为在多家系群体中进一步验证与大菱鲆生长性状紧密关联的SNP位点,本研究以QTL定位作图筛选获得的100个与大菱鲆（Scophthalmus maximus L.）生长性状相关的候选单核苷酸多态（SNP）位点为基础,利用飞行质谱法,在4个大菱鲆家系群体中进...为在多家系群体中进一步验证与大菱鲆生长性状紧密关联的SNP位点,本研究以QTL定位作图筛选获得的100个与大菱鲆（Scophthalmus maximus L.）生长性状相关的候选单核苷酸多态（SNP）位点为基础,利用飞行质谱法,在4个大菱鲆家系群体中进行基因分型,并与体重、体长2个生长性状数据进行关联分析。对关联显著的位点,统计位点在家系群体中的多态性,并进行连锁不平衡分析和单倍型分析;根据显著位点所在基因序列信息,在NCBI数据库中进行比对分析,对匹配到的基因功能进行初步探讨。关联分析发现,有9个SNP位点与生长性状关联显著（P〈0.05）。9个位点中,4个位点与体重关联显著（P〈0.05）,7个位点与体长关联显著（P〈0.05）,其中,SNP51和SNP111与体重和体长2个性状均关联显著（P〈0.05）。SNP位点的多态性分析发现,观测杂合度在0.126~0.719之间（平均为0.387）,期望杂合度在0.118~0.501之间（平均为0.338）;9个位点的平均多态信息含量为0.267,属于中度多态性位点;哈迪温伯格平衡检验结果显示,9个位点中有5个位点偏离平衡。连锁不平衡和单倍型分析发现,标记间存在显著的连锁不平衡;单倍型CTTGT和CTTGA是2个主要的单倍型,单倍型频率分别为26.8%和25.9%。根据关联显著SNP位点所在的序列信息,在NCBI数据库比对分析后发现,COL11A1和Notch1基因可能是与大菱鲆生长性状相关的重要功能基因。本研究结果将推进大菱鲆生长相关分子标记的研究,为下一步基因定位和分子标记辅助育种提供更多的标记基础。展开更多
文摘为在多家系群体中进一步验证与大菱鲆生长性状紧密关联的SNP位点,本研究以QTL定位作图筛选获得的100个与大菱鲆（Scophthalmus maximus L.）生长性状相关的候选单核苷酸多态（SNP）位点为基础,利用飞行质谱法,在4个大菱鲆家系群体中进行基因分型,并与体重、体长2个生长性状数据进行关联分析。对关联显著的位点,统计位点在家系群体中的多态性,并进行连锁不平衡分析和单倍型分析;根据显著位点所在基因序列信息,在NCBI数据库中进行比对分析,对匹配到的基因功能进行初步探讨。关联分析发现,有9个SNP位点与生长性状关联显著（P〈0.05）。9个位点中,4个位点与体重关联显著（P〈0.05）,7个位点与体长关联显著（P〈0.05）,其中,SNP51和SNP111与体重和体长2个性状均关联显著（P〈0.05）。SNP位点的多态性分析发现,观测杂合度在0.126~0.719之间（平均为0.387）,期望杂合度在0.118~0.501之间（平均为0.338）;9个位点的平均多态信息含量为0.267,属于中度多态性位点;哈迪温伯格平衡检验结果显示,9个位点中有5个位点偏离平衡。连锁不平衡和单倍型分析发现,标记间存在显著的连锁不平衡;单倍型CTTGT和CTTGA是2个主要的单倍型,单倍型频率分别为26.8%和25.9%。根据关联显著SNP位点所在的序列信息,在NCBI数据库比对分析后发现,COL11A1和Notch1基因可能是与大菱鲆生长性状相关的重要功能基因。本研究结果将推进大菱鲆生长相关分子标记的研究,为下一步基因定位和分子标记辅助育种提供更多的标记基础。
文摘植物的DREB2转录因子具有抗旱、抗盐碱的功能。对小麦族赖草属的14个物种的DREB2基因进行了克隆、测序和比对分析。结果表明:(1)14个赖草属植物的DREB2基因序列和氨基酸序列相对保守,总相似度分别为98.05%和97.78%;(2)Leymus mollis的DREB2基因在编码区有3 bp CTT的缺失;(3)14条DREB2基因序列共发现79个SNP,SNP发生频率为1SNP/10.6 bp;(4)进化树分析显示DREB2基因能把14个赖草属物种很好的分开。
