目的：DNA修复能力与肿瘤细胞对铂类药物的敏感性密切相关。该研究利用一种新型单核苷酸多态性（SNP）的检测方法，探讨DNA修复基因XPA的SNP与非小细胞肺癌（NSCLC）患者对顺铂（ciaplatin）或卡铂（carboplatin）为主的化疗方案敏感性...目的：DNA修复能力与肿瘤细胞对铂类药物的敏感性密切相关。该研究利用一种新型单核苷酸多态性（SNP）的检测方法，探讨DNA修复基因XPA的SNP与非小细胞肺癌（NSCLC）患者对顺铂（ciaplatin）或卡铂（carboplatin）为主的化疗方案敏感性的关系。方法：经病理学确诊的晚期NSCLC患者96例，采用顺铂或卡铂为主的方案化疗，2～3个周期后进行临床疗效评价。根据cDNA芯片原理制作一种目的基因芯片，利用双色荧光探针杂交进行咒蹦的A23G多态的基因分型，比较不同基因型对化疗敏感性的影响。组间比较采用χ^2检验，比值比（OR）及其95％可信区间（CI）由logistic回归模型计算。结果：成功进行基因分型，野生型、杂合型和突变型的叠加荧光分别显示为绿色、黄色和红色。携带咒蹦23A／A、A／G和G／G基因型的患者，化疗有效率（完全缓解＋部分缓解）分别为35．7％、46．9％和16．7％，差异有显著性统计学意义（P〈0．05）；携带G／G基因型患者的化疗失败风险是携带至少1个A等位基因（A／G和A/A基因型）个体的3．57倍；但G等位基因携带者的疗效与A等位基因携带者的相似，差异无统计学意义（30．9％ vs 41．7％，P=0．2045）。结论：该芯片检测方法准确、高通量且价格低廉，适用于大规模样本SNP调查；XPA基因多态与NSCLC患者对铂类药物化疗的敏感性相关。展开更多
文摘为开发常见鲑鳟养殖物种通用的遗传分析工具,本研究利用Affymetrix虹鳟(Oncorhynchus mykiss) 57K高通量单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)芯片,对国内代表性鲑鳟养殖群体开展了分型检测,包括山女鳟(Oncorhynchus masou masou)、银鲑(Oncorhynchus kisutch)、美洲红点鲑(Salvelinus fontinalis)、白斑红点鲑(Salvelinus leucomaenis) 4个物种,从57,501个SNP标记中筛选出96个共享多态性标记,应用Fluigidm 96.96动态芯片平台,构建了大麻哈鱼属(Oncorhynchus)和红点鲑属(Salvelinus)通用型低通量SNP芯片。该芯片分型结果准确性较高,与Affymetrix高通量芯片分型一致性达到96.55%。使用该芯片对来自6个家系的48尾银鲑个体及其候选亲本进行检测,应用Cervus 3.0.7软件进行亲权鉴定,结果能够准确重现复杂家系的真实系谱。在用于单亲本亲权鉴定时,第一亲本非排除率(Non-exclusion probability for first parent, NE-1P)为4.120×10^(–4);用于双亲本亲权鉴定时,双亲非排除率(Non-exclusion probability for parent pair, NE-PP)低至6.219×10^(–12),表明该芯片在鲑鳟养殖群体系谱鉴定应用中具有较高的准确性。使用该芯片开展4个鲑鳟养殖群体遗传结构分析,样本分群聚类结果与其所属的分类阶元相符,能够准确反映群体遗传组分构成和遗传关系。本研究构建的低通量SNP芯片在常见鲑鳟养殖物种中具有良好的通用性,将其应用于养殖群体遗传分析,能够为鲑鳟制种、育种和引种等科学决策提供基因组信息参考。
文摘目的：DNA修复能力与肿瘤细胞对铂类药物的敏感性密切相关。该研究利用一种新型单核苷酸多态性（SNP）的检测方法，探讨DNA修复基因XPA的SNP与非小细胞肺癌（NSCLC）患者对顺铂（ciaplatin）或卡铂（carboplatin）为主的化疗方案敏感性的关系。方法：经病理学确诊的晚期NSCLC患者96例，采用顺铂或卡铂为主的方案化疗，2～3个周期后进行临床疗效评价。根据cDNA芯片原理制作一种目的基因芯片，利用双色荧光探针杂交进行咒蹦的A23G多态的基因分型，比较不同基因型对化疗敏感性的影响。组间比较采用χ^2检验，比值比（OR）及其95％可信区间（CI）由logistic回归模型计算。结果：成功进行基因分型，野生型、杂合型和突变型的叠加荧光分别显示为绿色、黄色和红色。携带咒蹦23A／A、A／G和G／G基因型的患者，化疗有效率（完全缓解＋部分缓解）分别为35．7％、46．9％和16．7％，差异有显著性统计学意义（P〈0．05）；携带G／G基因型患者的化疗失败风险是携带至少1个A等位基因（A／G和A/A基因型）个体的3．57倍；但G等位基因携带者的疗效与A等位基因携带者的相似，差异无统计学意义（30．9％ vs 41．7％，P=0．2045）。结论：该芯片检测方法准确、高通量且价格低廉，适用于大规模样本SNP调查；XPA基因多态与NSCLC患者对铂类药物化疗的敏感性相关。
