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应用ABEEM/MM模型研究水分子团簇(H_2O)_n(n=11～16)的性质
被引量：
9
1
作者
钱萍
杨忠志
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2006年第5期561-568,共8页
应用ABEEM/MM模型计算了较大的水分子团簇(H2O)n(n=11￣16)的各种性质,如:优化的几何构型,氢键个数,结合能,稳定性,ABEEM电荷分布,偶极矩,以及结构参数、平均氢键个数和强度,增加的团簇结合能等.结果表明,从立方体结构到笼状结构的过渡...
应用ABEEM/MM模型计算了较大的水分子团簇(H2O)n(n=11￣16)的各种性质,如:优化的几何构型,氢键个数,结合能,稳定性,ABEEM电荷分布,偶极矩,以及结构参数、平均氢键个数和强度,增加的团簇结合能等.结果表明,从立方体结构到笼状结构的过渡出现在n=12的水分子团簇中,随着类似于笼状结构特点的不断增强,五元环的富集程度有所增加.
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关键词
abeem/
mm
模型
原子
-
键
电负性
均衡
方法
分子力
场
水
分子
团簇
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职称材料
环多肽晶体的浮动电荷极化力场模拟
被引量：
4
2
作者
张强
张霞
杨忠志
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2006年第10期1243-1247,共5页
利用原子键电负性均衡结合分子力场方法(ABEEM/MM)对五种环多肽晶体进行了研究.与传统力场相比,该方法中的静电势包含了分子内和分子间的静电极化作用,以及分子内电荷转移影响,同时加入了化学键等非原子中心电荷位点,合理地体现了分子...
利用原子键电负性均衡结合分子力场方法(ABEEM/MM)对五种环多肽晶体进行了研究.与传统力场相比,该方法中的静电势包含了分子内和分子间的静电极化作用,以及分子内电荷转移影响,同时加入了化学键等非原子中心电荷位点,合理地体现了分子中的电荷分布.相对其他极化力场模型,具有计算量较小的特点.该模型下计算得到的环多肽分子单元相对实验测得的结构的原子位置、氢键长度和二面角的均方根偏差分别为0.009nm、0.013nm和5.16°,能够很好地重复实验结果.总体上,其结果优于或相当于其他力场模型,适用于对实际蛋白质体系的模拟和研究.
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关键词
原子
键
电负性
均衡
结合
分子力
场
方法
(
abeem/
mm
)
环多肽
极化力
场
浮动电荷模型
氢
键
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职称材料
题名
应用ABEEM/MM模型研究水分子团簇(H_2O)_n(n=11～16)的性质
被引量：
9
1
作者
钱萍
杨忠志
机构
辽宁师范大学化学化工学院
出处
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2006年第5期561-568,共8页
基金
国家自然科学基金(20373021)资助项目
文摘
应用ABEEM/MM模型计算了较大的水分子团簇(H2O)n(n=11￣16)的各种性质,如:优化的几何构型,氢键个数,结合能,稳定性,ABEEM电荷分布,偶极矩,以及结构参数、平均氢键个数和强度,增加的团簇结合能等.结果表明,从立方体结构到笼状结构的过渡出现在n=12的水分子团簇中,随着类似于笼状结构特点的不断增强,五元环的富集程度有所增加.
关键词
abeem/
mm
模型
原子
-
键
电负性
均衡
方法
分子力
场
水
分子
团簇
Keywords
abeem/
mm
model, The atom-bond electronegativity equalization method, Molecular mechanics, Water clusters
分类号
O641.1 [理学—物理化学]
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职称材料
题名
环多肽晶体的浮动电荷极化力场模拟
被引量：
4
2
作者
张强
张霞
杨忠志
机构
渤海大学化学化工学院
辽宁师范大学化学化工学院
出处
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2006年第10期1243-1247,共5页
基金
国家自然科学基金(20173025和20373021)资助项目
文摘
利用原子键电负性均衡结合分子力场方法(ABEEM/MM)对五种环多肽晶体进行了研究.与传统力场相比,该方法中的静电势包含了分子内和分子间的静电极化作用,以及分子内电荷转移影响,同时加入了化学键等非原子中心电荷位点,合理地体现了分子中的电荷分布.相对其他极化力场模型,具有计算量较小的特点.该模型下计算得到的环多肽分子单元相对实验测得的结构的原子位置、氢键长度和二面角的均方根偏差分别为0.009nm、0.013nm和5.16°,能够很好地重复实验结果.总体上,其结果优于或相当于其他力场模型,适用于对实际蛋白质体系的模拟和研究.
关键词
原子
键
电负性
均衡
结合
分子力
场
方法
(
abeem/
mm
)
环多肽
极化力
场
浮动电荷模型
氢
键
Keywords
Atom-bond electronegativity equalization fused into molecular mechanic（
abeem/
mm
）, Cyclic peptides, Polarized force field, Fluctuating charge model, Hydrogen bond
分类号
O629.72 [理学—有机化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
应用ABEEM/MM模型研究水分子团簇(H_2O)_n(n=11～16)的性质
钱萍
杨忠志
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2006
9
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
环多肽晶体的浮动电荷极化力场模拟
张强
张霞
杨忠志
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2006
4
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职称材料
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