梯度凝胶电泳(dgge) 微生物多样性
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常见赤潮藻类的变性梯度凝胶电泳分析 被引量:3
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作者 邵娟 王朝晖 +1 位作者 林朗聪 张珂 《暨南大学学报(自然科学与医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期504-508,共5页
为了解我国典型有毒有害赤潮藻类的变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱以及DGGE技术在赤潮藻类分析鉴定中的作用,本课题组运用DGGE技术,研究了我国沿海7种重要赤潮藻类的单一种类以及混合种类样品的18S rDNA V3区的DGGE指纹图谱,并且对2009... 为了解我国典型有毒有害赤潮藻类的变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱以及DGGE技术在赤潮藻类分析鉴定中的作用,本课题组运用DGGE技术,研究了我国沿海7种重要赤潮藻类的单一种类以及混合种类样品的18S rDNA V3区的DGGE指纹图谱,并且对2009年10月底在广东省珠海海域发生的双胞旋沟藻(Cochlodini-um geminatum)赤潮样品进行了DGGE分析.结果表明,DGGE技术能够对环节环沟藻、海洋原甲藻、血红哈卡藻、锥状斯氏藻、中肋骨条藻、塔玛亚历山大藻、双胞旋沟藻7种常见的海洋赤潮藻类具有较好的区分效果,同时监测出赤潮样品中双胞旋沟藻、血红哈卡藻、环节环沟藻和海洋原甲藻4种优势种,种类组成与显微镜观察结果具有较好的一致性.结果说明DGGE技术可作为一种辅助方法对赤潮藻类进行分类鉴定. 展开更多
关键词 变性梯度凝胶电泳(dgge) 海洋微藻 双胞旋沟藻 赤潮 聚合酶链式反应(PCR)
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变性梯度凝胶电泳技术的原理及其在畜牧业中的应用 被引量:3
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作者 朱南山 李丽立 张彬 《广东畜牧兽医科技》 2007年第2期14-16,共3页
变性梯度凝胶电泳(DenaturingGradientGelE1ectrophoresiS,DGGE)是由Fisher和Lerman发明用于检测DNA突变的技术,1993年Muyzer等首次将其用于分析土壤的微生物区系,成为检测微生物多样性,的一种有效方法。近年来开始运用于动物胃... 变性梯度凝胶电泳(DenaturingGradientGelE1ectrophoresiS,DGGE)是由Fisher和Lerman发明用于检测DNA突变的技术,1993年Muyzer等首次将其用于分析土壤的微生物区系,成为检测微生物多样性,的一种有效方法。近年来开始运用于动物胃肠道微生物的研究,通过DGGE研究微生物数量及多样性,了解肠道微生物的结构和组成。本文就DGGE技术的原理、优缺点及其在畜牧业中的应用作一综述。 展开更多
关键词 变性梯度凝胶电泳 凝胶电泳技术 畜牧业 应用 原理 微生物多样性 胃肠道微生物 dgge技术
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用于分析土壤微生物结构变化规律的变性梯度凝胶电泳条件研究
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作者 冯敏 吴红艳 +2 位作者 王志学 郭玲玲 李赞 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2018年第5期73-77,共5页
研究确定土壤微生物基因组DNA提取方法、PCR扩增条件、DGGE电泳条件,为进一步研究分析土壤中微生物结构变化规律提供理论依据。土壤微生物基因组DNA提取采用直接法和间接法进行比较; PCR扩增条件调整扩增体系、DGGE电泳条件调整变性剂范... 研究确定土壤微生物基因组DNA提取方法、PCR扩增条件、DGGE电泳条件,为进一步研究分析土壤中微生物结构变化规律提供理论依据。土壤微生物基因组DNA提取采用直接法和间接法进行比较; PCR扩增条件调整扩增体系、DGGE电泳条件调整变性剂范围,并对其结果进行比较分析。通过对DGGE电泳相关条件的研究,结果显示,土壤中粗基因组DNA采用直接法提取,然后进行纯化; PCR扩增体系中加入BSA,DGGE电泳系统组成中变性剂浓度范围为35%~55%。确定了土壤微生物基因组DNA提取方法、PCR扩增条件、DGGE电泳条件,为后续的相关研究提供理论依据。 展开更多
关键词 变性梯度凝胶电泳(dgge) 微生物结构变化规律 秸秆生物降解
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PCR-DGGE技术用于湖泊沉积物中微生物群落结构多样性研究 被引量:79
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作者 赵兴青 杨柳燕 +6 位作者 陈灿 肖琳 蒋丽娟 马喆 朱昊巍 于振洋 尹大强 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第11期3610-3616,共7页
采用PCR-DGGE分子指纹图谱技术比较南京市玄武湖、奠愁湖和太湖不同位置的表层沉积物微生物群落结构,研究结果表明,三湖泊沉积物微生物的16SrDNA的PCR扩增结果约为626bp,为16S rDNA V3~V5区特异性片段。玄武湖和莫愁湖表层沉积物中... 采用PCR-DGGE分子指纹图谱技术比较南京市玄武湖、奠愁湖和太湖不同位置的表层沉积物微生物群落结构,研究结果表明,三湖泊沉积物微生物的16SrDNA的PCR扩增结果约为626bp,为16S rDNA V3~V5区特异性片段。玄武湖和莫愁湖表层沉积物中大约有20种优势菌群,且同一湖泊不同采样点DGGE图谱的差异性不大,细菌群落结构具有较高的相似性,而太湖样品DGGE条带的数目和位置表现出明显差异,且不同采样点图谱的差异性较大。三湖泊除具有特征性的微生物种属外,还分布约5个相同的细菌种群,可能与沉积物的理化性质和水生植被的影响相关。对DGGE图谱中7条主带进行回收、扩增和测序,结果显示其优势菌群具有不同的序列组成,其中5个序列与Genebank中已登录的细菌种群的同源性≥99%,2个序列的同源性为96%和93%,其中2个相似的细菌类群目前尚未获得纯培养。 展开更多
关键词 沉积物 微生物多样性 变性梯度凝胶电泳(dgge) 16S RDNA 序列测定
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应用PCR-DGGE技术解析白酒大曲细菌群落结构 被引量:25
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作者 孟镇 熊正河 +1 位作者 钟其顶 白志辉 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期159-162,共4页
应用DGGE技术分析不同批次的大曲细菌群落结构,采用SDS+酶法提取大曲基因组DNA,以细菌通用引物进行16SrRNA基因V3高变异区PCR扩增,将产物进行DGGE分离,获得表征大曲细菌群落结构的DGGE指纹图谱,结果表明,不同批次的大曲细菌群落结构组... 应用DGGE技术分析不同批次的大曲细菌群落结构,采用SDS+酶法提取大曲基因组DNA,以细菌通用引物进行16SrRNA基因V3高变异区PCR扩增,将产物进行DGGE分离,获得表征大曲细菌群落结构的DGGE指纹图谱,结果表明,不同批次的大曲细菌群落结构组成类似,系统发育分析结果显示大曲中细菌主要属于厚壁菌门(Firmicutes),包括乳杆菌科(Lactobacillaceae)、芽孢杆菌科(Bacillaceae)和放线菌科(Thermoactino-mycetaceae)等。另外在大曲中除了存在酒醅中多有发现的细菌外,还存在着不可培养的微生物。 展开更多
关键词 梯度变性凝胶电泳 大曲 群落 细菌
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PCR-DGGE技术在农田土壤微生物多样性研究中的应用 被引量:84
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作者 罗海峰 齐鸿雁 +1 位作者 薛凯 张洪勋 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第8期1570-1575,共6页
变性梯度凝胶电泳技术 ( DGGE)在微生物生态学领域有着广泛的应用。研究采用化学裂解法直接提取出不同农田土壤微生物基因组 DNA,并以此基因组 DNA为模板 ,选择特异性引物 F357GC和 R518对 1 6Sr RNA基因的 V3区进行扩增 ,长约 2 30 bp... 变性梯度凝胶电泳技术 ( DGGE)在微生物生态学领域有着广泛的应用。研究采用化学裂解法直接提取出不同农田土壤微生物基因组 DNA,并以此基因组 DNA为模板 ,选择特异性引物 F357GC和 R518对 1 6Sr RNA基因的 V3区进行扩增 ,长约 2 30 bp的 PCR产物经变性梯度凝胶电泳 ( DGGE)进行分离后 ,得到不同数目且分离效果较好的电泳条带。结果说明 ,DGGE能够对土壤样品中的不同微生物的 1 6Sr RNA基因的 V3区的 DNA扩增片断进行分离 ,为这些 DNA片断的定性和鉴定提供了条件。与传统的平板培养方法相比 ,变性梯度凝胶电泳 ( DGGE)技术能够更精确的反映出土壤微生物多样性 ,它是一种有效的微生物多样性研究技术。 展开更多
关键词 变性梯度凝胶电泳 dgge 基因组DNA 16S RRNA 微生物多样性 农田土壤
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DG-DGGE分析产氢发酵系统微生物群落动态及种群多样性 被引量:32
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作者 邢德峰 任南琪 +3 位作者 宋业颖 李秋波 赵立华 徐香玲 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第7期1818-1823,共6页
应用双梯度-变性梯度凝胶电泳(DG-DGGE)对生物制氢反应器微生物种群的动态变化及多样性进行监测。间隔7d从反应器取厌氧活性污泥,以细菌16SrDNA通用引物进行V2~V3区域PCR扩增,长约450bp的PCR产物经DGGE分离后,获得污泥微生物群落的16Sr... 应用双梯度-变性梯度凝胶电泳(DG-DGGE)对生物制氢反应器微生物种群的动态变化及多样性进行监测。间隔7d从反应器取厌氧活性污泥,以细菌16SrDNA通用引物进行V2~V3区域PCR扩增,长约450bp的PCR产物经DGGE分离后,获得污泥微生物群落的16SrDNA指纹图谱。污泥接种到反应器后微生物群落中既有原始种群的消亡和增长,也有次级种群的强化和演变。反应器在运行初期群落演替迅速,15d时微生物群落结构变化最大。群落结构的相似性随着演替时间的增加而逐渐升高,种群动态变化后形成稳定的群落结构。29d时微生物多样性基本保持不变,微生物优势种属达到19个OTU。在细菌竞争和协同作用制约下,种群多样性降低后趋于稳定,形成顶级群落。有些种群在群落结构中一直存在,是群落建成的原始种群,原始种群与次级种群在代谢过程中具有协同作用,表现出群落的综合生态特征。 展开更多
关键词 群落动态 群落多样性 变性梯度凝胶电泳(dgge) 16S rDNA 生物制氢
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PCR-DGGE方法分析原油储层微生物群落结构及种群多样性 被引量:51
12
作者 佘跃惠 张凡 +4 位作者 向廷生 刘彬彬 赵立平 周玲革 舒肤昌 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期237-242,共6页
使用基于 16 S r DNA的 PCR- DGGE(变性梯度凝胶电泳 )图谱分析结合条带割胶回收 DNA进行序列分析 ,对新疆克拉玛依油田一中区注水井 (12 # 9- 11)和与该注水井相应的两个采油井 (12 # 9- 9S、13# 11- 8)井口样品微生物群落的多样性进... 使用基于 16 S r DNA的 PCR- DGGE(变性梯度凝胶电泳 )图谱分析结合条带割胶回收 DNA进行序列分析 ,对新疆克拉玛依油田一中区注水井 (12 # 9- 11)和与该注水井相应的两个采油井 (12 # 9- 9S、13# 11- 8)井口样品微生物群落的多样性进行了比较并鉴定了部分群落成员。 DGGE图谱聚类分析表明注水井与两油井微生物群落的相似性分别为 30 %和 2 0 % ,而两油井间微生物群落结构的相似性为 5 4 %。DGGE图谱中优势条带序列分析表明注水井样品和油井样品中的优势菌群为未培养的环境微生物 ,它们与数据库中 α、γ、δ、ε变形杆菌 (Proteobacteria)和拟杆菌 (Bacteroidetes)有很近的亲缘关系。 DGGE与分子克隆相结合的分子生物学方法在研究微生物提高原油采收率 (MEOR)机理 ,以及指导 展开更多
关键词 注水井 油井 变性梯度凝胶电泳(dgge) 多样性 微生物提高原油采收率(MEOR)
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鹌鹑肠道微生物PCR-DGGE方法的优化 被引量:3
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作者 张振华 鲍王波 +2 位作者 余冉 王长永 刘燕 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期73-78,共6页
通过对鹌鹑肠道微生物总DNA不同提取方法的效率进行比较,探讨DNA质量以及PCR-DGGE反应条件对研究鹌鹑肠道微生物多样性的影响。本试验利用常规的饱和苯酚/氯仿法和3种试剂盒(QIAGEN试剂盒、上海生工试剂盒、天根试剂盒)方法提取鹌鹑肠... 通过对鹌鹑肠道微生物总DNA不同提取方法的效率进行比较,探讨DNA质量以及PCR-DGGE反应条件对研究鹌鹑肠道微生物多样性的影响。本试验利用常规的饱和苯酚/氯仿法和3种试剂盒(QIAGEN试剂盒、上海生工试剂盒、天根试剂盒)方法提取鹌鹑肠道微生物总DNA,分别以细菌V3可变区引物和V6-V8可变区引物以及不同退火温度进行PCR-DGGE分析。QIAGEN试剂盒法提取的肠道微生物总DNA的A260/A280值在1.8-1.9之间,浓度约200 ng/μL,DGGE微生物多样性条带均匀度均高于其他3种提取方法。此外,利用不同引物扩增的DGGE图谱发现,以V6-V8可变区引物扩增的DGGE图谱条带均匀,分离充分,较V3可变区更能反映鹌鹑肠道微生物种群的多样性;同时,随PCR退火温度的升高,V6-V8可变区的微生物多样性指数下降,V3可变区的微生物多样性则无明显变化。 展开更多
关键词 鹌鹑 肠道微生物 总DNA提取 变性凝胶梯度电泳(dgge)
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采用PCR-DGGE技术分析蛋鸡肠道细菌种群结构及多样性 被引量:56
14
作者 倪学勤 Joshua Gong +3 位作者 Hai Yu 曾东 Shayan Sharif 周小秋 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期955-961,共7页
利用基于16S rDNA的PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)图谱技术结合特异性和共性条带割胶回收DNA进行克隆和测序,对2、4、6和8周龄蛋鸡嗉囊、十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物细菌群落的结构和多样性进行了比较,并鉴定了8周龄蛋鸡部分特异性... 利用基于16S rDNA的PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)图谱技术结合特异性和共性条带割胶回收DNA进行克隆和测序,对2、4、6和8周龄蛋鸡嗉囊、十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物细菌群落的结构和多样性进行了比较,并鉴定了8周龄蛋鸡部分特异性和共性群落成员,分析蛋鸡年龄和肠段部位对微生物群落结构和多样性的影响。肠道菌群DGGE图谱显示肠道部位对细菌种群结构影响很大,盲肠内微生物的多样性最高,其次是回肠和空肠,嗉囊和十二指肠的微生物多样性比较低。十二指肠内细菌与其它肠段相比差异最大,其次是盲肠与其它肠段细菌组成的差异。随着蛋鸡周龄的增加,消化道微生物经历了由简单(2周)到复杂(4周),再回复简单(6周)到复杂(8周)的变化过程。DGGE图谱中共性条带序列分析表明8周龄蛋鸡消化道前段的优势细菌是三得利乳杆菌(Lactobacillus suntoryeus)、索氏梭菌(Clostridium sordellii)和大肠杆菌,盲肠中的特异性条带主要是各种不可培养的细菌以及超巨巨单胞菌(Megamonas hypermegale)和梭菌属细菌(Clostridiumspp)。该研究结果表明蛋鸡肠道部位决定细菌群落的结构和多样性,蛋鸡的周龄影响肠道细菌多样性。 展开更多
关键词 蛋鸡 肠道菌群 变性梯度凝胶电泳(dgge) 多样性
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PCR-DGGE技术分析断奶仔兔肠道微生物菌群结构及多样性 被引量:13
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作者 白秀娟 刘诚刚 +2 位作者 杜智恒 付晶 杨洪雁 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第9期64-69,F0003,共7页
利用PCR-DGGE技术对断奶后10、20、30 d仔兔的十二指肠、空肠、回肠、盲肠和结肠16S rDNAV3区基因进行图谱分析,通过对清晰的特异性和共性条带切胶回收DNA和克隆测序,对不同日龄和不同肠段内容物细菌群落的结构和多样性进行比较,并鉴定... 利用PCR-DGGE技术对断奶后10、20、30 d仔兔的十二指肠、空肠、回肠、盲肠和结肠16S rDNAV3区基因进行图谱分析,通过对清晰的特异性和共性条带切胶回收DNA和克隆测序,对不同日龄和不同肠段内容物细菌群落的结构和多样性进行比较,并鉴定其群落成员,分析断奶仔兔不同日龄和肠段部位对微生物群落结构与多样性的影响。肠道菌群DGGE图谱显示断奶仔兔肠道部位和不同日龄对细菌种群结构和多样性影响很大,随着日龄增加,十二指肠和盲肠段微生物种类趋于复杂,空肠和结肠段经历由简单到复杂再到简单的过程,而回肠段肠道微生物则出现由复杂到简单再到复杂的过程。各肠段的优势细菌有厚壁菌门、拟杆菌、梭状杆菌、博德氏菌属、毛螺旋菌科,以及各种不可培养的细菌等。 展开更多
关键词 断奶仔兔 肠道微生物 变性梯度凝胶电泳(dgge) 16S rDNA
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超声波破碎法提取活性污泥DNA及其DGGE分析 被引量:11
16
作者 万晶晶 张汝嘉 +3 位作者 邢德峰 谢天卉 赵丽华 任南琪 《哈尔滨工业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第4期559-562,共4页
为快速提取活性污泥中的微生物DNA,进一步应用于变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术分析其群落结构,采用细胞超声波破碎法直接提取反应器活性污泥DNA,以16S rRNA V3区域通用引物进行PCR扩增,随后利用DGGE技术对扩增产物的多样性进行评估.结果表... 为快速提取活性污泥中的微生物DNA,进一步应用于变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术分析其群落结构,采用细胞超声波破碎法直接提取反应器活性污泥DNA,以16S rRNA V3区域通用引物进行PCR扩增,随后利用DGGE技术对扩增产物的多样性进行评估.结果表明,超声波破碎法可以快速地提取活性污泥DNA,用超声波破碎法提取到的活性污泥克服了PCR扩增困难的问题.在一定的超声波功率下,超声时间对DNA产率、PCR扩增效率和DGGE分析均有很大影响,实验的最佳超声时间为27 s.DGGE分析表明,用该法提取到的DNA种类较为丰富,多样性较好,种群强度最高能达到0.7 OD,能够进一步应用于群落结构分析. 展开更多
关键词 超声波破碎法 活性污泥 DNA提取 PCR 变性梯度凝胶电泳(dgge)
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基于DGGE技术的茯砖茶发花过程细菌群变化分析 被引量:13
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作者 刘石泉 胡治远 赵运林 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期3007-3015,共9页
变性梯度胶电泳是当前微生物生态学研究重要技术之一。为研究茯砖茶发花过程中细菌群落结构和种类,对发花过程中不同时段细菌16S rDNA的V3可变区扩增,经变性梯度胶电泳(DGGE)后、对细菌DGGE条带进行克隆、测序和比对。结果表明,在发花... 变性梯度胶电泳是当前微生物生态学研究重要技术之一。为研究茯砖茶发花过程中细菌群落结构和种类,对发花过程中不同时段细菌16S rDNA的V3可变区扩增,经变性梯度胶电泳(DGGE)后、对细菌DGGE条带进行克隆、测序和比对。结果表明,在发花过程的第0—4天、6—8天、10—14天茯砖茶发花存在3个差异较大的细菌优势种群结构的演变;从16SrDNA的V3可变区比对结果证明黑毛茶发花过程中有短波单胞菌属、诺卡氏菌属、新鞘脂菌属、突那梭菌属、韦龙氏假单胞菌属、乳杆菌属、克雷伯氏菌属以及不可培养ε-变形菌、腐败螺旋菌属、粘球菌属、根瘤菌属和6种未知分类地位的不可培养细菌,说明采用DGGE指纹图谱能更系统、更真实地反映茯砖茶发花发酵过程中细菌群落结构和多样性变化。 展开更多
关键词 茯砖茶 发花发酵 变性梯度凝胶电泳(dgge) 细菌群
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PCR-DGGE分析玉溪地区水果泡菜中细菌多样性 被引量:9
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作者 王蓓 李淑英 +2 位作者 张翠萍 卢国理 周元清 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2017年第4期740-746,共7页
【目的】结合自然发酵生产泡菜的原理,分析云南传统水果泡菜的细菌群落组成和结构多样性,探索泡菜发酵过程中的微生物机制。【方法】采用PCR-DGGE和构建16S rRNA基因文库的方法,对从玉溪市场购买的萝卜、黄瓜、梨3种泡菜样品中细菌群落... 【目的】结合自然发酵生产泡菜的原理,分析云南传统水果泡菜的细菌群落组成和结构多样性,探索泡菜发酵过程中的微生物机制。【方法】采用PCR-DGGE和构建16S rRNA基因文库的方法,对从玉溪市场购买的萝卜、黄瓜、梨3种泡菜样品中细菌群落结构进行研究。【结果】玉溪地区自然发酵泡菜中的细菌种类比较丰富,由于不同水果泡菜的营养基质和附着在蔬菜表面及内在的细菌群落结构不同,导致细菌种类在不同泡水果中所占的相对丰度有较大差异。乳酸菌属(Lactobacillus sp.)在泡水果中并非优势种群,但丘状乳杆菌(Lactobacillus collinoides)在发酵中发挥着重要的作用。此外,在散称泡菜液中检测出部分致病菌,主要为肠球菌属(Enterococcus sp.)、葡萄球菌属(Staphylococcus sp.)和不动杆菌属(Acinetobacter sp.),推测市场上散称泡菜容易滋生致病菌,可能存在一定安全风险。【结论】PCR-DGGE技术能够高效、精确地检测到水果泡菜的细菌多样性。泡菜微生物的组成是指示泡菜安全性的一个重要指标。 展开更多
关键词 水果泡菜 细菌多样性 16S RRNA基因 变性梯度凝胶电泳(dgge)
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盐渍青菜的细菌菌群结构DGGE分析及产酸细菌分离鉴定 被引量:7
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作者 尹礼国 马双艳 +6 位作者 李华兰 杨婧 梁会朋 张其圣 陈功 吴正云 张文学 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期18-23,共6页
采用变性梯度凝胶电泳技术(denatured gradient gel electrophoresis,DGGE)对不同盐渍青菜样品的细菌菌群结构进行了分析。对优势条带测序分析表明,盐渍青菜中主要的优势细菌是乳杆菌属(Lactobacillus)、魏斯氏菌属(Weissella)、糖多孢... 采用变性梯度凝胶电泳技术(denatured gradient gel electrophoresis,DGGE)对不同盐渍青菜样品的细菌菌群结构进行了分析。对优势条带测序分析表明,盐渍青菜中主要的优势细菌是乳杆菌属(Lactobacillus)、魏斯氏菌属(Weissella)、糖多孢菌属(Saccharopolyspora)、短芽孢杆菌属(Brevibacillus)细菌。在腌渍初期,海源菌属(Idiomarina)与海洋杆菌属(Marinobacter)细菌较丰富,在腌渍后期明显减少。乳杆菌属细菌在腌渍14、26个月的青菜中含量丰富,在腌渍2个月的青菜中含量较少。通过分离培养技术从盐渍青菜中分离获得23株产酸细菌,通过16S rDNA序列分析初步确定戊糖乳杆菌(Pediococcus pentosaceus)8株,枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)与植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)各5株,解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)2株,溶血性葡萄球菌(Staphylococcus hominis)、解淀粉芽孢杆菌植物亚种(Bacillus amyloliquefaciens subsp.plantarum)、短乳杆菌(Lactobacillus brevis)各1株。DGGE操作简便,能够较好地反映盐渍青菜的细菌菌群变化,在盐渍青菜的细菌菌群结构分析中具有独特的优势。分离获得的产酸细菌可为盐渍工艺改进提供菌种资源。 展开更多
关键词 变性梯度凝胶电泳(dgge) 盐渍青菜 产酸细菌 细菌群落结构
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DGGE法分析酱菜中酵母菌多样性 被引量:9
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作者 燕平梅 魏爱丽 +1 位作者 陈燕飞 赵文婧 《中国调味品》 CAS 北大核心 2019年第10期136-139,共4页
为了探究酱菜中酵母菌的多样性,以两种市售酱菜为研究对象,从酱菜汁中提取微生物基因组DNA。对26S rDNA基因片段进行扩增。经变性梯度凝胶电泳(denatured gradient gel electrophoresis,DGGE)技术分离混合酵母菌26S rDNA的基因条带。回... 为了探究酱菜中酵母菌的多样性,以两种市售酱菜为研究对象,从酱菜汁中提取微生物基因组DNA。对26S rDNA基因片段进行扩增。经变性梯度凝胶电泳(denatured gradient gel electrophoresis,DGGE)技术分离混合酵母菌26S rDNA的基因条带。回收DGGE电泳中荧光度强的电泳带,经克隆后测定碱基序列,与GenBank库序列对比鉴定,并构建系统发育树。使用Quantity One软件分析DGGE凝胶图谱,分析酱菜中酵母菌的多样性。结果表明,袋装酱菜(用JA编号)样品与散装酱菜(用JB编号)样品的均匀度指数无显著差异(P>0.05)。JA样品的多样性指数和丰富度指数显著大于JB样品(P<0.05),表明JA样品的酵母菌种类较丰富。酱菜样品中的3条优势条带分别与Pichia fermentans(乳源酵母)、Candida tropicalis(热带假丝酵母)、Candida tropicalis(热带假丝酵母)的菌株相似,相似度分别为88%、98%、98%。两种酱菜样品的共有菌是Candida tropicalis(热带假丝酵母)。袋装酱菜样品的特有菌是乳源酵母(Pichia fermentans),散装酱菜样品没有特有菌种。 展开更多
关键词 酱菜 酵母菌 聚合酶链式反应(PCR) 变性梯度凝胶电泳(dgge)
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