期刊文献+
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息
共找到82篇文章
< 1 2 … 5 >
每页显示 20 50 100
已选择0条
导出题录 引用分析
参考文献
引证文献
 统计分析
检索结果
已选文献
显示方式：
利用单细胞转录组揭示牛窦卵泡发育微环境异质性及动态调控网络
1
作者 田甜 徐鸿 +6 位作者 贾海涛 王琛 刘莹 梁婧虹 张雨晴 袁宝 姜昊 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 北大核心 2025年第5期722-733,共12页
窦卵泡发育调控涉及多层机制,其研究受制于对卵泡真实的微环境及关键分子事件的低效捕捉。本研究利用单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术,绘制了常用牛体外胚胎生产的3~8 mm卵泡单细胞图谱,并探讨了卵泡细胞异质... 窦卵泡发育调控涉及多层机制,其研究受制于对卵泡真实的微环境及关键分子事件的低效捕捉。本研究利用单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术,绘制了常用牛体外胚胎生产的3~8 mm卵泡单细胞图谱,并探讨了卵泡细胞异质性、差异表达基因、细胞发育分化轨迹及细胞通信等分子特征。结果表明:颗粒细胞、基质细胞、卵泡膜细胞、平滑肌细胞、内皮细胞和免疫细胞6种细胞[细胞标志物分别为抗米勒管激素(anti-Müllerian hormone,AMH)、核心蛋白聚糖(decorin,DCN)、类固醇生成急性调节蛋白(steroidogenic acute regulatory protein,STAR)、ACTA2(actin alpha 2,smooth muscle)、血管性血友病因子(von Willebrand factor,VWF)、CD14]参与构成牛窦卵泡微环境,其中颗粒细胞是驱动窦卵泡发育的关键细胞类群。颗粒细胞的4个亚群[细胞标志物分别为细胞色素P450家族19亚家族A成员1(cytochrome P450 family 19 subfamily A member 1,CYP19A1)、POU类5同源框1(POU class 5 homeobox 1,POU5F1)、着丝粒蛋白F(centromere protein F,CENPF)、成纤维细胞生长因子10(fibroblast growth factor 10,FGF10)]高度异质,并呈现出“信号转导→转录调控→增殖分裂→功能成熟”的分化轨迹,协同抑制素/抑制素βA(inhibin/inhibin beta A,INH/INHBA)及其他免疫调节通路的激活,重塑牛卵泡发育微环境并驱动卵泡选择程序的开启。此外,在单细胞水平上提供了卵泡膜细胞内外层结构分化路径和淋巴内皮细胞存在的分子证据。本研究结果为深入解析牛窦卵泡发育调控机制及优化牛体内外胚胎生产技术体系提供了新视角。 展开更多
关键词 卵泡发育 单细胞转录组学 细胞异质性 颗粒细胞 卵泡微环境 牛
在线阅读 下载PDF
单细胞转录组测序技术在反刍动物卵巢生长发育中的调控研究
2
作者 李娟 白雪 +4 位作者 杨梦丽 刘源 楚洪恩 吕文发 马云 《中国畜禽种业》 2025年第9期22-28,共7页
在现代养殖生产中,繁殖性能决定了养殖业的经济效益。卵巢是雌性哺乳动物重要的生殖器官,从胎儿期到老年期,卵巢的结构和功能不断发生变化,解析其内在遗传机制对家畜选种选配尤为重要。近年来,随着测序技术的快速发展,单细胞转录组测序... 在现代养殖生产中,繁殖性能决定了养殖业的经济效益。卵巢是雌性哺乳动物重要的生殖器官,从胎儿期到老年期,卵巢的结构和功能不断发生变化,解析其内在遗传机制对家畜选种选配尤为重要。近年来,随着测序技术的快速发展,单细胞转录组测序能对单个细胞进行分离和检测,提供更精确的细胞遗传学信息,现已广泛应用于雌性动物卵巢生长发育中,包括细胞类型鉴定、细胞间互作关系、细胞间通讯和关键基因挖掘等方面。该文介绍了反刍动物生长发育过程中卵巢卵泡发育和卵子发生的过程,并探讨了单细胞转录组测序技术原理及其在反刍动物卵巢生长发育上的应用,旨在为提高雌性动物繁殖效率提供理论参考。 展开更多
关键词 单细胞转录组 反刍动物 卵巢
在线阅读 下载PDF
单细胞转录组学视角下的脂肪组织异质性
3
作者 王永浪 陈思思 +5 位作者 李奇隆 龚渝 段昕玥 段叶辉 郭秋平 李凤娜 《生物化学与生物物理进展》 北大核心 2025年第4期820-835,共16页
脂肪组织是动物和人体内重要的能量储存场所,具有内分泌调节,参与免疫反应以及为机体提供机械保护等多种功能。根据解剖位置及功能,脂肪组织可分为白色脂肪组织、棕色脂肪组织、米色脂肪组织和粉色脂肪组织等类型。早期脂肪组织研究多... 脂肪组织是动物和人体内重要的能量储存场所,具有内分泌调节,参与免疫反应以及为机体提供机械保护等多种功能。根据解剖位置及功能,脂肪组织可分为白色脂肪组织、棕色脂肪组织、米色脂肪组织和粉色脂肪组织等类型。早期脂肪组织研究多聚焦于其形态和功能的整体特性,但随着单细胞转录组学技术的兴起,揭示了即使在相同条件下,同一种细胞类型在形态、结构、功能和基因表达等方面仍可能表现出显著的差异,即细胞异质性。单细胞转录组学技术如单细胞RNA测序和单细胞核RNA测序,能够从单细胞水平上深入分析脂肪细胞的异质性和多样性,识别可能涉及脂肪细胞功能的新细胞类型和基因表达模式。本综述深入探讨了单细胞转录组学技术在揭示脂肪组织异质性和多样性方面的新进展,并进一步讨论了其在不同细胞亚群间的通讯模式和分化轨迹研究方面的应用,以及在疾病治疗中的潜在作用,为开发新的治疗策略提供了重要指导。 展开更多
关键词 单细胞转录组学 脂肪组织 异质性 细胞相互作用 分化轨迹
在线阅读 下载PDF
七鳃鳗全组织单细胞转录组图谱揭示原始脊椎动物细胞功能演化及脂肪代谢调控
4
作者 杜泽宇 卢佳丽 +1 位作者 李庆伟 逄越 《遗传》 北大核心 2025年第4期395-398,共4页
七鳃鳗(lamprey)是处于无脊椎动物和脊椎动物之间演化节点的重要物种,被广泛认为是研究脊椎动物起源与演化的关键模型。在长达约5亿年的演化历史中,七鳃鳗展现出独特的“演化停滞”现象,这使其在遗传学和生理学特征上保留了显著的原始... 七鳃鳗(lamprey)是处于无脊椎动物和脊椎动物之间演化节点的重要物种,被广泛认为是研究脊椎动物起源与演化的关键模型。在长达约5亿年的演化历史中,七鳃鳗展现出独特的“演化停滞”现象,这使其在遗传学和生理学特征上保留了显著的原始性与独特性[1]。 展开更多
关键词 单细胞转录组 细胞功能演化 脂肪代谢调控 七鳃鳗
在线阅读 下载PDF
单细胞转录组测序技术在胃癌肿瘤微环境重编程研究中的应用进展 被引量：2
5
作者 胡非凡 占强 安方梅 《南京医科大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第2期285-290,共6页
胃癌发病和肿瘤微环境重编程密切相关,但肿瘤微环境的复杂性与异质性限制了胃癌的个体化精准诊疗。单细胞转录组测序技术从探讨肿瘤微环境重编程过程出发,可在单细胞水平“描绘”胃癌中肿瘤微环境的“景观”,深入探索肿瘤微环境各细胞... 胃癌发病和肿瘤微环境重编程密切相关,但肿瘤微环境的复杂性与异质性限制了胃癌的个体化精准诊疗。单细胞转录组测序技术从探讨肿瘤微环境重编程过程出发,可在单细胞水平“描绘”胃癌中肿瘤微环境的“景观”,深入探索肿瘤微环境各细胞亚型间的相互作用,揭示肿瘤微环境调控胃癌进展与转移的免疫新机制,探究肿瘤微环境诱导胃癌化疗耐药的分子机制,挖掘肿瘤微环境中胃癌潜在的免疫治疗新靶点,提供预测肿瘤微环境影响胃癌预后的新方法等,为研究胃癌起源、发病机制、疾病进展以及免疫耐受等提供更全面、精准的证据。文章就单细胞转录组测序技术在胃癌微环境重编程研究中的应用现状作一综述,力求为胃癌的精准诊治提供新思路。 展开更多
关键词 胃癌 肿瘤微环境 单细胞转录组测序 异质性
在线阅读 下载PDF
基于单细胞转录组的水稻稀有气孔细胞类型鉴定
6
作者 刘开燕 孙桂玲 郭振华 《西南林业大学学报(自然科学)》 北大核心 2025年第1期44-54,共11页
为探讨禾本科植物气孔发育和运动的调控机制,在初次聚类的基础上,利用获得的所有表皮细胞进行亚聚类分析;同时结合更多标记基因,在亚聚类Resolution值为2.6时成功地从水稻叶片单细胞转录组数据中获得了独立且稳定的保卫细胞和副卫细胞... 为探讨禾本科植物气孔发育和运动的调控机制,在初次聚类的基础上,利用获得的所有表皮细胞进行亚聚类分析;同时结合更多标记基因,在亚聚类Resolution值为2.6时成功地从水稻叶片单细胞转录组数据中获得了独立且稳定的保卫细胞和副卫细胞的聚类,分别包括了12个保卫细胞和17个副卫细胞。GO富集分析揭示了“基于维管的运动”“信号转导”和“对刺激的响应”等气孔后期发育的生物学特征;基因调控网络分析揭示了OsDOF11、OsMAPK2、OsNAC75、OsABCG4、OsERF52和OsSWEET2b等基因及其潜在的相互作用网络。研究结果为植物稀有细胞类型的鉴定提供了方法参考,同时也为其他禾本科植物气孔细胞的研究提供了新的标记基因。 展开更多
关键词 稀有细胞类型 气孔 水稻 单细胞转录组
在线阅读 下载PDF
单细胞转录组测序在视网膜发育及疾病发生和发展中的作用
7
作者 徐嫚鸿(综述) 李筱荣(审校) 《中华实验眼科杂志》 北大核心 2025年第6期571-576,共6页
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上进行的无偏性、高通量以及高分辨率的转录组分析。与普通转录组测序相比,scRNA-seq不是简单研究组织细胞的平均基因表达,而是将RNA映射到单个细胞,可用于发现全新的细胞类型,揭示细胞异质性... 单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上进行的无偏性、高通量以及高分辨率的转录组分析。与普通转录组测序相比,scRNA-seq不是简单研究组织细胞的平均基因表达,而是将RNA映射到单个细胞,可用于发现全新的细胞类型,揭示细胞异质性,鉴定罕见细胞等方面。近年来,越来越多的scRNA-seq相关研究聚焦眼科,该技术有望成为一种能够揭示复杂的视网膜发育生物学过程和疾病发生机制的全新工具,对眼科临床治疗具有指导性意义。本文对scRNA-seq的发展和技术流程作简要介绍,详细阐述其在识别各种视网膜细胞亚型、分析视网膜细胞发育轨迹、视网膜类器官的应用等方面的研究。系统性总结了scRNA-seq在糖尿病视网膜病变、年龄相关性黄斑变性等视网膜疾病的发生机制和诊疗方法研究中的最新研究进展,主要包含在疾病发生和发展中的细胞特异性分子和调控通路的变化信息等,将有助于寻找治疗视网膜疾病的潜在新靶点。 展开更多
关键词 单细胞转录组测序 视网膜 视网膜疾病 基因标记 细胞异质性
在线阅读 下载PDF
单细胞转录组测序技术在结核病研究中的应用
8
作者 石红雨 张国良 肖国辉 《中国防痨杂志》 北大核心 2025年第3期362-368,共7页
结核病是结核分枝杆菌感染引起的全球死亡率最高的传染病之一,严重威胁公共卫生。目前,对于结核分枝杆菌感染宿主后引起的细胞免疫应答机制还不是很清晰。单细胞转录组测序技术能在单个细胞的分辨率上揭示病理过程中的细胞异质性,可以... 结核病是结核分枝杆菌感染引起的全球死亡率最高的传染病之一,严重威胁公共卫生。目前,对于结核分枝杆菌感染宿主后引起的细胞免疫应答机制还不是很清晰。单细胞转录组测序技术能在单个细胞的分辨率上揭示病理过程中的细胞异质性,可以帮助研究人员更好地理解结核病的发病机制,并为靶向药物研发、新型诊断标志物及疫苗研发提供有力支持。本文综述了该技术在结核病致病机制的探究、在不同临床样本中细胞亚群异质性的分析,以及免疫微环境揭示等方面的应用,并探讨该技术的局限性、未来的挑战,展望了其在结核病研究中潜在的应用方向。 展开更多
关键词 结核 RNA 免疫 细胞 单细胞转录组测序
在线阅读 下载PDF
基于单细胞转录组和类器官模型探讨沙蟾毒精通过Notch通路干预结直肠癌增殖的研究
9
作者 商志浩 钱景阳 +1 位作者 赖岳阳 程海波 《中华中医药学刊》 北大核心 2025年第2期112-116,I0015-I0019,共10页
目的基于单细胞转录组测序和类器官模型探讨沙蟾毒精(Are)抑制结直肠癌的效果和机制。方法通过对沙蟾毒精和PBS干预的结直肠癌移植瘤进行单细胞测序,基于测序结果分析占比减少的肿瘤细胞亚群及其生物学功能;5-Ethynyl-2'-deoxyuridi... 目的基于单细胞转录组测序和类器官模型探讨沙蟾毒精(Are)抑制结直肠癌的效果和机制。方法通过对沙蟾毒精和PBS干预的结直肠癌移植瘤进行单细胞测序,基于测序结果分析占比减少的肿瘤细胞亚群及其生物学功能;5-Ethynyl-2'-deoxyuridine(EDU)实验用于观察沙蟾毒精对于HCT 116细胞增殖的抑制能力;蛋白免疫印迹(Western Blotting)实验用于验证凋亡相关蛋白和Notch通路中相关蛋白在沙蟾毒精干预后的表达改变;最后对类器官进行了苏木精-伊红染色(HE)及免疫组织化学染色(IHC)来评估沙蟾毒精对于类器官的抑制效果。结果单细胞转录组测序结果显示第二群肿瘤细胞亚群在干预后比例显著降低,PBS组中占比21.57%,Are组中占比14.16%,富集分析显示这群肿瘤细胞与蛋白质运输、由RNA聚合酶Ⅱ调控的转录、囊泡介导的运输、基于DNA模板的转录负向调控、从内质网到高尔基体的囊泡介导运输、细胞凋亡过程、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、癌症中的蛋白多糖、泛素介导的蛋白质降解、癌症途径、Notch信号通路、Wnt信号通路等生物学进程相关,EDU实验显示,与PBS组相比,沙蟾毒精在100~300 nmol/L间浓度依赖性地抑制HCT 116细胞增殖;Western blot结果显示,与PBS组相比,沙蟾毒精显著提高了BAX的表达,并抑制BCL-2的蛋白表达。与Notch通路相关的Notch1、Jagged1、HES1、Cyclin D1和DLL4蛋白都出现了不同程度的表达抑制。结论沙蟾毒精能够抑制结直肠癌增殖,其机制可能与抑制Notch通路激活有关。 展开更多
关键词 单细胞转录组 肠癌类器官 NOTCH通路 沙蟾毒精
在线阅读 下载PDF
深度学习在单细胞转录组学中的应用 被引量：1
10
作者 王天宇 高诗铠 +1 位作者 邵金凤 赵永兵 《生理科学进展》 北大核心 2025年第3期226-234,共9页
单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing)是一种在单细胞水平上对全基因组基因表达进行高通量测序的技术,能有效解析细胞群体异质性,目前广泛应用于发育、疾病等研究领域。由于单细胞转录组数据通常存在高噪声、高维度和高稀疏性... 单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing)是一种在单细胞水平上对全基因组基因表达进行高通量测序的技术,能有效解析细胞群体异质性,目前广泛应用于发育、疾病等研究领域。由于单细胞转录组数据通常存在高噪声、高维度和高稀疏性等特征,传统分析方法在处理这些数据时存在明显局限性。近年来,以自编码器、生成对抗网络为代表的深度学习模型被广泛应用到单细胞转录组数据分析中,包括表达值插补、批次效应校正、数据降维、细胞聚类和细胞类型注释等,并展现了深度学习在单细胞转录组数据分析中的优越性。特别地,基于Transformer的深度学习大模型,通过自注意力机制学习基因间隐含依赖关系以及基因表达与细胞之间的关联,为单细胞转录组数据分析提供了新路径和发展方向,并为多模态组学整合分析提供了创新的解决方案和潜在的应用前景。 展开更多
关键词 单细胞转录组测序 数据挖掘 深度学习 神经网络
在线阅读 下载PDF
单细胞转录组测序在植物发育和抗逆研究中的应用
11
作者 马展 鲁祎莹 +3 位作者 于飞 刘启凤 梁晓宇 张宇 《热带农业科学》 2025年第1期140-147,共8页
植物利用多样化的细胞类型和复杂的调节机制适应不断变化的自然环境。近年来,单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术越来越多地应用于植物研究中,以揭示单细胞水平上复杂的生物学关系。通过概述单细胞转录组学技... 植物利用多样化的细胞类型和复杂的调节机制适应不断变化的自然环境。近年来,单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术越来越多地应用于植物研究中,以揭示单细胞水平上复杂的生物学关系。通过概述单细胞转录组学技术的研究进展及其在植物发育和抗逆研究中的应用,总结单细胞转录组测序技术在植物研究中面临的问题及研究方向,为该技术在植物研究中的应用提供参考。 展开更多
关键词 单细胞转录组 植物发育 细胞分化 非生物胁迫 生物胁迫
在线阅读 下载PDF
单细胞转录组测序技术及其在畜禽领域的研究进展
12
作者 何先钰 刘自晓 任刚 《中国畜禽种业》 2025年第8期19-32,共14页
单细胞转录组测序技术是一种能够在单细胞水平高通量分析基因转录状态的新兴技术,因其可以揭示生物体不同组织、器官的细胞图谱、转录图谱、发育轨迹及细胞异质性,在生命科学研究中备受关注。该技术已广泛应用于基因表达与调控、细胞类... 单细胞转录组测序技术是一种能够在单细胞水平高通量分析基因转录状态的新兴技术,因其可以揭示生物体不同组织、器官的细胞图谱、转录图谱、发育轨迹及细胞异质性,在生命科学研究中备受关注。该技术已广泛应用于基因表达与调控、细胞类型的精准鉴定、组织器官的生长发育以及人类相关疾病的研究。此外,可用于改善动物繁殖性能、生长性能以及动物疾病相关的基础研究。该文主要针对scRNA-Seq技术的基本概况、发展过程及其在畜禽领域的研究进展和应用进行综述,并对其进一步的发展和应用前景进行展望,以期对该技术在畜禽领域的研究与应用提供部分基础性建议。 展开更多
关键词 单细胞转录组测序 畜禽 品种改良 生长发育 疾病防治
在线阅读 下载PDF
毛竹与拟南芥顶端分生组织的单细胞转录组比较分析
13
作者 孙镭 赵韩生 《北京林业大学学报》 北大核心 2025年第7期1-10,共10页
【目的】探索跨物种单细胞整合方法在植物中的应用,揭示毛竹与拟南芥顶端分生组织(SAM)细胞类型在单细胞转录组水平上的保守性与差异性。【方法】基于鉴定出的直系同源基因对,对毛竹和拟南芥的SAM单细胞转录组数据进行整合,并利用典型... 【目的】探索跨物种单细胞整合方法在植物中的应用,揭示毛竹与拟南芥顶端分生组织(SAM)细胞类型在单细胞转录组水平上的保守性与差异性。【方法】基于鉴定出的直系同源基因对,对毛竹和拟南芥的SAM单细胞转录组数据进行整合,并利用典型相关分析(CCA)进行批次矫正,以消除物种间的技术偏差。随后,使用一致流形逼近与投影(UMAP)方法对跨物种整合的细胞分布模式进行可视化分析,并通过斯皮尔曼相关性分析和跨物种保守标志基因鉴定,探究不同细胞类型的转录组相似性及其功能特征。【结果】(1)共鉴定出23个细胞类群,在UMAP可视化空间中,大部分细胞按物种来源聚集在不同区域,但部分细胞类群在两个物种间出现明显重叠,表明这些细胞在转录组水平上具有较高相似性。(2)进一步分析发现,重叠区域主要由表皮细胞和维管组织细胞组成,表明这类组织在植物演化过程中较为保守;相关性分析结果进一步证实了这些保守细胞类型之间基因表达的相似性。而其他细胞类群则表现出较大的物种特异性,且为多种细胞类型的混合。(3)共鉴定出183个跨物种保守的标志基因,这些基因在两个物种中的特定细胞类型中均特异表达,功能分析揭示了其在植物发育和进化中的关键作用。【结论】本研究揭示了毛竹与拟南芥保守细胞类型的核心功能特征,为植物进化机制提供了新的视角,并为非模式植物的功能基因发掘和研究奠定了数据基础。 展开更多
关键词 毛竹 拟南芥 直系同源基因 跨物种整合 单细胞转录组 保守细胞类型 标志基因
在线阅读 下载PDF
基于单细胞转录组测序解析胰腺癌合并糖尿病患者肿瘤微环境特征及潜在的治疗靶点
14
作者 彭涵 潘雨薇 +3 位作者 王雪松 孙翊馨 黄硕 梁后杰 《陆军军医大学学报》 北大核心 2025年第10期1069-1080,共12页
目的通过分析转录组和单细胞转录组数据,建立高糖及胰腺癌原位小鼠模型探究胰腺癌(pancreatic cancer,PDAC)合并糖尿病(diabetes mellitus,DM)肿瘤微环境变化并寻找潜在治疗靶点。方法整合单细胞转录组和普通转录组数据,采用生物信息学... 目的通过分析转录组和单细胞转录组数据,建立高糖及胰腺癌原位小鼠模型探究胰腺癌(pancreatic cancer,PDAC)合并糖尿病(diabetes mellitus,DM)肿瘤微环境变化并寻找潜在治疗靶点。方法整合单细胞转录组和普通转录组数据,采用生物信息学分析比较PDAC合并DM(DM组)以及PDAC不合并DM组(non-DM组)的肿瘤细胞和肿瘤免疫微环境特征。将20只6周龄雄性C57BL/6小鼠(体质量18~20 g),用随机数字表法分为2组(n=10):高糖组(STZ组),连续腹腔注射溶于柠檬酸盐缓冲液的链脲佐菌素(streptozocin,STZ)(50 mg/kg,终浓度1%);对照组(Control组),同步注射等量不含STZ的柠檬酸盐缓冲液。采用尾尖血糖检测小鼠血糖水平。将胰腺肿瘤细胞原位接种于对照组和STZ组小鼠后,收集肿瘤浸润免疫细胞和肿瘤细胞。采用流式细胞术评估高糖环境对以下指标的影响:总CD8^(+)T细胞和调节性T细胞(regulatory T cells,Treg)数量;表达Ki67、肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)、颗粒酶B(granzyme B,GZMB)和干扰素γ(interferon-γ,IFN-γ)的CD8^(+)T细胞亚群数量;CD8^(+)T细胞表面程序性死亡受体1(Programmed Death-1,PD-1)、淋巴细胞活化基因3(lymphocyte activation gene-3,LAG-3)和T细胞免疫球蛋白黏蛋白-3(T cell immunoglobulin and mucin domain-3,Tim-3)的表达水平;肿瘤细胞表面程序性死亡配体1(programmed death-ligand 1,PD-L1)的表达情况;肿瘤相关巨噬细胞表面主要组织相容性复合体Ⅰ类分子(major histocompatibility complex class I,MHC-Ⅰ)和甘露糖受体(cluster of differentiation 206,CD206)的表达情况。结果生物信息学分析揭示了,与non-DM组相比,DM组中显著上调基因与预后不良相关(P<0.001),2型导管细胞比例增加,具有更高的拷贝数变异水平(P<0.001);在肿瘤免疫微环境中,DM组Treg细胞的比例增加(P<0.05),CD8^(+)T细胞的耗竭得分升高(P<0.001),并伴随效应分子的表达下调,抑制性检查点的表达上升,M2样巨噬细胞的M2得分显著增高(P<0.001)。动物实验及流式细胞术实验发现,与Control组相比,STZ组小鼠生存时间更短(P<0.001),总体CD8^(+)T细胞比例减少(P<0.01),Treg细胞比例增加(P<0.001),表达Ki67、TNF-α、GZMB、IFN-γ的CD8^(+)T细胞比例降低(P<0.001),CD8^(+)T细胞表面PD-1(P<0.001)、LAG-3(P<0.001)和Tim-3(P<0.01)表达上升,肿瘤细胞表面PD-L1表达上调(P<0.001),肿瘤相关巨噬细胞表面CD206分子表达上升(P<0.001),而MHC-Ⅰ分子表达下调(P<0.001)。结论高糖促进PDAC免疫抑制性微环境形成;针对2型导管细胞及肿瘤微环境中的免疫抑制细胞,并结合免疫检查点双重抗体治疗,可能改善患者的预后情况。 展开更多
关键词 糖尿病 胰腺癌 单细胞转录组 肿瘤微环境 治疗靶点
在线阅读 下载PDF
单细胞转录组测序技术在畜牧科学中的技术进展与应用
15
作者 李涵 张晓琴 +4 位作者 粱胜利 叶丽霞 李明 张小虎 李宏 《现代畜牧科技》 2025年第8期80-84,共5页
单细胞转录组测序(scRNA-seq)作为一项突破性技术,能够从单细胞层面解析转录组信息,为畜牧科学领域的研究提供全新视角。该文系统综述scRNA-seq的技术原理与试验流程,重点阐述微流控技术、单细胞分离及文库构建等关键步骤;总结了scRNA-... 单细胞转录组测序(scRNA-seq)作为一项突破性技术,能够从单细胞层面解析转录组信息,为畜牧科学领域的研究提供全新视角。该文系统综述scRNA-seq的技术原理与试验流程,重点阐述微流控技术、单细胞分离及文库构建等关键步骤;总结了scRNA-seq在动物繁殖、疫病防治和遗传育种中的核心进展,包括揭示精子发生机制、解析非洲猪瘟病毒宿主互作、挖掘高原适应性基因以及优化家畜肌肉发育等典型案例。该文探讨当前技术面临的挑战,如复杂组织样本的单细胞悬液制备困难、RNA捕获效率低及高维度数据分析的复杂性,并提出未来技术优化方向(如算法改进与标准化样本处理流程),为scRNA-seq在畜牧科学领域的应用提供理论支持。 展开更多
关键词 单细胞转录组测序 微流控 生物信息学分析
在线阅读 下载PDF
天子蓝盘丽鱼皮肤组织的单细胞转录组测序
16
作者 杨平 刘洁 +1 位作者 陈再忠 陆颖 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期601-610,F0002,共11页
【目的】通过单细胞转录组测序比较天子蓝盘丽鱼和野生阿莲卡盘丽鱼皮肤组织中与体色形成相关的基因表达模式,为深入研究鱼类体色及良种选育提供数据基础,也为盘丽鱼或其他水产鱼类进行单细胞转录组研究提供技术借鉴。【方法】利用单细... 【目的】通过单细胞转录组测序比较天子蓝盘丽鱼和野生阿莲卡盘丽鱼皮肤组织中与体色形成相关的基因表达模式,为深入研究鱼类体色及良种选育提供数据基础,也为盘丽鱼或其他水产鱼类进行单细胞转录组研究提供技术借鉴。【方法】利用单细胞转录组测序技术对天子蓝(人工选育)和阿莲卡(野生型)2种盘丽鱼的皮肤组织进行转录组测序,经fastp质控过滤后,通过Cell Ranger比对参考基因组生成单细胞表达矩阵文件,使用Seurat进行降维聚类后构建转录组图谱,筛选出细胞类型识别与鉴定的标记基因;同时以阿莲卡盘丽鱼为对照,通过DEGseq筛选出2个样本间的差异表达基因(DEGs),并进行GO功能注释分析和KEGG信号通路富集分析。【结果】经单细胞转录组测序,从天子蓝、阿莲卡盘丽鱼样本中获得的原始序列(Raw reads)分别为815237286和728886552条;将2个样本整合后共捕获17035个细胞,经过滤及降维聚类后得到18个细胞簇(C0~C17),参考已知和潜在的标记基因,被注释为13种细胞类型及其亚型,基本涵盖了鱼类皮肤组织中的大部分细胞类型。基于伪批量(Pseudo-bulk)处理,从2个样本间筛选出20个DEGs(8个在天子蓝盘丽鱼皮肤组织中高表达,12个在阿莲卡盘丽鱼皮肤组织中高表达),主要注释到与气体传递、氧化代谢相关的GO功能条目。在单细胞维度,选择黑色素细胞和虹彩细胞2个细胞集群进行样本间差异分析,结果显示:在黑色素细胞中存在8个DEGs,主要富集于热应答、未折叠蛋白结合、生长因子活性、金属离子结合等信号通路。在虹彩细胞中存在25个DEGs,KEGG信号通路富集分析发现主要富集于凋亡、沙门氏菌感染和MAPK等信号通路,涉及细胞生存、应激响应和信号传导等功能。【结论】TSPAN3A、PTGES、ATF3、JUNK、GADD45GA、HSP70L、FOSAB等基因在调节天子蓝盘丽鱼皮肤体色、色素合成与沉着等方面发挥重要作用,而黑色素合成不活跃可能是导致天子蓝盘丽鱼体色较阿莲卡盘丽色更加鲜艳和绚丽的主要原因之一。 展开更多
关键词 盘丽鱼 单细胞转录组测序 标记基因 色素细胞 体色
在线阅读 下载PDF
单细胞转录组测序技术在自身免疫病中应用的最新研究进展 被引量：3
17
作者 孙金梅 石春卫 +2 位作者 杨桂连 杨文涛 王春凤 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期2219-2222,2228,共5页
单细胞转录组测序技术是以单个细胞为研究对象,对每个转录本的基因表达水平以及细胞间的异质性进行统计分析,在一定程度上弥补了传统测序技术的缺陷。自身免疫病是自身免疫耐受状态或自身免疫细胞调节异常时所致的自身组织细胞损伤或功... 单细胞转录组测序技术是以单个细胞为研究对象,对每个转录本的基因表达水平以及细胞间的异质性进行统计分析,在一定程度上弥补了传统测序技术的缺陷。自身免疫病是自身免疫耐受状态或自身免疫细胞调节异常时所致的自身组织细胞损伤或功能异常。本文综述了近年来关于单细胞转录组测序技术在自身免疫病中应用的研究成果,为尽早实现精准医疗提供有价值的线索。 展开更多
关键词 单细胞转录组测序 自身免疫病 研究进展
在线阅读 下载PDF
基于单细胞转录组学测序的巨噬细胞在肝硬化-肝癌疾病进展中的功能研究 被引量：4
18
作者 任凌萱 卢子琪 +1 位作者 齐威 冯志杰 《中国全科医学》 北大核心 2024年第29期3654-3663,共10页
背景肝脏巨噬细胞在构建宿主防御机制及维持机体内环境稳定中发挥重要作用,也是参与肝脏损伤和修复的重要细胞成分。单核细胞来源的巨噬细胞在基因调控以及具体功能方面与肝脏固有巨噬细胞不尽相同。90%以上的原发性肝癌发生在肝硬化的... 背景肝脏巨噬细胞在构建宿主防御机制及维持机体内环境稳定中发挥重要作用,也是参与肝脏损伤和修复的重要细胞成分。单核细胞来源的巨噬细胞在基因调控以及具体功能方面与肝脏固有巨噬细胞不尽相同。90%以上的原发性肝癌发生在肝硬化的基础上,巨噬细胞在肝硬化及肝癌疾病进展中的动态变化规律值得探讨。目的解析不同来源肝脏巨噬细胞的转录组学差异,分析巨噬细胞在肝硬化-肝癌疾病进展中的动态变化规律,探索预防肝硬化进展为肝癌的潜在策略。方法本研究通过从GEO数据库获取健康、肝硬化及肝癌组织的单细胞转录组学数据。健康及肝硬化数据来自GEO数据库GSE136103数据集,取自5例健康肝脏以及5例肝硬化肝脏的数据。肝癌数据来自GEO数据库GSE149614数据集,取自10例肝癌患者的数据。通过Seurat软件包分别对肝硬化及肝癌样本的数据进行聚类,鉴定各个细胞类型。将肝硬化样本中的3簇巨噬细胞亚群提取后,分析各个亚群前200个特异性表达基因,应用Metascape在线分析软件对各亚簇特异性表达基因进行功能分析。提取巨噬细胞亚群肝硬化特异性表达基因,通过KEGG功能分析探究巨噬细胞在肝硬化中的功能。将肝硬化以及肝癌单细胞转录组数据通过CellChat软件包进行细胞间相互作用分析,对比肝硬化与肝癌样本巨噬细胞的细胞通讯的差异。将健康对照、肝硬化以及肝癌三者不同来源的巨噬细胞通过Harmony软件包去批次效应,之后导入Monocle软件包进行伪时序分析,构建健康肝脏-肝硬化肝脏-肝癌巨噬细胞的演变轨迹。利用limma软件包找寻在健康肝脏-肝硬化肝脏-肝癌巨噬细胞的演变过程中连续上调以及下调的基因,并进行功能富集分析。结果对所有细胞进行无监督聚类,根据标记基因表达情况,共提取出3个巨噬细胞亚簇(分别为Mac1,Mac2和Mac3)。其中Mac1起源于组织驻留巨噬细胞(Kupffer细胞),Mac2以及Mac3起源于血液单核细胞,并且其数量在肝硬化组织中明显增多。在肝硬化组织中的Mac1表现了适应性免疫系统相关功能的上调,Mac2以及Mac3亚群均表现出吞噬体相关功能以及抗原提呈功能的下调。肝硬化与肝癌样本中巨噬细胞与其他类型细胞的通讯存在巨大的差异。某些细胞间通讯仅发生于肝硬化巨噬细胞中,这包括干扰素Ⅱ(IFN-Ⅱ)以及CD40等信号通路的细胞通讯。经过去批次效应的处理后,对健康肝脏、肝硬化肝脏以及肝癌巨噬细胞进行伪时序分析,结果提示三组数据存在特定的时序关系。本研究发现81个在该过程中连续下调的基因,然而未发现在健康肝脏-肝硬化肝脏-肝癌巨噬细胞演变过程中连续上调的基因。功能分析提示连续下调基因存在对细菌免疫反应的功能富集。结论肝硬化巨噬细胞可以分为3个亚群,其中Mac1来自肝脏固有Kupffer细胞,Mac2、Mac3来自血液单核细胞。肝硬化中诸多免疫相关细胞通讯例如IFN-Ⅱ以及CD40通路在肝癌中消失。健康肝脏-肝硬化肝脏-肝癌巨噬细胞演变过程存在对细菌免疫反应的持续下调,这可能加重了门脉高压造成的肠道菌群位移的危害。对于肝硬化患者,尽早地治疗门脉高压造成的肠漏,可能是重要的治疗策略。 展开更多
关键词 巨噬细胞 肝硬化 肝纤维化 肝肿瘤 单细胞转录组学测序 细胞间相互作用
在线阅读 下载PDF
单细胞转录组测序在病原微生物肺部感染研究中的应用 被引量：1
19
作者 黄佳佳 王楚雯 +3 位作者 刘颖 张莹莹 陈染 钱国清 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期950-955,共6页
肺部感染是指在终末气道、肺泡腔及肺间质中由细菌、真菌和病毒等病原体诱发的炎症,是威胁人类健康的全球十大问题之一。2019年,世界卫生组织数据显示肺部感染致全球近260万死亡,位列第四大死因^([1]),而且,成人肺部感染的发作次数呈上... 肺部感染是指在终末气道、肺泡腔及肺间质中由细菌、真菌和病毒等病原体诱发的炎症,是威胁人类健康的全球十大问题之一。2019年,世界卫生组织数据显示肺部感染致全球近260万死亡,位列第四大死因^([1]),而且,成人肺部感染的发作次数呈上升趋势,特别是≥70岁的男性患者数量增幅最为显著^([2])。病原微生物的感染是病原体与免疫相互作用的结果,不同病原体引起的肺部感染作用机制不同,感染的病原体可激活免疫信号通路和诱导炎症风暴,诱发急性呼吸窘迫综合征(acute respiratory distress syndrome,ARDS)^([3]),导致预后不佳,甚至死亡。 展开更多
关键词 单细胞转录组测序 肺部感染 病原微生物
在线阅读 下载PDF
单细胞转录组测序技术在精子发生研究中的应用进展 被引量：1
20
作者 马媛 金昊延 +2 位作者 王娜娜 李颀菡 张令锴 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期4400-4409,共10页
精子发生是在哺乳动物睾丸内通过一系列细胞分化和发育,最终形成精子的过程,在时间和空间上具有高度异质性。随着生物信息学的不断更新与发展,以往研究大多依赖于对各种细胞类型的RNA进行分析。然而,从睾丸中分离每一种细胞类型是非常... 精子发生是在哺乳动物睾丸内通过一系列细胞分化和发育,最终形成精子的过程,在时间和空间上具有高度异质性。随着生物信息学的不断更新与发展,以往研究大多依赖于对各种细胞类型的RNA进行分析。然而,从睾丸中分离每一种细胞类型是非常大的挑战,因此在转录组水平上对于不同类型的睾丸生殖细胞的研究相对较少。近年来,由于科技的进步和发展,单细胞转录组测序(scRNA-Seq)技术已推出多种测序平台,其使用范围和场景不断扩大,在神经、肿瘤、免疫、生长发育和疾病等领域广泛应用,研究对象主要涉及人、模式生物及家畜。该技术可高效捕获睾丸内单个细胞,进行高通量测序分析,获取其转录组水平信息,精细描述其细胞类型,揭示细胞异质性,并推测其发育轨迹。目前,scRNA-Seq已经开始从家畜生殖细胞的角度对家畜精子发生相关机制进行更深入的探究,以此进一步研究家畜精子发生的相关过程。因此,作者在阐述scRNA-Seq技术方法的基础上,总结论述了其在牛、羊和猪等家畜精子发生领域中的应用进展,为家畜精子发生的研究提供理论基础。 展开更多
关键词 单细胞转录组测序 精子发生 家畜
在线阅读 下载PDF
已选择0条
导出题录 引用分析
参考文献
引证文献
 统计分析
检索结果
已选文献
上一页 1 2 … 5 下一页 到第 页
关于我们 | 版权声明 | 联系我们 | 帮助中心| 意见反馈
主办单位：上海市教育委员会
技术支持：重庆维普资讯有限公司
渝公网安备 50019002500403号
使用帮助 返回顶部