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茶树EST-SNP分布特征及标记开发
被引量：
10
1
作者
王丽鸳
张成才
+1 位作者
成浩
韦康
《茶叶科学》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第4期369-376,共8页
对NCBI网上公开的12757条茶树ESTs序列进行聚类,成功构建了茶树的独立基因(Unigene)数据库,发现茶树的EST序列冗余率约为68.2%。初步建立了茶树EST-SNP标记开发体系,明确了茶树EST中SNP的分布规律,茶树编码区的SNP发生频率约为0.58%,平...
对NCBI网上公开的12757条茶树ESTs序列进行聚类,成功构建了茶树的独立基因(Unigene)数据库,发现茶树的EST序列冗余率约为68.2%。初步建立了茶树EST-SNP标记开发体系,明确了茶树EST中SNP的分布规律,茶树编码区的SNP发生频率约为0.58%,平均200bp就有1个SNP位点,并进一步推算出茶树基因组DNA序列的杂合率约为0.38%,平均300个碱基就可能出现1个杂合位点。从237个多基因聚类簇中发现了818个SNP候选位点,设计了25对SNP引物进行DNA重测序验证,发现EST-SNP候选位点的多态检出率为75%。
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关键词
茶树
表达
序列
标签
单核苷酸序列多态性
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职称材料
三酶焦测序体系的建立及其在唐氏综合征快速诊断中的应用
被引量：
5
2
作者
刘夕群
朱术会
+2 位作者
邹秉杰
马寅姣
周国华
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第5期517-523,共7页
为了避免四酶焦测序体系中由于三磷酸腺苷双磷酸酶(apyrase)造成的测序结果偏差,文章建立了一种定量性能好的无三磷酸腺苷双磷酸酶的三酶焦测序体系。方法是将生物素修饰的DNA模板、荧光素酶和ATP硫酸化酶固定在磁性微球表面进行焦测序...
为了避免四酶焦测序体系中由于三磷酸腺苷双磷酸酶(apyrase)造成的测序结果偏差,文章建立了一种定量性能好的无三磷酸腺苷双磷酸酶的三酶焦测序体系。方法是将生物素修饰的DNA模板、荧光素酶和ATP硫酸化酶固定在磁性微球表面进行焦测序反应,当加入一种dNTP进行焦测序反应完后,采用磁性分离技术,除去焦测序反应产生的ATP和剩余的dNTP,然后加入另一种dNTP进行测序,按同样的方法去除影响下一轮测序反应的成分,实现循环测序。此体系能准确判读待测DNA的碱基序列,且可定量测定单核苷酸序列多态性(SNP)中两种等位基因型的相对比值。文章成功检测了16例正常人和8例唐氏综合征患者样本中21号染色体上两个杂合率较高位点(rs1042917和rs4818219)的等位基因型比值,所得结果能够明确说明待测样本中来自于父方和母方的21号染色体数目是否相等。该法具有良好的定量性能,适合于SNP等位基因型的定量分析,可以用于唐氏综合征的快速检测。
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关键词
腺苷双磷酸酶
三酶焦测序体系
唐氏综合征
单核苷酸序列多态性
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职称材料
题名
茶树EST-SNP分布特征及标记开发
被引量：
10
1
作者
王丽鸳
张成才
成浩
韦康
机构
中国农业科学院茶叶研究所
出处
《茶叶科学》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第4期369-376,共8页
基金
现代农业产业技术体系建设专项资金(No.nycytx-23)
浙江省自然科学基金(X307603)
浙江省茶产业技术创新战略联盟专项资金
文摘
对NCBI网上公开的12757条茶树ESTs序列进行聚类,成功构建了茶树的独立基因(Unigene)数据库,发现茶树的EST序列冗余率约为68.2%。初步建立了茶树EST-SNP标记开发体系,明确了茶树EST中SNP的分布规律,茶树编码区的SNP发生频率约为0.58%,平均200bp就有1个SNP位点,并进一步推算出茶树基因组DNA序列的杂合率约为0.38%,平均300个碱基就可能出现1个杂合位点。从237个多基因聚类簇中发现了818个SNP候选位点,设计了25对SNP引物进行DNA重测序验证,发现EST-SNP候选位点的多态检出率为75%。
关键词
茶树
表达
序列
标签
单核苷酸序列多态性
Keywords
tea plant
Camellia sinensis
EST
SNP
分类号
S571.1 [农业科学—茶叶生产加工]
Q52 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
三酶焦测序体系的建立及其在唐氏综合征快速诊断中的应用
被引量：
5
2
作者
刘夕群
朱术会
邹秉杰
马寅姣
周国华
机构
南京医科大学基础医学院
华东医学生物技术研究所
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第5期517-523,共7页
基金
国家人事部留学人员科技活动项目择优资助项目(编号:人社厅发[2008]86号)资助
文摘
为了避免四酶焦测序体系中由于三磷酸腺苷双磷酸酶(apyrase)造成的测序结果偏差,文章建立了一种定量性能好的无三磷酸腺苷双磷酸酶的三酶焦测序体系。方法是将生物素修饰的DNA模板、荧光素酶和ATP硫酸化酶固定在磁性微球表面进行焦测序反应,当加入一种dNTP进行焦测序反应完后,采用磁性分离技术,除去焦测序反应产生的ATP和剩余的dNTP,然后加入另一种dNTP进行测序,按同样的方法去除影响下一轮测序反应的成分,实现循环测序。此体系能准确判读待测DNA的碱基序列,且可定量测定单核苷酸序列多态性(SNP)中两种等位基因型的相对比值。文章成功检测了16例正常人和8例唐氏综合征患者样本中21号染色体上两个杂合率较高位点(rs1042917和rs4818219)的等位基因型比值,所得结果能够明确说明待测样本中来自于父方和母方的21号染色体数目是否相等。该法具有良好的定量性能,适合于SNP等位基因型的定量分析,可以用于唐氏综合征的快速检测。
关键词
腺苷双磷酸酶
三酶焦测序体系
唐氏综合征
单核苷酸序列多态性
Keywords
apyrase
3-enzyme pyrosequencing method
Down＇s syndrome
SNP（single nucleotide polymorphism）
分类号
R450 [医药卫生—治疗学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
茶树EST-SNP分布特征及标记开发
王丽鸳
张成才
成浩
韦康
《茶叶科学》
CAS
CSCD
北大核心
2012
10
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
三酶焦测序体系的建立及其在唐氏综合征快速诊断中的应用
刘夕群
朱术会
邹秉杰
马寅姣
周国华
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2010
5
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职称材料
已选择
0
条
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参考文献
引证文献
统计分析
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