贝母属药用植物叶绿体基因组单核苷酸多态性位点生物信息学分析 被引量：7

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作者 兰青阔 陈锐 +8 位作者 赵新 王成 陈笑芸 汪小福 沈晓玲 刘娜 朱珠 刘征辉 王永 《食品安全质量检测学报》 CAS 2018年第17期4527-4533,共7页

目的分析贝母属药用植物叶绿体基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点的分布特点、鉴别能力和应用价值,为中药材贝母精准鉴定方法的建立提供技术支撑。方法应用多重序列比对、SNP筛选、酶切位点分析等生物信息... 目的分析贝母属药用植物叶绿体基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点的分布特点、鉴别能力和应用价值,为中药材贝母精准鉴定方法的建立提供技术支撑。方法应用多重序列比对、SNP筛选、酶切位点分析等生物信息学分析手段,对贝母属6种药用植物的15条叶绿体基因组序列进行分析。结果贝母属叶绿体基因组DNA同源性达98.38%,通过分析共发现SNP位点4058个,其中川贝母类鉴别候选位点71个,瓦布贝母鉴别候选位点个25个,太白贝母鉴别候选位点个120个,浙贝母鉴别候选位点个79个,湖北贝母鉴别候选位点个61个,平贝母鉴别候选位点794个。结论叶绿体基因组SNP分子标记因其密度高、鉴别力强和便于分析的特点,具有较大的应用价值。 展开更多

关键词 贝母 叶绿体基因组 单核苷酸多态性位点 生物信息学分析

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基于单核苷酸多态性位点的多重实时荧光定量聚合酶链式反应法鉴别当雄高山牦牛肉 被引量：3

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作者 刘睿茜 其美次仁 +3 位作者 李家鹏 韦忆萱 李金春 王守伟 《肉类研究》 北大核心 2020年第10期47-52,共6页

通过比对5个不同地区牦牛线粒体基因的差异,筛选出用于鉴定当雄高山牦牛的11个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)位点,将这些SNP位点作为引物3′端,同时引入引物碱基错配理念,设计出8对特异性引物,构建出2个三重和1... 通过比对5个不同地区牦牛线粒体基因的差异,筛选出用于鉴定当雄高山牦牛的11个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)位点,将这些SNP位点作为引物3′端,同时引入引物碱基错配理念,设计出8对特异性引物,构建出2个三重和1个二重实时荧光定量聚合酶链式反应(real-time polymerase chain reaction,RT-PCR)体系,建立一种基于SNP位点和多重RT-PCR技术鉴别当雄高山牦牛肉的方法。结果表明:该方法特异性较好、简便快捷、结果直观可靠,能够有效鉴别当雄高山牦牛肉;方法中3个RT-PCR反应体系扩增产物对应的熔解温度(melting temperature,Tm)范围分别为反应体系A:73.1~75.2、76.0~77.3、79.0~80.0℃,反应体系B:69.5~72.8、75.0~77.9、78.5~80.0℃,反应体系C:76.1~78.1、79.5~80.7℃;根据3个反应体系中熔解曲线峰的有无以及Tm是否符合取值范围来判定样品是否为当雄高山牦牛肉;市售样品测定结果表明,该方法可用于实际样品中当雄高山牦牛肉的快速鉴别。 展开更多

关键词 当雄高山牦牛 品种鉴别 单核苷酸多态性位点 多重实时荧光定量聚合酶链式反应 熔解曲线

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儿童肥胖与肥胖基因单核苷酸多态性的关系研究 被引量：4

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作者 郑毅 贺琪 +2 位作者 李玉波 陈家良 李晓东 《中国医药导报》 CAS 2020年第23期8-11,19,共5页

目的研究肥胖基因在中国中部地区儿童中的突变情况,探究儿童肥胖与肥胖基因单核苷酸多态性(SNP)的关系。方法选取2017年5月—2018年5月湖北省中医院肥胖科和内科就诊的5~10岁儿童100名为研究对象,依据体重指数将其分为对照组(24例)、超... 目的研究肥胖基因在中国中部地区儿童中的突变情况,探究儿童肥胖与肥胖基因单核苷酸多态性(SNP)的关系。方法选取2017年5月—2018年5月湖北省中医院肥胖科和内科就诊的5~10岁儿童100名为研究对象,依据体重指数将其分为对照组(24例)、超重组(42例)、肥胖组(34例)。所有标本均采取静脉血,采用改良的多重高温连接酶检测反应技术(iMLDR)检测肥胖基因上的三个SNP位点(rs9939609、rs1421085、rs8057044),测序技术检测三组SNP位点的突变情况。结果三组rs9939609、rs1421085基因型分布比较,差异无统计学意义(P>0.05);三组rs8057044基因型分布比较,差异有统计学意义(P<0.05);超重组和肥胖组rs8057044位点等位基因表达频率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论5~10岁儿童中,rs8075044位点可作为潜在的成人肥胖检测位点。 展开更多

关键词 肥胖 儿童 单核苷酸多态性位点 测序

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牦牛DQA2基因单核苷酸多态性及其生物信息学分析 被引量：2

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作者 李倬 陈朗 +4 位作者 姜涛 刘丽霞 张丽 王瑞 李耀东 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期376-382,共7页

利用基因组DNA混合池扩增产物直接测序的方法对55头牦牛DQA2基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)进行分析,并利用生物信息学软件预测分析了SNP位点对DQA2基因mRNA和蛋白质二级结构的影响。结果显示:牦牛DQA2基因... 利用基因组DNA混合池扩增产物直接测序的方法对55头牦牛DQA2基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)进行分析,并利用生物信息学软件预测分析了SNP位点对DQA2基因mRNA和蛋白质二级结构的影响。结果显示:牦牛DQA2基因多态性较高,共检测到14个SNP位点,仅有1个SNP位点位于内含子1上,其余13个均位于外显子区域,其中,9个SNP位点为错义突变,导致相应氨基酸发生改变。二级结构预测结果表明:8个SNP位点增大了mRNA二级结构的稳定性,4个位点降低了mRNA二级结构的稳定性。错义突变SNP位点均改变了牦牛DQA2蛋白质二级结构,突变前后二级结构各组分中无规则卷曲所占比例最高,其次为延伸链,β-转角的比例最低。研究结果为探究牦牛主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)基因的致病机制和免疫机制提供了有利条件,也为筛选牦牛抗病分子标记提供了理论基础。 展开更多

关键词 牦牛 DQA2基因 单核苷酸多态性位点 生物信息学

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南江黄羊肉髯相关的候选基因单核苷酸多态性及其与体重、体尺和繁殖性能的相关分析

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作者 聂露 谭永乾 +7 位作者 李利 张红平 陈瑜 陈勇 苗斌 王定国 刘金鑫 周立新 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2018年第3期428-436,共9页

【目的】寻找与山羊肉髯相关的基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,分析肉髯性状与体重、体尺和繁殖性能的相关性。【方法】以南江黄羊为试验材料,对肉髯性状候选基因区域(Chr10:25 Mb^28 Mb)的15个SNP位点进... 【目的】寻找与山羊肉髯相关的基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,分析肉髯性状与体重、体尺和繁殖性能的相关性。【方法】以南江黄羊为试验材料,对肉髯性状候选基因区域(Chr10:25 Mb^28 Mb)的15个SNP位点进行检测分析;测量肉髯长度和周长,观察肉髯切片的组织形态;进一步比较分析有肉髯个体和无肉髯个体之间的体重体尺性状(包括体重、体长、体高和胸围)和繁殖性状(包括初产和经产母羊产羔率)的差异。【结果】南江黄羊Chr 10:25 Mb^28 Mb区域内,仍未发现与肉髯性状显著相关的SNP位点。两侧肉髯的长度之间、周长之间均呈显著正相关(P<0.01),但单侧肉髯长度与周长并无显著性相关(P>0.05)。在生长发育早期,肉髯个体的体长和体高较小(P<0.01),到成年后差异不显著(P>0.05);同时,肉髯个体的体重和胸围也更小(P<0.01),尤其是在6月龄至成年后。而有肉髯和无肉髯初产和经产母羊的产羔率差异均不显著(P>0.05)。【结论】在山羊肉髯性状候选基因区域内未发现与肉髯性状显著相关的SNP位点;有肉髯山羊的体重和体尺均小于无肉髯山羊,但肉髯对母羊产羔率无显著影响。 展开更多

关键词 山羊肉髯 单核苷酸多态性位点(SNP) 生长性状 产羔率

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甘露聚糖结合凝集素基因多态性与疾病关系的研究进展 被引量：3

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作者 杨春娥 冯喜英 《山东医药》 CAS 北大核心 2016年第2期99-101,共3页

甘露聚糖结合凝集素(MBL)是天然免疫因子及补体系统的重要组成部分,MBL基因突变可导致血清MBL水平低下,影响介导机体免疫的补体激活系统。研究表明,MBL基因多态性在呼吸系统疾病(如肺结核、菌血症、肺损伤、哮喘)、自身免疫疾病(如类风... 甘露聚糖结合凝集素(MBL)是天然免疫因子及补体系统的重要组成部分,MBL基因突变可导致血清MBL水平低下,影响介导机体免疫的补体激活系统。研究表明,MBL基因多态性在呼吸系统疾病(如肺结核、菌血症、肺损伤、哮喘)、自身免疫疾病(如类风湿关节炎、系统性红斑狼疮)、心血管系统疾病(如动脉粥样硬化、心肌梗死)、肿瘤相关疾病(如慢性肠道炎症、肝炎)、糖尿病的发生发展中起重要作用。 展开更多

关键词 甘露聚糖结合凝集素基因 单核苷酸多态性位点 免疫因子

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锡林郭勒羊肉真实性分析方法的建立及其适用性

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作者 刘国强 李春冬 +4 位作者 呼日 牛慧敏 徐伟良 任雨婷 郭梁 《食品研究与开发》 CAS 2024年第12期144-149,共6页

建立基于绵羊多胎(fecundity booroola,FecB)基因保守单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点的TaqMan实时荧光聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)分析方法,为锡林郭勒羊肉的真实性检测提供有益科学借鉴... 建立基于绵羊多胎(fecundity booroola,FecB)基因保守单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点的TaqMan实时荧光聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)分析方法,为锡林郭勒羊肉的真实性检测提供有益科学借鉴。利用锡林郭勒羊肉(乌珠穆沁羊和苏尼特羊)FecB基因的保守SNP位点(A)与高繁品种(小尾寒羊和湖羊)的对应基因位点(G)有明显差异,采集乌珠穆沁羊、苏尼特羊及小尾寒羊核心保种场种质资源对此基因位点进行大样本验证,建立锡林郭勒羊肉真实性判定模型,通过春节冷库抽样以及屠宰季现场采样对判定模型进行适用性研究。根据实时荧光扩增曲线检测结果判定FecB基因分型AA、AG和GG,建立以基因位点(G)的比率大于5%为判定界限,样本量不少于10为前提,来判断锡林郭勒羊群中是否含有高繁品种羊。春节冷库抽样验证20批冷库羊肉样品中有17批羊肉为锡林郭勒羊肉,3批羊肉样品存在高繁品种羊肉;屠宰季现场采样验证11批羊肉样品有9批为锡林郭勒羊肉,2批羊肉样品存在高繁品种羊肉。所建立的锡林郭勒羊肉真实性判定模型具有较好的判定能力,锡林郭勒本地市场中存在小尾寒羊和湖羊等高繁品种羊肉。 展开更多

关键词 锡林郭勒羊肉 真实性分析 FECB基因 保守单核苷酸多态性位点 高繁品种羊

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肌肉生长抑制素基因在不同动物中的研究进展 被引量：10

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作者 李盈 额尔敦木图 +3 位作者 刘图雅 伊特格勒图 沙日扣 图雅 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2013年第8期141-145,共5页

肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因也叫生长分化因子(growth differentiation factor-8,GDF8),其作为肌肉生长发育及分化的负向调控因子,可通过抑制正向调控因子———生肌决定因子(myogenic determination gene,MyoD)的转录活性来抑... 肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因也叫生长分化因子(growth differentiation factor-8,GDF8),其作为肌肉生长发育及分化的负向调控因子,可通过抑制正向调控因子———生肌决定因子(myogenic determination gene,MyoD)的转录活性来抑制成肌细胞的增殖和分化。MSTN基因在进化过程中具有较高的突变性,在不同动物中的表达量和表达范围均不相同。作者就该基因的表达、生物学功能、作用机制及在不同动物中的研究进展进行了详细阐述。 展开更多

关键词 肌肉生长抑制素 表达 单核苷酸多态性位点

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儿童散发Rett综合征突变基因的亲源分析

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作者 白欣立 李震中 +2 位作者 王秀霞 张会丰 杨静 《临床荟萃》 CAS 2013年第8期929-930,F0003,共3页

Rett综合征（Rett syndrome,RTT）是一种严重影响儿童精神运动发育的疾病,是女性严重智力低下的重要原因之一,男童罕见,女童患病率为7/10万～10/10万。1999年Amir等确定位于Xq28的甲基化CpG结合蛋白2基因（methyl—CpG-binding protein ... Rett综合征（Rett syndrome,RTT）是一种严重影响儿童精神运动发育的疾病,是女性严重智力低下的重要原因之一,男童罕见,女童患病率为7/10万～10/10万。1999年Amir等确定位于Xq28的甲基化CpG结合蛋白2基因（methyl—CpG-binding protein 2,MECP2）是RTT的致病基因。 展开更多

关键词 RETT综合征 突变 甲基化CpG结合蛋白2基因 单核苷酸多态性位点 亲源

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一株分离自母乳的长双歧杆菌婴儿亚种YLGB-1496的菌株鉴定

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作者 刘冲 马霞 +11 位作者 于学健 刘艺茹 刘伟贤 刘蕊 辛迪 唐腾飞 刘红强 葛媛媛 孙婷 蒋秋悦 洪维鍊 姚粟 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2023年第19期67-74,共8页

以母乳来源的长双歧杆菌婴儿亚种YLGB-1496为研究对象,收集5株不同批次的YLGB-1496作为目标菌株,收集8株长双歧杆菌参比菌株实物,同时收集28株长双歧杆菌婴儿亚种全基因组序列。采用形态学、生理生化、基质辅助激光解析电离飞行时间质... 以母乳来源的长双歧杆菌婴儿亚种YLGB-1496为研究对象,收集5株不同批次的YLGB-1496作为目标菌株,收集8株长双歧杆菌参比菌株实物,同时收集28株长双歧杆菌婴儿亚种全基因组序列。采用形态学、生理生化、基质辅助激光解析电离飞行时间质谱鉴定技术和全基因组测序技术,建立了适用于YLGB-1496的菌株鉴定方法。结果表明,5株YLGB-1496与模式菌株B.longum subsp.infantis ATCC 15697 T的平均核苷酸一致性值均大于98%,数字DNA-DNA杂交值均大于85%,5株不同批次来源YLGB-1496鉴定为长双歧杆菌婴儿亚种。对YLGB-1496和参比菌株的1059个共有核心基因开展多位点序列分型分析,结果表明该菌株可与其他参比菌株有效区分。以菌株YLGB-1496-1的基因组序列为参考开展单核苷酸位点多态性分析,结果表明YLGB-1496不同来源菌株间SNP差异小于30,并且与其他参比菌株差异大于18000,系统发育分析可以有效区分YLGB-1496与其他参比菌株。益生菌的安全性和功能性评价均在菌株水平具有特异性,研究建立的表型、基因型相结合的菌株鉴定方法可为菌株鉴定标准提供有效技术支撑,对促进益生菌在食品行业更加安全和广泛的应用具有重要意义。 展开更多

关键词 长双歧杆菌婴儿亚种 菌株鉴定 全基因组测序 多位点序列分型 单核苷酸位点多态性

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两种分子分型技术在乳制品克诺罗杆菌污染溯源分析上的比较 被引量：5

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作者 郭清艳 钮冰 杨捷琳 《中国乳品工业》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期13-17,20,共6页

对2005-2006年进口婴幼儿配方奶粉等乳制品的原料及产品中分离获得的49株阪崎肠杆菌(Enterobacter sakazakii),通过二代测序技术获得其全基因组序列,并比较两种分子分型技术的优缺点。通过二代测序技术获得49个菌株的全基因组序列,通过f... 对2005-2006年进口婴幼儿配方奶粉等乳制品的原料及产品中分离获得的49株阪崎肠杆菌(Enterobacter sakazakii),通过二代测序技术获得其全基因组序列,并比较两种分子分型技术的优缺点。通过二代测序技术获得49个菌株的全基因组序列,通过fusA确定菌株种属,根据多位点序列分型(Multi-locus Sequence Typing, MLST)确定序列型(ST, Sequence type)。再对32株ST13菌株进行单核苷酸多态性位点分析(single nucleotide polymorphism, SNP),并构建进化树。结果 49株阪崎肠杆菌均确认为阪崎克罗诺杆菌(C.sakazakii)。49株C.sakazakii由8个ST(Sequence type,序列型)组成。ST13的菌株占分离菌株的绝对优势(65.3%, 32/49)。ST13菌株的SNP结果显示32株菌被分成4个组和5个独立的菌株。表明随着高通量测序技术的不断完善,通过全基因组序列的MLST分型方法完成初步分型,而针对遗传相似性很高的菌株,应用SNP分析深入分型,能对被克罗诺杆菌属(Cronobacter spp.)污染的乳粉进行快速溯源,对全球疫情调查有重要意义。 展开更多

关键词 阪崎克罗诺杆菌 全基因组测序 多位点序列分型 单核苷酸多态性位点

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