单细胞转录组测序技术在胃癌肿瘤微环境重编程研究中的应用进展 被引量：2

1

作者 胡非凡 占强 安方梅 《南京医科大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第2期285-290,共6页

胃癌发病和肿瘤微环境重编程密切相关,但肿瘤微环境的复杂性与异质性限制了胃癌的个体化精准诊疗。单细胞转录组测序技术从探讨肿瘤微环境重编程过程出发,可在单细胞水平“描绘”胃癌中肿瘤微环境的“景观”,深入探索肿瘤微环境各细胞... 胃癌发病和肿瘤微环境重编程密切相关,但肿瘤微环境的复杂性与异质性限制了胃癌的个体化精准诊疗。单细胞转录组测序技术从探讨肿瘤微环境重编程过程出发,可在单细胞水平“描绘”胃癌中肿瘤微环境的“景观”,深入探索肿瘤微环境各细胞亚型间的相互作用,揭示肿瘤微环境调控胃癌进展与转移的免疫新机制,探究肿瘤微环境诱导胃癌化疗耐药的分子机制,挖掘肿瘤微环境中胃癌潜在的免疫治疗新靶点,提供预测肿瘤微环境影响胃癌预后的新方法等,为研究胃癌起源、发病机制、疾病进展以及免疫耐受等提供更全面、精准的证据。文章就单细胞转录组测序技术在胃癌微环境重编程研究中的应用现状作一综述,力求为胃癌的精准诊治提供新思路。 展开更多

关键词 胃癌 肿瘤微环境 单细胞转录组测序 异质性

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单细胞转录组测序在视网膜发育及疾病发生和发展中的作用

2

作者 徐嫚鸿(综述) 李筱荣(审校) 《中华实验眼科杂志》 北大核心 2025年第6期571-576,共6页

单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上进行的无偏性、高通量以及高分辨率的转录组分析。与普通转录组测序相比,scRNA-seq不是简单研究组织细胞的平均基因表达,而是将RNA映射到单个细胞,可用于发现全新的细胞类型,揭示细胞异质性... 单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上进行的无偏性、高通量以及高分辨率的转录组分析。与普通转录组测序相比,scRNA-seq不是简单研究组织细胞的平均基因表达,而是将RNA映射到单个细胞,可用于发现全新的细胞类型,揭示细胞异质性,鉴定罕见细胞等方面。近年来,越来越多的scRNA-seq相关研究聚焦眼科,该技术有望成为一种能够揭示复杂的视网膜发育生物学过程和疾病发生机制的全新工具,对眼科临床治疗具有指导性意义。本文对scRNA-seq的发展和技术流程作简要介绍,详细阐述其在识别各种视网膜细胞亚型、分析视网膜细胞发育轨迹、视网膜类器官的应用等方面的研究。系统性总结了scRNA-seq在糖尿病视网膜病变、年龄相关性黄斑变性等视网膜疾病的发生机制和诊疗方法研究中的最新研究进展,主要包含在疾病发生和发展中的细胞特异性分子和调控通路的变化信息等,将有助于寻找治疗视网膜疾病的潜在新靶点。 展开更多

关键词 单细胞转录组测序 视网膜 视网膜疾病 基因标记 细胞异质性

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单细胞转录组测序技术在结核病研究中的应用

3

作者 石红雨 张国良 肖国辉 《中国防痨杂志》 北大核心 2025年第3期362-368,共7页

结核病是结核分枝杆菌感染引起的全球死亡率最高的传染病之一,严重威胁公共卫生。目前,对于结核分枝杆菌感染宿主后引起的细胞免疫应答机制还不是很清晰。单细胞转录组测序技术能在单个细胞的分辨率上揭示病理过程中的细胞异质性,可以... 结核病是结核分枝杆菌感染引起的全球死亡率最高的传染病之一,严重威胁公共卫生。目前,对于结核分枝杆菌感染宿主后引起的细胞免疫应答机制还不是很清晰。单细胞转录组测序技术能在单个细胞的分辨率上揭示病理过程中的细胞异质性,可以帮助研究人员更好地理解结核病的发病机制,并为靶向药物研发、新型诊断标志物及疫苗研发提供有力支持。本文综述了该技术在结核病致病机制的探究、在不同临床样本中细胞亚群异质性的分析,以及免疫微环境揭示等方面的应用,并探讨该技术的局限性、未来的挑战,展望了其在结核病研究中潜在的应用方向。 展开更多

关键词 结核 RNA 免疫 细胞 单细胞转录组测序

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单细胞转录组测序技术在畜牧科学中的技术进展与应用

4

作者 李涵 张晓琴 +4 位作者 粱胜利 叶丽霞 李明 张小虎 李宏 《现代畜牧科技》 2025年第8期80-84,共5页

单细胞转录组测序(scRNA-seq)作为一项突破性技术,能够从单细胞层面解析转录组信息,为畜牧科学领域的研究提供全新视角。该文系统综述scRNA-seq的技术原理与试验流程,重点阐述微流控技术、单细胞分离及文库构建等关键步骤;总结了scRNA-... 单细胞转录组测序(scRNA-seq)作为一项突破性技术,能够从单细胞层面解析转录组信息,为畜牧科学领域的研究提供全新视角。该文系统综述scRNA-seq的技术原理与试验流程,重点阐述微流控技术、单细胞分离及文库构建等关键步骤;总结了scRNA-seq在动物繁殖、疫病防治和遗传育种中的核心进展,包括揭示精子发生机制、解析非洲猪瘟病毒宿主互作、挖掘高原适应性基因以及优化家畜肌肉发育等典型案例。该文探讨当前技术面临的挑战,如复杂组织样本的单细胞悬液制备困难、RNA捕获效率低及高维度数据分析的复杂性,并提出未来技术优化方向(如算法改进与标准化样本处理流程),为scRNA-seq在畜牧科学领域的应用提供理论支持。 展开更多

关键词 单细胞转录组测序 微流控 生物信息学分析

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天子蓝盘丽鱼皮肤组织的单细胞转录组测序

5

作者 杨平 刘洁 +1 位作者 陈再忠 陆颖 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期601-610,F0002,共11页

【目的】通过单细胞转录组测序比较天子蓝盘丽鱼和野生阿莲卡盘丽鱼皮肤组织中与体色形成相关的基因表达模式,为深入研究鱼类体色及良种选育提供数据基础,也为盘丽鱼或其他水产鱼类进行单细胞转录组研究提供技术借鉴。【方法】利用单细... 【目的】通过单细胞转录组测序比较天子蓝盘丽鱼和野生阿莲卡盘丽鱼皮肤组织中与体色形成相关的基因表达模式,为深入研究鱼类体色及良种选育提供数据基础,也为盘丽鱼或其他水产鱼类进行单细胞转录组研究提供技术借鉴。【方法】利用单细胞转录组测序技术对天子蓝(人工选育)和阿莲卡(野生型)2种盘丽鱼的皮肤组织进行转录组测序,经fastp质控过滤后,通过Cell Ranger比对参考基因组生成单细胞表达矩阵文件,使用Seurat进行降维聚类后构建转录组图谱,筛选出细胞类型识别与鉴定的标记基因;同时以阿莲卡盘丽鱼为对照,通过DEGseq筛选出2个样本间的差异表达基因(DEGs),并进行GO功能注释分析和KEGG信号通路富集分析。【结果】经单细胞转录组测序,从天子蓝、阿莲卡盘丽鱼样本中获得的原始序列(Raw reads)分别为815237286和728886552条;将2个样本整合后共捕获17035个细胞,经过滤及降维聚类后得到18个细胞簇(C0~C17),参考已知和潜在的标记基因,被注释为13种细胞类型及其亚型,基本涵盖了鱼类皮肤组织中的大部分细胞类型。基于伪批量(Pseudo-bulk)处理,从2个样本间筛选出20个DEGs(8个在天子蓝盘丽鱼皮肤组织中高表达,12个在阿莲卡盘丽鱼皮肤组织中高表达),主要注释到与气体传递、氧化代谢相关的GO功能条目。在单细胞维度,选择黑色素细胞和虹彩细胞2个细胞集群进行样本间差异分析,结果显示:在黑色素细胞中存在8个DEGs,主要富集于热应答、未折叠蛋白结合、生长因子活性、金属离子结合等信号通路。在虹彩细胞中存在25个DEGs,KEGG信号通路富集分析发现主要富集于凋亡、沙门氏菌感染和MAPK等信号通路,涉及细胞生存、应激响应和信号传导等功能。【结论】TSPAN3A、PTGES、ATF3、JUNK、GADD45GA、HSP70L、FOSAB等基因在调节天子蓝盘丽鱼皮肤体色、色素合成与沉着等方面发挥重要作用,而黑色素合成不活跃可能是导致天子蓝盘丽鱼体色较阿莲卡盘丽色更加鲜艳和绚丽的主要原因之一。 展开更多

关键词 盘丽鱼 单细胞转录组测序 标记基因 色素细胞 体色

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单细胞转录组测序技术在自身免疫病中应用的最新研究进展 被引量：1

6

作者 孙金梅 石春卫 +2 位作者 杨桂连 杨文涛 王春凤 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期2219-2222,2228,共5页

单细胞转录组测序技术是以单个细胞为研究对象,对每个转录本的基因表达水平以及细胞间的异质性进行统计分析,在一定程度上弥补了传统测序技术的缺陷。自身免疫病是自身免疫耐受状态或自身免疫细胞调节异常时所致的自身组织细胞损伤或功... 单细胞转录组测序技术是以单个细胞为研究对象,对每个转录本的基因表达水平以及细胞间的异质性进行统计分析,在一定程度上弥补了传统测序技术的缺陷。自身免疫病是自身免疫耐受状态或自身免疫细胞调节异常时所致的自身组织细胞损伤或功能异常。本文综述了近年来关于单细胞转录组测序技术在自身免疫病中应用的研究成果,为尽早实现精准医疗提供有价值的线索。 展开更多

关键词 单细胞转录组测序 自身免疫病 研究进展

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单细胞转录组测序在病原微生物肺部感染研究中的应用 被引量：1

7

作者 黄佳佳 王楚雯 +3 位作者 刘颖 张莹莹 陈染 钱国清 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期950-955,共6页

肺部感染是指在终末气道、肺泡腔及肺间质中由细菌、真菌和病毒等病原体诱发的炎症,是威胁人类健康的全球十大问题之一。2019年,世界卫生组织数据显示肺部感染致全球近260万死亡,位列第四大死因^([1]),而且,成人肺部感染的发作次数呈上... 肺部感染是指在终末气道、肺泡腔及肺间质中由细菌、真菌和病毒等病原体诱发的炎症,是威胁人类健康的全球十大问题之一。2019年,世界卫生组织数据显示肺部感染致全球近260万死亡,位列第四大死因^([1]),而且,成人肺部感染的发作次数呈上升趋势,特别是≥70岁的男性患者数量增幅最为显著^([2])。病原微生物的感染是病原体与免疫相互作用的结果,不同病原体引起的肺部感染作用机制不同,感染的病原体可激活免疫信号通路和诱导炎症风暴,诱发急性呼吸窘迫综合征(acute respiratory distress syndrome,ARDS)^([3]),导致预后不佳,甚至死亡。 展开更多

关键词 单细胞转录组测序 肺部感染 病原微生物

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单细胞转录组测序技术在精子发生研究中的应用进展 被引量：1

8

作者 马媛 金昊延 +2 位作者 王娜娜 李颀菡 张令锴 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期4400-4409,共10页

精子发生是在哺乳动物睾丸内通过一系列细胞分化和发育,最终形成精子的过程,在时间和空间上具有高度异质性。随着生物信息学的不断更新与发展,以往研究大多依赖于对各种细胞类型的RNA进行分析。然而,从睾丸中分离每一种细胞类型是非常... 精子发生是在哺乳动物睾丸内通过一系列细胞分化和发育,最终形成精子的过程,在时间和空间上具有高度异质性。随着生物信息学的不断更新与发展,以往研究大多依赖于对各种细胞类型的RNA进行分析。然而,从睾丸中分离每一种细胞类型是非常大的挑战,因此在转录组水平上对于不同类型的睾丸生殖细胞的研究相对较少。近年来,由于科技的进步和发展,单细胞转录组测序(scRNA-Seq)技术已推出多种测序平台,其使用范围和场景不断扩大,在神经、肿瘤、免疫、生长发育和疾病等领域广泛应用,研究对象主要涉及人、模式生物及家畜。该技术可高效捕获睾丸内单个细胞,进行高通量测序分析,获取其转录组水平信息,精细描述其细胞类型,揭示细胞异质性,并推测其发育轨迹。目前,scRNA-Seq已经开始从家畜生殖细胞的角度对家畜精子发生相关机制进行更深入的探究,以此进一步研究家畜精子发生的相关过程。因此,作者在阐述scRNA-Seq技术方法的基础上,总结论述了其在牛、羊和猪等家畜精子发生领域中的应用进展,为家畜精子发生的研究提供理论基础。 展开更多

关键词 单细胞转录组测序 精子发生 家畜

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单细胞转录组测序在多发性骨髓瘤诊治和预后中的意义 被引量：1

9

作者 刘文慧 吴涛 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1554-1558,共5页

多发性骨髓瘤(multiple myeloma,MM)是一种在临床和生物学都具有异质性的浆细胞恶性肿瘤。尽管进行了广泛的研究,在治疗方面取得了相当大的进展,但疾病的异质性和复发仍然是MM治疗的一大挑战。基于新一代测序的单细胞转录组测序(single-... 多发性骨髓瘤(multiple myeloma,MM)是一种在临床和生物学都具有异质性的浆细胞恶性肿瘤。尽管进行了广泛的研究,在治疗方面取得了相当大的进展,但疾病的异质性和复发仍然是MM治疗的一大挑战。基于新一代测序的单细胞转录组测序(single-cell transcriptome sequencing,scRNA-seq)技术,能够从单细胞水平探测肿瘤细胞和骨髓微环境的异质性,从而提高我们对MM诊断分层、精确治疗和预后预测的认识。本文就scRNA-seq在MM诊断、治疗及预后中的应用进行综述。 展开更多

关键词 单细胞转录组测序 多发性骨髓瘤 异质性 微环境

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单细胞转录组测序在头颈部鳞状细胞癌研究中的应用进展

10

作者 刘海岩 马坚 《口腔医学研究》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期1042-1048,共7页

头颈部鳞状细胞癌是最常见的头颈部恶性肿瘤,该疾病异质性显著,病因至今仍未明确。单细胞转录组测序可以在单个细胞水平上,通过无偏、高通量和高分辨率的转录组测序获得相关数据并进行信息分析,已成为了解头颈部鳞状细胞癌发生的分子机... 头颈部鳞状细胞癌是最常见的头颈部恶性肿瘤,该疾病异质性显著,病因至今仍未明确。单细胞转录组测序可以在单个细胞水平上,通过无偏、高通量和高分辨率的转录组测序获得相关数据并进行信息分析,已成为了解头颈部鳞状细胞癌发生的分子机制,制定预防和治疗新策略的有力工具。本文概述了单细胞转录组测序在肿瘤微环境的表征、肿瘤侵袭和转移、人乳头状瘤病毒(human papilloma virus,HPV)与非HPV感染头颈部鳞状细胞癌和免疫治疗方面的研究成果及应用进展,旨在为头颈部鳞状细胞癌的研究与诊疗提供新思路。 展开更多

关键词 单细胞转录组测序 头颈部鳞状细胞癌 肿瘤微环境 人乳头状瘤病毒 肿瘤免疫

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单细胞转录组测序技术在水产养殖领域的应用

11

作者 张志强 简纪常 《广东海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期130-138,共9页

单细胞转录组测序技术可揭示不同组织细胞间和同一组织不同细胞间的异质性,已大量用于模式物种研究,但在水产养殖物种中的应用则处于起步阶段。综述单细胞转录组测序技术在水产养殖物种的人工繁殖、良种选育和病害防控相关研究中的应用... 单细胞转录组测序技术可揭示不同组织细胞间和同一组织不同细胞间的异质性,已大量用于模式物种研究,但在水产养殖物种中的应用则处于起步阶段。综述单细胞转录组测序技术在水产养殖物种的人工繁殖、良种选育和病害防控相关研究中的应用,指出其在应用过程中存在样本采集、单细胞分离、数据分析方面的困难,并提出相应的解决举措,展望其在水产养殖领域内应用的发展前景,为促进单细胞转录组测序技术在水产养殖领域的广泛应用提供参考。 展开更多

关键词 单细胞转录组测序技术 水产养殖 应用 进展

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基于单细胞转录组测序技术筛选蟾蜍耳后腺免疫修复基因

12

作者 郭媛媛 陈晶 +2 位作者 陈文潇 洪永健 胡晶红 《山东农业科学》 北大核心 2024年第11期133-140,共8页

中华大蟾蜍是我国传统药源动物,是名贵中药材蟾酥的基原物种之一。为筛选中华大蟾蜍耳后腺免疫修复基因,本试验采用Illumina测序平台对成年中华大蟾蜍耳后腺组织样本进行单细胞转录组测序(scRNA-seq),完成scRNA-seq文库构建后进行细胞... 中华大蟾蜍是我国传统药源动物,是名贵中药材蟾酥的基原物种之一。为筛选中华大蟾蜍耳后腺免疫修复基因,本试验采用Illumina测序平台对成年中华大蟾蜍耳后腺组织样本进行单细胞转录组测序(scRNA-seq),完成scRNA-seq文库构建后进行细胞亚群分类,对细胞亚群中上调表达基因和免疫修复相关基因进行分析,并通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对候选基因进行初步筛选与验证。结果表明,蟾蜍耳后腺组织中用于文库构建和双端测序的细胞数量为8414个,每个细胞的平均读数和中位基因数为46326和734,可用于进一步分析的高质量细胞数为7687个。聚类分析得到12个细胞亚群,并推测Cluster 10是来源于结缔组织的浆细胞。通过GO和KEGG分析对Cluster 10中的217个上调表达基因进行分析,鉴定出多个参与机体免疫的生物过程和通路,包括淋巴细胞活化、淋巴细胞分化及白细胞活化等生物过程和细胞受体信号通路、Fc epsilon RI信号通路及趋化因子信号通路等免疫相关通路。从Cluster 10的差异基因中筛选出MYO1F基因和CYBB基因为中华大蟾蜍耳后腺免疫修复基因,并通过qRT-PCR对两基因进行验证,推测对免疫修复具有正向调节作用。本研究结果可为后续挖掘蟾蜍耳后腺免疫修复基因、研究蟾蜍耳后腺采酥后的修复机制提供理论依据,为蟾蜍耳后腺单细胞组学研究提供参考信息。 展开更多

关键词 单细胞转录组测序 中华大蟾蜍 耳后腺 免疫修复基因 实时荧光定量PCR

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单细胞转录组测序和染色质可及性测序技术概述及应用

13

作者 王飞 王军辉 +6 位作者 张耀丹 姚程程 王少丽 夏永秀 李艺柔 张蔷 李少锋 《温带林业研究》 2024年第4期85-88,共4页

细胞异质性是生物组织的普遍特征,单细胞测序技术兴起能解决传统测序不能解决的细胞异质性带来的基因组、转录组、蛋白质组水平差异。非编码水平的染色质动态调控对基因转录调节具有重要作用,染色质可及性测序技术为科研人员提供了全基... 细胞异质性是生物组织的普遍特征,单细胞测序技术兴起能解决传统测序不能解决的细胞异质性带来的基因组、转录组、蛋白质组水平差异。非编码水平的染色质动态调控对基因转录调节具有重要作用,染色质可及性测序技术为科研人员提供了全基因组范围的染色质开放区域信息。单细胞转录组测序(scRNA-seq)、染色质可及性测序(scATAC-seq)技术首先被应用在动物、人体组织研究,近五年scRNA-seq、scATAC-seq技术开始应用在植物研究中。单细胞水平的高通量测序技术为分析植物细胞异质性图谱提供有力手段。染色质可及性测序是分析染色质开放、关闭区域的重要手段。近年来,上述技术在植物中的应用文献报道呈明显的上升趋势。本文深入探讨了这些新兴技术的原理和方法,以及它们的应用和对植物科学研究的贡献,并对单细胞转录组测序(scRNA-seq)、染色质可及性测序(scATAC-seq)及其联合运用在阐明植物细胞异质性和基因调控复杂机制方面进行全面概述。 展开更多

关键词 单细胞转录组测序 单细胞染色质可及性测序 细胞异质性

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单细胞转录组测序技术在脊髓损伤免疫微环境研究中的应用进展

14

作者 张楠 闫华筝 +5 位作者 高建雄 张霖 赵成辰 包芊慧 胡建国 吕合作 《细胞与分子免疫学杂志》 CSCD 北大核心 2024年第12期1133-1137,共5页

脊髓损伤(SCI)是一个涉及多种细胞相互作用的复杂病理生理过程,传统的测序方法只能检测受损局部细胞群体的平均基因表达水平,难以体现其异质性,因此需要新技术揭示细胞间的异质性和复杂的细胞间相互作用。单细胞转录组测序(scRNA-seq)... 脊髓损伤(SCI)是一个涉及多种细胞相互作用的复杂病理生理过程,传统的测序方法只能检测受损局部细胞群体的平均基因表达水平,难以体现其异质性,因此需要新技术揭示细胞间的异质性和复杂的细胞间相互作用。单细胞转录组测序(scRNA-seq)技术通过一系列测序技术实现高分辨检测单个细胞水平表达谱,以提供有关细胞异质性和功能、潜在分子机制、细胞命运转变和参与疾病发展的细胞间相互作用的信息,为基础和转化研究提供有价值的基因表达数据,有利于从中找出针对性治疗的干预靶点。本综述讨论了有关scRNA-seq技术及其在SCI后损伤局部免疫微环境中的多方面应用,将有助于更全面了解SCI免疫微环境的病理生理过程。 展开更多

关键词 单细胞转录组测序技术(scRNA-seq) 脊髓损伤免疫微环境 中性粒细胞 小胶质细胞 单核/巨噬细胞 星形胶质细胞 细胞间相互作用 综述

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单细胞转录组测序和肿瘤精准医疗 被引量：1

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作者 杨梅 唐乐怡 訾晓渊 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期1053-1060,共8页

单细胞测序技术是指以单个细胞为单位,通过高通量测序技术全方位分析单个细胞内的遗传信息,其已成为现代生物学深度研究的一种强有力工具,使生物医药领域研究和临床应用转化研究达到了传统测序方法难以实现的极高精确度和灵敏度。目前,... 单细胞测序技术是指以单个细胞为单位,通过高通量测序技术全方位分析单个细胞内的遗传信息,其已成为现代生物学深度研究的一种强有力工具,使生物医药领域研究和临床应用转化研究达到了传统测序方法难以实现的极高精确度和灵敏度。目前,单细胞转录组测序(又称“单细胞RNA测序”,scRNA-seq)已成为最广泛应用的单细胞测序技术。简要介绍scRNA-seq技术的发展历程、技术原理和方法,系统阐述其应用在肿瘤异质性、肿瘤转移、肿瘤免疫、肿瘤耐药等基础领域的研究成果及其在肿瘤精准医疗的临床转化与应用中的研究进展,单细胞测序技术的发展和应用必将推动肿瘤精准医疗迈向更高水平。 展开更多

关键词 单细胞转录组测序 精准医疗 肿瘤异质性 肿瘤微环境 肿瘤免疫 肿瘤耐药

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单细胞转录组测序技术发展及其在甘薯中的应用 被引量：2

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作者 赵楠 梁雪莲 +6 位作者 谢淑燕 张新新 马婷婷 邹宏达 陈景益 房伯平 黄立飞 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2023年第3期39-50,61,共13页

单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术是在单个细胞水平通过对mRNA进行高通量测序研究其整体水平基因表达情况的一项新技术。本研究概述了scRNA-seq技术的发展历程和创新;详细介绍了scRNA-seq技术的单细胞捕获/... 单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术是在单个细胞水平通过对mRNA进行高通量测序研究其整体水平基因表达情况的一项新技术。本研究概述了scRNA-seq技术的发展历程和创新;详细介绍了scRNA-seq技术的单细胞捕获/分选、反转录/PCR扩增、建库测序和测序数据基础分析等步骤,以及在植物单细胞图谱、非生物胁迫响应机制、细胞分化发育、转录因子调控网络等研究中的应用;剖析了该技术在甘薯中单细胞图谱、分化、抗逆和基因方面的应用潜力;最后对该技术的应用进行了展望。 展开更多

关键词 单细胞转录组测序 甘薯育种 细胞异质性

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单细胞转录组测序在哮喘研究中应用的研究进展 被引量：4

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作者 魏颖(综述) 吾尼且木·吐拉克 +2 位作者 滕方舟 汤蔚峰 董竞成(审校) 《复旦学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期404-409,共6页

哮喘是一种异质性疾病,传统转录组测序方法获得的是同一基因在所有细胞中的平均表达水平,不能完全揭示异质性哮喘的发病机制及药物疗效。单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,sc RNA-seq)是在单细胞水平对全转录组进行扩增与... 哮喘是一种异质性疾病,传统转录组测序方法获得的是同一基因在所有细胞中的平均表达水平,不能完全揭示异质性哮喘的发病机制及药物疗效。单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,sc RNA-seq)是在单细胞水平对全转录组进行扩增与测序的一项新技术,能够获得每个细胞的m RNA表达信息,发现不同的细胞亚群及相关信息,揭示细胞间基因表达的异质性及鉴定稀有细胞类型,为深入研究和理解哮喘发病机制提供了新的技术手段。本文对sc RNA-seq技术在哮喘研究中的应用做一概述,以期为深入研究哮喘这一异质性疾病的发病机制提供新的视角和研究思路。 展开更多

关键词 单细胞转录组测序(scRNA-seq) 哮喘 异质性

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单细胞转录组测序技术及其应用研究进展 被引量：7

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作者 巴黎根·达列力汗 常铤晋 +2 位作者 汪富文 王朝飞 党瑞华 《家畜生态学报》 北大核心 2021年第11期1-5,共5页

单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术是将单个细胞的全部RNA进行逆转录、扩增和测序,然后再对测序结果进行相关分析的技术,它分析的是单个细胞的基因表达差异。该文在对scRNA-seq技术原理加以阐述的基础上,着... 单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术是将单个细胞的全部RNA进行逆转录、扩增和测序,然后再对测序结果进行相关分析的技术,它分析的是单个细胞的基因表达差异。该文在对scRNA-seq技术原理加以阐述的基础上,着重介绍其在肿瘤、发育生物学和动物科学研究领域中的应用,并对其发展前景做了简要展望,以期为该技术在动物科学等各领域的更广泛应用提供参考资料。 展开更多

关键词 单细胞转录组测序 肿瘤 发育生物学 动物科学

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基于单细胞转录组测序技术筛选牛体内囊胚性别特异性基因 被引量：1

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作者 崔宝山 黄飞 +2 位作者 王杰 李楠 高庆华 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2022年第12期1473-1481,共9页

【目的】探究牛体内雌性和雄性囊胚在mRNA水平上的特异性差异,挖掘雌性和雄性囊胚发育差异相关候选基因。【方法】参考GenBank中牛牙釉质基因(AMEL)序列(AMELX基因,登录号:NM_001014984.1;AMELY基因,登录号:NM_174240.2)设计引物,以胚... 【目的】探究牛体内雌性和雄性囊胚在mRNA水平上的特异性差异,挖掘雌性和雄性囊胚发育差异相关候选基因。【方法】参考GenBank中牛牙釉质基因(AMEL)序列(AMELX基因,登录号:NM_001014984.1;AMELY基因,登录号:NM_174240.2)设计引物,以胚胎内细胞DNA为模板,采用巢式PCR扩增技术鉴定单个牛体内囊胚的性别。选用确定性别的单个雌性和雄性囊胚为试验材料,采用Smart-Seq2扩增技术构建单个胚胎测序文库,应用Illumina HiSeq Xten高通量测序平台对单个胚胎进行单细胞转录组测序(scRNA-Seq),并进行了基因差异表达、GO功能和KEGG通路分析。【结果】通过巢式PCR扩增胚胎内细胞中的AMEL基因,确定了胚胎性别;基因表达分析筛选出两组之间差异表达基因(DEGs)6 160个,其中雌性特异性基因675个,雄性特异性基因305个;GO功能注释发现雌性特异性基因显著注释在核苷酸结合、信号转导调控、多细胞生物发育、细胞骨架等条目,雄性特异性基因显著注释在氧化磷酸化、线粒体、线粒体内膜、核糖体等条目;KEGG通路富集分析发现7条与雌性和雄性囊胚发育差异相关的通路,分别为代谢途径、糖酵解、磷酸戊糖途径、细胞衰老、氧化磷酸化、调节干细胞多能性的信号通路和Wnt信号通路;并利用GO和KEGG结果筛选出5个在牛体内囊胚期胚胎发育过程中具有直接或间接作用的基因:FBP1、GADD45G、FHL2、FOSB和WNT2B。【结论】牛体内雌性和雄性囊胚之间存在广泛的转录差异,性别特异性基因FBP1、GADD45G、FHL2、FOSB和WNT2B可能是直接或间接影响胚胎发育的关键基因。 展开更多

关键词 牛体内囊胚 单细胞转录组测序(scRNA-Seq) 性别特异性基因 富集分析

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基于单细胞转录组测序技术对鄂尔多斯细毛羊次级毛囊形态发生诱导期的研究 被引量：1

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作者 赫雪 谷英 +6 位作者 斯登丹巴 德德玛 窦骁宁 吴怡 雷志惠 潘和平 岳耀敬 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2022年第11期4296-4306,共11页

【目的】试验旨在解析鄂尔多斯细毛羊胚胎期次级毛囊诱导期形态发生过程中主要细胞类型的分子特征和分化过程。【方法】对采集的3只鄂尔多斯细毛羊(胎龄87 d)体侧部(肩胛骨后缘处)的皮肤样本进行HE染色,鉴定毛囊的发育时期;部分皮肤样... 【目的】试验旨在解析鄂尔多斯细毛羊胚胎期次级毛囊诱导期形态发生过程中主要细胞类型的分子特征和分化过程。【方法】对采集的3只鄂尔多斯细毛羊(胎龄87 d)体侧部(肩胛骨后缘处)的皮肤样本进行HE染色,鉴定毛囊的发育时期;部分皮肤样本经过混样后进行单细胞转录组测序(scRNA-Seq),应用t-分布随机近邻嵌入(tSNE)分析细胞簇,分别使用胶原Ⅰ型α1链(Col1a1)和角蛋白15(Krt15)鉴定真皮谱系细胞和表皮谱系细胞,并使用皮肤组织不同细胞的标记基因进行细胞类型分析;对测序数据进行拟时序分析,探究其分化过程中差异基因的表达;通过GO功能富集分析进一步验证基因的功能。【结果】HE染色结果发现,鄂尔多斯细毛羊在胎龄87 d处于次级毛囊诱导期。通过scRNA-Seq在胎龄87 d的细毛羊体侧部皮肤细胞样品中获得10603个细胞和18704个基因的scRNA-Seq数据可用于下游分析。tSNE分析发现,皮肤组织中共有15个细胞簇;Col1a 1和Krt 15标记基因鉴定表明,真皮细胞和表皮细胞具有高度异质性。拟时序分析构建毛囊形态发生过程中真皮/表皮细胞谱系细胞的分化轨迹和基因动态表达图谱表明,在真皮谱系细胞由成纤维细胞(Fb)向成熟真皮聚凝物(DC)的分化过程中,多个不同阶段的标记基因FST重组蛋白(Fst)、抑制素亚基βα(Inhba)和转录阻遏物GATA结合1(Trps1)均在拟时序轨道上特异性表达,并富集了Wnt、Noggin和骨形态发生蛋白(BMP)等与毛囊形态发生相关的信号通路;在表皮谱系细胞分化过程中,基质和毛囊间表皮(IFE)的标记基因角蛋白10(Krt10)、同源基因C13(HOXC13)和音猬因子信号(SHH)在表皮谱系细胞拟时序轨道的2个分支上均特异性表达,且富集在细胞增殖和细胞黏附等相关通路。【结论】在细毛羊次级毛囊诱导期,真皮谱系细胞由成纤维细胞分化至真皮聚凝物,表皮谱系细胞处于基质和毛囊间表皮细胞增殖分化阶段,结果可加深人们对细毛羊次级毛囊形态发生过程的了解,为鄂尔多斯细毛羊育种研究提供有力的理论和技术支持。 展开更多

关键词 鄂尔多斯细毛羊 次级毛囊 单细胞转录组测序(scRNA-Seq) 毛囊发育

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