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单细胞转录组测序技术在胃癌肿瘤微环境重编程研究中的应用进展 被引量：2
1
作者 胡非凡 占强 安方梅 《南京医科大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第2期285-290,共6页
胃癌发病和肿瘤微环境重编程密切相关,但肿瘤微环境的复杂性与异质性限制了胃癌的个体化精准诊疗。单细胞转录组测序技术从探讨肿瘤微环境重编程过程出发,可在单细胞水平“描绘”胃癌中肿瘤微环境的“景观”,深入探索肿瘤微环境各细胞... 胃癌发病和肿瘤微环境重编程密切相关,但肿瘤微环境的复杂性与异质性限制了胃癌的个体化精准诊疗。单细胞转录组测序技术从探讨肿瘤微环境重编程过程出发,可在单细胞水平“描绘”胃癌中肿瘤微环境的“景观”,深入探索肿瘤微环境各细胞亚型间的相互作用,揭示肿瘤微环境调控胃癌进展与转移的免疫新机制,探究肿瘤微环境诱导胃癌化疗耐药的分子机制,挖掘肿瘤微环境中胃癌潜在的免疫治疗新靶点,提供预测肿瘤微环境影响胃癌预后的新方法等,为研究胃癌起源、发病机制、疾病进展以及免疫耐受等提供更全面、精准的证据。文章就单细胞转录组测序技术在胃癌微环境重编程研究中的应用现状作一综述,力求为胃癌的精准诊治提供新思路。 展开更多
关键词 胃癌 肿瘤微环境 单细胞转录组测序 异质性
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单细胞转录组测序技术在结核病研究中的应用
2
作者 石红雨 张国良 肖国辉 《中国防痨杂志》 北大核心 2025年第3期362-368,共7页
结核病是结核分枝杆菌感染引起的全球死亡率最高的传染病之一,严重威胁公共卫生。目前,对于结核分枝杆菌感染宿主后引起的细胞免疫应答机制还不是很清晰。单细胞转录组测序技术能在单个细胞的分辨率上揭示病理过程中的细胞异质性,可以... 结核病是结核分枝杆菌感染引起的全球死亡率最高的传染病之一,严重威胁公共卫生。目前,对于结核分枝杆菌感染宿主后引起的细胞免疫应答机制还不是很清晰。单细胞转录组测序技术能在单个细胞的分辨率上揭示病理过程中的细胞异质性,可以帮助研究人员更好地理解结核病的发病机制,并为靶向药物研发、新型诊断标志物及疫苗研发提供有力支持。本文综述了该技术在结核病致病机制的探究、在不同临床样本中细胞亚群异质性的分析,以及免疫微环境揭示等方面的应用,并探讨该技术的局限性、未来的挑战,展望了其在结核病研究中潜在的应用方向。 展开更多
关键词 结核 RNA 免疫 细胞 单细胞转录组测序
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单细胞转录组测序在视网膜发育及疾病发生和发展中的作用
3
作者 徐嫚鸿(综述) 李筱荣(审校) 《中华实验眼科杂志》 北大核心 2025年第6期571-576,共6页
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上进行的无偏性、高通量以及高分辨率的转录组分析。与普通转录组测序相比,scRNA-seq不是简单研究组织细胞的平均基因表达,而是将RNA映射到单个细胞,可用于发现全新的细胞类型,揭示细胞异质性... 单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上进行的无偏性、高通量以及高分辨率的转录组分析。与普通转录组测序相比,scRNA-seq不是简单研究组织细胞的平均基因表达,而是将RNA映射到单个细胞,可用于发现全新的细胞类型,揭示细胞异质性,鉴定罕见细胞等方面。近年来,越来越多的scRNA-seq相关研究聚焦眼科,该技术有望成为一种能够揭示复杂的视网膜发育生物学过程和疾病发生机制的全新工具,对眼科临床治疗具有指导性意义。本文对scRNA-seq的发展和技术流程作简要介绍,详细阐述其在识别各种视网膜细胞亚型、分析视网膜细胞发育轨迹、视网膜类器官的应用等方面的研究。系统性总结了scRNA-seq在糖尿病视网膜病变、年龄相关性黄斑变性等视网膜疾病的发生机制和诊疗方法研究中的最新研究进展,主要包含在疾病发生和发展中的细胞特异性分子和调控通路的变化信息等,将有助于寻找治疗视网膜疾病的潜在新靶点。 展开更多
关键词 单细胞转录组测序 视网膜 视网膜疾病 基因标记 细胞异质性
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单细胞转录组测序技术及其在畜禽领域的研究进展
4
作者 何先钰 刘自晓 任刚 《中国畜禽种业》 2025年第8期19-32,共14页
单细胞转录组测序技术是一种能够在单细胞水平高通量分析基因转录状态的新兴技术,因其可以揭示生物体不同组织、器官的细胞图谱、转录图谱、发育轨迹及细胞异质性,在生命科学研究中备受关注。该技术已广泛应用于基因表达与调控、细胞类... 单细胞转录组测序技术是一种能够在单细胞水平高通量分析基因转录状态的新兴技术,因其可以揭示生物体不同组织、器官的细胞图谱、转录图谱、发育轨迹及细胞异质性,在生命科学研究中备受关注。该技术已广泛应用于基因表达与调控、细胞类型的精准鉴定、组织器官的生长发育以及人类相关疾病的研究。此外,可用于改善动物繁殖性能、生长性能以及动物疾病相关的基础研究。该文主要针对scRNA-Seq技术的基本概况、发展过程及其在畜禽领域的研究进展和应用进行综述,并对其进一步的发展和应用前景进行展望,以期对该技术在畜禽领域的研究与应用提供部分基础性建议。 展开更多
关键词 单细胞转录组测序 畜禽 品种改良 生长发育 疾病防治
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基于全转录组测序探讨褪黑素抑制神经胶质瘤细胞增殖的机制
5
作者 徐丽 陈秀娇 +4 位作者 郑伟男 毛馨琳 林丽彬 谢群 金清东 《中国药理学通报》 CAS 北大核心 2025年第1期163-170,共8页
目的全转录组测序检测神经胶质瘤细胞非编码RNA(ncRNA)表达谱并构建ceRNA网络,揭示ncRNA参与褪黑素抑制神经胶质瘤细胞增殖的分子机制。方法0、2、4、6、8 mmol·L^(-1)褪黑素干预神经胶质瘤细胞24、48、72 h,CCK-8检测褪黑素对细... 目的全转录组测序检测神经胶质瘤细胞非编码RNA(ncRNA)表达谱并构建ceRNA网络,揭示ncRNA参与褪黑素抑制神经胶质瘤细胞增殖的分子机制。方法0、2、4、6、8 mmol·L^(-1)褪黑素干预神经胶质瘤细胞24、48、72 h,CCK-8检测褪黑素对细胞增殖的抑制作用;0、4 mmol·L^(-1)褪黑素干预U251细胞24h后,全转录组测序检测差异表达miRNA(DEmiRNA)、lncRNA(DElncRNA)、mRNA(DEmRNA),对DEmRNA进行GO和KEGG富集分析;构建ceRNA网络,采用qRT-PCR验证ceRNA关键基因表达。结果褪黑素呈时间-剂量依赖性抑制神经胶质瘤细胞增殖;全转录组测序筛选出0 mmol·L^(-1)与4 mmol·L^(-1)褪黑素组DEmRNA 5049个、DElncRNA 635个、DEmiRNA 146个;DEmRNA主要富集在铁死亡、mTOR信号通路、FoxO信号通路、细胞周期等癌症相关信号通路;ceRNA网络包含4个lncRNA、3个miRNA和48个mRNA,qRT-PCR验证U251细胞hsa-miR-129-5p、hsa-miR-362-5p、LINC00707和SLC16A1-AS1表达与测序结果一致,U87细胞的基因表达与测序结果基本一致。结论褪黑素通过ncRNA差异表达,影响癌症相关信号通路,进而抑制神经胶质瘤细胞增殖;LINC00707、SLC16A1-AS1、hsa-miR-129-5p、hsa-miR-362-5p构成的ceRNA网络可能参与褪黑素抑制神经胶质瘤细胞增殖的分子机制。 展开更多
关键词 褪黑素 神经胶质瘤 全转录组测序 ceRNA网络 hsa-miR-129-5p hsa-miR-362-5p
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单细胞转录组测序技术在畜牧科学中的技术进展与应用
6
作者 李涵 张晓琴 +4 位作者 粱胜利 叶丽霞 李明 张小虎 李宏 《现代畜牧科技》 2025年第8期80-84,共5页
单细胞转录组测序(scRNA-seq)作为一项突破性技术,能够从单细胞层面解析转录组信息,为畜牧科学领域的研究提供全新视角。该文系统综述scRNA-seq的技术原理与试验流程,重点阐述微流控技术、单细胞分离及文库构建等关键步骤;总结了scRNA-... 单细胞转录组测序(scRNA-seq)作为一项突破性技术,能够从单细胞层面解析转录组信息,为畜牧科学领域的研究提供全新视角。该文系统综述scRNA-seq的技术原理与试验流程,重点阐述微流控技术、单细胞分离及文库构建等关键步骤;总结了scRNA-seq在动物繁殖、疫病防治和遗传育种中的核心进展,包括揭示精子发生机制、解析非洲猪瘟病毒宿主互作、挖掘高原适应性基因以及优化家畜肌肉发育等典型案例。该文探讨当前技术面临的挑战,如复杂组织样本的单细胞悬液制备困难、RNA捕获效率低及高维度数据分析的复杂性,并提出未来技术优化方向(如算法改进与标准化样本处理流程),为scRNA-seq在畜牧科学领域的应用提供理论支持。 展开更多
关键词 单细胞转录组测序 微流控 生物信息学分析
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基于转录组测序分析METTL14对绵羊骨骼肌卫星细胞成肌分化的影响
7
作者 何思琦 陈倩 +3 位作者 蒋琳 马月辉 周胜花 赵倩君 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第10期4925-4937,共13页
旨在探究甲基转移酶样14(methyltransferase-like 14,METTL14)影响绵羊骨骼肌卫星细胞(skeletal muscle satellite cells,SMSCs)成肌分化的分子机制,为解析METTL14调控绵羊骨骼肌卫星细胞分化的分子机制提供理论基础。本研究对SMSCs进... 旨在探究甲基转移酶样14(methyltransferase-like 14,METTL14)影响绵羊骨骼肌卫星细胞(skeletal muscle satellite cells,SMSCs)成肌分化的分子机制,为解析METTL14调控绵羊骨骼肌卫星细胞分化的分子机制提供理论基础。本研究对SMSCs进行分离并鉴定,将METTL14过表达质粒及对照质粒分别转染进入SMSCs,通过RT-qPCR和Western blot检测其过表达效率及METTL14影响SMSCs分化的功能。对SMSCs过表达METTL14组(OE-14)和对照组(OE-NC)进行转录组测序,以P<0.05且log2|Fold Change|>1为阈值鉴定差异表达基因,进行GO和KEGG富集分析及PPI蛋白质网络互作分析。METTL14过表达能够显著增加SMSCs中METTL14的表达及成肌分化相关基因(MyHC、MyoG)的mRNA和蛋白水平,表明METTL14过表达成功,且METTL14能够促进SMSCs的分化。两组中共鉴定到259个差异表达基因,与OE-NC相比,OE-14共有45个基因表达上调,214个基因表达下调。差异基因主要富集到细胞核通路、Rap1信号通路等。PPI蛋白质网络互作分析筛选出8个枢纽基因(Degree≥15),包括MX1、RSAD2、IFIH1、DDX58、HERC5、ISG15、MX2以及IRF7。本研究表明METTL14通过影响细胞进程和肌肉发育相关的基因和信号通路促进绵羊骨骼肌卫星细胞的分化。 展开更多
关键词 METTL14 转录组测序 骨骼肌卫星细胞 绵羊 细胞分化
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RNA转录组测序分析血友病A小鼠抗FⅧ免疫反应脾细胞相关分子改变
8
作者 王晨晨 王亚丽 +3 位作者 蔡媛华 郑巧云 林振兴 陈英玉 《中国实验血液学杂志》 北大核心 2025年第5期1476-1485,共10页
目的:RNA转录组测序分析血友病A(HA)小鼠脾细胞抗凝血因子Ⅷ(FⅧ)免疫反应相关分子水平改变,揭示FⅧ抑制物生成相关分子机制。方法:通过重组人源FⅧ免疫重型HA小鼠,构建FⅧ抑制物模型鼠。采用高通量RNA转录组测序(Bulk RNA-seq)经CASAV... 目的:RNA转录组测序分析血友病A(HA)小鼠脾细胞抗凝血因子Ⅷ(FⅧ)免疫反应相关分子水平改变,揭示FⅧ抑制物生成相关分子机制。方法:通过重组人源FⅧ免疫重型HA小鼠,构建FⅧ抑制物模型鼠。采用高通量RNA转录组测序(Bulk RNA-seq)经CASAVA碱基识别获得高质量原始数据,完成两组差异表达基因(DEGs)分析。对DEGs进行GO注释分类统计,获得HA小鼠脾细胞抗FⅧ免疫反应的主要信号通路及生物过程信息,并通过差异基因GO和KEGG富集分析以及单细胞转录组测序(ScRNA-seq),综合分析获得的细胞簇、基因和信号通路数据集,流式细胞术检测和分析脾脏滤泡辅助性T细胞(Tfh)和调节性T细胞(Treg)比例变化。结果:筛选获得抑制物组与对照组DEGs 3731个,其中包括2275个表达上调基因和1456个表达下调基因,差异基因富集分析结果涉及辅助性T细胞分化和活化调节、细胞因子受体、T细胞受体信号通路、铁死亡等方面。ScRNA-seq降维聚类(UAMP)得到11个T/NK细胞亚群,经可视化呈现C-X-C趋化因子特异性受体基因cxcr5在其中的整体表达分布,以及cxcr5在抑制物模型鼠活化Tfh中高表达。UpSet plot展示Tfh和Treg存在交互作用,流式检测证实抑制物组脾脏CD4^(+)CXCR5^(+)PD-1^(+)Tfh细胞比例增高,CD4^(+)CD25^(+)Foxp3^(+)Treg细胞比例相对受抑。结论:脾细胞抗FⅧ免疫反应涉及多个免疫细胞亚群和信号通路分子,T细胞亚群Tfh/Treg及其相关调控分子在其中发挥重要作用,可能为今后HA合并抑制物患者免疫治疗提供潜在的生物学靶标。 展开更多
关键词 血友病A 抑制物 凝血因子Ⅷ 生物信息学 RNA转录组测序
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石斛酚对小鼠黑色素瘤细胞转录组影响的测序比对分析
9
作者 阿卜杜米吉提·艾海提 韩雪 +3 位作者 戴小华 史慧君 姚刚 向志宇 《安徽农业科学》 2025年第3期92-95,共4页
为了鉴定和分析石斛酚对黑色素瘤细胞作用过程中差异表达的mRNA和LncRNA,以小鼠黑色素瘤细胞为试验对象,采用RNA-Seq技术和生物信息学方法对石斛酚组(160μmol/L)和对照组(0μmol/L)进行转录组测序分析,运用DESeq软件鉴定2组间差异表达... 为了鉴定和分析石斛酚对黑色素瘤细胞作用过程中差异表达的mRNA和LncRNA,以小鼠黑色素瘤细胞为试验对象,采用RNA-Seq技术和生物信息学方法对石斛酚组(160μmol/L)和对照组(0μmol/L)进行转录组测序分析,运用DESeq软件鉴定2组间差异表达的mRNA和LncRNA,对差异表达的mRNA进行GO功能注释和KEGG信号通路富集分析,同时对差异表达的LncRNA靶基因进行预测分析。结果显示,2组间存在588个差异表达的mRNA。与对照组相比,石斛酚组显著上调表达296个mRNA和显著下调表达292个mRNA;588个差异表达基因共富集在66个GO功能条目上,主要包括生物学过程、细胞组分和分子功能;富集的KEGG信号通路主要包括P53信号通路、雌激素信号通路、范可尼贫血信号通路、MAPK信号通路和磷脂酰肌醇信号通路等。另外,2组间存在161个差异表达的LncRNA。与对照组相比,石斛酚组显著上调表达52个LncRNA和显著下调表达109个LncRNA;通过对差异表达的LncRNA靶基因进行预测分析,共获得259个顺式作用的靶基因和6950个反式作用的靶基因。由此可见,石斛酚处理可以改变黑色素瘤中多种mRNA和LncRNA的表达,这些差异表达的mRNA和LncRNA可能是石斛酚治疗黑色素瘤的药物靶点。 展开更多
关键词 黑色素瘤 石斛酚 转录组测序
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基于转录组测序探讨拟黑多刺蚁活性组分对胶质母细胞瘤T98G细胞生长的抑制作用
10
作者 谢佳秀 梁金行 +7 位作者 何俊慧 李懿 周容妃 周桂丽 韦冬梅 刘丽敏 韦桂宁 李冬梅 《中成药》 北大核心 2025年第3期984-992,共9页
目的基于转录组测序探究拟黑多刺蚁活性组分对胶质母细胞瘤T98G细胞生长的抑制作用。方法采用CCK8法检测不同质量浓度拟黑多刺蚁活性组分干预24 h对T98G细胞活力的影响;克隆形成实验、Transwell实验、DNA损伤检测实验和RT-qPCR实验检测... 目的基于转录组测序探究拟黑多刺蚁活性组分对胶质母细胞瘤T98G细胞生长的抑制作用。方法采用CCK8法检测不同质量浓度拟黑多刺蚁活性组分干预24 h对T98G细胞活力的影响;克隆形成实验、Transwell实验、DNA损伤检测实验和RT-qPCR实验检测拟黑多刺蚁活性组分对T98G细胞的增殖、迁移、DNA损伤和修复能力的影响。拟黑多刺蚁活性组分处理T98G细胞后进行转录组测序,通过生物信息学分析获得拟黑多刺蚁的活性成分及关键靶基因,RT-qPCR检测相关基因mRNA表达。结果拟黑多刺蚁活性组分作用T98G细胞的IC50值为4.57 mg/mL。与对照组比较,给药组克隆形成数目和迁移率降低(P<0.05,P<0.01),T98G细胞DNA损伤增加(P<0.01),DNA损伤修复基因RAD50、MRE11表达降低(P<0.05,P<0.01)。转录组测序分析显示,与对照组比较,给药组有363个基因表达上调,1006个基因表达下调。GO富集分析显示,差异基因主要参与细胞过程、代谢、免疫等反应调控。KEGG分析显示,差异基因主要参与Toll样受体信号通路、Nod样受体信号通路。生物信息学分析显示,拟黑多刺蚁活性组分抗胶质瘤的关键靶基因是F3、TLR4和LY96。RT-qPCR验证实验显示,拟黑多刺蚁活性组分能降低F3、TLR4、LY96 mRNA表达(P<0.05,P<0.01)。结论拟黑多刺蚁活性组分可抑制胶质母细胞瘤T98G细胞的增殖、迁移能力,诱导DNA损伤并抑制DNA损伤修复途径,其机制可能与抑制F3以及抑制Toll样受体信号通路有关。 展开更多
关键词 拟黑多刺蚁 胶质母细胞瘤 DNA损伤修复 转录组测序 组织因子(F3) TOLL样受体
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天子蓝盘丽鱼皮肤组织的单细胞转录组测序
11
作者 杨平 刘洁 +1 位作者 陈再忠 陆颖 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期601-610,F0002,共11页
【目的】通过单细胞转录组测序比较天子蓝盘丽鱼和野生阿莲卡盘丽鱼皮肤组织中与体色形成相关的基因表达模式,为深入研究鱼类体色及良种选育提供数据基础,也为盘丽鱼或其他水产鱼类进行单细胞转录组研究提供技术借鉴。【方法】利用单细... 【目的】通过单细胞转录组测序比较天子蓝盘丽鱼和野生阿莲卡盘丽鱼皮肤组织中与体色形成相关的基因表达模式,为深入研究鱼类体色及良种选育提供数据基础,也为盘丽鱼或其他水产鱼类进行单细胞转录组研究提供技术借鉴。【方法】利用单细胞转录组测序技术对天子蓝(人工选育)和阿莲卡(野生型)2种盘丽鱼的皮肤组织进行转录组测序,经fastp质控过滤后,通过Cell Ranger比对参考基因组生成单细胞表达矩阵文件,使用Seurat进行降维聚类后构建转录组图谱,筛选出细胞类型识别与鉴定的标记基因;同时以阿莲卡盘丽鱼为对照,通过DEGseq筛选出2个样本间的差异表达基因(DEGs),并进行GO功能注释分析和KEGG信号通路富集分析。【结果】经单细胞转录组测序,从天子蓝、阿莲卡盘丽鱼样本中获得的原始序列(Raw reads)分别为815237286和728886552条;将2个样本整合后共捕获17035个细胞,经过滤及降维聚类后得到18个细胞簇(C0~C17),参考已知和潜在的标记基因,被注释为13种细胞类型及其亚型,基本涵盖了鱼类皮肤组织中的大部分细胞类型。基于伪批量(Pseudo-bulk)处理,从2个样本间筛选出20个DEGs(8个在天子蓝盘丽鱼皮肤组织中高表达,12个在阿莲卡盘丽鱼皮肤组织中高表达),主要注释到与气体传递、氧化代谢相关的GO功能条目。在单细胞维度,选择黑色素细胞和虹彩细胞2个细胞集群进行样本间差异分析,结果显示:在黑色素细胞中存在8个DEGs,主要富集于热应答、未折叠蛋白结合、生长因子活性、金属离子结合等信号通路。在虹彩细胞中存在25个DEGs,KEGG信号通路富集分析发现主要富集于凋亡、沙门氏菌感染和MAPK等信号通路,涉及细胞生存、应激响应和信号传导等功能。【结论】TSPAN3A、PTGES、ATF3、JUNK、GADD45GA、HSP70L、FOSAB等基因在调节天子蓝盘丽鱼皮肤体色、色素合成与沉着等方面发挥重要作用,而黑色素合成不活跃可能是导致天子蓝盘丽鱼体色较阿莲卡盘丽色更加鲜艳和绚丽的主要原因之一。 展开更多
关键词 盘丽鱼 单细胞转录组测序 标记基因 色素细胞 体色
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蓝舌病病毒感染绵羊胚胎睾丸细胞转录组测序数据的基因集富集分析及验证
12
作者 鲁丹枫 李占鸿 +2 位作者 张振兴 朱沛 李卓然 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第9期4319-4333,共15页
【目的】从促炎细胞因子和细胞凋亡涉及的生物过程和信号通路角度,探讨在蓝舌病病毒(Bluetongue virus,BTV)感染进程中将促炎细胞因子-炎症反应-凋亡三者串联起来的关键宿主细胞因子或蛋白,以期获得BTV致病机制相关宿主因子或蛋白线索... 【目的】从促炎细胞因子和细胞凋亡涉及的生物过程和信号通路角度,探讨在蓝舌病病毒(Bluetongue virus,BTV)感染进程中将促炎细胞因子-炎症反应-凋亡三者串联起来的关键宿主细胞因子或蛋白,以期获得BTV致病机制相关宿主因子或蛋白线索。【方法】对BTV-1血清型毒株Y863感染的绵羊胚胎睾丸细胞(OA3.Ts)总RNA进行转录组测序(RNA-Seq);利用R package edgeR(v 3.14.0)包统计差异表达基因,对差异表达基因进行基因集富集分析(GSEA),获得其在基因集C2:curated gene sets下的KEGG基因子集,基因集C5:GO下的生物过程、细胞组分和分子功能基因子集,以及基因集Hallmark下的基因富集图谱;利用实时荧光定量RT-PCR、ELISA和Western blotting对关键生物过程或通路的10个领头亚集(LS)基因的表达进行验证;并通过Annexin V-FITC/碘化丙锭(PI)染色法检测被感染细胞的凋亡水平。【结果】GSEA结果表明,差异表达基因分别显著富集在基因集C2:curated gene sets的KEGG基因子集下的凋亡通路,基因集C5:GO的生物过程基因子集下的对肿瘤坏死因子(TNF)的反应、对白细胞介素1(IL-1)的反应、细胞对IL-1的反应、对γ-干扰素(IFN-γ)的反应、细胞对IFN-γ的反应和IL-12产生等条目,以及基因集Hallmark下的炎症反应通路。实时荧光定量RT-PCR结果显示,GSEA结果中关键促炎细胞因子和蛋白中的IL-1α、IL-6、C-X-C趋化因子8(CXCL8)、半胱天冬酶7(CASP7)、CASP8、TNF受体超家族成员5(CD40)和核苷酸结合寡聚化结构域样受体热蛋白结构域亚家族成员3(NLRP3)的转录水平显著上调,log2差异倍数(FoldChange,FC)值分别为0.34、1.03、7.42、3.98、3.61、1.00和1.74。ELISA和Western blotting结果显示,与对照组相比,感染组CXCL8、CD40、CASP7和CASP8表达水平显著或极显著上升(P<0.05;P<0.01)。Annexin V-FITC/PI染色结果表明,凋亡的OA3.Ts细胞由对照组的1.89%上升至感染组的12.78%。【结论】本研究分析预测高表达的CD40和CXCL8是串联促炎细胞因子-炎症反应-凋亡三者的关键因素,对BTV感染导致的多组织出血、水肿、弥散性血管内凝血和组织坏死等临床症状及雄性绵羊睾丸退化和无精子症具有重要潜在贡献。 展开更多
关键词 蓝舌病病毒(BTV) 转录组测序 基因集富集分析 CD40 CXCL8
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基于转录组测序探究氟对成釉细胞影响的分子机制
13
作者 姚姝冉 翁清清 +2 位作者 朱忆颖 刘佳 张颖 《口腔医学研究》 北大核心 2025年第5期420-425,共6页
目的:基于转录组测序(transcriptome sequencing,RNA-seq)分析氟化钠(NaF)对小鼠成釉细胞系LS8细胞基因表达的影响,分析关键差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),为探究氟牙症发生的致病机制提供新思路。方法:实验分为两... 目的:基于转录组测序(transcriptome sequencing,RNA-seq)分析氟化钠(NaF)对小鼠成釉细胞系LS8细胞基因表达的影响,分析关键差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),为探究氟牙症发生的致病机制提供新思路。方法:实验分为两组,空白对照组和NaF组(1.5 mmol/L)处理LS8细胞24 h后收集样本,进行RNA-seq分析,筛选出关键DEGs,采用京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)对基因进行通路富集分析。通过实时荧光定量聚合酶链反应技术(real-time quantitative PCR,RT-qPCR)验证测序结果的准确性。此外,通过Western blot验证相关信号通路蛋白的表达情况。结果:NaF处理24 h后,RNA-seq共检测筛选出DEGs共104个,其中上调基因34个,下调基因70个。KEGG富集分析结果显示,磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B,PI3K/Akt)和丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)等信号通路在NaF处理后的成釉细胞中显著富集。RT-qPCR发现PI3K、Akt、MAPK mRNA表达下降(P<0.05),与RNA-seq结果一致。Western blot结果显示p-PI3K/PI3K、p-Akt/Akt、p-p44/p42MAPK/p44/p42MAPK蛋白相对表达量降低(P<0.05)。结论:PI3K/Akt、MAPK信号通路可能参与氟对成釉细胞毒性作用的调控过程。 展开更多
关键词 转录组测序 氟牙症 成釉细胞 PI3K/AKT信号通路 丝裂原活化蛋白激酶信号通路
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基于转录组测序的不同辣度辣椒差异表达基因分析 被引量：1
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作者 庞欣 陈军 +2 位作者 李林芝 刘佳 黄文娟 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第6期24-33,共10页
为了研究不同辣度辣椒的基因表达差异,探究参与或调控辣椒素生物合成的基因或转录因子。试验以2种不同辣度的辣椒B1-2(高辣)、D50(微辣)为材料,通过高通量RNA测序(RNA-seq)对35 d胎座进行转录组分析,共筛选出1570个差异表达基因(DEG),包... 为了研究不同辣度辣椒的基因表达差异,探究参与或调控辣椒素生物合成的基因或转录因子。试验以2种不同辣度的辣椒B1-2(高辣)、D50(微辣)为材料,通过高通量RNA测序(RNA-seq)对35 d胎座进行转录组分析,共筛选出1570个差异表达基因(DEG),包括673个上调基因、897个下调基因。经GO富集分析,DEG主要集中在氧化还原反应、光合作用、光反应等生物过程;经KEGG富集分析,DEG主要富集在光合作用-天线蛋白、次级代谢产物的生物合成、代谢途径等信号通路。鉴定出7个CapCyc模型基因、8个MYB转录因子在2份辣椒材料中的差异表达;在果实不同发育时期进一步利用qRT-PCR进行分析,发现4CL、COMT、KAS可能具有调控辣椒素合成的作用。研究结果可为探索辣椒素生物合成的调控网络提供更多的候选基因,期待可为下一步关键基因的功能分析和辣椒育种提供理论基础。 展开更多
关键词 辣椒 转录组测序 差异表达基因 辣椒素类物质 生物合成 转录因子
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基于转录组测序的寒地水稻孕穗期低温响应分析
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作者 郭震华 马文东 +6 位作者 蔡丽君 蔡永盛 胡月婷 韩笑 田崇兵 张希瑞 王翠 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第4期193-200,共8页
水稻作为世界重要的粮食作物,极易受到低温侵袭,并伴随着水稻机体内一系列复杂的代谢变化及分子水平调控,以适应低温逆境。为了明确寒地水稻孕穗期低温胁迫应答的关键调控通路及基因,采集龙粳11(LG11)在孕穗期低温处理下0、2、4 d的幼穗... 水稻作为世界重要的粮食作物,极易受到低温侵袭,并伴随着水稻机体内一系列复杂的代谢变化及分子水平调控,以适应低温逆境。为了明确寒地水稻孕穗期低温胁迫应答的关键调控通路及基因,采集龙粳11(LG11)在孕穗期低温处理下0、2、4 d的幼穗,用于孕穗期低温胁迫的转录组动态分析。结果共鉴定得到14236个差异表达基因(DEG),其中,低温处理前2 d共得到11724个DEG,在低温处理4 d后共识别了11057个DEG。GO功能富集分析,LG11低温处理共包含144个显著富集的生物进程GO类别,其中富集DEGs数量最多的集中在光合作用、叶绿体重定位、红外光应答等光合作用相关类别。KEGG富集分析共显著富集到37个KEGG通路,其中与光合作用相关的光合作用-天线蛋白等KEGG通路显著富集下降,进一步明确龙粳11光合作用在孕穗期低温下显著受抑制。这些结果为后续水稻孕穗期低温胁迫应答中转录组水平上的分子调控提供了理论指导。 展开更多
关键词 水稻 孕穗期 低温 转录组测序
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单细胞转录组测序技术在自身免疫病中应用的最新研究进展 被引量：3
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作者 孙金梅 石春卫 +2 位作者 杨桂连 杨文涛 王春凤 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期2219-2222,2228,共5页
单细胞转录组测序技术是以单个细胞为研究对象,对每个转录本的基因表达水平以及细胞间的异质性进行统计分析,在一定程度上弥补了传统测序技术的缺陷。自身免疫病是自身免疫耐受状态或自身免疫细胞调节异常时所致的自身组织细胞损伤或功... 单细胞转录组测序技术是以单个细胞为研究对象,对每个转录本的基因表达水平以及细胞间的异质性进行统计分析,在一定程度上弥补了传统测序技术的缺陷。自身免疫病是自身免疫耐受状态或自身免疫细胞调节异常时所致的自身组织细胞损伤或功能异常。本文综述了近年来关于单细胞转录组测序技术在自身免疫病中应用的研究成果,为尽早实现精准医疗提供有价值的线索。 展开更多
关键词 单细胞转录组测序 自身免疫病 研究进展
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单细胞转录组测序技术在家养动物中的应用 被引量：3
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作者 张肖旭 李昊 +5 位作者 冯平捷 杨豪 李新月 吕冉 潘章源 储明星 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期3276-3287,共12页
单细胞转录组测序技术(single cell RNA sequencing, scRNA-seq)能够以高精度分辨率鉴定单个细胞类型和细胞状态,打破普通转录组测序(bulk RNA sequencing, RNA-seq)无法探究目标细胞具体表达特征的困境,在各个领域的探索中起到重要作用... 单细胞转录组测序技术(single cell RNA sequencing, scRNA-seq)能够以高精度分辨率鉴定单个细胞类型和细胞状态,打破普通转录组测序(bulk RNA sequencing, RNA-seq)无法探究目标细胞具体表达特征的困境,在各个领域的探索中起到重要作用,目前广泛应用于人类及小鼠发育生物学、肿瘤学、免疫学、复杂疾病、肠道微生物组及临床应用等诸多领域。近年来,scRNA-seq在畜牧业领域也开展了一些开创性的研究并获得了一系列的成果,主要集中在动物繁殖性能、胚胎发育、关键性状解析等方面,但相较于在人类上的应用还较为薄弱,在其他领域的应用也仍有待深入。本文主要综述了scRNA-seq的工作流程及其在家养动物中应用的研究进展,以期为提高scRNA-seq分析效率以及在家养动物中的创新应用提供参考。 展开更多
关键词 单细胞 转录组测序 家养动物
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基于单细胞转录组学测序的巨噬细胞在肝硬化-肝癌疾病进展中的功能研究 被引量：4
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作者 任凌萱 卢子琪 +1 位作者 齐威 冯志杰 《中国全科医学》 北大核心 2024年第29期3654-3663,共10页
背景肝脏巨噬细胞在构建宿主防御机制及维持机体内环境稳定中发挥重要作用,也是参与肝脏损伤和修复的重要细胞成分。单核细胞来源的巨噬细胞在基因调控以及具体功能方面与肝脏固有巨噬细胞不尽相同。90%以上的原发性肝癌发生在肝硬化的... 背景肝脏巨噬细胞在构建宿主防御机制及维持机体内环境稳定中发挥重要作用,也是参与肝脏损伤和修复的重要细胞成分。单核细胞来源的巨噬细胞在基因调控以及具体功能方面与肝脏固有巨噬细胞不尽相同。90%以上的原发性肝癌发生在肝硬化的基础上,巨噬细胞在肝硬化及肝癌疾病进展中的动态变化规律值得探讨。目的解析不同来源肝脏巨噬细胞的转录组学差异,分析巨噬细胞在肝硬化-肝癌疾病进展中的动态变化规律,探索预防肝硬化进展为肝癌的潜在策略。方法本研究通过从GEO数据库获取健康、肝硬化及肝癌组织的单细胞转录组学数据。健康及肝硬化数据来自GEO数据库GSE136103数据集,取自5例健康肝脏以及5例肝硬化肝脏的数据。肝癌数据来自GEO数据库GSE149614数据集,取自10例肝癌患者的数据。通过Seurat软件包分别对肝硬化及肝癌样本的数据进行聚类,鉴定各个细胞类型。将肝硬化样本中的3簇巨噬细胞亚群提取后,分析各个亚群前200个特异性表达基因,应用Metascape在线分析软件对各亚簇特异性表达基因进行功能分析。提取巨噬细胞亚群肝硬化特异性表达基因,通过KEGG功能分析探究巨噬细胞在肝硬化中的功能。将肝硬化以及肝癌单细胞转录组数据通过CellChat软件包进行细胞间相互作用分析,对比肝硬化与肝癌样本巨噬细胞的细胞通讯的差异。将健康对照、肝硬化以及肝癌三者不同来源的巨噬细胞通过Harmony软件包去批次效应,之后导入Monocle软件包进行伪时序分析,构建健康肝脏-肝硬化肝脏-肝癌巨噬细胞的演变轨迹。利用limma软件包找寻在健康肝脏-肝硬化肝脏-肝癌巨噬细胞的演变过程中连续上调以及下调的基因,并进行功能富集分析。结果对所有细胞进行无监督聚类,根据标记基因表达情况,共提取出3个巨噬细胞亚簇(分别为Mac1,Mac2和Mac3)。其中Mac1起源于组织驻留巨噬细胞(Kupffer细胞),Mac2以及Mac3起源于血液单核细胞,并且其数量在肝硬化组织中明显增多。在肝硬化组织中的Mac1表现了适应性免疫系统相关功能的上调,Mac2以及Mac3亚群均表现出吞噬体相关功能以及抗原提呈功能的下调。肝硬化与肝癌样本中巨噬细胞与其他类型细胞的通讯存在巨大的差异。某些细胞间通讯仅发生于肝硬化巨噬细胞中,这包括干扰素Ⅱ(IFN-Ⅱ)以及CD40等信号通路的细胞通讯。经过去批次效应的处理后,对健康肝脏、肝硬化肝脏以及肝癌巨噬细胞进行伪时序分析,结果提示三组数据存在特定的时序关系。本研究发现81个在该过程中连续下调的基因,然而未发现在健康肝脏-肝硬化肝脏-肝癌巨噬细胞演变过程中连续上调的基因。功能分析提示连续下调基因存在对细菌免疫反应的功能富集。结论肝硬化巨噬细胞可以分为3个亚群,其中Mac1来自肝脏固有Kupffer细胞,Mac2、Mac3来自血液单核细胞。肝硬化中诸多免疫相关细胞通讯例如IFN-Ⅱ以及CD40通路在肝癌中消失。健康肝脏-肝硬化肝脏-肝癌巨噬细胞演变过程存在对细菌免疫反应的持续下调,这可能加重了门脉高压造成的肠道菌群位移的危害。对于肝硬化患者,尽早地治疗门脉高压造成的肠漏,可能是重要的治疗策略。 展开更多
关键词 巨噬细胞 肝硬化 肝纤维化 肝肿瘤 单细胞转录组学测序 细胞间相互作用
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单细胞转录组测序技术在精子发生研究中的应用进展 被引量：1
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作者 马媛 金昊延 +2 位作者 王娜娜 李颀菡 张令锴 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期4400-4409,共10页
精子发生是在哺乳动物睾丸内通过一系列细胞分化和发育,最终形成精子的过程,在时间和空间上具有高度异质性。随着生物信息学的不断更新与发展,以往研究大多依赖于对各种细胞类型的RNA进行分析。然而,从睾丸中分离每一种细胞类型是非常... 精子发生是在哺乳动物睾丸内通过一系列细胞分化和发育,最终形成精子的过程,在时间和空间上具有高度异质性。随着生物信息学的不断更新与发展,以往研究大多依赖于对各种细胞类型的RNA进行分析。然而,从睾丸中分离每一种细胞类型是非常大的挑战,因此在转录组水平上对于不同类型的睾丸生殖细胞的研究相对较少。近年来,由于科技的进步和发展,单细胞转录组测序(scRNA-Seq)技术已推出多种测序平台,其使用范围和场景不断扩大,在神经、肿瘤、免疫、生长发育和疾病等领域广泛应用,研究对象主要涉及人、模式生物及家畜。该技术可高效捕获睾丸内单个细胞,进行高通量测序分析,获取其转录组水平信息,精细描述其细胞类型,揭示细胞异质性,并推测其发育轨迹。目前,scRNA-Seq已经开始从家畜生殖细胞的角度对家畜精子发生相关机制进行更深入的探究,以此进一步研究家畜精子发生的相关过程。因此,作者在阐述scRNA-Seq技术方法的基础上,总结论述了其在牛、羊和猪等家畜精子发生领域中的应用进展,为家畜精子发生的研究提供理论基础。 展开更多
关键词 单细胞转录组测序 精子发生 家畜
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单细胞转录组测序在病原微生物肺部感染研究中的应用 被引量：1
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作者 黄佳佳 王楚雯 +3 位作者 刘颖 张莹莹 陈染 钱国清 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期950-955,共6页
肺部感染是指在终末气道、肺泡腔及肺间质中由细菌、真菌和病毒等病原体诱发的炎症,是威胁人类健康的全球十大问题之一。2019年,世界卫生组织数据显示肺部感染致全球近260万死亡,位列第四大死因^([1]),而且,成人肺部感染的发作次数呈上... 肺部感染是指在终末气道、肺泡腔及肺间质中由细菌、真菌和病毒等病原体诱发的炎症,是威胁人类健康的全球十大问题之一。2019年,世界卫生组织数据显示肺部感染致全球近260万死亡,位列第四大死因^([1]),而且,成人肺部感染的发作次数呈上升趋势,特别是≥70岁的男性患者数量增幅最为显著^([2])。病原微生物的感染是病原体与免疫相互作用的结果,不同病原体引起的肺部感染作用机制不同,感染的病原体可激活免疫信号通路和诱导炎症风暴,诱发急性呼吸窘迫综合征(acute respiratory distress syndrome,ARDS)^([3]),导致预后不佳,甚至死亡。 展开更多
关键词 单细胞转录组测序 肺部感染 病原微生物
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