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基于简化基因组测序的不同干形云南松遗传分析
被引量：
2
1
作者
吴治洋
纵丹
+3 位作者
甘沛华
刘子腾
朱梅彩
何承忠
《云南农业大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第2期285-293,共9页
【目的】研究直干形和扭干形云南松遗传差异,揭示其遗传变异特点。【方法】分别以胚乳和针叶为材料,采用简化基因组测序技术对直干形和扭干形云南松22份样本进行单核苷酸多态型(SNP)位点挖掘及遗传分析。【结果】样本间共获得772240个变...
【目的】研究直干形和扭干形云南松遗传差异,揭示其遗传变异特点。【方法】分别以胚乳和针叶为材料,采用简化基因组测序技术对直干形和扭干形云南松22份样本进行单核苷酸多态型(SNP)位点挖掘及遗传分析。【结果】样本间共获得772240个变异,其中SNP变异762699个,InDel变异9541个。在SNP变异中,颠换(38.28%)类型小于转换(61.72%)类型;而InDel变异中,缺失型变异与插入型变异数量大致相等。遗传差异分析结果显示:直干形云南松胚乳组(ES)、直干形云南松针叶组(NS)、扭干形云南松胚乳组(ET)和扭干形云南松针叶组(NT)中SNP位点的多态性信息含量(PIC)、基因多样性指数(N;)以及Shannon信息指数(Ⅰ)分别在0.1633~0.1837、0.2345~0.2625和0.3043~0.3448之间,云南松分析样本具有较低的遗传差异水平。直干形和扭干形云南松之间具有中度的遗传分化(F;=0.1071,F;=0.1437)和较高水平的基因流(N;=2.0839,N;=1.4893)。位于27条序列上的39个SNP位点能够很好地区分不同干形云南松。SNP注释结果表明:多向耐药性蛋白(PDR3)、乙烯响应转录因子(ERF017和RAP2)及MYB相关蛋白340(MYB340)等可能在云南松直干形和扭干形的发育中发挥着调控作用。【结论】云南松干形扭曲变异主要受遗传因素调控,但环境因素的协同作用增强了该特征的显著性。
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关键词
云南松
干形变异
遗传基础
简化
基因
组测序
双酶切基因分型
单核苷酸多态性
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职称材料
题名
基于简化基因组测序的不同干形云南松遗传分析
被引量：
2
1
作者
吴治洋
纵丹
甘沛华
刘子腾
朱梅彩
何承忠
机构
西南林业大学
西南林业大学
西南林业大学
出处
《云南农业大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第2期285-293,共9页
基金
云南省专家工作站建设项目(202005AF150020)
云南省产业技术领军人才培养项目(81210420)
中央引导地方科技发展专项(YDZX201953000002845)。
文摘
【目的】研究直干形和扭干形云南松遗传差异,揭示其遗传变异特点。【方法】分别以胚乳和针叶为材料,采用简化基因组测序技术对直干形和扭干形云南松22份样本进行单核苷酸多态型(SNP)位点挖掘及遗传分析。【结果】样本间共获得772240个变异,其中SNP变异762699个,InDel变异9541个。在SNP变异中,颠换(38.28%)类型小于转换(61.72%)类型;而InDel变异中,缺失型变异与插入型变异数量大致相等。遗传差异分析结果显示:直干形云南松胚乳组(ES)、直干形云南松针叶组(NS)、扭干形云南松胚乳组(ET)和扭干形云南松针叶组(NT)中SNP位点的多态性信息含量(PIC)、基因多样性指数(N;)以及Shannon信息指数(Ⅰ)分别在0.1633~0.1837、0.2345~0.2625和0.3043~0.3448之间,云南松分析样本具有较低的遗传差异水平。直干形和扭干形云南松之间具有中度的遗传分化(F;=0.1071,F;=0.1437)和较高水平的基因流(N;=2.0839,N;=1.4893)。位于27条序列上的39个SNP位点能够很好地区分不同干形云南松。SNP注释结果表明:多向耐药性蛋白(PDR3)、乙烯响应转录因子(ERF017和RAP2)及MYB相关蛋白340(MYB340)等可能在云南松直干形和扭干形的发育中发挥着调控作用。【结论】云南松干形扭曲变异主要受遗传因素调控,但环境因素的协同作用增强了该特征的显著性。
关键词
云南松
干形变异
遗传基础
简化
基因
组测序
双酶切基因分型
单核苷酸多态性
Keywords
Pinus yunnanensis
stem variation
genetic basis
reduced-representation genome sequencing
ddGBS
SNP
分类号
S791.257.08 [农业科学—林木遗传育种]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
基于简化基因组测序的不同干形云南松遗传分析
吴治洋
纵丹
甘沛华
刘子腾
朱梅彩
何承忠
《云南农业大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022
2
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