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原子-键电负性均衡方法融合进分子力场(ABEEM/MM)应用于蛋白质分子(Crambin)模拟被引量：9: 1; 作者张强杨忠志《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2005年第12期2345-2347,共3页; 建立应用于多肽和蛋白质模拟的ABEEM/MM浮动电荷力场.利用该模型和参数,对实际蛋白质分子Cramb in(植物种子中的一种小的蛋白质)进行模拟,得到了满意的结果,为其更广泛的应用开辟了道路.; 关键词原子-键电负性均衡方法分子力场 CRAMBIN; 在线阅读下载PDF 职称材料

环多肽晶体的浮动电荷极化力场模拟被引量：4: 2; 作者张强张霞杨忠志《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第10期1243-1247,共5页; 利用原子键电负性均衡结合分子力场方法(ABEEM/MM)对五种环多肽晶体进行了研究.与传统力场相比,该方法中的静电势包含了分子内和分子间的静电极化作用,以及分子内电荷转移影响,同时加入了化学键等非原子中心电荷位点,合理地体现了分子... 展开更多; 关键词原子键电负性均衡结合分子力场方法(ABEEM/MM) 环多肽极化力场浮动电荷模型氢键; 在线阅读下载PDF 职称材料

ABEEM_(σπ)和OPLS-AA力场对蛋白质G_A88/G_B88的分子动力学模拟被引量：3: 3; 作者王晶晶刘翠杨忠志《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2013年第1期142-148,共7页; 将原子与键电负性均衡方法融入分子力学方法,即利用ABEEMσπ浮动电荷力场与ABEEM-7P水模型相结合的方法及OPLS-AA固定电荷力场方法,对GA88和GB88蛋白进行了水溶液(温度295 K)和真空中的分子动力学模拟.比较两种方法得到的两个蛋白质的... 展开更多; 关键词原子与键电负性均衡方法分子力场 OPLSAA固定电荷力场 GA88 GB88蛋白分子动力学模拟动力学性质; 在线阅读下载PDF 职称材料

应用ABEEM/MM力场探究Na^+与氮-甲基乙酰胺及水的相互作用: 4; 作者潘一鸣张静 +4 位作者田博姚菁菁宫利东刘翠杨忠志《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2018年第11期2468-2476,共9页; 应用量子化学方法 MP2/6-311++G(d,p)//B3LYP/6-31+G(d,p)和原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),对[Na(H_2O)n]+(n=3～8),[Na(NMA)n]+(n=3～8)和[Na(NMA)n(H_2O)m]+(n+m=4,6)(NMA=氮-甲基乙酰胺)体系的结构、结合能和电荷分... 展开更多; 关键词原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场钠离子氮-甲基乙酰胺可极化力场; 在线阅读下载PDF 职称材料

应用ABEEM/MM模型研究水分子团簇(H_2O)_n(n=11～16)的性质被引量：9: 5; 作者钱萍杨忠志《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第5期561-568,共8页; 应用ABEEM/MM模型计算了较大的水分子团簇(H2O)n(n=11￣16)的各种性质,如:优化的几何构型,氢键个数,结合能,稳定性,ABEEM电荷分布,偶极矩,以及结构参数、平均氢键个数和强度,增加的团簇结合能等.结果表明,从立方体结构到笼状结构的过渡... 展开更多; 关键词 ABEEM/MM模型原子-键电负性均衡方法分子力场水分子团簇; 在线阅读下载PDF 职称材料

从头算和ABEEMσπ/MM对(CH_3OH)_n(n=3～12)和[Na(CH_3OH)_n]^+(n=3～6)体系的研究被引量：1: 6; 作者于泳博刘翠宫利东《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2016年第8期1468-1475,共8页; 采用从头算方法(ab initio)和原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场方法(ABEEMσπ/MM),对甲醇团簇(CH_3OH)n(n=3~12)和[Na(CH_3OH)_n]^+(n=3~6)体系的结构、电荷分布和结合能进行研究.依据从头算结果构建上述体系的ABEEMσπ/MM浮动电荷... 展开更多; 关键词从头算原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场方法甲醇钠离子分子间相互作用; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名原子-键电负性均衡方法融合进分子力场(ABEEM/MM)应用于蛋白质分子(Crambin)模拟被引量：9: 1; 作者张强杨忠志; 机构辽宁师范大学化学系; 出处《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2005年第12期2345-2347,共3页; 基金国家自然科学基金(批准号:20373021 20073018)资助; 文摘建立应用于多肽和蛋白质模拟的ABEEM/MM浮动电荷力场.利用该模型和参数,对实际蛋白质分子Cramb in(植物种子中的一种小的蛋白质)进行模拟,得到了满意的结果,为其更广泛的应用开辟了道路.; 关键词原子-键电负性均衡方法分子力场 CRAMBIN; Keywords Atom-bond electronegativity equalization method （ ABEEM ） Molecular mechanics （ MM ） Crambin; 分类号 O641 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名环多肽晶体的浮动电荷极化力场模拟被引量：4: 2; 作者张强张霞杨忠志; 机构渤海大学化学化工学院辽宁师范大学化学化工学院; 出处《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第10期1243-1247,共5页; 基金国家自然科学基金(20173025和20373021)资助项目; 文摘利用原子键电负性均衡结合分子力场方法(ABEEM/MM)对五种环多肽晶体进行了研究.与传统力场相比,该方法中的静电势包含了分子内和分子间的静电极化作用,以及分子内电荷转移影响,同时加入了化学键等非原子中心电荷位点,合理地体现了分子中的电荷分布.相对其他极化力场模型,具有计算量较小的特点.该模型下计算得到的环多肽分子单元相对实验测得的结构的原子位置、氢键长度和二面角的均方根偏差分别为0.009nm、0.013nm和5.16°,能够很好地重复实验结果.总体上,其结果优于或相当于其他力场模型,适用于对实际蛋白质体系的模拟和研究.; 关键词原子键电负性均衡结合分子力场方法(ABEEM/MM) 环多肽极化力场浮动电荷模型氢键; Keywords Atom-bond electronegativity equalization fused into molecular mechanic（ABEEM/MM）, Cyclic peptides, Polarized force field, Fluctuating charge model, Hydrogen bond; 分类号 O629.72 [理学—有机化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名ABEEM_(σπ)和OPLS-AA力场对蛋白质G_A88/G_B88的分子动力学模拟被引量：3: 3; 作者王晶晶刘翠杨忠志; 机构辽宁师范大学化学化工学院; 出处《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2013年第1期142-148,共7页; 基金国家自然科学基金重点项目(批准号:21133005 21073080)资助; 文摘将原子与键电负性均衡方法融入分子力学方法,即利用ABEEMσπ浮动电荷力场与ABEEM-7P水模型相结合的方法及OPLS-AA固定电荷力场方法,对GA88和GB88蛋白进行了水溶液(温度295 K)和真空中的分子动力学模拟.比较两种方法得到的两个蛋白质的结构与实验结构的均方根偏差,分析了两种方法得到的两个蛋白质的回旋半径、氢键分布、径向分布及电荷分布情况.结果表明,ABEEMσπ和OPLS-AA力场均能正确模拟蛋白质结构,得到的各项偏差值接近,但从各偏差的波动大小可见,ABEEMσπ力场的模拟更稳定;回旋半径模拟很好地体现了蛋白质的'电致紧缩'现象;氢键分布、径向分布及电荷分布表明,与OPLS-AA固定电荷力场相比,ABEEMσπ浮动电荷力场能更好地体现蛋白质和周围水分子的极化效应.; 关键词原子与键电负性均衡方法分子力场 OPLSAA固定电荷力场 GA88 GB88蛋白分子动力学模拟动力学性质; Keywords Atom-bond electronegativity equalization method/molecular mechanics OPLS-AA fixed-pointcharge force field Protein GA88/Ga88 Molecular dynamics simulation Dynamic property; 分类号 O641 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名应用ABEEM/MM力场探究Na^+与氮-甲基乙酰胺及水的相互作用: 4; 作者潘一鸣张静田博姚菁菁宫利东刘翠杨忠志; 机构辽宁师范大学化学化工学院; 出处《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2018年第11期2468-2476,共9页; 基金国家自然科学基金(批准号:21133005 21603091) +1 种基金辽宁师范大学创新实践项目(批准号:cx201801012)资助~~; 文摘应用量子化学方法 MP2/6-311++G(d,p)//B3LYP/6-31+G(d,p)和原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),对[Na(H_2O)n]+(n=3～8),[Na(NMA)n]+(n=3～8)和[Na(NMA)n(H_2O)m]+(n+m=4,6)(NMA=氮-甲基乙酰胺)体系的结构、结合能和电荷分布进行研究.在计算结果的基础上,构建上述体系的ABEEM/MM可极化势能函数,优选并确定相关参数.结果表明,ABEEM/MM的计算结果与量子化学的计算结果相符:Na+与配体间距离的平均绝对偏差(AAD)小于0. 007 nm,相对均方根偏差(RRMSD)小于3. 5%,夹角的AAD小于2. 4°,RRMSD小于2. 0%,结合能的AAD小于8. 9 k J/mol,RRMSD小于12. 4%;ABEEM/MM电荷分布与量子力学(QM)电荷分布的线性相关系数在0. 97以上.; 关键词原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场钠离子氮-甲基乙酰胺可极化力场; Keywords Atom-bond electronegativity equalization method fused into molecular mechanics(ABEEM/MM) Sodium ion N-Methylacetamide Polarizable force field; 分类号 O641 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名应用ABEEM/MM模型研究水分子团簇(H_2O)_n(n=11～16)的性质被引量：9: 5; 作者钱萍杨忠志; 机构辽宁师范大学化学化工学院; 出处《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第5期561-568,共8页; 基金国家自然科学基金(20373021)资助项目; 文摘应用ABEEM/MM模型计算了较大的水分子团簇(H2O)n(n=11￣16)的各种性质,如:优化的几何构型,氢键个数,结合能,稳定性,ABEEM电荷分布,偶极矩,以及结构参数、平均氢键个数和强度,增加的团簇结合能等.结果表明,从立方体结构到笼状结构的过渡出现在n=12的水分子团簇中,随着类似于笼状结构特点的不断增强,五元环的富集程度有所增加.; 关键词 ABEEM/MM模型原子-键电负性均衡方法分子力场水分子团簇; Keywords ABEEM/MM model, The atom-bond electronegativity equalization method, Molecular mechanics, Water clusters; 分类号 O641.1 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名从头算和ABEEMσπ/MM对(CH_3OH)_n(n=3～12)和[Na(CH_3OH)_n]^+(n=3～6)体系的研究被引量：1: 6; 作者于泳博刘翠宫利东; 机构辽宁师范大学化学化工学院; 出处《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2016年第8期1468-1475,共8页; 基金国家自然科学基金(批准号:21133005) 辽宁省高等学校优秀人才支持计划项目(批准号:LJQ2013111) 辽宁省教育厅一般项目(批准号:L2014426)资助~~; 文摘采用从头算方法(ab initio)和原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场方法(ABEEMσπ/MM),对甲醇团簇(CH_3OH)n(n=3~12)和[Na(CH_3OH)_n]^+(n=3~6)体系的结构、电荷分布和结合能进行研究.依据从头算结果构建上述体系的ABEEMσπ/MM浮动电荷势能函数,并确定相关参数.结果表明,ABEEMσπ/MM所获得的结构和结合能等均优于OPLS/AA力场,并与从头算结果相符,其中键长的平均绝对偏差(AAD)小于0.004 nm,键长、键角和结合能的相对均方根偏差(RRMSD)分别小于3.8%,1.7%和6.8%;电荷分布与从头算结果的线性相关系数均大于0.99.; 关键词从头算原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场方法甲醇钠离子分子间相互作用; Keywords Ab initio ABEEMσπ/MM Methanol Sodium ion Molecular interaction; 分类号 O641 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	原子-键电负性均衡方法融合进分子力场(ABEEM/MM)应用于蛋白质分子(Crambin)模拟	张强杨忠志	《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心	2005	9	在线阅读下载PDF 职称材料
2	环多肽晶体的浮动电荷极化力场模拟	张强张霞杨忠志	《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2006	4	在线阅读下载PDF 职称材料
3	ABEEM_(σπ)和OPLS-AA力场对蛋白质G_A88/G_B88的分子动力学模拟	王晶晶刘翠杨忠志	《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心	2013	3	在线阅读下载PDF 职称材料
4	应用ABEEM/MM力场探究Na^+与氮-甲基乙酰胺及水的相互作用	潘一鸣张静田博姚菁菁宫利东刘翠杨忠志	《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心	2018	0	在线阅读下载PDF 职称材料
5	应用ABEEM/MM模型研究水分子团簇(H_2O)_n(n=11～16)的性质	钱萍杨忠志	《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2006	9	在线阅读下载PDF 职称材料
6	从头算和ABEEMσπ/MM对(CH_3OH)_n(n=3～12)和[Na(CH_3OH)_n]^+(n=3～6)体系的研究	于泳博刘翠宫利东	《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心	2016	1	在线阅读下载PDF 职称材料