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利用生物信息学方法进行基于表达序列标签的玉米单核苷酸多态性标记的开发 被引量：7
1
作者 吴玲 付凤玲 +1 位作者 李晚忱 刘海岚 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期968-972,1019,共6页
针对简单重复序列(SSR)标记密度不足、单核苷酸多态性(SNP)标记开发一般只基于2种基因型的序列差异,用以检测其他基因型的材料时多态性不高,不能满足玉米基因精细定位需要的现状,本研究从公共数据库下载来自不同遗传背景的玉米表达序列... 针对简单重复序列(SSR)标记密度不足、单核苷酸多态性(SNP)标记开发一般只基于2种基因型的序列差异,用以检测其他基因型的材料时多态性不高,不能满足玉米基因精细定位需要的现状,本研究从公共数据库下载来自不同遗传背景的玉米表达序列标签(EST),结合运用各种生物信息学软件,开发基于EST序列的高多态性SNP标记。通过对2018530条EST序列的比对分析,拼接发掘出遍布全基因组的80363个SNP位点。在SNP位点两侧保守序列上设计PCR引物,开发出12388个SNP标记(www.sicau.edu.cn/web/yms/snp/snp.html),包含34721个SNP位点。其中,6008个标记只含单一SNP位点,12762个位点的多态性信息含量(PIC)大于0.4,具有高度多态性。 展开更多
关键词 表达序列标签 玉米 单核苷酸多态性标记
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多倍体植物中单核苷酸多态性(SNPs)的开发 被引量：6
2
作者 贺道华 邢宏宜 +3 位作者 赵俊兴 赵艳宁 齐程 王艳婷 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期485-492,共8页
单核苷酸多态性(SNP)是指在基因组水平上由单核苷酸的变异所引起的一种DNA序列多态性.在人、拟南芥、水稻等二倍体生物中,已经开发出大量的SNP标记并被用于群体结构分析、关联作图等研究,而在棉花、油菜、小麦等多倍体植物中,SNP的开发... 单核苷酸多态性(SNP)是指在基因组水平上由单核苷酸的变异所引起的一种DNA序列多态性.在人、拟南芥、水稻等二倍体生物中,已经开发出大量的SNP标记并被用于群体结构分析、关联作图等研究,而在棉花、油菜、小麦等多倍体植物中,SNP的开发与应用却进展迟缓.为促进多倍体植物中SNP的开发,本文对多倍体植物中SNP标记开发所遇到的难题进行了阐述,并对多倍体中SNP标记开发方法进行了梳理,包括位点特异性引物的PCR片段直接测序,利用多倍体的近缘二倍体区分SNPs和部分同源序列间的差异(homoeologous sequence variants,HSVs),利用2代测序技术大规模发掘SNPs,基于公共数据库的序列通过生物信息学分析获取候选SNPs,通过遗传(分离)模式的研究验证SNPs等.利用上述方法可实现多倍体植物中SNP标记的大规模开发. 展开更多
关键词 多倍体 单核苷酸多态性 标记开发 部分同源性
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单核苷酸多态性(SNP)分子标记在小麦遗传育种中的研究进展 被引量：14
3
作者 吴澎 刘娟 田纪春 《农学学报》 2019年第1期54-58,共5页
为了了解单核苷酸多态性(SNP)标记在小麦遗传育种中的研究进展并为下一步在面粉制品中的应用奠定基础,本研究归纳了SNP分子标记所具有的特点以及应用比较普遍的检测方法,包括DNA构象法、高分辨溶解曲线法及直接测序法等检测方法;总结了... 为了了解单核苷酸多态性(SNP)标记在小麦遗传育种中的研究进展并为下一步在面粉制品中的应用奠定基础,本研究归纳了SNP分子标记所具有的特点以及应用比较普遍的检测方法,包括DNA构象法、高分辨溶解曲线法及直接测序法等检测方法;总结了近几年SNP标记在小麦遗传图谱的构建、作物育种、全基因组关联分析、遗传多样性和物种进化等方面的研究进展;最后提出可开发不同作物的高通量SNP芯片使SNP的研究向高通量化、全基因组发展,以及培育具有良好面制品感官特性的小麦新品种。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性标记 遗传图谱 全基因组关联分析 作物育种 小麦
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单核苷酸多态性及其在油菜分子标记辅助育种中的应用 被引量：5
4
作者 任蔷 胥婷 +2 位作者 刘列钊 李加纳 李关荣 《生物技术通报》 CAS CSCD 2007年第1期37-41,49,共6页
油菜是一种重要的油料作物,油菜的基因组功能研究已引起了各国政府和科研工作者的高度重视。SNP是目前为止分布最广泛,存在数量最多且标记密度最高的一种遗传多态性标记。对油菜等作物的基因组功能研究提供了丰富的信息资源。综述了近... 油菜是一种重要的油料作物,油菜的基因组功能研究已引起了各国政府和科研工作者的高度重视。SNP是目前为止分布最广泛,存在数量最多且标记密度最高的一种遗传多态性标记。对油菜等作物的基因组功能研究提供了丰富的信息资源。综述了近来单核苷酸多态性的研究进展以及其在油菜的分子标记辅助品质育种中的可能用途。 展开更多
关键词 油菜 单核苷酸多态性 分子标记辅助品质育种 基因组学 突变
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单核苷酸多态性作为新一代分子标记的优越性 被引量：9
5
作者 王淑新 连林生 《中国畜牧兽医》 CAS 2008年第4期31-33,共3页
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是可遗传的变异中最常见的一种,占所有已知多态性的90%以上,为数众多且分布广泛,遗传稳定,现已成为新一代的分子标记,其相关研究方兴未艾。遂作者将SNP的优越性做了一个多方面的阐述... 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是可遗传的变异中最常见的一种,占所有已知多态性的90%以上,为数众多且分布广泛,遗传稳定,现已成为新一代的分子标记,其相关研究方兴未艾。遂作者将SNP的优越性做了一个多方面的阐述,以期对SNP的认识及以后的深入研究有所帮助。 展开更多
关键词 分子标记 单核苷酸多态性 优越性
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单核苷酸多态性作为新一代分子标记的优越性 被引量：2
6
作者 王淑新 连林生 《中国牛业科学》 2008年第2期40-43,共4页
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是可遗传的变异中最常见的一种,占所有已知多态性的90%以上,为数众多且分布广泛,遗传稳定,现已成为新一代的分子标记,其相关研究方兴未艾。遂本文将SNP的优越性做了一个多方面的阐述... 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是可遗传的变异中最常见的一种,占所有已知多态性的90%以上,为数众多且分布广泛,遗传稳定,现已成为新一代的分子标记,其相关研究方兴未艾。遂本文将SNP的优越性做了一个多方面的阐述,以期对SNP的认识及以后的深入研究有所帮助。 展开更多
关键词 分子标记 单核苷酸多态性 优越性
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‘永泰’杨梅亲本鉴定及其单核苷酸多态性遗传变异分析 被引量：3
7
作者 陈方永 胡丹 +2 位作者 颜帮国 倪海枝 王引 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期708-717,共10页
采用基因组重测序和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)系统进化树构建等方法,研究‘永泰’和9个相关品种的亲缘关系,并开发了4025个SNP核心标记用于遗传和育种研究。根据SNP位点的变异性计算遗传相似系数(genetic sim... 采用基因组重测序和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)系统进化树构建等方法,研究‘永泰’和9个相关品种的亲缘关系,并开发了4025个SNP核心标记用于遗传和育种研究。根据SNP位点的变异性计算遗传相似系数(genetic similarity,GS),得出‘永泰’与亲本‘硬丝’的GS为0.99783。系统进化树构建结果表明,10个品种分为2组,其中:‘黑晶’‘东岙早梅’‘乌紫’‘荸荠’‘木叶’5个品种聚为一组;‘早大梅’‘早佳’‘软丝’‘永泰’‘硬丝’5个品种聚为一组,且‘硬丝’与变异品种‘永泰’聚为一小支。同时,‘永泰’在叶片大小、叶缘、叶脉等形态学性状和果实口感上与亲本存在显著差异。通过‘永泰’与参考基因组对比注释,共得到4660个单核苷酸变异位点。根据研究结果推断,‘永泰’叶片和果实产生显著形态变异的原因可能是SNP位点产生了转换和颠换以及核苷酸序列发生了突变。由此可见,‘永泰’既有亲本‘硬丝’的基本特征,也有与其形态学和果实口感上存在的典型差异。 展开更多
关键词 杨梅 亲缘关系 单核苷酸多态性标记开发 变异
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馒头质构性状与单核苷酸多态性标记关联分析
8
作者 刘娟 陈广凤 +5 位作者 田纪春 吴澎 赵子彤 杨艺 李向阳 唐晓珍 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期269-276,共8页
质构是影响馒头品质的一个重要因素,研究馒头质构相关性状的基因位点对改良其品质具有指导意义。以205份小麦品种为实验材料,利用分布于小麦21条染色体的24 355个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记对其制成的馒... 质构是影响馒头品质的一个重要因素,研究馒头质构相关性状的基因位点对改良其品质具有指导意义。以205份小麦品种为实验材料,利用分布于小麦21条染色体的24 355个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记对其制成的馒头质构性状进行全基因组关联分析。共检测到与馒头质构性状显著关联的位点313个。其中,31个极显著(p<0.000 1)关联位点,11个位点至少在两个环境中表达,46个高遗传贡献率位点(R^2>10%),分布在小麦21条染色体中的15条。同时,还得到5个主效关联位点,如控制黏着性的极显著位点Kukri_c13329_800,在两个环境中表达且遗传贡献率>10%。得到的控制馒头质构相关性状的位点为在分子水平上研究馒头品质相关性状提供了一定参考。 展开更多
关键词 小麦 馒头质构 全基因组关联分析 单核苷酸多态性标记
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棉花单核苷酸多态性标记研究进展 被引量：6
9
作者 王振玉 李威 +11 位作者 周晓箭 裴小雨 刘艳改 周克海 张文生 孟清芹 王海风 葛勇 李莹 刘俊芳 马雄风 杨代刚 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2016年第4期399-406,共8页
单核苷酸多态性标记已在农作物研究中得到广泛应用并取得重大进展。为了便利棉花SNP(Single nucleotide polymorphism)标记的研究和应用,介绍了利用基因芯片、简化基因组测序、重测序等在棉花中开发SNP标记的方法 ,综述了SNP标记在棉花... 单核苷酸多态性标记已在农作物研究中得到广泛应用并取得重大进展。为了便利棉花SNP(Single nucleotide polymorphism)标记的研究和应用,介绍了利用基因芯片、简化基因组测序、重测序等在棉花中开发SNP标记的方法 ,综述了SNP标记在棉花遗传图谱构建、数量位点的定位和分子标记辅助育种、基因组测序以及系统进化等研究中的应用。并对异源四倍体棉花中SNP标记开发时,同源序列位点和部分同源序列位点上的SNP标记辨别问题进行了系统探讨,对其快捷的开发、检测方式和在数量基因定位中的应用前景进行了展望。 展开更多
关键词 棉花 分子标记 单核苷酸多态性 表达序列标签 基因组测序 遗传图谱 进展
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燕麦全基因组SSR位点鉴定及多态性标记开发 被引量：1
10
作者 陈凯凌 武涛 +4 位作者 徐逸群 高佳 张美俊 李欣 贾举庆 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期120-129,共10页
【目的】了解燕麦基因组SSR位点分布情况并开发燕麦全基因组SSR标记,为燕麦皮裸基因克隆、遗传图谱构建、群体多样性分析等提供科学的参考依据。【方法】利用已公布的“三分三”裸燕麦参考基因组,通过TBtools软件对燕麦全基因组的SSR位... 【目的】了解燕麦基因组SSR位点分布情况并开发燕麦全基因组SSR标记,为燕麦皮裸基因克隆、遗传图谱构建、群体多样性分析等提供科学的参考依据。【方法】利用已公布的“三分三”裸燕麦参考基因组,通过TBtools软件对燕麦全基因组的SSR位点进行检索并利用EXCEL和SPSS软件对检索数据分析其分布特征。根据检索结果设计引物,在构建的F_(2)遗传群体中小规模进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳验证,并克隆测序其有效性与真实性。【结果】在燕麦基因组中,SSR数量众多,类型丰富。全基因组共检索到828138个SSR位点,SSR平均密度为78.16个/Mb,平均距离为12.90 kb。单、双、三核苷酸重复类型占主导优势。基元重复次数主要集中在5次和6次,A/T、AG/CT和AAC/GTT重复基元为优势基元。燕麦基因组SSR位点呈现中度多态性,长度变化范围为11-1587 bp。并由此开发设计52对多态性引物在试验材料中进行扩增验证,在构建的遗传群体中均具有多态性。【结论】在“三分三”裸燕麦参考基因组中开发SSR引物有效可行,可以用于后续进一步试验研究。 展开更多
关键词 燕麦 皮裸 SSR标记 引物开发 多态性
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单核苷酸多态性的研究进展 被引量：53
11
作者 杜玮南 孙红霞 方福德 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第4期392-394,共3页
单核苷酸多态性 (SNP)是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的一种 DNA序列多态性。SNP现象在人类基因组中广泛存在 ,并具有很高的信息含量。目前已发现数万个 SNP标记 ,且有多个生物医学网站开辟了专页对其加以介绍。随着对 SN... 单核苷酸多态性 (SNP)是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的一种 DNA序列多态性。SNP现象在人类基因组中广泛存在 ,并具有很高的信息含量。目前已发现数万个 SNP标记 ,且有多个生物医学网站开辟了专页对其加以介绍。随着对 SNP检测和分析技术的进一步发展 ,尤其是与 DNA芯片等技术的结合 ,它已成为第三代遗传标记 ,初步满足对疾病相关基因定位研究的需要 ,尤其是对多基因遗传病高精度基因定位的要求 ,并将最终取代目前最常用的微卫星标记技术进入基因应用研究的领域。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 遗传标记 基因研究 DNA芯片
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单核苷酸多态性在作物遗传及改良中的应用 被引量：16
12
作者 杜春芳 刘惠民 +2 位作者 李润植 李朋波 任志强 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期735-739,共5页
单核苷酸多态性 (singlenucleotidepolymorphism ,SNP)是等位基因间序列差异最为普遍的类型 ,可作为一种高通量的遗传标记。已建立了PCR扩增目标序列及其产物测序和电子SNP(eSNP)等多种发现和检测SNP的方法。玉米和大豆等作物也已开展了... 单核苷酸多态性 (singlenucleotidepolymorphism ,SNP)是等位基因间序列差异最为普遍的类型 ,可作为一种高通量的遗传标记。已建立了PCR扩增目标序列及其产物测序和电子SNP(eSNP)等多种发现和检测SNP的方法。玉米和大豆等作物也已开展了SNP分析。一些栽培作物种质的多样性不断减少 ,其结果使连锁不平衡 (linkagedise quilibrium ,LD)增加 ,这有利于目的基因座上SNP单元型 (haplotype)与表型的相关性分析。SNP已在作物基因作图及其整合。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 SNPS 分子标记 连锁不平衡 作物 遗传改良
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单核苷酸多态性及其在鸡QTL定位上的应用 被引量：10
13
作者 聂庆华 张细权 雷明明 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期729-734,共6页
单核苷酸多态性是指DNA序列上的单个碱基变异,它具有分布广、多态信息含量大、易于检测和统计分析等优点,能较好用于基因图谱构建和数量性状QTL定位研究,被称为继RFLP和微卫星标记之后的第3代基因遗传标记。本文综述了单核苷酸多态性的... 单核苷酸多态性是指DNA序列上的单个碱基变异,它具有分布广、多态信息含量大、易于检测和统计分析等优点,能较好用于基因图谱构建和数量性状QTL定位研究,被称为继RFLP和微卫星标记之后的第3代基因遗传标记。本文综述了单核苷酸多态性的性质及检测技术、利用候选基因SNP进行鸡QTL定位研究的现状,并对未来SNP的应用前景进行了展望。 展开更多
关键词 鸡 单核苷酸多态性 SNP 遗传标记 QTL定位
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单核苷酸多态性在多倍体作物油菜中的研究进展 被引量：8
14
作者 王会 刘佳 +1 位作者 付丽 梅德圣 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期422-429,436,共9页
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是新型分子标记,广泛存在于生物基因组中,在人类及动物的许多研究领域得到了应用,但是在油菜等一些重要的多倍体植物中应用较少。本文以油菜为例,对作物中常用的SNP开发及检测方法... 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是新型分子标记,广泛存在于生物基因组中,在人类及动物的许多研究领域得到了应用,但是在油菜等一些重要的多倍体植物中应用较少。本文以油菜为例,对作物中常用的SNP开发及检测方法作了概述,其中包括第二代测序方法和SNP芯片等快速发展的新技术;综述了SNP在油菜基因定位、遗传多样性研究、全基因组关联分析等研究中的应用进展;讨论了作物SNP研究的发展趋势;以期为SNP在油菜等重要多倍体作物中广泛应用提供参考。 展开更多
关键词 多倍体作物 单核苷酸多态性 分子标记 油菜
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单核苷酸多态性及其在生物医学中的应用进展 被引量：4
15
作者 阎澜 曹永兵 +2 位作者 张军东 徐铮 姜远英 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第12期1337-1341,共5页
单核苷酸多态性 (SNP)是继限制性片段长度多态性(RFLP)和微卫星多态性标记之后的新一代遗传标记系统 ,具有密度高、遗传稳定、分析易自动化等特点。SNP可通过电泳、PCR、酶切、杂交及测序等方法检测 ,已广泛应用于基因作图、群体遗传学... 单核苷酸多态性 (SNP)是继限制性片段长度多态性(RFLP)和微卫星多态性标记之后的新一代遗传标记系统 ,具有密度高、遗传稳定、分析易自动化等特点。SNP可通过电泳、PCR、酶切、杂交及测序等方法检测 ,已广泛应用于基因作图、群体遗传学、疾病相关性分析及药物研究等领域。本文综述了近几年SNP在生物医学领域的应用进展。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 遗传标记 检测技术 生物医学应用
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单核苷酸多态性研究进展 被引量：19
16
作者 杨永强 王巍杰 徐长波 《化学与生物工程》 CAS 2009年第8期19-21,共3页
作为第三代DNA遗传标记,单核苷酸多态性(SNP)标记在发现相关基因突变方面发挥了重大作用,近年来发现SNP与药物或疾病的易感性有显著的相关性。综述了SNP的研究现状。
关键词 单核苷酸多态性 遗传标记 基因研究
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单核苷酸多态性研究进展 被引量：3
17
作者 黄代新 张林 吴梅筠 《法医学杂志》 CAS CSCD 2001年第2期122-125,共4页
单核甘酸多态性（ SNPs）是继 RFLP和微卫星多态性标记之后的新一代遗传标记系统，具有密度高、遗传稳定、分析易自动化等特点。 SNPs可通过电泳、 PCR、酶切及测序等方法检测，已广泛应用于基因作图、疾病相关性分析、群体遗传学及药... 单核甘酸多态性（ SNPs）是继 RFLP和微卫星多态性标记之后的新一代遗传标记系统，具有密度高、遗传稳定、分析易自动化等特点。 SNPs可通过电泳、 PCR、酶切及测序等方法检测，已广泛应用于基因作图、疾病相关性分析、群体遗传学及药物研究等领域。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 遗传标记 生物学应用
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单核苷酸多态性的发掘、鉴定及其在果树上应用的研究进展 被引量：1
18
作者 魏召新 张凌云 +2 位作者 曾培 李翀 钟广炎 《中国南方果树》 北大核心 2010年第3期86-90,共5页
单核苷酸多态性(SNP)作为第三代遗传标记,已在主要模式植物和作物中大规模开发研究。在果树中,SNP研究起步相对较晚,但进展不小。对以果树为主的SNP鉴定、开发状况,SNP在遗传多样性分析、系统进化分析、分子标记与遗传作图、基因定位及... 单核苷酸多态性(SNP)作为第三代遗传标记,已在主要模式植物和作物中大规模开发研究。在果树中,SNP研究起步相对较晚,但进展不小。对以果树为主的SNP鉴定、开发状况,SNP在遗传多样性分析、系统进化分析、分子标记与遗传作图、基因定位及功能研究中的最新进展进行了综述。展望了SNP研究在果树上的利用前景。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 分子标记 果树 遗传育种
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单核苷酸多态性及其在海洋动物遗传研究中的应用 被引量：2
19
作者 李军 喻子牛 《南方水产》 2010年第3期74-80,共7页
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)是基因组水平上单个核苷酸变异所引起的DNA序列多态性,是继限制性片段长度多态性、微卫星标记之后的第三代分子标记。最初SNPs主要应用在人类重要疾病的关联性研究中,随着检测技... 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)是基因组水平上单个核苷酸变异所引起的DNA序列多态性,是继限制性片段长度多态性、微卫星标记之后的第三代分子标记。最初SNPs主要应用在人类重要疾病的关联性研究中,随着检测技术不断提高以及各种生物SNP数据库的不断完善,其逐渐被应用于遗传图谱的构建、群体遗传学、亲缘关系、关联分析和基因功能分析等方面。文章主要介绍了SNPs的发生、特点及常用检测方法,综述了SNPs在海洋生物遗传学中的研究进展,以期将SNPs更好地应用到海洋经济动物遗传育种中。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 分子标记 海洋生物 遗传研究与应用
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单核苷酸多态性及其在羊育种中的应用 被引量：1
20
作者 王红娜 张英杰 +2 位作者 刘月琴 任立坤 杨少华 《中国草食动物科学》 CAS 2012年第S1期71-75,共5页
单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNPs）最早于1994年出现在人类分子遗传杂志上,随后美国麻省理工学院学者Lander<sup>[1]</sup>在Science上第1次正式提出SNPs为新一代分子标记。它是继限制性片段长度多... 单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNPs）最早于1994年出现在人类分子遗传杂志上,随后美国麻省理工学院学者Lander<sup>[1]</sup>在Science上第1次正式提出SNPs为新一代分子标记。它是继限制性片段长度多态性（RFLP）、微卫星标记（SSR）之后的第3代分子标记。SNP作为一种遗传学研究策略可以满足当前研究的各种要求。随着SNP研究和开发的迅速发展,SNP已经成为羊基因组分析的一个重要的研究工具,已经应用于经济性状QTL位点的定位以及优良性状的选育。 展开更多
关键词 基因组分析 单核苷酸多态性 微卫星标记 子标记 排卵数 编码区 SNPS 群体遗传多样性 萨福克羊
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