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利用CRISPR/Cas9系统编辑拟南芥2个双链结合蛋白
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作者 吴坤鑫 武亚丹 +4 位作者 张春微 刘志昕 王健华 余乃通 张秀春 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2018年第7期1367-1372,共6页
CRSPR/Cas9系统可对植物的内源基因进行有效定点编辑,为获得基因缺失突变体提供了新的方向。本研究在双链结合蛋白(ds RNA-binding protein,DRB)DRB3和DRB5两个基因外显子的保守序列设计2个靶点,并构建与t RNA串联的双靶点CRISPR/Cas9... CRSPR/Cas9系统可对植物的内源基因进行有效定点编辑,为获得基因缺失突变体提供了新的方向。本研究在双链结合蛋白(ds RNA-binding protein,DRB)DRB3和DRB5两个基因外显子的保守序列设计2个靶点,并构建与t RNA串联的双靶点CRISPR/Cas9表达载体。通过一次转化,获得了DRB3或DRB5单独被编辑或同时被编辑的拟南芥突变体dcl2drb4转基因T_1代植株,为研究DRB3、DRB5是否参与DCL4介导的抗病毒RNA沉默通路奠定基础。 展开更多
关键词 CRISPR/Cas9 基因编辑 拟南芥 双链结合蛋白
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番茄双链RNA绑定蛋白(SlDRB)基因家族鉴定及抗TYLCV防御反应分析
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作者 黄鑫 方远鹏 +3 位作者 岳宁波 张龙 吴丹 李云洲 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期291-301,共11页
番茄生产是现代蔬菜生产的主导产业,因经济价值高,成为乡村振兴的优势产业。然而番茄生产大多面临番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)和其他病毒的严重威胁。最新研究发现双链RNA结合蛋白(DRB)在植物RNA干扰(RNAi)抗病毒通路中发挥重要作用。为探... 番茄生产是现代蔬菜生产的主导产业,因经济价值高,成为乡村振兴的优势产业。然而番茄生产大多面临番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)和其他病毒的严重威胁。最新研究发现双链RNA结合蛋白(DRB)在植物RNA干扰(RNAi)抗病毒通路中发挥重要作用。为探究番茄DRB(SlDRB)基因抗TYLCV防御反应,本研究通过生物信息学方法鉴定并分析番茄DRB基因的基础性质,包括DRB基因家族进化树、基因结构和基因染色体上的位置、保守基序、组织特异性表达等,同时利用实时荧光定量(qRT-PCR)技术检测SlDRB基因家族对TYLCV的防御反应。结果表明,番茄含有8个SlDRB基因家族成员,分布于6条染色体上,其中3个SlDRB基因位于1号染色体。番茄DRB家族可分出3个亚族,即DRB2/3、DRB6/7和DRB1/4/5/8,不同的亚族内含子数量和蛋白结构分布有所差异。亚细胞定位结果表明SlDRB1、SlDRB5、SlDRB6、SlDRB7和SlDRB8定位于胞外,SlDRB2和SlDRB3定位于细胞质,SlDRB4定位于细胞核。不同SlDRB基因的组织特异性表达差异明显,但是在叶片组织中大多数SlDRB基因表达相对适中,在根、花、果组织中多数基因表达水平相对较高。所有SlDRB基因在番茄受TYLCV侵染后表达水平均有升高,根据表达趋势分为四类:第一类基因SlDRB7、SlDRB8,表达水平持续上调;第二类基因SlDRB2、SlDRB3,在病毒接种第7天表达上调,在第14天下调;第三类基因SlDRB1、SlDRB4,仅在病毒侵染7 d表达上调;第四类基因SlDRB5、SlDRB6,仅在病毒侵染14 d表达上调。本研究在番茄上鉴定了8个SlDRB基因,并明确了该基因参与植株抗病毒的防御反应,为研究SlDRB在番茄RNAi抗病毒中的功能与作用奠定了基础。 展开更多
关键词 番茄 抗病毒 双链RNA结合蛋白(DRB) 生物信息学 表达分析
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Taq DNA聚合酶的分子改造及其在探针法qPCR直扩体系中的应用 被引量:1
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作者 胡松青 袁家惠 +1 位作者 刘光毅 侯轶 《华南理工大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第4期8-16,共9页
Taq DNA聚合酶作为实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)技术的核心组分,其性能优劣直接影响qPCR技术的进一步发展。然而,野生型Taq DNA聚合酶的耐抑制剂性能差、延伸性能不足。为获得具有高性能的Taq DNA聚合酶,采用基因工程技术将双链DN... Taq DNA聚合酶作为实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)技术的核心组分,其性能优劣直接影响qPCR技术的进一步发展。然而,野生型Taq DNA聚合酶的耐抑制剂性能差、延伸性能不足。为获得具有高性能的Taq DNA聚合酶,采用基因工程技术将双链DNA结合蛋白Sso7d或Sto7d融合在野生型Taq DNA聚合酶的N端或C端,构建了4个均可溶表达的改造体,再经过耐受性测试筛选较优的改造体,结果显示:改造体Taq-Sto的耐受性最高,其热稳定性不受影响,且在1 s/kbp的延伸条件下能成功扩增靶标,表明Taq-Sto具有增强的延伸性能,在TaqMan探针法qPCR体系中对腐殖酸、单宁酸、全血等抑制剂同样表现出良好的耐受性。EMSA实验发现:Taq-Sto对DNA模板的结合亲和力有所提高,有利于增强Taq-Sto对模板的竞争力;将Taq-Sto应用于非洲猪瘟病毒(ASFV)的TaqMan探针法qPCR检测,与商品化试剂相比,Taq-Sto具有更低的ASFV检出限,且在体积分数为2%~6%的猪粪便样本或猪肉样本中的检测灵敏度分别为100.0%和85.4%,说明Taq-Sto在直扩qPCR检测领域更具有优势。 展开更多
关键词 Taq DNA聚合酶 双链DNA结合蛋白 耐受性 聚合酶链式反应
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莱茵衣藻CrDRBs基因的克隆和生物信息学分析 被引量:1
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作者 娄素琳 林鑫 +2 位作者 黄思敏 李辉 胡章立 《深圳大学学报(理工版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第5期523-528,共6页
双链核糖核酸(ribonucleic acid,RNA)结合蛋白(double-stranded RNA-binding protein,DRB)是一类含有双链RNA结合结构域(dsRBD)的蛋白,在小核糖核酸(micro ribonucleic acid,microRNA或miRNA)的生物合成和作用方式选择方面起着重要作用... 双链核糖核酸(ribonucleic acid,RNA)结合蛋白(double-stranded RNA-binding protein,DRB)是一类含有双链RNA结合结构域(dsRBD)的蛋白,在小核糖核酸(micro ribonucleic acid,microRNA或miRNA)的生物合成和作用方式选择方面起着重要作用.为获得莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii,C. reinhardtii)中所有CrDRBs的全长序列并进行生物信息学分析,从蛋白质功能结构域Pfam数据库中下载了dsRBD结构域模块,使用HMMER软件基于dsRBD检索C. reinhardtii全基因组序列,获得C. reinhardtii中4个含dsRBD结构域的CrDRB蛋白相关信息.抽提C. reinhardtii总RNA,反转录获得其cDNA,设计相应引物克隆获得其完整的基因ORF序列.设计实时荧光定量PCR引物,以actin基因为内参,分析C. reinhardtii各CrDRBs基因的相对表达.同源比对分析C. reinhardtii各CrDRBs蛋白的dsRBD序列.通过Phyre2软件在线预测其dsRBD的高级结构.将莱茵衣藻CrDRBs的dsRBD与拟南芥的5个DRB成员构建系统进化树分析,初步探讨分析莱茵衣藻CrDRBs各成员的的进化保守性.本研究共获得了4个莱茵衣藻双链RNA结合蛋白,均具有典型的dsRBD结构域,含有3个保守氨基酸.相比已报道的DUS16,其他3个CrDRBs的CDS序列较长,基因表达较高(除CrDRB2外).本研究为下一步揭示莱茵衣藻CrDRB在miRNA调控途径的功能奠定基础. 展开更多
关键词 分子生物学 水生生物学 莱茵衣藻 微小RNA 双链RNA结合蛋白 基因克隆 蛋白结构
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