双硫死亡状态与肿瘤患者炎症反应、免疫抑制和药物敏感性相关。然而,其在结直肠癌诊疗中的价值尚不清楚。基于此,研究使用单细胞测序数据和细胞特异性标记基因分析双硫死亡与不同结直肠癌细胞类型的相关性,发现结直肠癌高双硫死亡区域...双硫死亡状态与肿瘤患者炎症反应、免疫抑制和药物敏感性相关。然而,其在结直肠癌诊疗中的价值尚不清楚。基于此,研究使用单细胞测序数据和细胞特异性标记基因分析双硫死亡与不同结直肠癌细胞类型的相关性,发现结直肠癌高双硫死亡区域集中于上皮类细胞中。结合程序性细胞死亡蛋白1抑制剂治疗结直肠癌患者的肿瘤组织差异基因表达数据,建立双硫死亡相关预后模型分析发现,高双硫死亡水平结直肠癌患者风险较低,免疫治疗敏感性高。结合空间转录物组学分析发现,双硫死亡相关基因泛醇细胞色素C还原酶核心蛋白Ⅰ(ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 1,UQCRC1)是潜在的结直肠癌诊疗靶点,其表达在上皮类结直肠癌细胞中较高,与结直肠癌免疫浸润区域存在共定位。进一步的生信分析和实验检测显示,UQCRC1在结直肠癌组织中低表达,过表达UQCRC1可抑制结直肠癌细胞的增殖和迁移,是潜在的结直肠癌诊疗靶点。展开更多
2025年6月3日,上海交通大学基础医学院邹强团队等于Nature Cell Biology杂志在线发表题目为“Lactate dehydrogenase B facilitates disulfidptosis and exhaustion of tumour-infiltrating CD8^(+)T cells”的研究论文。
目的:识别双硫死亡相关基因在结直肠癌中的表达模式。方法:严格选出TCGA数据库中结直肠癌样本开展差异基因分析,并与已报道文献中的双硫基因取交集,筛选出双硫死亡相关结直肠癌差异基因,在GEO数据库和人类蛋白图谱(human protein atlas,...目的:识别双硫死亡相关基因在结直肠癌中的表达模式。方法:严格选出TCGA数据库中结直肠癌样本开展差异基因分析,并与已报道文献中的双硫基因取交集,筛选出双硫死亡相关结直肠癌差异基因,在GEO数据库和人类蛋白图谱(human protein atlas,HPA)数据库上进一步验证了双硫死亡相关基因的表达,对基因SLC7A11在人结直肠癌样本中的表达进行了qPCR验证。下载GSE184093数据集,利用上述筛选获得的基因作为标记,设置不同的阈值对癌症和对照样本进行分类,并使用ROC曲线下面积(area under the curve,AUC)评估分类效果。通过K-M生存分析,鉴定标记基因对患者总体生存率的影响,利用TIMER数据库分析标记基因的表达与免疫细胞浸润的相关性。结果:识别出了2个与结直肠癌相关的双硫死亡相关基因。SLC7A11和SLC3A2这2个双硫死亡相关基因均在结直肠癌患者中高表达,并且SLC7A11高表达,结直肠癌患者预后良好,差异有统计学意义(P<0.05);SLC3A2高表达,结直肠癌患者预后较差,但是差异无统计学意义(P=0.061)。使用SLC7A11和SLC3A2作为标记,对样本进行分类鉴别结直肠癌,通过ROC曲线图可以发现,SLC7A11和SLC3A2对结直肠癌鉴别诊断的AUC分别为0.840(95%CI=0.663~1.000)和0.667(95%CI=0.395~0.938),SLC7A11对鉴别诊断结直肠癌具有一定的准确性,SLC3A2对鉴别诊断结直肠癌具有较低的准确性。SLC7A11和SLC3A2在结直肠癌的免疫浸润中起着重要的作用,SLC7A11表达与结肠腺癌中的CD8^(+)T细胞、中性粒细胞、树突状细胞浸润水平正相关(P<0.001),SLC7A11表达与直肠癌的CD8^(+)T细胞、中性粒细胞浸润水平正相关(P<0.001)。SLC3A2表达与结肠腺癌的CD8^(+)T细胞、B细胞浸润水平负相关(P<0.01),与结肠腺癌的CD4^(+)T细胞正相关(P<0.05)。结论:本研究发现,SLC7A11和SLC3A2这2个双硫死亡相关基因均在结直肠癌患者中高表达,并与结直肠癌免疫浸润密切相关,且SLC7A11对结直肠癌鉴别诊断具有一定的准确性,为结直肠癌提供了可靠和潜在的治疗靶点。展开更多
文摘双硫死亡状态与肿瘤患者炎症反应、免疫抑制和药物敏感性相关。然而,其在结直肠癌诊疗中的价值尚不清楚。基于此,研究使用单细胞测序数据和细胞特异性标记基因分析双硫死亡与不同结直肠癌细胞类型的相关性,发现结直肠癌高双硫死亡区域集中于上皮类细胞中。结合程序性细胞死亡蛋白1抑制剂治疗结直肠癌患者的肿瘤组织差异基因表达数据,建立双硫死亡相关预后模型分析发现,高双硫死亡水平结直肠癌患者风险较低,免疫治疗敏感性高。结合空间转录物组学分析发现,双硫死亡相关基因泛醇细胞色素C还原酶核心蛋白Ⅰ(ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 1,UQCRC1)是潜在的结直肠癌诊疗靶点,其表达在上皮类结直肠癌细胞中较高,与结直肠癌免疫浸润区域存在共定位。进一步的生信分析和实验检测显示,UQCRC1在结直肠癌组织中低表达,过表达UQCRC1可抑制结直肠癌细胞的增殖和迁移,是潜在的结直肠癌诊疗靶点。
文摘2025年6月3日,上海交通大学基础医学院邹强团队等于Nature Cell Biology杂志在线发表题目为“Lactate dehydrogenase B facilitates disulfidptosis and exhaustion of tumour-infiltrating CD8^(+)T cells”的研究论文。
文摘目的:识别双硫死亡相关基因在结直肠癌中的表达模式。方法:严格选出TCGA数据库中结直肠癌样本开展差异基因分析,并与已报道文献中的双硫基因取交集,筛选出双硫死亡相关结直肠癌差异基因,在GEO数据库和人类蛋白图谱(human protein atlas,HPA)数据库上进一步验证了双硫死亡相关基因的表达,对基因SLC7A11在人结直肠癌样本中的表达进行了qPCR验证。下载GSE184093数据集,利用上述筛选获得的基因作为标记,设置不同的阈值对癌症和对照样本进行分类,并使用ROC曲线下面积(area under the curve,AUC)评估分类效果。通过K-M生存分析,鉴定标记基因对患者总体生存率的影响,利用TIMER数据库分析标记基因的表达与免疫细胞浸润的相关性。结果:识别出了2个与结直肠癌相关的双硫死亡相关基因。SLC7A11和SLC3A2这2个双硫死亡相关基因均在结直肠癌患者中高表达,并且SLC7A11高表达,结直肠癌患者预后良好,差异有统计学意义(P<0.05);SLC3A2高表达,结直肠癌患者预后较差,但是差异无统计学意义(P=0.061)。使用SLC7A11和SLC3A2作为标记,对样本进行分类鉴别结直肠癌,通过ROC曲线图可以发现,SLC7A11和SLC3A2对结直肠癌鉴别诊断的AUC分别为0.840(95%CI=0.663~1.000)和0.667(95%CI=0.395~0.938),SLC7A11对鉴别诊断结直肠癌具有一定的准确性,SLC3A2对鉴别诊断结直肠癌具有较低的准确性。SLC7A11和SLC3A2在结直肠癌的免疫浸润中起着重要的作用,SLC7A11表达与结肠腺癌中的CD8^(+)T细胞、中性粒细胞、树突状细胞浸润水平正相关(P<0.001),SLC7A11表达与直肠癌的CD8^(+)T细胞、中性粒细胞浸润水平正相关(P<0.001)。SLC3A2表达与结肠腺癌的CD8^(+)T细胞、B细胞浸润水平负相关(P<0.01),与结肠腺癌的CD4^(+)T细胞正相关(P<0.05)。结论:本研究发现,SLC7A11和SLC3A2这2个双硫死亡相关基因均在结直肠癌患者中高表达,并与结直肠癌免疫浸润密切相关,且SLC7A11对结直肠癌鉴别诊断具有一定的准确性,为结直肠癌提供了可靠和潜在的治疗靶点。
