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题名基于动态规划的双序列比对算法构件设计与实现
被引量：5
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作者
石海鹤
周卫星
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机构
江西师范大学计算机信息工程学院
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出处
《计算机研究与发展》
EI
CSCD
北大核心
2019年第9期1907-1917,共11页
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基金
国家自然科学基金项目(61662035,61762049,61862033)~~
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文摘
双序列比对算法是生物信息学中的一个关键算法,广泛应用于序列相似性分析以及基因组序列数据库搜索.现有研究主要针对特定应用问题优化和使用相对应比对算法,缺乏高抽象层算法框架的细致研究,在一定程度上导致了序列比对算法的冗余性以及人为选择算法可能造成的误差等问题,也使得人们难以有效地了解算法结构.通过深入分析基于动态规划的双序列比对算法(dynamic programming-based pairwise sequence alignment algorithm, DPPSAA)领域,在建立该算法领域的特征模型以及对应算法构件交互模型基础上,利用PAR 平台形式化实现双序列比对算法构件库,并装配生成具体算法,保证了形式化装配算法的可靠性,为序列相似性分析算法应用提供了一条有价值的参考途径.最后,利用PAR平台 C++程序生成系统将组装的比对算法转换为 C++程序,运行结果表明DPPSAA算法构件库具有一定的实用性.
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关键词
双序列比对算法
动态规划
特征模型
构件交互模型
PAR平台
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Keywords
pairwise sequence alignment algorithm
dynamic programming
feature model
component interactive model
PAR platform
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分类号
TP301.6
[自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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题名基于双序列比对算法的立体图像匹配方法
被引量：2
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作者
施万利
王宏勇
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机构
河南工业大学信息科学与工程学院
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出处
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2010年第8期3176-3178,共3页
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基金
河南省科技攻关资助项目(092102210398)
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文摘
在分析现有立体匹配方法的基础上,提出一种基于双序列比对算法的立体图像匹配方法。将立体图像对中同名极线上的像素灰度值看做是一对字符序列,使用基于动态规划思想的双序列比对算法对这些对字符序列进行匹配,以获取立体图像视差。为验证该方法的可行性和适用性,采用人脸立体图像对进行实验。实验结果表明,使用该方法进行立体图像匹配能获得光滑的、稠密的视差图。基于动态规划思想的双序列比对算法能够有效地解决立体图像匹配问题,从而为图像的立体匹配提供了一个实用有效的方法。
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关键词
立体图像匹配
动态规划思想
双序列比对算法
同名极线
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Keywords
stereo image matching
dynamic programming
pair-wise sequence alignment algorithm
homonymy epipolar
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分类号
TP391.41
[自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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