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RNA转录组测序分析血友病A小鼠抗FⅧ免疫反应脾细胞相关分子改变
1
作者 王晨晨 王亚丽 +3 位作者 蔡媛华 郑巧云 林振兴 陈英玉 《中国实验血液学杂志》 北大核心 2025年第5期1476-1485,共10页
目的:RNA转录组测序分析血友病A(HA)小鼠脾细胞抗凝血因子Ⅷ(FⅧ)免疫反应相关分子水平改变,揭示FⅧ抑制物生成相关分子机制。方法:通过重组人源FⅧ免疫重型HA小鼠,构建FⅧ抑制物模型鼠。采用高通量RNA转录组测序(Bulk RNA-seq)经CASAV... 目的:RNA转录组测序分析血友病A(HA)小鼠脾细胞抗凝血因子Ⅷ(FⅧ)免疫反应相关分子水平改变,揭示FⅧ抑制物生成相关分子机制。方法:通过重组人源FⅧ免疫重型HA小鼠,构建FⅧ抑制物模型鼠。采用高通量RNA转录组测序(Bulk RNA-seq)经CASAVA碱基识别获得高质量原始数据,完成两组差异表达基因(DEGs)分析。对DEGs进行GO注释分类统计,获得HA小鼠脾细胞抗FⅧ免疫反应的主要信号通路及生物过程信息,并通过差异基因GO和KEGG富集分析以及单细胞转录组测序(ScRNA-seq),综合分析获得的细胞簇、基因和信号通路数据集,流式细胞术检测和分析脾脏滤泡辅助性T细胞(Tfh)和调节性T细胞(Treg)比例变化。结果:筛选获得抑制物组与对照组DEGs 3731个,其中包括2275个表达上调基因和1456个表达下调基因,差异基因富集分析结果涉及辅助性T细胞分化和活化调节、细胞因子受体、T细胞受体信号通路、铁死亡等方面。ScRNA-seq降维聚类(UAMP)得到11个T/NK细胞亚群,经可视化呈现C-X-C趋化因子特异性受体基因cxcr5在其中的整体表达分布,以及cxcr5在抑制物模型鼠活化Tfh中高表达。UpSet plot展示Tfh和Treg存在交互作用,流式检测证实抑制物组脾脏CD4^(+)CXCR5^(+)PD-1^(+)Tfh细胞比例增高,CD4^(+)CD25^(+)Foxp3^(+)Treg细胞比例相对受抑。结论:脾细胞抗FⅧ免疫反应涉及多个免疫细胞亚群和信号通路分子,T细胞亚群Tfh/Treg及其相关调控分子在其中发挥重要作用,可能为今后HA合并抑制物患者免疫治疗提供潜在的生物学靶标。 展开更多
关键词 血友病A 抑制物 凝血因子Ⅷ 生物信息学 rna转录组测序
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单细胞转录组测序技术在胃癌肿瘤微环境重编程研究中的应用进展 被引量：2
2
作者 胡非凡 占强 安方梅 《南京医科大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第2期285-290,共6页
胃癌发病和肿瘤微环境重编程密切相关,但肿瘤微环境的复杂性与异质性限制了胃癌的个体化精准诊疗。单细胞转录组测序技术从探讨肿瘤微环境重编程过程出发,可在单细胞水平“描绘”胃癌中肿瘤微环境的“景观”,深入探索肿瘤微环境各细胞... 胃癌发病和肿瘤微环境重编程密切相关,但肿瘤微环境的复杂性与异质性限制了胃癌的个体化精准诊疗。单细胞转录组测序技术从探讨肿瘤微环境重编程过程出发,可在单细胞水平“描绘”胃癌中肿瘤微环境的“景观”,深入探索肿瘤微环境各细胞亚型间的相互作用,揭示肿瘤微环境调控胃癌进展与转移的免疫新机制,探究肿瘤微环境诱导胃癌化疗耐药的分子机制,挖掘肿瘤微环境中胃癌潜在的免疫治疗新靶点,提供预测肿瘤微环境影响胃癌预后的新方法等,为研究胃癌起源、发病机制、疾病进展以及免疫耐受等提供更全面、精准的证据。文章就单细胞转录组测序技术在胃癌微环境重编程研究中的应用现状作一综述,力求为胃癌的精准诊治提供新思路。 展开更多
关键词 胃癌 肿瘤微环境 单细胞转录组测序 异质性
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单细胞转录组测序技术在结核病研究中的应用
3
作者 石红雨 张国良 肖国辉 《中国防痨杂志》 北大核心 2025年第3期362-368,共7页
结核病是结核分枝杆菌感染引起的全球死亡率最高的传染病之一,严重威胁公共卫生。目前,对于结核分枝杆菌感染宿主后引起的细胞免疫应答机制还不是很清晰。单细胞转录组测序技术能在单个细胞的分辨率上揭示病理过程中的细胞异质性,可以... 结核病是结核分枝杆菌感染引起的全球死亡率最高的传染病之一,严重威胁公共卫生。目前,对于结核分枝杆菌感染宿主后引起的细胞免疫应答机制还不是很清晰。单细胞转录组测序技术能在单个细胞的分辨率上揭示病理过程中的细胞异质性,可以帮助研究人员更好地理解结核病的发病机制,并为靶向药物研发、新型诊断标志物及疫苗研发提供有力支持。本文综述了该技术在结核病致病机制的探究、在不同临床样本中细胞亚群异质性的分析,以及免疫微环境揭示等方面的应用,并探讨该技术的局限性、未来的挑战,展望了其在结核病研究中潜在的应用方向。 展开更多
关键词 结核 rna 免疫 细胞 单细胞转录组测序
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单细胞联合转录组测序分析原发性开角型青光眼小梁网组织细胞通信变化 被引量：1
4
作者 赵雅婷 赵春峰 +2 位作者 王文晶 蒋晓迪 姜雅琴 《眼科新进展》 CAS 北大核心 2025年第1期39-45,共7页
目的探究原发性开角型青光眼(POAG)房角细胞类型和细胞通信模式变化。方法从基因表达综合(GEO)数据库中下载单细胞数据集GSE231749(包含POAG的食蟹猴房角组织样本3例和健康食蟹猴房角组织样本3例,数据更新时间为2023年),分别设为POAG组... 目的探究原发性开角型青光眼(POAG)房角细胞类型和细胞通信模式变化。方法从基因表达综合(GEO)数据库中下载单细胞数据集GSE231749(包含POAG的食蟹猴房角组织样本3例和健康食蟹猴房角组织样本3例,数据更新时间为2023年),分别设为POAG组与健康对照组。采用R包“Seurat”对数据进行降维、聚类、分群和可视化,并通过R包“CellChat”进行了细胞通信分析,确认POAG组和健康对照组细胞通信模式的差异。同时,联合GEO数据库中转录组测序(RNA-seq)数据集GSE27276(包含POAG的人类房角组织样本17例和健康人房角组织样本19例,数据更新时间为2023年)的差异基因分析,确定具体的细胞通信信号变化。结果健康对照组与POAG组细胞类型无明显差异,均可分为小梁网细胞、巨噬细胞、黑素细胞、周细胞、施莱姆氏管细胞、有髓施万细胞、无髓施万细胞、平滑肌细胞和血管内皮细胞。POAG组与健康对照组细胞间通信强度具有显著差异,其中,POAG组巨噬细胞移动抑制因子(MIF)-CD74、CX3C趋化因子配体1(CX3CL1)-CX3C趋化因子受体1(CX3CR1)、HBB等通信概率显著上调,分泌型磷蛋白1(SPP1)-(ITGA8+ITGB1)、SPP1-(ITGA4+ITGB1)、IGF2-IGF2R、CCL8-CCR1、CCL8/26/24/2-ACKR2等信号明显下调;RNA-seq分析证实,POAG组HBB、HBD、HBA、CD74等基因表达水平均高于健康对照组。结论小梁网组织中通过MIF/CD74信号上调、SPP1-(ITGA8+ITGB1)、SPP1-(ITGA4+ITGB1)信号下调共同参与纤维化过程,这可能是POAG潜在的致病机制。 展开更多
关键词 开角型青光眼 rna测序 单细胞分析 细胞间通信 巨噬细胞移动抑制因子 分泌型磷蛋白1
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单细胞转录组测序在视网膜发育及疾病发生和发展中的作用
5
作者 徐嫚鸿(综述) 李筱荣(审校) 《中华实验眼科杂志》 北大核心 2025年第6期571-576,共6页
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上进行的无偏性、高通量以及高分辨率的转录组分析。与普通转录组测序相比,scRNA-seq不是简单研究组织细胞的平均基因表达,而是将RNA映射到单个细胞,可用于发现全新的细胞类型,揭示细胞异质性... 单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上进行的无偏性、高通量以及高分辨率的转录组分析。与普通转录组测序相比,scRNA-seq不是简单研究组织细胞的平均基因表达,而是将RNA映射到单个细胞,可用于发现全新的细胞类型,揭示细胞异质性,鉴定罕见细胞等方面。近年来,越来越多的scRNA-seq相关研究聚焦眼科,该技术有望成为一种能够揭示复杂的视网膜发育生物学过程和疾病发生机制的全新工具,对眼科临床治疗具有指导性意义。本文对scRNA-seq的发展和技术流程作简要介绍,详细阐述其在识别各种视网膜细胞亚型、分析视网膜细胞发育轨迹、视网膜类器官的应用等方面的研究。系统性总结了scRNA-seq在糖尿病视网膜病变、年龄相关性黄斑变性等视网膜疾病的发生机制和诊疗方法研究中的最新研究进展,主要包含在疾病发生和发展中的细胞特异性分子和调控通路的变化信息等,将有助于寻找治疗视网膜疾病的潜在新靶点。 展开更多
关键词 单细胞转录组测序 视网膜 视网膜疾病 基因标记 细胞异质性
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单细胞转录组测序技术及其在畜禽领域的研究进展
6
作者 何先钰 刘自晓 任刚 《中国畜禽种业》 2025年第8期19-32,共14页
单细胞转录组测序技术是一种能够在单细胞水平高通量分析基因转录状态的新兴技术,因其可以揭示生物体不同组织、器官的细胞图谱、转录图谱、发育轨迹及细胞异质性,在生命科学研究中备受关注。该技术已广泛应用于基因表达与调控、细胞类... 单细胞转录组测序技术是一种能够在单细胞水平高通量分析基因转录状态的新兴技术,因其可以揭示生物体不同组织、器官的细胞图谱、转录图谱、发育轨迹及细胞异质性,在生命科学研究中备受关注。该技术已广泛应用于基因表达与调控、细胞类型的精准鉴定、组织器官的生长发育以及人类相关疾病的研究。此外,可用于改善动物繁殖性能、生长性能以及动物疾病相关的基础研究。该文主要针对scRNA-Seq技术的基本概况、发展过程及其在畜禽领域的研究进展和应用进行综述,并对其进一步的发展和应用前景进行展望,以期对该技术在畜禽领域的研究与应用提供部分基础性建议。 展开更多
关键词 单细胞转录组测序 畜禽 品种改良 生长发育 疾病防治
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基于全转录组测序探讨褪黑素抑制神经胶质瘤细胞增殖的机制
7
作者 徐丽 陈秀娇 +4 位作者 郑伟男 毛馨琳 林丽彬 谢群 金清东 《中国药理学通报》 CAS 北大核心 2025年第1期163-170,共8页
目的全转录组测序检测神经胶质瘤细胞非编码RNA(ncRNA)表达谱并构建ceRNA网络,揭示ncRNA参与褪黑素抑制神经胶质瘤细胞增殖的分子机制。方法0、2、4、6、8 mmol·L^(-1)褪黑素干预神经胶质瘤细胞24、48、72 h,CCK-8检测褪黑素对细... 目的全转录组测序检测神经胶质瘤细胞非编码RNA(ncRNA)表达谱并构建ceRNA网络,揭示ncRNA参与褪黑素抑制神经胶质瘤细胞增殖的分子机制。方法0、2、4、6、8 mmol·L^(-1)褪黑素干预神经胶质瘤细胞24、48、72 h,CCK-8检测褪黑素对细胞增殖的抑制作用;0、4 mmol·L^(-1)褪黑素干预U251细胞24h后,全转录组测序检测差异表达miRNA(DEmiRNA)、lncRNA(DElncRNA)、mRNA(DEmRNA),对DEmRNA进行GO和KEGG富集分析;构建ceRNA网络,采用qRT-PCR验证ceRNA关键基因表达。结果褪黑素呈时间-剂量依赖性抑制神经胶质瘤细胞增殖;全转录组测序筛选出0 mmol·L^(-1)与4 mmol·L^(-1)褪黑素组DEmRNA 5049个、DElncRNA 635个、DEmiRNA 146个;DEmRNA主要富集在铁死亡、mTOR信号通路、FoxO信号通路、细胞周期等癌症相关信号通路;ceRNA网络包含4个lncRNA、3个miRNA和48个mRNA,qRT-PCR验证U251细胞hsa-miR-129-5p、hsa-miR-362-5p、LINC00707和SLC16A1-AS1表达与测序结果一致,U87细胞的基因表达与测序结果基本一致。结论褪黑素通过ncRNA差异表达,影响癌症相关信号通路,进而抑制神经胶质瘤细胞增殖;LINC00707、SLC16A1-AS1、hsa-miR-129-5p、hsa-miR-362-5p构成的ceRNA网络可能参与褪黑素抑制神经胶质瘤细胞增殖的分子机制。 展开更多
关键词 褪黑素 神经胶质瘤 全转录组测序 cerna网络 hsa-miR-129-5p hsa-miR-362-5p
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单细胞转录组测序技术在畜牧科学中的技术进展与应用
8
作者 李涵 张晓琴 +4 位作者 粱胜利 叶丽霞 李明 张小虎 李宏 《现代畜牧科技》 2025年第8期80-84,共5页
单细胞转录组测序(scRNA-seq)作为一项突破性技术,能够从单细胞层面解析转录组信息,为畜牧科学领域的研究提供全新视角。该文系统综述scRNA-seq的技术原理与试验流程,重点阐述微流控技术、单细胞分离及文库构建等关键步骤;总结了scRNA-... 单细胞转录组测序(scRNA-seq)作为一项突破性技术,能够从单细胞层面解析转录组信息,为畜牧科学领域的研究提供全新视角。该文系统综述scRNA-seq的技术原理与试验流程,重点阐述微流控技术、单细胞分离及文库构建等关键步骤;总结了scRNA-seq在动物繁殖、疫病防治和遗传育种中的核心进展,包括揭示精子发生机制、解析非洲猪瘟病毒宿主互作、挖掘高原适应性基因以及优化家畜肌肉发育等典型案例。该文探讨当前技术面临的挑战,如复杂组织样本的单细胞悬液制备困难、RNA捕获效率低及高维度数据分析的复杂性,并提出未来技术优化方向(如算法改进与标准化样本处理流程),为scRNA-seq在畜牧科学领域的应用提供理论支持。 展开更多
关键词 单细胞转录组测序 微流控 生物信息学分析
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单细胞RNA测序在乳源细胞中的应用研究与进展
9
作者 任佳慧 张珍珍 +6 位作者 罗昌俊 王辉 王秋颖 姬雅静 乔为仓 赵军英 陈历俊 《食品科学》 北大核心 2025年第20期432-441,共10页
乳中含有乳腺上皮细胞、免疫细胞和多能干细胞等异质性细胞群体,这些细胞不仅参与营养合成与分泌,还在免疫防御、组织修复及发育中发挥作用,直接影响乳品质及母婴健康。单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术的出现... 乳中含有乳腺上皮细胞、免疫细胞和多能干细胞等异质性细胞群体,这些细胞不仅参与营养合成与分泌,还在免疫防御、组织修复及发育中发挥作用,直接影响乳品质及母婴健康。单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术的出现使研究者能够在单细胞水平上绘制乳源细胞图谱,揭示泌乳调控网络与细胞互作机制,为优化乳源品质和母婴干预提供了新工具。本综述主要梳理了人和牛乳的主要细胞类型及功能,以及当前scRNA-seq技术在乳源细胞的应用情况,旨在为进一步研究乳源细胞的泌乳机制提供参考。 展开更多
关键词 单细胞rna测序 哺乳动物 乳源细胞 乳制品 母婴健康
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转录组测序中核糖体RNA消减策略:研究进展与方法比较
10
作者 李慧彤 刘丹 +8 位作者 高建帅 唐新月 张博源 蒋卉 范学政 张广智 丁家波 沈青春 熊涛 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第11期5030-5039,共10页
转录组测序(RNA sequencing,RNA-Seq)技术是一种能从细胞内基因和调控元件的转录水平揭示各种复杂生物学现象的有力工具,在农业育种、品种资源、营养代谢及医学等领域的应用十分广泛。核糖体RNA(rRNA)占细胞总RNA的80%以上,若直接对样... 转录组测序(RNA sequencing,RNA-Seq)技术是一种能从细胞内基因和调控元件的转录水平揭示各种复杂生物学现象的有力工具,在农业育种、品种资源、营养代谢及医学等领域的应用十分广泛。核糖体RNA(rRNA)占细胞总RNA的80%以上,若直接对样品进行RNA-Seq建库测序,获得的测序数据超过90%来自rRNA,因此很难检测到各类低丰度RNA。rRNA消减技术能大大提高RNA-Seq技术的基因检测效率和敏感性,并能对低丰度非编码RNA进行定量检测,为揭示一些复杂的生物学机制提供更为精准的数据支持,而该技术在RNA-Seq建库中的作用常常没有得到应有的重视,导致部分测序数据不能反映样品的真实值。笔者对RNA-Seq中几种rRNA消减策略进行了概述,包括Olig dT磁珠捕获法、“拉出”法、RNase H选择性消减法和耐热双特异性核酸酶(DSN)选择性消减法,以及非随机引物反转录法、RNA阻断引物法等,并对各自的优劣势进行了比较,旨在为采用RNA-Seq技术的研究人员选择最合适的rRNA消减策略提供参考,为获得最接近样品真实值的研究数据提供支持和参考,以更好地服务于科学研究和技术创新。 展开更多
关键词 转录组测序 核糖体rna 消减策略
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单细胞RNA测序技术在乳腺发育及相关疾病中的应用进展
11
作者 文诗仪 胡杨 +2 位作者 陈翔宇 周建大 李萍 《中南大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第6期1080-1087,共8页
乳腺细胞亚群的时空异质性作为乳腺细胞生理发育、病理演变及乳腺肿瘤发生和发展的核心生物学基础,但其复杂的调控机制尚未完全阐明。单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术凭借其高分辨率的优势,为解析乳腺细胞异... 乳腺细胞亚群的时空异质性作为乳腺细胞生理发育、病理演变及乳腺肿瘤发生和发展的核心生物学基础,但其复杂的调控机制尚未完全阐明。单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术凭借其高分辨率的优势,为解析乳腺细胞异质性提供了强大的工具。该技术能够构建高精度乳腺细胞图谱,准确鉴定不同细胞亚群,并重构从干/祖细胞向功能性上皮细胞分化的轨迹。通过揭示细胞命运决定的转录调控网络、细胞间的通讯模式以及微环境的动态互作,scRNA-seq不仅深化了人们对乳腺发育分子机制的理解,也为阐明乳腺癌、巨乳症等相关疾病的发病机制提供了新视角。scRNA-seq在发现疾病早期分子标志物、解析肿瘤异质性与治疗抵抗机制方面展现出巨大潜力。总结scRNA-seq技术在乳腺细胞异质性研究中的应用进展,并整合空间组学等多模态数据,可为揭示乳腺发育及相关疾病的分子机制和制订精准治疗策略提供关键证据和新思路。 展开更多
关键词 单细胞rna测序 乳腺发育 乳腺癌 巨乳症 转录组学 胚胎多能祖细胞
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基于转录组测序分析METTL14对绵羊骨骼肌卫星细胞成肌分化的影响
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作者 何思琦 陈倩 +3 位作者 蒋琳 马月辉 周胜花 赵倩君 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第10期4925-4937,共13页
旨在探究甲基转移酶样14(methyltransferase-like 14,METTL14)影响绵羊骨骼肌卫星细胞(skeletal muscle satellite cells,SMSCs)成肌分化的分子机制,为解析METTL14调控绵羊骨骼肌卫星细胞分化的分子机制提供理论基础。本研究对SMSCs进... 旨在探究甲基转移酶样14(methyltransferase-like 14,METTL14)影响绵羊骨骼肌卫星细胞(skeletal muscle satellite cells,SMSCs)成肌分化的分子机制,为解析METTL14调控绵羊骨骼肌卫星细胞分化的分子机制提供理论基础。本研究对SMSCs进行分离并鉴定,将METTL14过表达质粒及对照质粒分别转染进入SMSCs,通过RT-qPCR和Western blot检测其过表达效率及METTL14影响SMSCs分化的功能。对SMSCs过表达METTL14组(OE-14)和对照组(OE-NC)进行转录组测序,以P<0.05且log2|Fold Change|>1为阈值鉴定差异表达基因,进行GO和KEGG富集分析及PPI蛋白质网络互作分析。METTL14过表达能够显著增加SMSCs中METTL14的表达及成肌分化相关基因(MyHC、MyoG)的mRNA和蛋白水平,表明METTL14过表达成功,且METTL14能够促进SMSCs的分化。两组中共鉴定到259个差异表达基因,与OE-NC相比,OE-14共有45个基因表达上调,214个基因表达下调。差异基因主要富集到细胞核通路、Rap1信号通路等。PPI蛋白质网络互作分析筛选出8个枢纽基因(Degree≥15),包括MX1、RSAD2、IFIH1、DDX58、HERC5、ISG15、MX2以及IRF7。本研究表明METTL14通过影响细胞进程和肌肉发育相关的基因和信号通路促进绵羊骨骼肌卫星细胞的分化。 展开更多
关键词 METTL14 转录组测序 骨骼肌卫星细胞 绵羊 细胞分化
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基于转录组测序研究实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠视网膜mRNA差异表达
13
作者 刘强 廖荣丰 +1 位作者 俞华 董立红 《中华实验眼科杂志(中英文)》 北大核心 2025年第9期786-792,共7页
目的通过转录组测序筛选实验性自身免疫性葡萄膜炎(EAU)小鼠视网膜差异表达基因。方法采用随机数字表法将20只8周龄雄性SPF级C57BL/6J小鼠随机分为2个组,每组10只。其中EAU组小鼠后肢内侧皮下及尾部静脉注射光感受器间维生素A类结合蛋白... 目的通过转录组测序筛选实验性自身免疫性葡萄膜炎(EAU)小鼠视网膜差异表达基因。方法采用随机数字表法将20只8周龄雄性SPF级C57BL/6J小鼠随机分为2个组,每组10只。其中EAU组小鼠后肢内侧皮下及尾部静脉注射光感受器间维生素A类结合蛋白1-20和完全弗氏佐剂乳化液,腹腔注射百日咳毒素行EAU造模,对照组小鼠皮下注射相应体积磷酸盐缓冲液。造模后21 d,采用裂隙灯显微镜检查小鼠眼前节炎症情况,眼底照相观察视网膜血管并进行炎症评分;采用苏木精-伊红染色观察各组小鼠视网膜组织形态改变。收集各组小鼠视网膜组织,提取RNA并构建cDNA文库,进行转录组测序,使用R语言clusterProfiler包筛选出EAU中的差异表达基因并进行GO和KEGG富集分析,采用实时荧光定量PCR验证视网膜组织中核心差异表达基因的表达。结果造模第21天,EAU组小鼠临床评分为(2.83±0.94)分,明显高于对照组的(1.89±0.93)分,差异有统计学意义(t=2.290,P<0.05),EAU组小鼠视网膜血管出现迂曲及扩张,组织病理学显示视网膜中有大量炎性细胞浸润,确定EAU小鼠造模成功。对小鼠视网膜组织进行转录组测序,共鉴定32473个基因,筛选出差异表达基因154个,其中上调基因79个(前3位分别为Gm38574、Tmem81、Ptpn7),下调基因75个(前3位分别为Gm19802、Fga、Cyp3a11)。GO富集分析显示,差异表达基因多与免疫应答和细胞因子作用有关;KEGG通路富集分析显示,差异表达基因主要富集于Toll样通路和细胞因子信号通路。与对照组比较,EAU组视网膜组织Gm38574、Tmem81、Ptpn7相对表达量上调,Gm19802、Fga、Cyp3a11表达量下调,差异均有统计学意义(t=9.755、5.358、6.289、4.312、6.577、6.118,均P<0.05)。结论EAU小鼠视网膜组织中关键基因Gm38574、Tmem81、Ptpn7、Gm19802、Fga、Cyp3a11表达存在明显差异,主要与细胞因子相互作用通路、Toll样受体传导通路有关。 展开更多
关键词 转录组测序 实验性自身免疫性葡萄膜炎 差异表达基因
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miRNA和转录组测序联合分析石斛花型形成机理
14
作者 朱洪凤 宋雅蓉 +3 位作者 敖叠 陆得银 臧瑞 和凤美 《南方农业学报》 北大核心 2025年第4期1017-1030,共14页
【目的】通过miRNA和转录组测序联合分析探究石斛花型多样性形成机理,为深入探究石斛花发育调控机制及培育具有观赏价值的新品种提供理论参考。【方法】以观赏价值高、花型差异大的玫瑰石斛、铁皮石斛和美花石斛为材料,对其进行miRNA和... 【目的】通过miRNA和转录组测序联合分析探究石斛花型多样性形成机理,为深入探究石斛花发育调控机制及培育具有观赏价值的新品种提供理论参考。【方法】以观赏价值高、花型差异大的玫瑰石斛、铁皮石斛和美花石斛为材料,对其进行miRNA和转录组测序,利用DEGseq对3种石斛进行基因表达差异分析,并绘制3种石斛miRNA与mRNA的调控网络。【结果】从玫瑰石斛、铁皮石斛和美花石斛转录组测序数据中分别筛选到279、319和293个花发育相关mRNA。从玫瑰石斛中得到1364个miRNA靶向117个花发育相关靶mRNA,从铁皮石斛中得到1615个miRNA靶向195个花发育相关靶mRNA,从美花石斛中得到1360个miRNA靶向111个花发育相关靶mRNA。通过3种石斛miRNA-mRNA调控网络联合分析,最终筛选得到差异显著表达的940个miRNA靶向31个花发育相关靶mRNA,包括miR172-AP2/AP2-3、miR5179-MADS16、miR168-NPR5/DCAF1、miR408-5GT/LOC110111162/ANS/FHA2/SPL8、miR528-YAB1/SOC1/MADS6/GPAT6/VIL1和miR166-MADS3/5GT等调控网络,以上miRNA和mRNA共同构成了3种石斛花器官发育的调控网络,主要参与花瓣、萼片、花器官、分身组织发育和雌雄蕊的形态大小发育等生物过程。【结论】石斛花发育过程中存在复杂的miRNA-mRNA调控机制,在玫瑰石斛、铁皮石斛和美花石斛中差异表达的mRNA和miRNA-mRNA调控网络可能是导致3种石斛花型差异的主要机理;miR172、miR168、miR408、miR528和miR166等作为关键候选miRNA参与调控石斛兰花发育的多个生物过程,miR168-NPR5/DCAF1、miR408-5GT/LOC110111162/ANS/FHA2/SPL8、miR528-YAB1/SOC1/MADS6/GPAT6/VIL1和miR166-MADS3/5GT等调控网络为石斛兰花器官发育分子调控机制研究提供新的方向。 展开更多
关键词 石斛 花发育 mirna测序 转录组测序 调控网络
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石斛酚对小鼠黑色素瘤细胞转录组影响的测序比对分析
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作者 阿卜杜米吉提·艾海提 韩雪 +3 位作者 戴小华 史慧君 姚刚 向志宇 《安徽农业科学》 2025年第3期92-95,共4页
为了鉴定和分析石斛酚对黑色素瘤细胞作用过程中差异表达的mRNA和LncRNA,以小鼠黑色素瘤细胞为试验对象,采用RNA-Seq技术和生物信息学方法对石斛酚组(160μmol/L)和对照组(0μmol/L)进行转录组测序分析,运用DESeq软件鉴定2组间差异表达... 为了鉴定和分析石斛酚对黑色素瘤细胞作用过程中差异表达的mRNA和LncRNA,以小鼠黑色素瘤细胞为试验对象,采用RNA-Seq技术和生物信息学方法对石斛酚组(160μmol/L)和对照组(0μmol/L)进行转录组测序分析,运用DESeq软件鉴定2组间差异表达的mRNA和LncRNA,对差异表达的mRNA进行GO功能注释和KEGG信号通路富集分析,同时对差异表达的LncRNA靶基因进行预测分析。结果显示,2组间存在588个差异表达的mRNA。与对照组相比,石斛酚组显著上调表达296个mRNA和显著下调表达292个mRNA;588个差异表达基因共富集在66个GO功能条目上,主要包括生物学过程、细胞组分和分子功能;富集的KEGG信号通路主要包括P53信号通路、雌激素信号通路、范可尼贫血信号通路、MAPK信号通路和磷脂酰肌醇信号通路等。另外,2组间存在161个差异表达的LncRNA。与对照组相比,石斛酚组显著上调表达52个LncRNA和显著下调表达109个LncRNA;通过对差异表达的LncRNA靶基因进行预测分析,共获得259个顺式作用的靶基因和6950个反式作用的靶基因。由此可见,石斛酚处理可以改变黑色素瘤中多种mRNA和LncRNA的表达,这些差异表达的mRNA和LncRNA可能是石斛酚治疗黑色素瘤的药物靶点。 展开更多
关键词 黑色素瘤 石斛酚 转录组测序
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基于转录组测序探讨拟黑多刺蚁活性组分对胶质母细胞瘤T98G细胞生长的抑制作用
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作者 谢佳秀 梁金行 +7 位作者 何俊慧 李懿 周容妃 周桂丽 韦冬梅 刘丽敏 韦桂宁 李冬梅 《中成药》 北大核心 2025年第3期984-992,共9页
目的基于转录组测序探究拟黑多刺蚁活性组分对胶质母细胞瘤T98G细胞生长的抑制作用。方法采用CCK8法检测不同质量浓度拟黑多刺蚁活性组分干预24 h对T98G细胞活力的影响;克隆形成实验、Transwell实验、DNA损伤检测实验和RT-qPCR实验检测... 目的基于转录组测序探究拟黑多刺蚁活性组分对胶质母细胞瘤T98G细胞生长的抑制作用。方法采用CCK8法检测不同质量浓度拟黑多刺蚁活性组分干预24 h对T98G细胞活力的影响;克隆形成实验、Transwell实验、DNA损伤检测实验和RT-qPCR实验检测拟黑多刺蚁活性组分对T98G细胞的增殖、迁移、DNA损伤和修复能力的影响。拟黑多刺蚁活性组分处理T98G细胞后进行转录组测序,通过生物信息学分析获得拟黑多刺蚁的活性成分及关键靶基因,RT-qPCR检测相关基因mRNA表达。结果拟黑多刺蚁活性组分作用T98G细胞的IC50值为4.57 mg/mL。与对照组比较,给药组克隆形成数目和迁移率降低(P<0.05,P<0.01),T98G细胞DNA损伤增加(P<0.01),DNA损伤修复基因RAD50、MRE11表达降低(P<0.05,P<0.01)。转录组测序分析显示,与对照组比较,给药组有363个基因表达上调,1006个基因表达下调。GO富集分析显示,差异基因主要参与细胞过程、代谢、免疫等反应调控。KEGG分析显示,差异基因主要参与Toll样受体信号通路、Nod样受体信号通路。生物信息学分析显示,拟黑多刺蚁活性组分抗胶质瘤的关键靶基因是F3、TLR4和LY96。RT-qPCR验证实验显示,拟黑多刺蚁活性组分能降低F3、TLR4、LY96 mRNA表达(P<0.05,P<0.01)。结论拟黑多刺蚁活性组分可抑制胶质母细胞瘤T98G细胞的增殖、迁移能力,诱导DNA损伤并抑制DNA损伤修复途径,其机制可能与抑制F3以及抑制Toll样受体信号通路有关。 展开更多
关键词 拟黑多刺蚁 胶质母细胞瘤 DNA损伤修复 转录组测序 组织因子(F3) TOLL样受体
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单细胞RNA测序在骨再生研究中的应用
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作者 黄紫晗 黄心智 《上海交通大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第8期1053-1058,共6页
骨再生是恢复骨稳态的关键,涉及多种细胞的有序协作,过程复杂,类型多样。理清各阶段分子机制以开发促骨再生新方案是该学科的发展方向。传统高通量测序常以整体转录组为研究对象,丢失细胞水平信息。单细胞RNA测序技术通过反映单个细胞中... 骨再生是恢复骨稳态的关键,涉及多种细胞的有序协作,过程复杂,类型多样。理清各阶段分子机制以开发促骨再生新方案是该学科的发展方向。传统高通量测序常以整体转录组为研究对象,丢失细胞水平信息。单细胞RNA测序技术通过反映单个细胞中RNA表达水平,使分析亚群异质性成为可能。基于已绘制的单细胞图谱,还可根据实际需要结合特定算法模拟细胞分化轨迹,助力更深入的机制研究。借助该技术,已在不同类型的长骨、颅颌面骨再生过程中识别出关键细胞亚群,鉴定了特征性细胞标志物与潜在疾病诊断指标,对比了炎症、衰老等背景下的再生差异,探究了部分引导骨再生术的成骨机制,揭示了不同材料促骨再生差异性。该文综述了单细胞RNA测序在长骨、颅颌面骨再生及骨组织工程中的应用,总结了其在解析细胞异质性、基因调控和微环境作用方面的贡献,梳理通过测序已鉴定的核心细胞亚群与功能,指出当前研究的局限性,并展望了该技术未来在骨再生中的应用前景,有望为后续相关研究提供全新视角。 展开更多
关键词 单细胞rna测序 骨再生 颅颌面骨 骨组织工程
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天子蓝盘丽鱼皮肤组织的单细胞转录组测序
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作者 杨平 刘洁 +1 位作者 陈再忠 陆颖 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期601-610,F0002,共11页
【目的】通过单细胞转录组测序比较天子蓝盘丽鱼和野生阿莲卡盘丽鱼皮肤组织中与体色形成相关的基因表达模式,为深入研究鱼类体色及良种选育提供数据基础,也为盘丽鱼或其他水产鱼类进行单细胞转录组研究提供技术借鉴。【方法】利用单细... 【目的】通过单细胞转录组测序比较天子蓝盘丽鱼和野生阿莲卡盘丽鱼皮肤组织中与体色形成相关的基因表达模式,为深入研究鱼类体色及良种选育提供数据基础,也为盘丽鱼或其他水产鱼类进行单细胞转录组研究提供技术借鉴。【方法】利用单细胞转录组测序技术对天子蓝(人工选育)和阿莲卡(野生型)2种盘丽鱼的皮肤组织进行转录组测序,经fastp质控过滤后,通过Cell Ranger比对参考基因组生成单细胞表达矩阵文件,使用Seurat进行降维聚类后构建转录组图谱,筛选出细胞类型识别与鉴定的标记基因;同时以阿莲卡盘丽鱼为对照,通过DEGseq筛选出2个样本间的差异表达基因(DEGs),并进行GO功能注释分析和KEGG信号通路富集分析。【结果】经单细胞转录组测序,从天子蓝、阿莲卡盘丽鱼样本中获得的原始序列(Raw reads)分别为815237286和728886552条;将2个样本整合后共捕获17035个细胞,经过滤及降维聚类后得到18个细胞簇(C0~C17),参考已知和潜在的标记基因,被注释为13种细胞类型及其亚型,基本涵盖了鱼类皮肤组织中的大部分细胞类型。基于伪批量(Pseudo-bulk)处理,从2个样本间筛选出20个DEGs(8个在天子蓝盘丽鱼皮肤组织中高表达,12个在阿莲卡盘丽鱼皮肤组织中高表达),主要注释到与气体传递、氧化代谢相关的GO功能条目。在单细胞维度,选择黑色素细胞和虹彩细胞2个细胞集群进行样本间差异分析,结果显示:在黑色素细胞中存在8个DEGs,主要富集于热应答、未折叠蛋白结合、生长因子活性、金属离子结合等信号通路。在虹彩细胞中存在25个DEGs,KEGG信号通路富集分析发现主要富集于凋亡、沙门氏菌感染和MAPK等信号通路,涉及细胞生存、应激响应和信号传导等功能。【结论】TSPAN3A、PTGES、ATF3、JUNK、GADD45GA、HSP70L、FOSAB等基因在调节天子蓝盘丽鱼皮肤体色、色素合成与沉着等方面发挥重要作用,而黑色素合成不活跃可能是导致天子蓝盘丽鱼体色较阿莲卡盘丽色更加鲜艳和绚丽的主要原因之一。 展开更多
关键词 盘丽鱼 单细胞转录组测序 标记基因 色素细胞 体色
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蓝舌病病毒感染绵羊胚胎睾丸细胞转录组测序数据的基因集富集分析及验证
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作者 鲁丹枫 李占鸿 +2 位作者 张振兴 朱沛 李卓然 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第9期4319-4333,共15页
【目的】从促炎细胞因子和细胞凋亡涉及的生物过程和信号通路角度,探讨在蓝舌病病毒(Bluetongue virus,BTV)感染进程中将促炎细胞因子-炎症反应-凋亡三者串联起来的关键宿主细胞因子或蛋白,以期获得BTV致病机制相关宿主因子或蛋白线索... 【目的】从促炎细胞因子和细胞凋亡涉及的生物过程和信号通路角度,探讨在蓝舌病病毒(Bluetongue virus,BTV)感染进程中将促炎细胞因子-炎症反应-凋亡三者串联起来的关键宿主细胞因子或蛋白,以期获得BTV致病机制相关宿主因子或蛋白线索。【方法】对BTV-1血清型毒株Y863感染的绵羊胚胎睾丸细胞(OA3.Ts)总RNA进行转录组测序(RNA-Seq);利用R package edgeR(v 3.14.0)包统计差异表达基因,对差异表达基因进行基因集富集分析(GSEA),获得其在基因集C2:curated gene sets下的KEGG基因子集,基因集C5:GO下的生物过程、细胞组分和分子功能基因子集,以及基因集Hallmark下的基因富集图谱;利用实时荧光定量RT-PCR、ELISA和Western blotting对关键生物过程或通路的10个领头亚集(LS)基因的表达进行验证;并通过Annexin V-FITC/碘化丙锭(PI)染色法检测被感染细胞的凋亡水平。【结果】GSEA结果表明,差异表达基因分别显著富集在基因集C2:curated gene sets的KEGG基因子集下的凋亡通路,基因集C5:GO的生物过程基因子集下的对肿瘤坏死因子(TNF)的反应、对白细胞介素1(IL-1)的反应、细胞对IL-1的反应、对γ-干扰素(IFN-γ)的反应、细胞对IFN-γ的反应和IL-12产生等条目,以及基因集Hallmark下的炎症反应通路。实时荧光定量RT-PCR结果显示,GSEA结果中关键促炎细胞因子和蛋白中的IL-1α、IL-6、C-X-C趋化因子8(CXCL8)、半胱天冬酶7(CASP7)、CASP8、TNF受体超家族成员5(CD40)和核苷酸结合寡聚化结构域样受体热蛋白结构域亚家族成员3(NLRP3)的转录水平显著上调,log2差异倍数(FoldChange,FC)值分别为0.34、1.03、7.42、3.98、3.61、1.00和1.74。ELISA和Western blotting结果显示,与对照组相比,感染组CXCL8、CD40、CASP7和CASP8表达水平显著或极显著上升(P<0.05;P<0.01)。Annexin V-FITC/PI染色结果表明,凋亡的OA3.Ts细胞由对照组的1.89%上升至感染组的12.78%。【结论】本研究分析预测高表达的CD40和CXCL8是串联促炎细胞因子-炎症反应-凋亡三者的关键因素,对BTV感染导致的多组织出血、水肿、弥散性血管内凝血和组织坏死等临床症状及雄性绵羊睾丸退化和无精子症具有重要潜在贡献。 展开更多
关键词 蓝舌病病毒(BTV) 转录组测序 基因集富集分析 CD40 CXCL8
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基于转录组测序探究氟对成釉细胞影响的分子机制
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作者 姚姝冉 翁清清 +2 位作者 朱忆颖 刘佳 张颖 《口腔医学研究》 北大核心 2025年第5期420-425,共6页
目的:基于转录组测序(transcriptome sequencing,RNA-seq)分析氟化钠(NaF)对小鼠成釉细胞系LS8细胞基因表达的影响,分析关键差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),为探究氟牙症发生的致病机制提供新思路。方法:实验分为两... 目的:基于转录组测序(transcriptome sequencing,RNA-seq)分析氟化钠(NaF)对小鼠成釉细胞系LS8细胞基因表达的影响,分析关键差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),为探究氟牙症发生的致病机制提供新思路。方法:实验分为两组,空白对照组和NaF组(1.5 mmol/L)处理LS8细胞24 h后收集样本,进行RNA-seq分析,筛选出关键DEGs,采用京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)对基因进行通路富集分析。通过实时荧光定量聚合酶链反应技术(real-time quantitative PCR,RT-qPCR)验证测序结果的准确性。此外,通过Western blot验证相关信号通路蛋白的表达情况。结果:NaF处理24 h后,RNA-seq共检测筛选出DEGs共104个,其中上调基因34个,下调基因70个。KEGG富集分析结果显示,磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B,PI3K/Akt)和丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)等信号通路在NaF处理后的成釉细胞中显著富集。RT-qPCR发现PI3K、Akt、MAPK mRNA表达下降(P<0.05),与RNA-seq结果一致。Western blot结果显示p-PI3K/PI3K、p-Akt/Akt、p-p44/p42MAPK/p44/p42MAPK蛋白相对表达量降低(P<0.05)。结论:PI3K/Akt、MAPK信号通路可能参与氟对成釉细胞毒性作用的调控过程。 展开更多
关键词 转录组测序 氟牙症 成釉细胞 PI3K/AKT信号通路 丝裂原活化蛋白激酶信号通路
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