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杨树热激转录因子HsfA1d的克隆、表达及单核苷酸多态性分析 被引量:1
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作者 赵杏 郭琦 +2 位作者 陈清清 李百炼 张德强 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第7期82-90,共9页
利用RT-PCR方法,首次由小叶杨受热激胁迫后构建的cDNA文库中扩增获得一热激转录因子HsfA1d cDNA克隆,测序结果表明克隆的PsHsfA1d cDNA片段总长为2036bp,基因内部含有完整的开放阅读框架,大小为1449bp,可编码长度为482个氨基酸残基的蛋... 利用RT-PCR方法,首次由小叶杨受热激胁迫后构建的cDNA文库中扩增获得一热激转录因子HsfA1d cDNA克隆,测序结果表明克隆的PsHsfA1d cDNA片段总长为2036bp,基因内部含有完整的开放阅读框架,大小为1449bp,可编码长度为482个氨基酸残基的蛋白质,所推导的蛋白质氨基酸序列在HSF DBD结构功能域与拟南芥AtHsfA1d和水稻OsHsfA1蛋白的相似性分别为86.3%和87.4%。组织特异性Realtime-PCR结果显示,PsHsfA1d主要在杨树叶片和根部组织中高丰度表达。非生物胁迫、激素及糖诱导表达表明,PsHsfA1d不仅受高温、干旱与盐诱导表达,还受到激素中GA_3与ABA,及葡萄糖与蔗糖信号的上调表达。组合利用MEGA4.0和DnaSP4.50.7软件对小叶杨36株基因型个体的PsHsfA1d序列进行比对和分析,共检测到207个单核苷酸多态性(SNP)位点,SNP频率为1/16bp,多样性指数π为0.00772。在编码区域,共检测到69个SNP位点,其中37个为同义突变,31个为错义突变,1个为无义突变;非同义突变与同义突变的比率0.132<1,推测在小叶杨物种演化过程中,纯化选择是该基因内同义SNP位点主要的进化驱动力。 展开更多
关键词 小叶杨 HsfAld基因 热胁迫 诱导表达 单核苷酸多样性
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类风湿关节炎与男性生殖器癌发病风险的关联性:孟德尔随机化分析
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作者 王盛越 孙自学 《山西医科大学学报》 2025年第2期121-126,共6页
目的 基于孟德尔随机化的研究方法探究类风湿关节炎与男性生殖器癌的关联性。方法 根据全基因组关联研究(GWAS)中单核苷酸多样性(SNP)的相关数据,基于孟德尔随机化的基本假设,以逆方差加权法(IVW)为主要分析方法以探寻类风湿关节炎与男... 目的 基于孟德尔随机化的研究方法探究类风湿关节炎与男性生殖器癌的关联性。方法 根据全基因组关联研究(GWAS)中单核苷酸多样性(SNP)的相关数据,基于孟德尔随机化的基本假设,以逆方差加权法(IVW)为主要分析方法以探寻类风湿关节炎与男性生殖器癌的因果关系,使用简单模型法、加权中位数法、加权模型法、MR-Egger回归法为补充。使用Cochran′s Q检验、MR-Egger回归截距法和留一法进行敏感性分析。结果 类风湿关节炎与男性生殖器癌发病有因果关系,IVW法显示,类风湿关节炎与男性生殖器癌发病风险呈正相关(ID:ebi-a-GCST90018910,OR=1.001,95%CI:1.001~1.002,P<0.05;ID:ebi-a-GCST90038685,OR=1.221,95%CI:1.030~1.446,P<0.05)。敏感性分析未发现异质性和水平多效性,留一法检验提示结果稳定。结论 类风湿关节炎可以使男性生殖器癌发病风险增加。 展开更多
关键词 类风湿关节炎 阴茎癌 睾丸癌 孟德尔随机化 单核苷酸多样性 炎症因子 因果关系
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肠道菌群与帕金森病之间因果关系的孟德尔随机化分析
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作者 毛明宇 向俊 黄宁静 《中国医药导报》 CAS 2024年第32期22-34,共13页
目的利用两样本孟德尔随机化分析肠道菌群与帕金森病的因果关系。方法从全基因组关联研究数据库中分别获取肠道菌群及帕金森病的单核苷酸多态性(SNP)位点数据,肠道菌群作为暴露因素,与其强相关的SNP位点作为工具变量,帕金森病作为结局... 目的利用两样本孟德尔随机化分析肠道菌群与帕金森病的因果关系。方法从全基因组关联研究数据库中分别获取肠道菌群及帕金森病的单核苷酸多态性(SNP)位点数据,肠道菌群作为暴露因素,与其强相关的SNP位点作为工具变量,帕金森病作为结局变量。采用逆方差加权法、MR-Egger法、加权中位数法进行孟德尔随机化分析;采用留一法、MR-Egger截距法、Cochran’s Q检验进行敏感性分析。结果5个菌门中的29种肠道菌群与帕金森病起病相关。疣微菌门中Verrucomicrobia、Verrucomicrobiae、Verrucomicrobiales、Verrucomicrobiaceae、Akkermansia、Akkermansia_muciniphila,厚壁菌门中Butyrivibrio、Butyrivibrio_crossotus、Ruminococcaceae_noname、Phascolarctobacterium,拟杆菌门中Bacteroidales_bacterium_ph8、Parabacteroides_goldsteinii,变形菌门中Escherichia_coli,黏胶球形菌门是帕金森病的保护因素;厚壁菌门中Lachnospiraceae UCG010、Ruminococcaceae_bacterium_D16、Ruminococcaceae UCG002、Clostridium sensustricto 1、Eubacterium hallii group、Negativicutes、Bacillales、Seleno-monadales,拟杆菌门中Bacteroides_plebeius,变形菌门中Parasutterella、Parasutterella_excrementihominis、Oxalo-bacteraceae是帕金森病的危险因素。敏感性分析结果显示,去除任何一个SNP均不会对结果产生影响,所有被选择的SNPs之间并不存在异质性,未发现水平多效性。结论多种肠道菌群与帕金森病间具有一定因果关系,本研究为帕金森病的诊断及治疗提供了方向。 展开更多
关键词 帕金森病 肠道菌群 孟德尔随机化 单核苷酸多样性
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基因芯片+区块链的高端茶叶可追溯平台 被引量:1
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作者 傅虹凯 《食品安全导刊》 2023年第10期140-143,共4页
茶叶市场监管力度低,溯源保真难,导致市场茶叶品质参差不齐。传统的溯源体系在茶叶生产的全过程中,很难避免溯源信息篡改、真假茶叶替换、防伪签套用、转卖等造假问题。针对这些问题,团队设计集生物技术与区块链技术相结合的溯源方式,... 茶叶市场监管力度低,溯源保真难,导致市场茶叶品质参差不齐。传统的溯源体系在茶叶生产的全过程中,很难避免溯源信息篡改、真假茶叶替换、防伪签套用、转卖等造假问题。针对这些问题,团队设计集生物技术与区块链技术相结合的溯源方式,在茶叶生产的各个过程中对茶叶进行基因抽样检测,再将检测信息上传至区块链,保证信息无误。采用的基因芯片技术和区块链技术,从基因层面确保茶叶的高品质,从技术层面确保了溯源信息的真实性,切实保障消费者对茶叶相关过程信息的知情权。 展开更多
关键词 溯源体系 基因芯片 单核苷酸多样性位点 区块链
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