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题名重构肿瘤克隆单体型的改进生成树算法
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作者
耿彧
赵仲孟
刘建业
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机构
锦州医科大学健康管理学院
西安交通大学计算机科学与技术学院
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出处
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第11期1287-1292,共6页
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基金
辽宁省自然科学基金(20180550161,20180550855)
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文摘
目的基于三代测序数据重构肿瘤克隆单体型,有效识别肿瘤异质性。方法该算法提取混合肿瘤数据中的变异位点数据,通过概率函数求解各体细胞突变位点的连接权值;设计了一种基于最大生成树的单体型重构算法,遵循肿瘤克隆间继承原则逐级扩展最大生成树,以确定克隆中各变异位点的连接模式;采用厚度剥离方法估计求得子克隆个数、配比及演化关系。结果在仿真实验中,分别对测序覆盖度、读段长度、亚克隆数目及体细胞变异率四个指标进行了准确率分析,充分说明了该算法具有良好的鲁棒性;该算法对肿瘤克隆单体型重构精度均值可达到97%以上,与其它工具进行性能比较具有显著优势。结论所提方法可以较为精确的重构肿瘤亚克隆单体型,明晰肿瘤克隆演化过程,为肿瘤异质性研究和临床决策提供理论依据。
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关键词
肿瘤异质性
克隆单体型
最大生成树
三代测序数据
厚度剥离法
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Keywords
tumor heterogeneity
clonal haplotype
maximum spanning tree
third-generation sequencing data
depth stripping method
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分类号
R73
[医药卫生—肿瘤]
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