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馒头质构性状与单核苷酸多态性标记关联分析
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作者 刘娟 陈广凤 +5 位作者 田纪春 吴澎 赵子彤 杨艺 李向阳 唐晓珍 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期269-276,共8页
质构是影响馒头品质的一个重要因素,研究馒头质构相关性状的基因位点对改良其品质具有指导意义。以205份小麦品种为实验材料,利用分布于小麦21条染色体的24 355个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记对其制成的馒... 质构是影响馒头品质的一个重要因素,研究馒头质构相关性状的基因位点对改良其品质具有指导意义。以205份小麦品种为实验材料,利用分布于小麦21条染色体的24 355个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记对其制成的馒头质构性状进行全基因组关联分析。共检测到与馒头质构性状显著关联的位点313个。其中,31个极显著(p<0.000 1)关联位点,11个位点至少在两个环境中表达,46个高遗传贡献率位点(R^2>10%),分布在小麦21条染色体中的15条。同时,还得到5个主效关联位点,如控制黏着性的极显著位点Kukri_c13329_800,在两个环境中表达且遗传贡献率>10%。得到的控制馒头质构相关性状的位点为在分子水平上研究馒头品质相关性状提供了一定参考。 展开更多
关键词 小麦 馒头质构 全基因组关联分析 单核苷酸多态性标记
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单核苷酸多态性(SNP)分子标记在小麦遗传育种中的研究进展 被引量:13
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作者 吴澎 刘娟 田纪春 《农学学报》 2019年第1期54-58,共5页
为了了解单核苷酸多态性(SNP)标记在小麦遗传育种中的研究进展并为下一步在面粉制品中的应用奠定基础,本研究归纳了SNP分子标记所具有的特点以及应用比较普遍的检测方法,包括DNA构象法、高分辨溶解曲线法及直接测序法等检测方法;总结了... 为了了解单核苷酸多态性(SNP)标记在小麦遗传育种中的研究进展并为下一步在面粉制品中的应用奠定基础,本研究归纳了SNP分子标记所具有的特点以及应用比较普遍的检测方法,包括DNA构象法、高分辨溶解曲线法及直接测序法等检测方法;总结了近几年SNP标记在小麦遗传图谱的构建、作物育种、全基因组关联分析、遗传多样性和物种进化等方面的研究进展;最后提出可开发不同作物的高通量SNP芯片使SNP的研究向高通量化、全基因组发展,以及培育具有良好面制品感官特性的小麦新品种。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性标记 遗传图谱 全基因组关联分析 作物育种 小麦
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‘永泰’杨梅亲本鉴定及其单核苷酸多态性遗传变异分析 被引量:3
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作者 陈方永 胡丹 +2 位作者 颜帮国 倪海枝 王引 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期708-717,共10页
采用基因组重测序和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)系统进化树构建等方法,研究‘永泰’和9个相关品种的亲缘关系,并开发了4025个SNP核心标记用于遗传和育种研究。根据SNP位点的变异性计算遗传相似系数(genetic sim... 采用基因组重测序和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)系统进化树构建等方法,研究‘永泰’和9个相关品种的亲缘关系,并开发了4025个SNP核心标记用于遗传和育种研究。根据SNP位点的变异性计算遗传相似系数(genetic similarity,GS),得出‘永泰’与亲本‘硬丝’的GS为0.99783。系统进化树构建结果表明,10个品种分为2组,其中:‘黑晶’‘东岙早梅’‘乌紫’‘荸荠’‘木叶’5个品种聚为一组;‘早大梅’‘早佳’‘软丝’‘永泰’‘硬丝’5个品种聚为一组,且‘硬丝’与变异品种‘永泰’聚为一小支。同时,‘永泰’在叶片大小、叶缘、叶脉等形态学性状和果实口感上与亲本存在显著差异。通过‘永泰’与参考基因组对比注释,共得到4660个单核苷酸变异位点。根据研究结果推断,‘永泰’叶片和果实产生显著形态变异的原因可能是SNP位点产生了转换和颠换以及核苷酸序列发生了突变。由此可见,‘永泰’既有亲本‘硬丝’的基本特征,也有与其形态学和果实口感上存在的典型差异。 展开更多
关键词 杨梅 亲缘关系 单核苷酸多态性标记开发 变异
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馒头主要品质性状SNP标记全基因组关联分析
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作者 吴澎 刘娟 +5 位作者 陈广凤 李向阳 赵子彤 杨艺 唐晓珍 田纪春 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第2期159-164,共6页
为从分子水平研究控制馒头主要品质性状的基因位点,以205份不同小麦品种为实验材料,利用分布于小麦全基因组的24 355个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记对馒头比容、色泽与质构性状进行关联分析。检测到8个比容... 为从分子水平研究控制馒头主要品质性状的基因位点,以205份不同小麦品种为实验材料,利用分布于小麦全基因组的24 355个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记对馒头比容、色泽与质构性状进行关联分析。检测到8个比容性状极显著关联位点(P<0.000 1),同时也是高遗传变异贡献率位点(R^2>10%),2个位点至少在2个环境中稳定表达;23个馒头色泽性状极显著关联位点,30个高遗传变异贡献率位点,9个位点在两个以上环境中检测到;31个馒头质构性状极显著关联位点,46个高遗传变异贡献率位点,11个位点在两个以上环境中检测到。同时,发掘了5个质构性状主效关联位点,如5D染色体上胶着性位点BS00000020_51。本研究所得到的这些位点为结合分子育种技术改良馒头用小麦粉品质提供了有价值的参考。 展开更多
关键词 馒头 品质性状 单核苷酸多态性标记 关联分析 极显著关联位点
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全基因组关联分析馒头比容与质构SNP标记
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作者 刘娟 陈广凤 +5 位作者 田纪春 吴澎 赵子彤 杨艺 李向阳 唐晓珍 《中国粮油学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第5期106-111,127,共7页
为从分子水平研究控制馒头比容与质构性状的基因位点,以205份不同小麦品种为实验材料,利用分布于小麦全基因组的24 355个单核苷酸多态性(SNP)标记对馒头比容与质构性状进行关联分析。共检测到42个比容性状显著关联位点,其中8个极显著关... 为从分子水平研究控制馒头比容与质构性状的基因位点,以205份不同小麦品种为实验材料,利用分布于小麦全基因组的24 355个单核苷酸多态性(SNP)标记对馒头比容与质构性状进行关联分析。共检测到42个比容性状显著关联位点,其中8个极显著关联位点(P<0.000 1),同时也是高遗传贡献率位点(R^2>10%),2个位点至少在2个环境中稳定表达;检测到313个质构性状显著关联位点,其中31个极显著关联位点,46个高遗传贡献率位点,11个位点至少在2个环境中稳定表达。同时,发掘了5个质构性状主效关联位点,如3B染色体上黏聚性关联位点Kukri_c13329_800等。本研究所得到的这些标记为在分子水平上研究馒头品质性状提供了有价值的参考。 展开更多
关键词 馒头比容 馒头质构 单核苷酸多态性标记 全基因组关联分析 显著关联位点
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基于转录组分析的甘薯贮藏根淀粉含量相关SNPs开发
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作者 秦桢 王庆美 +7 位作者 李爱贤 周媛媛 解备涛 段文学 张海燕 李广华 董顺旭 侯夫云 《山东农业科学》 北大核心 2024年第12期10-15,共6页
甘薯是重要的粮食和经济作物,贮藏根淀粉含量是甘薯的重要农艺性状,开发与淀粉含量相关的分子标记对于加快育种进程具有重要意义。但甘薯具有自交不亲和特性,基因组是高度杂合的六倍体,增加了开发分子标记的难度。本试验以高淀粉品种漯... 甘薯是重要的粮食和经济作物,贮藏根淀粉含量是甘薯的重要农艺性状,开发与淀粉含量相关的分子标记对于加快育种进程具有重要意义。但甘薯具有自交不亲和特性,基因组是高度杂合的六倍体,增加了开发分子标记的难度。本试验以高淀粉品种漯徐薯8号和低淀粉品种郑薯20及其杂交F1代中6个高淀粉株系和6个低淀粉株系为材料,基于转录组测序分析并结合表型分析,发现44个高淀粉特异的SNPs位点,从中选取9个进行PCR单克隆分析,筛选到3个与高淀粉含量显著相关的位点,分别为chr9.27120209、chr9.27120256和chr9.13675504,用上述12个株系和F_(1)群体中的另外16个株系进行验证,最终得到3个与贮藏根淀粉含量相关的单核苷酸多态性(SNPs)位点。本试验丰富了甘薯分子标记开发的途径,为甘薯贮藏根淀粉含量相关育种提供了可选择的标记。 展开更多
关键词 甘薯 贮藏根 淀粉含量 单核苷酸多态性标记 转录组分析
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