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单细胞核测序揭示成年小鼠心脏构成细胞的分群及占比
被引量：
1
1
作者
梁春宝
李立林
蔡冬青
《暨南大学学报（自然科学与医学版）》
CAS
北大核心
2023年第2期124-136,共13页
目的:利用单细胞核测序技术分析成年小鼠心脏构成细胞的分群,以及各群细胞所属类别、相对特异标记基因及各细胞群在心脏构成细胞的占比,旨在为阐明不同类型心脏构成细胞之间的相互作用奠定基础。方法:选择2月龄的C57BL/6J小鼠心脏用于...
目的:利用单细胞核测序技术分析成年小鼠心脏构成细胞的分群,以及各群细胞所属类别、相对特异标记基因及各细胞群在心脏构成细胞的占比,旨在为阐明不同类型心脏构成细胞之间的相互作用奠定基础。方法:选择2月龄的C57BL/6J小鼠心脏用于心脏构成细胞的细胞核制备。使用10×Genomics单细胞测序技术对经制备的心脏细胞核进行测序。使用Cellranger将测序的原始数据解析为fastq文件,生成feature-barcoded定量矩阵进行数据整合及基因表达分析等。利用Seurat对经Cellranger分析处理的数据进行质控、标准化、降维、tSNE聚类、细胞类别注释及具体细胞分群可视化处理。结果:成年小鼠心脏细胞可分为19群,共10个细胞种类,占比较大的细胞分别为内皮细胞(39.46%)、心肌细胞(26.56%)和成纤维细胞(13.46%),合计占心脏细胞总数的79.48%。标记基因鉴定发现,内皮细胞前两位的特异性标记基因为Pecam1和Cdh5基因,心肌细胞的特异性标记基因为Actn2和Tnnc1基因,而成纤维细胞则为Col1a2和Col3a1基因。结论:成年小鼠心脏主要由10种细胞构成,其在心脏的占比不同,血管内皮细胞、心肌细胞及成纤维细胞是位列前3位的构成细胞。每种构成细胞均存在相对特异的标记基因。
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关键词
单细胞核测序
小鼠
心脏
心脏构成
细胞
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职称材料
基于单细胞核转录组测序的多发性大动脉炎外周血单个核细胞图谱分析
2
作者
何川
丁洋
万圣云
《安徽医科大学学报》
CAS
北大核心
2024年第6期1068-1075,共8页
目的基于单细胞核转录组测序(snRNA-seq)技术描绘多发性大动脉炎(TAK)外周血单个核细胞(PBMC)基因和功能的异质性改变,阐述TAK可能的免疫机制。方法收集确诊为TAK患者的PBMC共6例为疾病组(TAK组),同期就诊的健康人群6例PBMC为正常组(NC...
目的基于单细胞核转录组测序(snRNA-seq)技术描绘多发性大动脉炎(TAK)外周血单个核细胞(PBMC)基因和功能的异质性改变,阐述TAK可能的免疫机制。方法收集确诊为TAK患者的PBMC共6例为疾病组(TAK组),同期就诊的健康人群6例PBMC为正常组(NC组)。基于snRNA-seq工作流程建库测序,下机数据采用R 3.6.2软件进行主成分分析(PCA)及t-分布随机邻域嵌入(tSNE)分析等手段对两组PBMC样本池的单个核细胞的基因表达进行检测。结果TAK患者PBMC的免疫细胞的相对比例和含量都发生了改变;高克隆TCR可高度同源性匹配整合素beta-3的氨基酸序列;T细胞介导的干扰素γ和TNFα通路显著上调;TNFRSF13B+记忆B细胞比例明显升高;所有细胞类型中单核细胞所形成的的配体受体相互作用始终最多。结论TAK的发生发展过程中PBMC参与了复杂的调节,多种免疫炎症因子异常表达,其中单核细胞在PBMC的相互作用中占据了重要地位。
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关键词
单
细胞核
转录组
测
序
多发性大动脉炎
外周血
单
个核
细胞
免疫
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职称材料
单细胞/单细胞核RNA测序分析心脏细胞转录谱推进心脏细胞类型和心脏发育研究
3
作者
文莉雅
雅各布·马西卡
+2 位作者
王子赫
王松
梁华敏
《华中科技大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第4期554-557,共4页
以单细胞RNA测序(single cell RNA sequencing,scRNA-seq)和单细胞核RNA测序(single-nucleus RNA sequencing,snRNA-seq)进行单细胞/单细胞核转录组学分析,为组织在稳态维持或动态变化过程(如疾病的发展、分化和发育)中提供了一个全面...
以单细胞RNA测序(single cell RNA sequencing,scRNA-seq)和单细胞核RNA测序(single-nucleus RNA sequencing,snRNA-seq)进行单细胞/单细胞核转录组学分析,为组织在稳态维持或动态变化过程(如疾病的发展、分化和发育)中提供了一个全面的组织细胞统计可视图。与传统批量分析相比,单细胞/单细胞核为中心的转录组分析更准确地揭示组织内细胞的异质性和细胞内基因调控网络。该文总结了应用sc/snRNA-seq技术分析心脏细胞转录谱的新发现,以及心血管发育的重要新分子机制。
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关键词
单
细胞
RNA
测
序
单
细胞核
RNA
测
序
心肌
细胞
心脏发育
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职称材料
题名
单细胞核测序揭示成年小鼠心脏构成细胞的分群及占比
被引量：
1
1
作者
梁春宝
李立林
蔡冬青
机构
暨南大学再生医学教育部重点实验室
暨南大学科技部广东省国际科技合作基地
暨南大学发育与再生生物学系
出处
《暨南大学学报（自然科学与医学版）》
CAS
北大核心
2023年第2期124-136,共13页
基金
国家自然科学基金项目(81971303)。
文摘
目的:利用单细胞核测序技术分析成年小鼠心脏构成细胞的分群,以及各群细胞所属类别、相对特异标记基因及各细胞群在心脏构成细胞的占比,旨在为阐明不同类型心脏构成细胞之间的相互作用奠定基础。方法:选择2月龄的C57BL/6J小鼠心脏用于心脏构成细胞的细胞核制备。使用10×Genomics单细胞测序技术对经制备的心脏细胞核进行测序。使用Cellranger将测序的原始数据解析为fastq文件,生成feature-barcoded定量矩阵进行数据整合及基因表达分析等。利用Seurat对经Cellranger分析处理的数据进行质控、标准化、降维、tSNE聚类、细胞类别注释及具体细胞分群可视化处理。结果:成年小鼠心脏细胞可分为19群,共10个细胞种类,占比较大的细胞分别为内皮细胞(39.46%)、心肌细胞(26.56%)和成纤维细胞(13.46%),合计占心脏细胞总数的79.48%。标记基因鉴定发现,内皮细胞前两位的特异性标记基因为Pecam1和Cdh5基因,心肌细胞的特异性标记基因为Actn2和Tnnc1基因,而成纤维细胞则为Col1a2和Col3a1基因。结论:成年小鼠心脏主要由10种细胞构成,其在心脏的占比不同,血管内皮细胞、心肌细胞及成纤维细胞是位列前3位的构成细胞。每种构成细胞均存在相对特异的标记基因。
关键词
单细胞核测序
小鼠
心脏
心脏构成
细胞
Keywords
single-nucleus sequencing
mouse
heart
cardiac constituent cells
分类号
R365 [医药卫生—病理学]
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职称材料
题名
基于单细胞核转录组测序的多发性大动脉炎外周血单个核细胞图谱分析
2
作者
何川
丁洋
万圣云
机构
安徽医科大学第二附属医院血管与胃肠外科
皖南医学院第二附属医院介入科
出处
《安徽医科大学学报》
CAS
北大核心
2024年第6期1068-1075,共8页
基金
安徽高校自然科学研究项目重点项目(编号:2022AHO50764)
安徽医科大学校科研基金项目临床项目(编号:2022xkj187)。
文摘
目的基于单细胞核转录组测序(snRNA-seq)技术描绘多发性大动脉炎(TAK)外周血单个核细胞(PBMC)基因和功能的异质性改变,阐述TAK可能的免疫机制。方法收集确诊为TAK患者的PBMC共6例为疾病组(TAK组),同期就诊的健康人群6例PBMC为正常组(NC组)。基于snRNA-seq工作流程建库测序,下机数据采用R 3.6.2软件进行主成分分析(PCA)及t-分布随机邻域嵌入(tSNE)分析等手段对两组PBMC样本池的单个核细胞的基因表达进行检测。结果TAK患者PBMC的免疫细胞的相对比例和含量都发生了改变;高克隆TCR可高度同源性匹配整合素beta-3的氨基酸序列;T细胞介导的干扰素γ和TNFα通路显著上调;TNFRSF13B+记忆B细胞比例明显升高;所有细胞类型中单核细胞所形成的的配体受体相互作用始终最多。结论TAK的发生发展过程中PBMC参与了复杂的调节,多种免疫炎症因子异常表达,其中单核细胞在PBMC的相互作用中占据了重要地位。
关键词
单
细胞核
转录组
测
序
多发性大动脉炎
外周血
单
个核
细胞
免疫
Keywords
single nuclei RNA sequencing
takayasu arteritis
peripheral blood mononuclear cell
immunity
分类号
R654.4 [医药卫生—外科学]
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职称材料
题名
单细胞/单细胞核RNA测序分析心脏细胞转录谱推进心脏细胞类型和心脏发育研究
3
作者
文莉雅
雅各布·马西卡
王子赫
王松
梁华敏
机构
华中科技大学基础医学院生理学系
华中科技大学国家基础医学实验示范中心
肯雅塔大学医学院生理学系
出处
《华中科技大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第4期554-557,共4页
基金
科技部国家重点研发计划项目(No.2021YFA1101901)
中国大学生创新创业训练项目基金(No.HUST:20210124)。
文摘
以单细胞RNA测序(single cell RNA sequencing,scRNA-seq)和单细胞核RNA测序(single-nucleus RNA sequencing,snRNA-seq)进行单细胞/单细胞核转录组学分析,为组织在稳态维持或动态变化过程(如疾病的发展、分化和发育)中提供了一个全面的组织细胞统计可视图。与传统批量分析相比,单细胞/单细胞核为中心的转录组分析更准确地揭示组织内细胞的异质性和细胞内基因调控网络。该文总结了应用sc/snRNA-seq技术分析心脏细胞转录谱的新发现,以及心血管发育的重要新分子机制。
关键词
单
细胞
RNA
测
序
单
细胞核
RNA
测
序
心肌
细胞
心脏发育
Keywords
single-cell RNA sequencing
single-nucleus RNA sequencing
cardiomyocyte
cardiac development
分类号
R3 [医药卫生—基础医学]
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职称材料
题名
作者
出处
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被引量
操作
1
单细胞核测序揭示成年小鼠心脏构成细胞的分群及占比
梁春宝
李立林
蔡冬青
《暨南大学学报（自然科学与医学版）》
CAS
北大核心
2023
1
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职称材料
2
基于单细胞核转录组测序的多发性大动脉炎外周血单个核细胞图谱分析
何川
丁洋
万圣云
《安徽医科大学学报》
CAS
北大核心
2024
0
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职称材料
3
单细胞/单细胞核RNA测序分析心脏细胞转录谱推进心脏细胞类型和心脏发育研究
文莉雅
雅各布·马西卡
王子赫
王松
梁华敏
《华中科技大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2023
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