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应用于癌症基因表达数据的OMB双向聚类算法
被引量：
1
1
作者
王常武
刘楠楠
+2 位作者
贾永伟
王宝文
刘文远
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2011年第28期237-240,共4页
癌症基因表达数据的聚类分析可以为癌症的早期诊断和精确的癌症亚型分型提供依据。针对癌症基因表达数据的特点,提出一种称为OMB(Override Matrix Bicluster)的双向聚类算法。OMB算法分别在基因表达数据矩阵的行和列上搜索低于阈值的行...
癌症基因表达数据的聚类分析可以为癌症的早期诊断和精确的癌症亚型分型提供依据。针对癌症基因表达数据的特点,提出一种称为OMB(Override Matrix Bicluster)的双向聚类算法。OMB算法分别在基因表达数据矩阵的行和列上搜索低于阈值的行和列,用删除添加算法产生一个子矩阵;构建与基因表达矩阵大小相同的覆盖矩阵,标识矩阵中上一次迭代产生的子矩阵的位置;在标识出来的矩阵中,重复贪婪迭代搜索找到K个聚类结果。Matlab实验结果表明OMB算法对具有重叠结构的癌症基因表达数据具有更好的聚类效果。
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关键词
癌症基因表达数据
双向聚类算法
贪婪迭代
覆盖矩阵
平均平方残基
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题名
应用于癌症基因表达数据的OMB双向聚类算法
被引量：
1
1
作者
王常武
刘楠楠
贾永伟
王宝文
刘文远
机构
燕山大学信息科学与工程学院
出处
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2011年第28期237-240,共4页
基金
河北省教育厅自然科学研究计划资助项目(No.2009339)
文摘
癌症基因表达数据的聚类分析可以为癌症的早期诊断和精确的癌症亚型分型提供依据。针对癌症基因表达数据的特点,提出一种称为OMB(Override Matrix Bicluster)的双向聚类算法。OMB算法分别在基因表达数据矩阵的行和列上搜索低于阈值的行和列,用删除添加算法产生一个子矩阵;构建与基因表达矩阵大小相同的覆盖矩阵,标识矩阵中上一次迭代产生的子矩阵的位置;在标识出来的矩阵中,重复贪婪迭代搜索找到K个聚类结果。Matlab实验结果表明OMB算法对具有重叠结构的癌症基因表达数据具有更好的聚类效果。
关键词
癌症基因表达数据
双向聚类算法
贪婪迭代
覆盖矩阵
平均平方残基
Keywords
cancer gene expression
biclustering algorithm
greedy iteration
cover matrix
mean square residue
分类号
TP301.6 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
应用于癌症基因表达数据的OMB双向聚类算法
王常武
刘楠楠
贾永伟
王宝文
刘文远
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2011
1
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