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单细胞转录组测序和染色质可及性测序技术概述及应用
1
作者
王飞
王军辉
+6 位作者
张耀丹
姚程程
王少丽
夏永秀
李艺柔
张蔷
李少锋
《温带林业研究》
2024年第4期85-88,共4页
细胞异质性是生物组织的普遍特征,单细胞测序技术兴起能解决传统测序不能解决的细胞异质性带来的基因组、转录组、蛋白质组水平差异。非编码水平的染色质动态调控对基因转录调节具有重要作用,染色质可及性测序技术为科研人员提供了全基...
细胞异质性是生物组织的普遍特征,单细胞测序技术兴起能解决传统测序不能解决的细胞异质性带来的基因组、转录组、蛋白质组水平差异。非编码水平的染色质动态调控对基因转录调节具有重要作用,染色质可及性测序技术为科研人员提供了全基因组范围的染色质开放区域信息。单细胞转录组测序(scRNA-seq)、染色质可及性测序(scATAC-seq)技术首先被应用在动物、人体组织研究,近五年scRNA-seq、scATAC-seq技术开始应用在植物研究中。单细胞水平的高通量测序技术为分析植物细胞异质性图谱提供有力手段。染色质可及性测序是分析染色质开放、关闭区域的重要手段。近年来,上述技术在植物中的应用文献报道呈明显的上升趋势。本文深入探讨了这些新兴技术的原理和方法,以及它们的应用和对植物科学研究的贡献,并对单细胞转录组测序(scRNA-seq)、染色质可及性测序(scATAC-seq)及其联合运用在阐明植物细胞异质性和基因调控复杂机制方面进行全面概述。
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关键词
单细胞
转录组测序
单细胞染色质可及性
测序
细胞
异质性
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职称材料
Signac.UIO:基于R-Shiny技术的单细胞ATAC-seq数据交互式分析平台构建与应用
2
作者
罗玉燕
罗晓敏
+1 位作者
黄洁茹
徐斯文
《中国生物化学与分子生物学报》
北大核心
2025年第11期1579-1589,共11页
单细胞染色质可及性测序(Single-cell assay for transposase-accessible chromatin sequencing,scATAC-seq)是解析细胞异质性与基因调控网络的重要技术,在表观遗传研究中应用广泛。但其数据分析流程复杂和编程门槛高,阻碍了在非程序员...
单细胞染色质可及性测序(Single-cell assay for transposase-accessible chromatin sequencing,scATAC-seq)是解析细胞异质性与基因调控网络的重要技术,在表观遗传研究中应用广泛。但其数据分析流程复杂和编程门槛高,阻碍了在非程序员科研群体中的推广应用。为此,本文基于R语言的Shiny框架,整合Signac与Seurat等主流分析工具,开发了模块化、可视化的scATAC-seq数据分析平台--Signac.UIO。平台包含数据质控、细胞过滤、降维聚类、差异分析、细胞注释、通路富集、模体识别与转录因子足迹等10个功能模块,覆盖分析流程各关键环节。用户可通过图形界面完成操作,获得交互式可视化结果。平台已在PBMC公开数据集上验证其稳定性与实用性,现部署于服务器(https://xulabgdpu.org.cn/Signac.UIO),为单细胞表观组学研究提供了高效和易用的技术支撑。
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关键词
单细胞染色质可及性
R语言可视化平台
交互式分析平台
数据可视化
生物信息学工具
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职称材料
题名
单细胞转录组测序和染色质可及性测序技术概述及应用
1
作者
王飞
王军辉
张耀丹
姚程程
王少丽
夏永秀
李艺柔
张蔷
李少锋
机构
林木遗传育种全国重点实验室中国林业科学研究院华北林业实验中心北京九龙山暖温带国家森林长期科研基地
中国林业科学研究院林业研究所国家林业和草原局林木培育重点实验室国家林木种质资源平台
林木遗传育种全国重点实验室中国林业科学研究院
清华大学生命科学学院生物信息学教育部重点实验室
出处
《温带林业研究》
2024年第4期85-88,共4页
基金
中国林业科学研究院中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金(CAFYBB2020QD001)
国家自然科学基金项目(31770705、31400570)
农业生物育种重大专项“西北地区抗虫高产杨树新品种设计与培育”(2022ZD0401503)。
文摘
细胞异质性是生物组织的普遍特征,单细胞测序技术兴起能解决传统测序不能解决的细胞异质性带来的基因组、转录组、蛋白质组水平差异。非编码水平的染色质动态调控对基因转录调节具有重要作用,染色质可及性测序技术为科研人员提供了全基因组范围的染色质开放区域信息。单细胞转录组测序(scRNA-seq)、染色质可及性测序(scATAC-seq)技术首先被应用在动物、人体组织研究,近五年scRNA-seq、scATAC-seq技术开始应用在植物研究中。单细胞水平的高通量测序技术为分析植物细胞异质性图谱提供有力手段。染色质可及性测序是分析染色质开放、关闭区域的重要手段。近年来,上述技术在植物中的应用文献报道呈明显的上升趋势。本文深入探讨了这些新兴技术的原理和方法,以及它们的应用和对植物科学研究的贡献,并对单细胞转录组测序(scRNA-seq)、染色质可及性测序(scATAC-seq)及其联合运用在阐明植物细胞异质性和基因调控复杂机制方面进行全面概述。
关键词
单细胞
转录组测序
单细胞染色质可及性
测序
细胞
异质性
Keywords
single-cell RNA sequencing
assay for transposase-accessible chromatin using sequencing
cellular heterogeneity
分类号
Q503 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
Signac.UIO:基于R-Shiny技术的单细胞ATAC-seq数据交互式分析平台构建与应用
2
作者
罗玉燕
罗晓敏
黄洁茹
徐斯文
机构
广东药科大学医药信息工程学院
广东药科大学中医药精准医学大数据工程技术研究中心
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
北大核心
2025年第11期1579-1589,共11页
基金
广东省医学科研基金(No.A2024252)资助。
文摘
单细胞染色质可及性测序(Single-cell assay for transposase-accessible chromatin sequencing,scATAC-seq)是解析细胞异质性与基因调控网络的重要技术,在表观遗传研究中应用广泛。但其数据分析流程复杂和编程门槛高,阻碍了在非程序员科研群体中的推广应用。为此,本文基于R语言的Shiny框架,整合Signac与Seurat等主流分析工具,开发了模块化、可视化的scATAC-seq数据分析平台--Signac.UIO。平台包含数据质控、细胞过滤、降维聚类、差异分析、细胞注释、通路富集、模体识别与转录因子足迹等10个功能模块,覆盖分析流程各关键环节。用户可通过图形界面完成操作,获得交互式可视化结果。平台已在PBMC公开数据集上验证其稳定性与实用性,现部署于服务器(https://xulabgdpu.org.cn/Signac.UIO),为单细胞表观组学研究提供了高效和易用的技术支撑。
关键词
单细胞染色质可及性
R语言可视化平台
交互式分析平台
数据可视化
生物信息学工具
Keywords
single-cell assay for transposase-accessible chromatin sequencing(scATAC-seq)
R-based Shiny application(R-Shiny)
interactive analysis platform
data visualization
bioinformatics tool
分类号
Q3 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
单细胞转录组测序和染色质可及性测序技术概述及应用
王飞
王军辉
张耀丹
姚程程
王少丽
夏永秀
李艺柔
张蔷
李少锋
《温带林业研究》
2024
0
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职称材料
2
Signac.UIO:基于R-Shiny技术的单细胞ATAC-seq数据交互式分析平台构建与应用
罗玉燕
罗晓敏
黄洁茹
徐斯文
《中国生物化学与分子生物学报》
北大核心
2025
0
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职称材料
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