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癌睾丸基因的基因表达程序分析
1
作者
侯宗良
杨琴
+1 位作者
李少白
雷鸣
《上海交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第8期945-954,共10页
目的·基于睾丸单细胞转录组数据,鉴定精子发生过程中癌睾丸基因(cancer-testis gene,CTG)的基因表达程序(gene expression program,GEP),并探究其与肿瘤患者预后的关系。方法·从GTEx数据库和TCGA数据库获取正常组织和肿瘤组...
目的·基于睾丸单细胞转录组数据,鉴定精子发生过程中癌睾丸基因(cancer-testis gene,CTG)的基因表达程序(gene expression program,GEP),并探究其与肿瘤患者预后的关系。方法·从GTEx数据库和TCGA数据库获取正常组织和肿瘤组织的表达谱,筛选CTG。基于睾丸单细胞转录组,使用leiden聚类算法鉴定出CTG在精子发生过程中的GEP。使用DecoupleR评估GEP的活跃程度,以确定每个GEP活跃的细胞类型和精子发生时期。利用DecoupleR评估GEP在肿瘤组织中的活跃程度,并分析GEP与肿瘤患者生存的相关性。结果·基于GTEx和TCGA数据库中正常组织和肿瘤组织的基因表达谱,筛选到917个CTG。利用CTG在睾丸单细胞转录组中的表达情况,通过聚类算法鉴定出7个GEP。GEP活性分析结果表明,GEP5活跃于精子发生前期,包括精原干细胞、分化中的精原细胞和早期初级精母细胞等细胞类型。统计其在染色体上的分布发现,GEP5包含的基因主要分布于X染色体上。生存分析结果表明GEP5在多种肿瘤类型中的活跃程度与患者的生存情况呈负相关。结论·在精子发生过程中,GEP5活跃于精子发生过程的前期,其包含的基因主要分布于X染色体上。在多种肿瘤类型中,GEP5的活跃程度与患者的预后密切相关。
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关键词
癌睾丸
基因
基因
表达
程序
单细胞基因表达分析
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职称材料
题名
癌睾丸基因的基因表达程序分析
1
作者
侯宗良
杨琴
李少白
雷鸣
机构
上海交通大学医学院附属第九人民医院上海精准医学研究院
出处
《上海交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第8期945-954,共10页
基金
国家重点研发计划(2018YFA0107004)。
文摘
目的·基于睾丸单细胞转录组数据,鉴定精子发生过程中癌睾丸基因(cancer-testis gene,CTG)的基因表达程序(gene expression program,GEP),并探究其与肿瘤患者预后的关系。方法·从GTEx数据库和TCGA数据库获取正常组织和肿瘤组织的表达谱,筛选CTG。基于睾丸单细胞转录组,使用leiden聚类算法鉴定出CTG在精子发生过程中的GEP。使用DecoupleR评估GEP的活跃程度,以确定每个GEP活跃的细胞类型和精子发生时期。利用DecoupleR评估GEP在肿瘤组织中的活跃程度,并分析GEP与肿瘤患者生存的相关性。结果·基于GTEx和TCGA数据库中正常组织和肿瘤组织的基因表达谱,筛选到917个CTG。利用CTG在睾丸单细胞转录组中的表达情况,通过聚类算法鉴定出7个GEP。GEP活性分析结果表明,GEP5活跃于精子发生前期,包括精原干细胞、分化中的精原细胞和早期初级精母细胞等细胞类型。统计其在染色体上的分布发现,GEP5包含的基因主要分布于X染色体上。生存分析结果表明GEP5在多种肿瘤类型中的活跃程度与患者的生存情况呈负相关。结论·在精子发生过程中,GEP5活跃于精子发生过程的前期,其包含的基因主要分布于X染色体上。在多种肿瘤类型中,GEP5的活跃程度与患者的预后密切相关。
关键词
癌睾丸
基因
基因
表达
程序
单细胞基因表达分析
Keywords
cancer-testis genes
gene expression program
single-cell gene expression analysis
分类号
R730.7 [医药卫生—肿瘤]
R318.04 [医药卫生—生物医学工程]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
癌睾丸基因的基因表达程序分析
侯宗良
杨琴
李少白
雷鸣
《上海交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2023
0
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