-
题名基于参考集索引的高效序列相似性查找算法
被引量：7
- 1
-
-
作者
戴东波
熊赟
朱扬勇
-
机构
复旦大学计算机科学技术学院
-
出处
《软件学报》
EI
CSCD
北大核心
2010年第4期718-731,共14页
-
基金
国家自然科学基金No.0573093
国家高技术研究发展计划(863)No.2006AA02Z329~~
-
文摘
序列数据在文本、Web访问日志文件、生物数据库中普遍存在,对其进行相似性查找是一种重要的获取和分析知识的手段.基于参考集索引技术是一类解决序列相似性查找的有效方法,主要思想是找到序列数据库中的少数序列作为参考集,通过参考集过滤掉数据库中与查询序列不相关的数据,从而高效地回答查询.在现有基于参考集索引技术的基础上,提出一种过滤能力更强的序列相似性查询算法IRI(improved reference indexing).首先,充分利用了先前的查询结果集来加速当前的查询,其次考虑了基于序列特征的上界和下界,使得应用参考集进行过滤的上下界更紧,过滤能力进一步加强.最后,为了避免候选集中费时的编辑距离计算,则只计算前缀序列间的编辑距离,从而进一步加速算法运行.实验采用真实的DNA序列和蛋白质序列数据,结果表明,算法IRI在查询性能上明显优于现有的基于参考集索引方法RI(reference indexing).
-
关键词
序列相似性查找
参考集索引
编辑距离
-
Keywords
sequence similarity search
reference indexing
edit distance
-
分类号
TP311
[自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
-
