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单细胞基因组学分析的技术前沿
被引量：
6
1
作者
潘星华
朱海英
MARJANI Sadie L.
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第1期17-24,共8页
基因组学已经深刻地改变了生命科学的诸多领域的面貌。目前它的主要内容是新的全基因组碱基序列的测定和在全基因组范围内鉴定那些在不同水平上影响生命活动的基因群的功能和相互作用。为达此要求,近年出现的第二代测序(深度测序)技术...
基因组学已经深刻地改变了生命科学的诸多领域的面貌。目前它的主要内容是新的全基因组碱基序列的测定和在全基因组范围内鉴定那些在不同水平上影响生命活动的基因群的功能和相互作用。为达此要求,近年出现的第二代测序(深度测序)技术和基因芯片技术发挥了关键作用,但是两者都需要足够的高质量的核酸样品。所以,在只有或只能用单细胞或极少量细胞的情况下,如果没有特殊手段,上述分析往往不能常规、方便地进行。文章以DNA扩增为主线,综合阐述了目前在单细胞(特别是微生物)全基因组测序和大基因组的靶向重测序,以及对单细胞或微量细胞进行的基于深度测序或芯片杂交的功能基因组分析,如转录组、ChIP和DNA的CpG甲基化分析等的最新策略和技术,评价了单细胞基因组测序和功能基因组学各技术的特点并对发展前景进行了展望。
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关键词
单细胞基因组测序
第二代
测
序
技术
功能
基因组
学
转录组分析
染色质免疫共沉淀
CpG甲基化图谱
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职称材料
玻璃化冷冻牛GV卵母细胞全基因组甲基化模式初探
被引量：
1
2
作者
张培培
王晶晶
+8 位作者
郝海生
杜卫华
庞云渭
权国波
赵善江
邹惠影
郝彤
朱化彬
赵学明
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第5期1030-1039,共10页
旨在研究玻璃化冷冻对牛GV期卵母细胞全基因组甲基化的影响。本研究收集新鲜、玻璃化冷冻的牛GV卵母细胞,采用单细胞全基因组甲基化测序(ScWGBS)技术对新鲜、玻璃化法冷冻牛GV卵母细胞的全基因组甲基化水平进行检测,旨在揭示两者DNA甲...
旨在研究玻璃化冷冻对牛GV期卵母细胞全基因组甲基化的影响。本研究收集新鲜、玻璃化冷冻的牛GV卵母细胞,采用单细胞全基因组甲基化测序(ScWGBS)技术对新鲜、玻璃化法冷冻牛GV卵母细胞的全基因组甲基化水平进行检测,旨在揭示两者DNA甲基化模式的差异。结果表明,玻璃化冷冻不会对牛GV卵母细胞的全基因甲基化水平造成显著影响。基于基因本体(GO)和信号通路(KEGG)对140个差异甲基化区域(DMRs)进行分析,发现DMRs主要参与细胞发育、细胞骨架组织等功能,主要富集在PI3K-Akt信号通路、GnRH信号通路等,并筛选出与卵母细胞成熟(TSC2)、细胞骨架(NUDC)、细胞活力(MAFK)等相关的基因。上述结果,可为提高GV卵母细胞玻璃化冷冻效率奠定信息基础和研究方向。
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关键词
玻璃化冷冻
GV卵母
细胞
单细胞
全
基因组
甲基化
测
序
牛
DMR
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职称材料
题名
单细胞基因组学分析的技术前沿
被引量：
6
1
作者
潘星华
朱海英
MARJANI Sadie L.
机构
耶鲁大学医学院遗传系
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第1期17-24,共8页
基金
单细胞转录组和甲基化组分析,NIH项目(编号:1R21HD066457-01)资助
文摘
基因组学已经深刻地改变了生命科学的诸多领域的面貌。目前它的主要内容是新的全基因组碱基序列的测定和在全基因组范围内鉴定那些在不同水平上影响生命活动的基因群的功能和相互作用。为达此要求,近年出现的第二代测序(深度测序)技术和基因芯片技术发挥了关键作用,但是两者都需要足够的高质量的核酸样品。所以,在只有或只能用单细胞或极少量细胞的情况下,如果没有特殊手段,上述分析往往不能常规、方便地进行。文章以DNA扩增为主线,综合阐述了目前在单细胞(特别是微生物)全基因组测序和大基因组的靶向重测序,以及对单细胞或微量细胞进行的基于深度测序或芯片杂交的功能基因组分析,如转录组、ChIP和DNA的CpG甲基化分析等的最新策略和技术,评价了单细胞基因组测序和功能基因组学各技术的特点并对发展前景进行了展望。
关键词
单细胞基因组测序
第二代
测
序
技术
功能
基因组
学
转录组分析
染色质免疫共沉淀
CpG甲基化图谱
Keywords
single-cell sequencing
next generation sequencing
functional genomics
transcriptome profiling
chromatin immunoprecipitation
CpG methylation mapping
分类号
Q75 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
玻璃化冷冻牛GV卵母细胞全基因组甲基化模式初探
被引量：
1
2
作者
张培培
王晶晶
郝海生
杜卫华
庞云渭
权国波
赵善江
邹惠影
郝彤
朱化彬
赵学明
机构
中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
云南省畜牧兽医科学院
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第5期1030-1039,共10页
基金
国家自然基金面上项目(31972568
31472100)
+2 种基金
北京市自然基金(6202027)
中国农业科学院“科研英才培育工程”
中国农业科学院科技创新工程(ASTIP-IAS06)。
文摘
旨在研究玻璃化冷冻对牛GV期卵母细胞全基因组甲基化的影响。本研究收集新鲜、玻璃化冷冻的牛GV卵母细胞,采用单细胞全基因组甲基化测序(ScWGBS)技术对新鲜、玻璃化法冷冻牛GV卵母细胞的全基因组甲基化水平进行检测,旨在揭示两者DNA甲基化模式的差异。结果表明,玻璃化冷冻不会对牛GV卵母细胞的全基因甲基化水平造成显著影响。基于基因本体(GO)和信号通路(KEGG)对140个差异甲基化区域(DMRs)进行分析,发现DMRs主要参与细胞发育、细胞骨架组织等功能,主要富集在PI3K-Akt信号通路、GnRH信号通路等,并筛选出与卵母细胞成熟(TSC2)、细胞骨架(NUDC)、细胞活力(MAFK)等相关的基因。上述结果,可为提高GV卵母细胞玻璃化冷冻效率奠定信息基础和研究方向。
关键词
玻璃化冷冻
GV卵母
细胞
单细胞
全
基因组
甲基化
测
序
牛
DMR
Keywords
vitrification
GV oocytes
ScWGBS
bovine
DMR
分类号
S823.3 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
单细胞基因组学分析的技术前沿
潘星华
朱海英
MARJANI Sadie L.
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2011
6
在线阅读
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职称材料
2
玻璃化冷冻牛GV卵母细胞全基因组甲基化模式初探
张培培
王晶晶
郝海生
杜卫华
庞云渭
权国波
赵善江
邹惠影
郝彤
朱化彬
赵学明
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020
1
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职称材料
已选择
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引证文献
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