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单细胞转录组技术在神经退行性疾病上的应用研究进展
被引量:
3
1
作者
邬建飞
刘宇
+3 位作者
魏岱旭
蒲建林
蔡端芳
王丙龙
《中国比较医学杂志》
CAS
北大核心
2023年第12期86-92,共7页
神经退行性疾病(neurodegenerative diseases, NDs)是一类与中枢神经系统密切相关的精神疾病,以特定神经元群的形态异常和功能进展性丧失为主要特征,神经退行性疾病主要包括阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease, AD)、帕金森病(Parkinson...
神经退行性疾病(neurodegenerative diseases, NDs)是一类与中枢神经系统密切相关的精神疾病,以特定神经元群的形态异常和功能进展性丧失为主要特征,神经退行性疾病主要包括阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease, AD)、帕金森病(Parkinson’s disease, PD)、肌萎缩侧索硬化症(amyotrophic lateral sclerosis, ALS)、多发性硬化症(multiple sclerosis, MS)和亨廷顿病(Huntington’s disease, HD),目前还没有发现有效预防或治愈神经退行性疾病的策略。近年来,单细胞转录组技术(single-cell RNA-sequencing, scRNA-seq)被广泛应用于各种神经退行性疾病研究,并发现神经退行性疾病发病机制与脑中免疫细胞状态密切相关,主要涉及线粒体功能、葡萄糖代谢途径、炎症和突触传递等生物学过程,诱导性多功能干细胞(induced pluripotent stem cells, iPSC)疗法是治疗神经退行性疾病的潜在方案。本文对单细胞转录组测序技术在各种神经退行性疾病上的研究进行综述,以期对将来神经退行性疾病的预防和治疗提供参考。
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关键词
神经退行性疾病
单细胞转录组技术
中枢神经系统
发病机制
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职称材料
单细胞转录组测序技术在水产养殖领域的应用
2
作者
张志强
简纪常
《广东海洋大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期130-138,共9页
单细胞转录组测序技术可揭示不同组织细胞间和同一组织不同细胞间的异质性,已大量用于模式物种研究,但在水产养殖物种中的应用则处于起步阶段。综述单细胞转录组测序技术在水产养殖物种的人工繁殖、良种选育和病害防控相关研究中的应用...
单细胞转录组测序技术可揭示不同组织细胞间和同一组织不同细胞间的异质性,已大量用于模式物种研究,但在水产养殖物种中的应用则处于起步阶段。综述单细胞转录组测序技术在水产养殖物种的人工繁殖、良种选育和病害防控相关研究中的应用,指出其在应用过程中存在样本采集、单细胞分离、数据分析方面的困难,并提出相应的解决举措,展望其在水产养殖领域内应用的发展前景,为促进单细胞转录组测序技术在水产养殖领域的广泛应用提供参考。
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关键词
单细胞
转录
组
测序
技术
水产养殖
应用
进展
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职称材料
单细胞转录组测序技术在脊髓损伤免疫微环境研究中的应用进展
3
作者
张楠
闫华筝
+5 位作者
高建雄
张霖
赵成辰
包芊慧
胡建国
吕合作
《细胞与分子免疫学杂志》
CSCD
北大核心
2024年第12期1133-1137,共5页
脊髓损伤(SCI)是一个涉及多种细胞相互作用的复杂病理生理过程,传统的测序方法只能检测受损局部细胞群体的平均基因表达水平,难以体现其异质性,因此需要新技术揭示细胞间的异质性和复杂的细胞间相互作用。单细胞转录组测序(scRNA-seq)...
脊髓损伤(SCI)是一个涉及多种细胞相互作用的复杂病理生理过程,传统的测序方法只能检测受损局部细胞群体的平均基因表达水平,难以体现其异质性,因此需要新技术揭示细胞间的异质性和复杂的细胞间相互作用。单细胞转录组测序(scRNA-seq)技术通过一系列测序技术实现高分辨检测单个细胞水平表达谱,以提供有关细胞异质性和功能、潜在分子机制、细胞命运转变和参与疾病发展的细胞间相互作用的信息,为基础和转化研究提供有价值的基因表达数据,有利于从中找出针对性治疗的干预靶点。本综述讨论了有关scRNA-seq技术及其在SCI后损伤局部免疫微环境中的多方面应用,将有助于更全面了解SCI免疫微环境的病理生理过程。
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关键词
单细胞
转录
组
测序
技术
(scRNA-seq)
脊髓损伤免疫微环境
中性粒
细胞
小胶质
细胞
单核/巨噬
细胞
星形胶质
细胞
细胞
间相互作用
综述
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职称材料
低氧联合辐照对小鼠骨髓造血细胞的影响作用研究
4
作者
杨欣海
陈芳
+6 位作者
全勇
胡梦佳
芦玉凯
陈乃成
许杨
王崧
王军平
《陆军军医大学学报》
北大核心
2025年第7期681-690,共10页
目的探究高原低氧环境联合辐照损伤对小鼠骨髓造血细胞的影响。方法165只C57BL/6雄性小鼠(10~12周,体质量20~25 g)按随机数字表法进行分组:正常对照组(Control组,n=33)、6 Gy单纯辐照组(6 Gy组,n=43)、6 Gy低氧辐照组(Hy-7 d+6 Gy组,n=4...
目的探究高原低氧环境联合辐照损伤对小鼠骨髓造血细胞的影响。方法165只C57BL/6雄性小鼠(10~12周,体质量20~25 g)按随机数字表法进行分组:正常对照组(Control组,n=33)、6 Gy单纯辐照组(6 Gy组,n=43)、6 Gy低氧辐照组(Hy-7 d+6 Gy组,n=43),7 Gy单纯辐照组(7 Gy组,n=12)、7 Gy低氧辐照组(Hy-7 d+7 Gy组,n=12)、7 Gy持续低氧治疗组(Hy-7 d+7 Gy+Hy组,n=12)、6 Gy持续低氧治疗组(Hy-7 d+6 Gy+Hy,n=10);Hy-7 d+6 Gy组、Hy-7 d+7 Gy组、Hy-7 d+7 Gy+Hy组、Hy-7 d+6 Gy+Hy组于常压低氧舱内进行7 d预处理(氧浓度12%),其余组小鼠在正常氧环境中饲养;6 Gy、Hy-7 d+6 Gy组、Hy-7 d+6 Gy+Hy组小鼠在低氧预处理结束后进行^(60)COγ射线全身一次性辐照6 Gy;7 Gy、Hy-7 d+7 Gy组、Hy-7 d+7 Gy+Hy组小鼠在低氧预处理结束后进行^(60)COγ射线全身一次性辐照7 Gy;Control组、6 Gy组、7 Gy组小鼠全程正常氧环境饲养,Hy-7 d+7 Gy组、Hy-7 d+6 Gy组小鼠辐照损伤后继续低氧饲养24 h后恢复正常氧环境饲养,Hy-7 d+7 Gy+Hy组、Hy-7 d+6 Gy+Hy组小鼠辐照后持续低氧环境饲养。Control、6 Gy、Hy-7 d+6 Gy组小鼠制备骨髓细胞悬液,采用全自动细胞计数仪计数小鼠骨髓有核细胞数量,采用HE染色观察小鼠骨髓腔病理形态改变,采用流式细胞术检测造血干/祖细胞(Lin^(-)Sca1^(+)c-Kit^(+),LSK)、髓系祖细胞(myeloid progenitor,MP)以及成熟T/B髓系细胞数量;7 Gy、Hy-7 d+7 Gy、Hy-7 d+7 Gy+Hy组小鼠从低氧预处理后开始持续监测30 d的生存率;6 Gy、Hy-7 d+6 Gy、Hy-7 d+6 Gy+Hy组小鼠采取尾血,使用全自动血液分析仪检测红细胞(red blood cell,RBC)、白细胞(white blood cell,WBC)、血红蛋白(hemoglobin,HGB)、血小板(platelet,PLT)等的动态变化;Control、6 Gy、Hy-7 d+6 Gy组小鼠于辐照后17 d处死后获取骨髓细胞悬液并进行单细胞测序及分析。结果①与Control组相比,6 Gy组小鼠辐照后全骨髓有核细胞数量显著减少(P<0.01),HE染色显示骨髓血窦扩张明显、红细胞溢出;与6 Gy组比较,Hy-7 d+6 Gy组小鼠骨髓腔内细胞密度增加,有核细胞数减少程度明显减轻(P<0.01);②流式细胞术检测结果显示与Control组比较,6 Gy组骨髓LSK、MP与成熟T/B/髓系细胞数量均显著降低(P<0.05);与6 Gy组比较,Hy-7 d+6 Gy组单纯辐照造成的LSK、MP的数量减少能得到显著抑制(P<0.01);③与7 Gy组相比,Hy-7 d+7 Gy组经过低氧辐照后24 h复常氧治疗显著提高了小鼠生存率(P<0.01);与7 Gy组相比,Hy-7 d+7 Gy+Hy组小鼠经持续低氧治疗未能显著改善小鼠生存率;Hy-7 d+7 Gy组与Hy-7 d+7 Gy+Hy组之间的生存率差异虽未达到统计学显著性(P=0.12),但在整个观察周期内Hy-7 d+7 Gy组始终表现出存活数量优势;④血常规检测结果显示,Hy-7 d+6 Gy组小鼠较6 Gy组和Hy-7 d+6 Gy+Hy组WBC水平得到更快的恢复(P<0.05);经低氧预处理后,Hy-7 d+6 Gy组和Hy-7 d+6 Gy+Hy组辐照前RBC及HGB水平更高;而相比于6 Gy组及Hy-7 d+6 Gy+Hy组,Hy-7 d+6 Gy组PLT恢复更显著且迅速(P<0.05);⑤通过单细胞转录组数据分析进行细胞亚群比例推测,相比于6 Gy组Hy-7 d+6 Gy组小鼠长期造血干细胞(long-term hematopoietic stem cell,LT-HSC)、短期造血干细胞(short-term hematopoietic stem cell,ST-HSC)数量减少得到抑制,与流式细胞术结果一致;拟时序分析显示,Hy-7 d+6 Gy组小鼠数据与Control组相似,表现出分化程度低且自我更新能力强的LSK较多;差异基因分析及KEGG通路富集表明,6 Gy组氧化磷酸化通路活跃度显著高于其他组,而Hy-7 d+6 Gy组则富集于染色质重塑和mRNA监视等通路。结论低氧预处理可减轻小鼠骨髓造血细胞放射损伤,辐照后恢复常氧治疗有助于急性放射损伤小鼠的骨髓造血功能重建。
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关键词
低氧预处理
骨髓造血干/祖
细胞
急性放射损伤
造血功能
单细胞转录组技术
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职称材料
题名
单细胞转录组技术在神经退行性疾病上的应用研究进展
被引量:
3
1
作者
邬建飞
刘宇
魏岱旭
蒲建林
蔡端芳
王丙龙
机构
自贡市精神卫生中心自贡市脑科学研究院
西北大学生命科学与医学部
出处
《中国比较医学杂志》
CAS
北大核心
2023年第12期86-92,共7页
基金
国家自然科学基金(31900950)
自贡市卫生健康委员会科研课题(22yb001,22yb002)
自贡市科技计划项目(2023YKY11)。
文摘
神经退行性疾病(neurodegenerative diseases, NDs)是一类与中枢神经系统密切相关的精神疾病,以特定神经元群的形态异常和功能进展性丧失为主要特征,神经退行性疾病主要包括阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease, AD)、帕金森病(Parkinson’s disease, PD)、肌萎缩侧索硬化症(amyotrophic lateral sclerosis, ALS)、多发性硬化症(multiple sclerosis, MS)和亨廷顿病(Huntington’s disease, HD),目前还没有发现有效预防或治愈神经退行性疾病的策略。近年来,单细胞转录组技术(single-cell RNA-sequencing, scRNA-seq)被广泛应用于各种神经退行性疾病研究,并发现神经退行性疾病发病机制与脑中免疫细胞状态密切相关,主要涉及线粒体功能、葡萄糖代谢途径、炎症和突触传递等生物学过程,诱导性多功能干细胞(induced pluripotent stem cells, iPSC)疗法是治疗神经退行性疾病的潜在方案。本文对单细胞转录组测序技术在各种神经退行性疾病上的研究进行综述,以期对将来神经退行性疾病的预防和治疗提供参考。
关键词
神经退行性疾病
单细胞转录组技术
中枢神经系统
发病机制
Keywords
neurodegenerative diseases
single cell RNA-sequencing
central nervous system
pathogenesis Conflicts of Interest:The authors declare no conflict of interest.
分类号
R-33 [医药卫生]
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职称材料
题名
单细胞转录组测序技术在水产养殖领域的应用
2
作者
张志强
简纪常
机构
广东海洋大学水产学院/广东省水产动物病害防控及健康养殖重点实验室
出处
《广东海洋大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期130-138,共9页
基金
国家自然科学基金(32073006,32002426)。
文摘
单细胞转录组测序技术可揭示不同组织细胞间和同一组织不同细胞间的异质性,已大量用于模式物种研究,但在水产养殖物种中的应用则处于起步阶段。综述单细胞转录组测序技术在水产养殖物种的人工繁殖、良种选育和病害防控相关研究中的应用,指出其在应用过程中存在样本采集、单细胞分离、数据分析方面的困难,并提出相应的解决举措,展望其在水产养殖领域内应用的发展前景,为促进单细胞转录组测序技术在水产养殖领域的广泛应用提供参考。
关键词
单细胞
转录
组
测序
技术
水产养殖
应用
进展
Keywords
single-cell RNA sequencing
aquaculture
application
progress
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
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职称材料
题名
单细胞转录组测序技术在脊髓损伤免疫微环境研究中的应用进展
3
作者
张楠
闫华筝
高建雄
张霖
赵成辰
包芊慧
胡建国
吕合作
机构
蚌埠医科大学检验医学院实验中心
蚌埠医科大学组织移植安徽省重点实验室
蚌埠医科大学慢性疾病免疫学基础与临床安徽省重点实验室
出处
《细胞与分子免疫学杂志》
CSCD
北大核心
2024年第12期1133-1137,共5页
基金
国家级大学生创新训练项目(202310367014)
安徽省级大学生创新训练项目(202410367120)
蚌埠医科大学自然科学重点项目(2023byzd036)。
文摘
脊髓损伤(SCI)是一个涉及多种细胞相互作用的复杂病理生理过程,传统的测序方法只能检测受损局部细胞群体的平均基因表达水平,难以体现其异质性,因此需要新技术揭示细胞间的异质性和复杂的细胞间相互作用。单细胞转录组测序(scRNA-seq)技术通过一系列测序技术实现高分辨检测单个细胞水平表达谱,以提供有关细胞异质性和功能、潜在分子机制、细胞命运转变和参与疾病发展的细胞间相互作用的信息,为基础和转化研究提供有价值的基因表达数据,有利于从中找出针对性治疗的干预靶点。本综述讨论了有关scRNA-seq技术及其在SCI后损伤局部免疫微环境中的多方面应用,将有助于更全面了解SCI免疫微环境的病理生理过程。
关键词
单细胞
转录
组
测序
技术
(scRNA-seq)
脊髓损伤免疫微环境
中性粒
细胞
小胶质
细胞
单核/巨噬
细胞
星形胶质
细胞
细胞
间相互作用
综述
Keywords
Single-cell RNA sequencing(scRNA-seq)
immune microenvironment of spinal cord injury
neutrophils
microglia
monocyte/macrophages
astrocytes
intercellular interactions
review
分类号
R392 [医药卫生—免疫学]
R744 [医药卫生—神经病学与精神病学]
G353.11 [文化科学—情报学]
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职称材料
题名
低氧联合辐照对小鼠骨髓造血细胞的影响作用研究
4
作者
杨欣海
陈芳
全勇
胡梦佳
芦玉凯
陈乃成
许杨
王崧
王军平
机构
陆军军医大学(第三军医大学):军事预防医学系防原医学教研室
出处
《陆军军医大学学报》
北大核心
2025年第7期681-690,共10页
基金
国家自然科学基金重点项目(82430103)。
文摘
目的探究高原低氧环境联合辐照损伤对小鼠骨髓造血细胞的影响。方法165只C57BL/6雄性小鼠(10~12周,体质量20~25 g)按随机数字表法进行分组:正常对照组(Control组,n=33)、6 Gy单纯辐照组(6 Gy组,n=43)、6 Gy低氧辐照组(Hy-7 d+6 Gy组,n=43),7 Gy单纯辐照组(7 Gy组,n=12)、7 Gy低氧辐照组(Hy-7 d+7 Gy组,n=12)、7 Gy持续低氧治疗组(Hy-7 d+7 Gy+Hy组,n=12)、6 Gy持续低氧治疗组(Hy-7 d+6 Gy+Hy,n=10);Hy-7 d+6 Gy组、Hy-7 d+7 Gy组、Hy-7 d+7 Gy+Hy组、Hy-7 d+6 Gy+Hy组于常压低氧舱内进行7 d预处理(氧浓度12%),其余组小鼠在正常氧环境中饲养;6 Gy、Hy-7 d+6 Gy组、Hy-7 d+6 Gy+Hy组小鼠在低氧预处理结束后进行^(60)COγ射线全身一次性辐照6 Gy;7 Gy、Hy-7 d+7 Gy组、Hy-7 d+7 Gy+Hy组小鼠在低氧预处理结束后进行^(60)COγ射线全身一次性辐照7 Gy;Control组、6 Gy组、7 Gy组小鼠全程正常氧环境饲养,Hy-7 d+7 Gy组、Hy-7 d+6 Gy组小鼠辐照损伤后继续低氧饲养24 h后恢复正常氧环境饲养,Hy-7 d+7 Gy+Hy组、Hy-7 d+6 Gy+Hy组小鼠辐照后持续低氧环境饲养。Control、6 Gy、Hy-7 d+6 Gy组小鼠制备骨髓细胞悬液,采用全自动细胞计数仪计数小鼠骨髓有核细胞数量,采用HE染色观察小鼠骨髓腔病理形态改变,采用流式细胞术检测造血干/祖细胞(Lin^(-)Sca1^(+)c-Kit^(+),LSK)、髓系祖细胞(myeloid progenitor,MP)以及成熟T/B髓系细胞数量;7 Gy、Hy-7 d+7 Gy、Hy-7 d+7 Gy+Hy组小鼠从低氧预处理后开始持续监测30 d的生存率;6 Gy、Hy-7 d+6 Gy、Hy-7 d+6 Gy+Hy组小鼠采取尾血,使用全自动血液分析仪检测红细胞(red blood cell,RBC)、白细胞(white blood cell,WBC)、血红蛋白(hemoglobin,HGB)、血小板(platelet,PLT)等的动态变化;Control、6 Gy、Hy-7 d+6 Gy组小鼠于辐照后17 d处死后获取骨髓细胞悬液并进行单细胞测序及分析。结果①与Control组相比,6 Gy组小鼠辐照后全骨髓有核细胞数量显著减少(P<0.01),HE染色显示骨髓血窦扩张明显、红细胞溢出;与6 Gy组比较,Hy-7 d+6 Gy组小鼠骨髓腔内细胞密度增加,有核细胞数减少程度明显减轻(P<0.01);②流式细胞术检测结果显示与Control组比较,6 Gy组骨髓LSK、MP与成熟T/B/髓系细胞数量均显著降低(P<0.05);与6 Gy组比较,Hy-7 d+6 Gy组单纯辐照造成的LSK、MP的数量减少能得到显著抑制(P<0.01);③与7 Gy组相比,Hy-7 d+7 Gy组经过低氧辐照后24 h复常氧治疗显著提高了小鼠生存率(P<0.01);与7 Gy组相比,Hy-7 d+7 Gy+Hy组小鼠经持续低氧治疗未能显著改善小鼠生存率;Hy-7 d+7 Gy组与Hy-7 d+7 Gy+Hy组之间的生存率差异虽未达到统计学显著性(P=0.12),但在整个观察周期内Hy-7 d+7 Gy组始终表现出存活数量优势;④血常规检测结果显示,Hy-7 d+6 Gy组小鼠较6 Gy组和Hy-7 d+6 Gy+Hy组WBC水平得到更快的恢复(P<0.05);经低氧预处理后,Hy-7 d+6 Gy组和Hy-7 d+6 Gy+Hy组辐照前RBC及HGB水平更高;而相比于6 Gy组及Hy-7 d+6 Gy+Hy组,Hy-7 d+6 Gy组PLT恢复更显著且迅速(P<0.05);⑤通过单细胞转录组数据分析进行细胞亚群比例推测,相比于6 Gy组Hy-7 d+6 Gy组小鼠长期造血干细胞(long-term hematopoietic stem cell,LT-HSC)、短期造血干细胞(short-term hematopoietic stem cell,ST-HSC)数量减少得到抑制,与流式细胞术结果一致;拟时序分析显示,Hy-7 d+6 Gy组小鼠数据与Control组相似,表现出分化程度低且自我更新能力强的LSK较多;差异基因分析及KEGG通路富集表明,6 Gy组氧化磷酸化通路活跃度显著高于其他组,而Hy-7 d+6 Gy组则富集于染色质重塑和mRNA监视等通路。结论低氧预处理可减轻小鼠骨髓造血细胞放射损伤,辐照后恢复常氧治疗有助于急性放射损伤小鼠的骨髓造血功能重建。
关键词
低氧预处理
骨髓造血干/祖
细胞
急性放射损伤
造血功能
单细胞转录组技术
Keywords
hypoxic preconditioning
hematopoietic stem/progenitor cells
acute radiation injury
hematopoietic function
single-cell transcriptome technology
分类号
R331.22 [医药卫生—人体生理学]
R339.54 [医药卫生—人体生理学]
R363.121 [医药卫生—病理学]
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单细胞转录组技术在神经退行性疾病上的应用研究进展
邬建飞
刘宇
魏岱旭
蒲建林
蔡端芳
王丙龙
《中国比较医学杂志》
CAS
北大核心
2023
3
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职称材料
2
单细胞转录组测序技术在水产养殖领域的应用
张志强
简纪常
《广东海洋大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
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职称材料
3
单细胞转录组测序技术在脊髓损伤免疫微环境研究中的应用进展
张楠
闫华筝
高建雄
张霖
赵成辰
包芊慧
胡建国
吕合作
《细胞与分子免疫学杂志》
CSCD
北大核心
2024
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4
低氧联合辐照对小鼠骨髓造血细胞的影响作用研究
杨欣海
陈芳
全勇
胡梦佳
芦玉凯
陈乃成
许杨
王崧
王军平
《陆军军医大学学报》
北大核心
2025
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