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应用16S rDNA序列探讨斑腿蝗科的单系性及其亚科的分类地位
被引量:
22
1
作者
刘殿锋
蒋国芳
+2 位作者
时号
孙正莉
霍光明
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2005年第5期759-769,共11页
本文测定了斑腿蝗科10亚科20种蝗虫和其他蝗科3种蝗虫的线粒体16SrDNA部分序列,并从GenBank中下载了15种蝗亚目昆虫的16SrRNA基因相应序列片段。比对后的序列长度是397bp,其中有196个变异位点,157个简约信息位点,A+T平均含量为71.7%,C+...
本文测定了斑腿蝗科10亚科20种蝗虫和其他蝗科3种蝗虫的线粒体16SrDNA部分序列,并从GenBank中下载了15种蝗亚目昆虫的16SrRNA基因相应序列片段。比对后的序列长度是397bp,其中有196个变异位点,157个简约信息位点,A+T平均含量为71.7%,C+G平均含量为28.3%。以序列差异比值为横坐标,以碱基转换数和颠换数为纵坐标作散点图,结果表明颠换多于转换,且随着差异程度的增加,转换明显出现了饱和。以蚱总科的日本蚱Tetrixjaponica和卡尖顶蚱Teredoruscarmichaeli作外群,用ME、等权MP、加权MP及贝叶斯法重建系统发生树。分子系统树表明,斑腿蝗科并非是一单系群,该科的切翅蝗亚科与稻蝗亚科也均不是一单系群;卵翅蝗、伪稻蝗和稻蝗三者有很近的亲缘关系;支持将黑蝗亚科和秃蝗亚科合为一个亚科——秃蝗亚科;现行的稻蝗亚科并非一单系群,而是一多系群。分子系统学研究结果和传统的基于形态特征的斑腿蝗科的分类体系有很大的不同。
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关键词
蝗亚目
斑腿蝗科
16S
RDNA
单系性
系统发生
分类地位
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职称材料
中国鮡科鱼类RAPD分析及鰋鮡鱼类单系性的初步研究
被引量:
12
2
作者
王伟
李默怡
何舜平
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2003年第1期92-94,共3页
关键词
中国
Zhao科鱼类
RAPD分析
YanZhao鱼类
单系性
分子进化
分子系统学
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职称材料
外群选择对隧蜂科(膜翅目:蜜蜂总科)系统重建的影响(英文)
被引量:
4
3
作者
罗阿蓉
张彦周
+3 位作者
乔慧捷
史卫峰
Robert W. MURPHY
朱朝东
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第2期192-201,共10页
外群用于给树附根和推断祖先性状状态。通常,来自内群的姐妹群中的多个分类单元被共同选择作为外群。为了在经验上验证这一方法,我们采用了3种外群选择策略:姐妹群中的单一分类单元,姐妹群中的多个分类单元和连续姐妹群中的多个分类单...
外群用于给树附根和推断祖先性状状态。通常,来自内群的姐妹群中的多个分类单元被共同选择作为外群。为了在经验上验证这一方法,我们采用了3种外群选择策略:姐妹群中的单一分类单元,姐妹群中的多个分类单元和连续姐妹群中的多个分类单元。以隧蜂科(膜翅目:蜜蜂总科)的系统发育重建为例,我们评估了这3种策略对树拓扑结构的影响,包括最大似然树、最大简约树和贝叶斯树。初步结果表明:相比其他两种策略,采用姐妹群中的多个分类单元作为外群更有利于系统发育重建得到现已被广泛认可的隧蜂科系统发育关系;相比最大似然法和贝叶斯法,虽然隧蜂科系统发育关系没有被很好地解决,但最大简约法在不同外群选择策略下得到了较为一致的拓扑结构。
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关键词
隧蜂科
非同源相似
单系性
外群
姐妹群
系统发育
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职称材料
鳃虱科(甲壳动物亚门,等足目)种间系统发育支序分析
4
作者
师二燕
张秀青
安建梅
《四川动物》
CSCD
北大核心
2014年第5期665-672,共8页
本文选择鳃虱科Bopyridae的47个形态学性状,利用PAUP软件,以支序分析方法对中国海域鳃虱科22属38种进行种间系统发育关系研究。支序分析结果较好地反映了鳃虱科内姐妹群的关系。根据分析结果,鳃虱科中较早分出的物种为假鳃虱亚科巨鳃虱...
本文选择鳃虱科Bopyridae的47个形态学性状,利用PAUP软件,以支序分析方法对中国海域鳃虱科22属38种进行种间系统发育关系研究。支序分析结果较好地反映了鳃虱科内姐妹群的关系。根据分析结果,鳃虱科中较早分出的物种为假鳃虱亚科巨鳃虱属中的日本巨鳃虱Gigantione ishigakiensis;较晚分化出来的物种是背腹虱亚科腹虱属的日本腹虱Athelges takanoshi mensis和假盖腹虱属的日本假盖腹虱Pseudostegias setoensis,种间姐妹群关系为:假鳃虱亚科中偏寄居蟹鳃虱属的球足偏寄居蟹鳃虱Asymmetrione globifera与仿偏寄居蟹鳃虱属的疣缘仿偏寄居蟹鳃虱Parasymmetrione tuberculineata为姐妹群,假鳃虱亚科扁蝼蛄虾鳃虱属中的卵圆扁蝼蛄虾鳃虱Gyge ovalis与福建扁蝼蛄虾鳃虱Gyge fujianensis为一对姐妹群,蟹鳃虱亚科指突鳃虱属中的霍氏指突鳃虱Dactylokepon halthuisi与蝼蛄虾鳃虱属的双突蝼蛄虾鳃虱Upogebione bidigitatus为一对姐妹群,多疣蟹鳃虱属的分节多疣蟹鳃虱Onkokepon articulatus与北部湾多疣蟹鳃虱O.beibuensis为一对姐妹群,异节蟹鳃虱属的单异节蟹鳃虱Allokepon monody与长尾异节蟹鳃虱A.longicauda为一对姐妹群。
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关键词
鳃虱科
系统发育
支序分析
姐妹群
单系性
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职称材料
长脚蟹科首个线粒体基因组测定及系统发育分析
被引量:
2
5
作者
孟磊
韦丽明
+3 位作者
龚理
韦信贤
童桂香
高阳
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期250-260,共11页
【目的】从线粒体基因组水平探究长脚蟹科(Goneplacidae)在短尾次目(Brachyura)中的进化地位,为更好地理解短尾次目分类及演化起源提供理论依据。【方法】以泥脚毛隆背蟹(Entricoplax vestita)为长脚蟹科代表种,测定分析其线粒体基因组...
【目的】从线粒体基因组水平探究长脚蟹科(Goneplacidae)在短尾次目(Brachyura)中的进化地位,为更好地理解短尾次目分类及演化起源提供理论依据。【方法】以泥脚毛隆背蟹(Entricoplax vestita)为长脚蟹科代表种,测定分析其线粒体基因组全序列特征,并从GenBank下载短尾次目科级阶元代表种的线粒体基因组全序列,然后基于13个蛋白编码基因串联序列,采用PhyloSuite同时构建短尾次目贝叶斯树(BI)和最大似然树(ML)。【结果】泥脚毛隆背蟹线粒体基因组全长为15716 bp,共编码37个基因,包括13个蛋白编码基因、22个tRNA基因和2个r RNA基因;基因组碱基组成为:A(占34.9%)、T(占37.7%)、G(占17.0%)和C(占10.5%),表现出明显的AT偏好性(占72.6%);AT偏倚和GC偏倚均为负值,分别为-0.039和-0.237。所有蛋白编码基因均以ATN为起始密码子;除COII、COIII和Cyt b基因以T为不完全终止密码子外,其余基因均以TAA或TAG终止;除tRNA-Ser1基因二级结构缺少DHU臂外,其他tRNA基因均能形成典型的三叶草结构;2个r RNA基因均由轻链编码,其中,12S rRNA长度为825 bp(位于tRNA-Val与控制区间),16S rRNA长度为1330 bp(位于t RNA-Leu1与tRNA-Val间)。基于13个蛋白编码基因核苷酸序列构建的短尾次目贝叶斯树(BI)和最大似然树(ML)均显示,长脚蟹科和团扇蟹科(Oziidae)的亲缘关系最近,二者互为姐妹支,再与武蟹科(Panopeidae)和扇蟹科(Xanthidae)聚在一起;蜘蛛蟹科(Majidae)和人面蟹科(Homolidae)为非单系群;馒头蟹总科(Calappoidea)、方蟹总科(Grapsoidea)和沙蟹总科(Ocypodoidea)的非单系性也得到有力支持。【结论】长脚蟹科线粒体基因组与短尾次目祖先型线粒体基因组共享同一基因排序,与十足目祖先型线粒体基因组相比仅tRNA-F-ND5-H基因排序突变成tRNA-H-F-ND5基因排序。长脚蟹科与团扇蟹科的亲缘关系最近,二者拥有最近的共同祖先,同时进一步佐证了蜘蛛蟹科、人面蟹科及馒头蟹总科、方蟹总科和沙蟹总科的非单系性。
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关键词
短尾次目
长脚蟹科
线粒体基因组
系统进化
非
单系性
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职称材料
题名
应用16S rDNA序列探讨斑腿蝗科的单系性及其亚科的分类地位
被引量:
22
1
作者
刘殿锋
蒋国芳
时号
孙正莉
霍光明
机构
南京师范大学生命科学学院
出处
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2005年第5期759-769,共11页
基金
国家自然科学基金资助项目(30160015)
文摘
本文测定了斑腿蝗科10亚科20种蝗虫和其他蝗科3种蝗虫的线粒体16SrDNA部分序列,并从GenBank中下载了15种蝗亚目昆虫的16SrRNA基因相应序列片段。比对后的序列长度是397bp,其中有196个变异位点,157个简约信息位点,A+T平均含量为71.7%,C+G平均含量为28.3%。以序列差异比值为横坐标,以碱基转换数和颠换数为纵坐标作散点图,结果表明颠换多于转换,且随着差异程度的增加,转换明显出现了饱和。以蚱总科的日本蚱Tetrixjaponica和卡尖顶蚱Teredoruscarmichaeli作外群,用ME、等权MP、加权MP及贝叶斯法重建系统发生树。分子系统树表明,斑腿蝗科并非是一单系群,该科的切翅蝗亚科与稻蝗亚科也均不是一单系群;卵翅蝗、伪稻蝗和稻蝗三者有很近的亲缘关系;支持将黑蝗亚科和秃蝗亚科合为一个亚科——秃蝗亚科;现行的稻蝗亚科并非一单系群,而是一多系群。分子系统学研究结果和传统的基于形态特征的斑腿蝗科的分类体系有很大的不同。
关键词
蝗亚目
斑腿蝗科
16S
RDNA
单系性
系统发生
分类地位
Keywords
Caelifera
Catantopidae
16S rDNA
monophyly
phylogeny
taxonomic status
分类号
Q969 [生物学—昆虫学]
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职称材料
题名
中国鮡科鱼类RAPD分析及鰋鮡鱼类单系性的初步研究
被引量:
12
2
作者
王伟
李默怡
何舜平
机构
中国科学院水生生物研究所
出处
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2003年第1期92-94,共3页
基金
国家自然科学重点基金课题 ( 39830 0 5 0 )资助
关键词
中国
Zhao科鱼类
RAPD分析
YanZhao鱼类
单系性
分子进化
分子系统学
Keywords
Sisoridae
Molecular evolution
RAPD analysis
Molecular systematics
分类号
Q959.4 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
外群选择对隧蜂科(膜翅目:蜜蜂总科)系统重建的影响(英文)
被引量:
4
3
作者
罗阿蓉
张彦周
乔慧捷
史卫峰
Robert W. MURPHY
朱朝东
机构
中国科学院动物研究所动物系统与进化重点实验室
中国科学院研究生院
UCD Conway Institute of Biomolecular and Biomedical Sciences
Department of Natural History
出处
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第2期192-201,共10页
基金
The Third Phase of the Innovation Program in the Chinese Academy of Sciences
Grants from the National Natural Science Foundation of China (Grant Nos.30670242 and 30500056)
the Major Program from the Natural Science Foundation,Beijing(6081002)
文摘
外群用于给树附根和推断祖先性状状态。通常,来自内群的姐妹群中的多个分类单元被共同选择作为外群。为了在经验上验证这一方法,我们采用了3种外群选择策略:姐妹群中的单一分类单元,姐妹群中的多个分类单元和连续姐妹群中的多个分类单元。以隧蜂科(膜翅目:蜜蜂总科)的系统发育重建为例,我们评估了这3种策略对树拓扑结构的影响,包括最大似然树、最大简约树和贝叶斯树。初步结果表明:相比其他两种策略,采用姐妹群中的多个分类单元作为外群更有利于系统发育重建得到现已被广泛认可的隧蜂科系统发育关系;相比最大似然法和贝叶斯法,虽然隧蜂科系统发育关系没有被很好地解决,但最大简约法在不同外群选择策略下得到了较为一致的拓扑结构。
关键词
隧蜂科
非同源相似
单系性
外群
姐妹群
系统发育
Keywords
Halictidae
homoplasy
monophyly
outgroup
sister group
phylogeny
分类号
Q969 [生物学—昆虫学]
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职称材料
题名
鳃虱科(甲壳动物亚门,等足目)种间系统发育支序分析
4
作者
师二燕
张秀青
安建梅
机构
山西师范大学生命科学学院
出处
《四川动物》
CSCD
北大核心
2014年第5期665-672,共8页
基金
国家自然科学青年基金项目(No.31101614)资助
文摘
本文选择鳃虱科Bopyridae的47个形态学性状,利用PAUP软件,以支序分析方法对中国海域鳃虱科22属38种进行种间系统发育关系研究。支序分析结果较好地反映了鳃虱科内姐妹群的关系。根据分析结果,鳃虱科中较早分出的物种为假鳃虱亚科巨鳃虱属中的日本巨鳃虱Gigantione ishigakiensis;较晚分化出来的物种是背腹虱亚科腹虱属的日本腹虱Athelges takanoshi mensis和假盖腹虱属的日本假盖腹虱Pseudostegias setoensis,种间姐妹群关系为:假鳃虱亚科中偏寄居蟹鳃虱属的球足偏寄居蟹鳃虱Asymmetrione globifera与仿偏寄居蟹鳃虱属的疣缘仿偏寄居蟹鳃虱Parasymmetrione tuberculineata为姐妹群,假鳃虱亚科扁蝼蛄虾鳃虱属中的卵圆扁蝼蛄虾鳃虱Gyge ovalis与福建扁蝼蛄虾鳃虱Gyge fujianensis为一对姐妹群,蟹鳃虱亚科指突鳃虱属中的霍氏指突鳃虱Dactylokepon halthuisi与蝼蛄虾鳃虱属的双突蝼蛄虾鳃虱Upogebione bidigitatus为一对姐妹群,多疣蟹鳃虱属的分节多疣蟹鳃虱Onkokepon articulatus与北部湾多疣蟹鳃虱O.beibuensis为一对姐妹群,异节蟹鳃虱属的单异节蟹鳃虱Allokepon monody与长尾异节蟹鳃虱A.longicauda为一对姐妹群。
关键词
鳃虱科
系统发育
支序分析
姐妹群
单系性
Keywords
Bopyridae
cladistic analysis
phylogeny
sister group
monophyly
分类号
Q959.223.56 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
长脚蟹科首个线粒体基因组测定及系统发育分析
被引量:
2
5
作者
孟磊
韦丽明
龚理
韦信贤
童桂香
高阳
机构
浙江海洋大学水产学院/水产动物遗传与发育实验室
浙江海洋大学海洋科学与技术学院/海洋生物种质发掘与利用国家地方联合实验室
广西水产科学研究院/广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室
出处
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期250-260,共11页
基金
浙江省自然科学基金项目(Y21C190023)
浙江省高校基本科研业务费专项(2021JZ003)。
文摘
【目的】从线粒体基因组水平探究长脚蟹科(Goneplacidae)在短尾次目(Brachyura)中的进化地位,为更好地理解短尾次目分类及演化起源提供理论依据。【方法】以泥脚毛隆背蟹(Entricoplax vestita)为长脚蟹科代表种,测定分析其线粒体基因组全序列特征,并从GenBank下载短尾次目科级阶元代表种的线粒体基因组全序列,然后基于13个蛋白编码基因串联序列,采用PhyloSuite同时构建短尾次目贝叶斯树(BI)和最大似然树(ML)。【结果】泥脚毛隆背蟹线粒体基因组全长为15716 bp,共编码37个基因,包括13个蛋白编码基因、22个tRNA基因和2个r RNA基因;基因组碱基组成为:A(占34.9%)、T(占37.7%)、G(占17.0%)和C(占10.5%),表现出明显的AT偏好性(占72.6%);AT偏倚和GC偏倚均为负值,分别为-0.039和-0.237。所有蛋白编码基因均以ATN为起始密码子;除COII、COIII和Cyt b基因以T为不完全终止密码子外,其余基因均以TAA或TAG终止;除tRNA-Ser1基因二级结构缺少DHU臂外,其他tRNA基因均能形成典型的三叶草结构;2个r RNA基因均由轻链编码,其中,12S rRNA长度为825 bp(位于tRNA-Val与控制区间),16S rRNA长度为1330 bp(位于t RNA-Leu1与tRNA-Val间)。基于13个蛋白编码基因核苷酸序列构建的短尾次目贝叶斯树(BI)和最大似然树(ML)均显示,长脚蟹科和团扇蟹科(Oziidae)的亲缘关系最近,二者互为姐妹支,再与武蟹科(Panopeidae)和扇蟹科(Xanthidae)聚在一起;蜘蛛蟹科(Majidae)和人面蟹科(Homolidae)为非单系群;馒头蟹总科(Calappoidea)、方蟹总科(Grapsoidea)和沙蟹总科(Ocypodoidea)的非单系性也得到有力支持。【结论】长脚蟹科线粒体基因组与短尾次目祖先型线粒体基因组共享同一基因排序,与十足目祖先型线粒体基因组相比仅tRNA-F-ND5-H基因排序突变成tRNA-H-F-ND5基因排序。长脚蟹科与团扇蟹科的亲缘关系最近,二者拥有最近的共同祖先,同时进一步佐证了蜘蛛蟹科、人面蟹科及馒头蟹总科、方蟹总科和沙蟹总科的非单系性。
关键词
短尾次目
长脚蟹科
线粒体基因组
系统进化
非
单系性
Keywords
Brachyura
Goneplacidae
mitochondial genome
phylogenetic analysis
non-monophyletic feature
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
应用16S rDNA序列探讨斑腿蝗科的单系性及其亚科的分类地位
刘殿锋
蒋国芳
时号
孙正莉
霍光明
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2005
22
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职称材料
2
中国鮡科鱼类RAPD分析及鰋鮡鱼类单系性的初步研究
王伟
李默怡
何舜平
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2003
12
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职称材料
3
外群选择对隧蜂科(膜翅目:蜜蜂总科)系统重建的影响(英文)
罗阿蓉
张彦周
乔慧捷
史卫峰
Robert W. MURPHY
朱朝东
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010
4
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职称材料
4
鳃虱科(甲壳动物亚门,等足目)种间系统发育支序分析
师二燕
张秀青
安建梅
《四川动物》
CSCD
北大核心
2014
0
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职称材料
5
长脚蟹科首个线粒体基因组测定及系统发育分析
孟磊
韦丽明
龚理
韦信贤
童桂香
高阳
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
2
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