根据 DNA 测序片段数据的特点,提出了一个时间复杂度为 O(nk_22^(k_2)+mlogm+mk_1)的单体型组装问题 MEC/GI 模型的参数化算法,其中 m 为片段数,n 为单体型的 SNP位点数,k_1 为一个片段覆盖的最大 SNP 位点数(通常小于10),k_2为覆盖同一...根据 DNA 测序片段数据的特点,提出了一个时间复杂度为 O(nk_22^(k_2)+mlogm+mk_1)的单体型组装问题 MEC/GI 模型的参数化算法,其中 m 为片段数,n 为单体型的 SNP位点数,k_1 为一个片段覆盖的最大 SNP 位点数(通常小于10),k_2为覆盖同一 SNP 位点的片段的最大数(通常不大于10)。对于实际 DNA 测序中的片段数据,即使 m 和 n 都相当大,该算法也可以在较短的时间得到 MEC/GI 模型的精确解,具有良好的可扩展性和较高的实用价值。展开更多
文摘根据 DNA 测序片段数据的特点,提出了一个时间复杂度为 O(nk_22^(k_2)+mlogm+mk_1)的单体型组装问题 MEC/GI 模型的参数化算法,其中 m 为片段数,n 为单体型的 SNP位点数,k_1 为一个片段覆盖的最大 SNP 位点数(通常小于10),k_2为覆盖同一 SNP 位点的片段的最大数(通常不大于10)。对于实际 DNA 测序中的片段数据,即使 m 和 n 都相当大,该算法也可以在较短的时间得到 MEC/GI 模型的精确解,具有良好的可扩展性和较高的实用价值。
