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具有局部和全局注意力机制的图注意力网络学习单样本组学数据表征
被引量：
3
1
作者
周丰丰
张金楷
《吉林大学学报（理学版）》
CAS
北大核心
2023年第6期1351-1357,共7页
针对生物组学数据中基因数目远大于样本数目的高维“大p小n”问题,提出一种具有局部和全局注意力机制的图注意力网络GATOr.该模型首先在组学数据上利用Pearson相关系数计算特征之间的相关性,构建组学数据的单样本网络;然后提出一种结合...
针对生物组学数据中基因数目远大于样本数目的高维“大p小n”问题,提出一种具有局部和全局注意力机制的图注意力网络GATOr.该模型首先在组学数据上利用Pearson相关系数计算特征之间的相关性,构建组学数据的单样本网络;然后提出一种结合局部和全局注意力机制的图注意力网络从单样本网络中学习基于图的组学特征表示,从而将组学数据的高维特性转化为低维表示.实验结果表明,GATOr与其他传统分类算法相比,在分类任务的准确率及其他指标上均取得了较优性能.
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关键词
组学数据
单样本网络
注意力机制
图注意力
网络
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职称材料
空间飞行条件下小鼠不同组织中多组学分子互作模式挖掘及关键基因识别
2
作者
张彦
杨青
+2 位作者
杜晓辉
赵磊
孙野青
《空间科学学报》
北大核心
2025年第2期529-555,共27页
为了从系统生物学的角度探究空间生物学效应,本文基于单样本网络(Single-Sample Network,SSN)开发了一种生物信息学分析方法.首先,为来自空间飞行小鼠不同组织的每个样本分别构建了转录组、DNA甲基化、蛋白质组层面的SSN.然后,提取每个...
为了从系统生物学的角度探究空间生物学效应,本文基于单样本网络(Single-Sample Network,SSN)开发了一种生物信息学分析方法.首先,为来自空间飞行小鼠不同组织的每个样本分别构建了转录组、DNA甲基化、蛋白质组层面的SSN.然后,提取每个SSN中所有节点的拓扑特征,并使用T检验识别出不同组学层面的差异互作分子.结果表明,虽然不同组学层面互作模式改变的分子交集有限,但其调控的生物过程和通路具有相似性,主要包括代谢过程、DNA损伤响应、细胞周期、氧化应激、昼夜节律等.本文还分别构建了不同组学层面的共互作网络,并识别了枢纽(Hub)基因.此外,空间飞行改变的分子互作模式可能与一系列疾病发生和病毒重激活有关.
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关键词
空间环境
单样本网络
分子互作模式
多组学
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职称材料
题名
具有局部和全局注意力机制的图注意力网络学习单样本组学数据表征
被引量：
3
1
作者
周丰丰
张金楷
机构
吉林大学计算机科学与技术学院
吉林大学符号计算与知识工程教育部重点实验室
出处
《吉林大学学报（理学版）》
CAS
北大核心
2023年第6期1351-1357,共7页
基金
国家自然科学基金(批准号:62072212,U19A2061)
吉林省中青年科技创新创业卓越人才(团队)项目(创新类)(批准号:20210509055RQ)
吉林省大数据智能计算实验室项目(批准号:20180622002JC)。
文摘
针对生物组学数据中基因数目远大于样本数目的高维“大p小n”问题,提出一种具有局部和全局注意力机制的图注意力网络GATOr.该模型首先在组学数据上利用Pearson相关系数计算特征之间的相关性,构建组学数据的单样本网络;然后提出一种结合局部和全局注意力机制的图注意力网络从单样本网络中学习基于图的组学特征表示,从而将组学数据的高维特性转化为低维表示.实验结果表明,GATOr与其他传统分类算法相比,在分类任务的准确率及其他指标上均取得了较优性能.
关键词
组学数据
单样本网络
注意力机制
图注意力
网络
Keywords
omic data
single-sample network
attention mechanism
graph attention network
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
空间飞行条件下小鼠不同组织中多组学分子互作模式挖掘及关键基因识别
2
作者
张彦
杨青
杜晓辉
赵磊
孙野青
机构
大连海事大学环境科学与工程学院环境系统生物学研究所
出处
《空间科学学报》
北大核心
2025年第2期529-555,共27页
基金
空间站工程空间应用系统第二批、第三批科学实验项目(SCP-03-01-02,SCP-03-01-03,YYWT-0801-EXP-17)
国家自然科学基金面上项目(32071244)
中国博士后科学基金面上项目(2020M670720)共同资助。
文摘
为了从系统生物学的角度探究空间生物学效应,本文基于单样本网络(Single-Sample Network,SSN)开发了一种生物信息学分析方法.首先,为来自空间飞行小鼠不同组织的每个样本分别构建了转录组、DNA甲基化、蛋白质组层面的SSN.然后,提取每个SSN中所有节点的拓扑特征,并使用T检验识别出不同组学层面的差异互作分子.结果表明,虽然不同组学层面互作模式改变的分子交集有限,但其调控的生物过程和通路具有相似性,主要包括代谢过程、DNA损伤响应、细胞周期、氧化应激、昼夜节律等.本文还分别构建了不同组学层面的共互作网络,并识别了枢纽(Hub)基因.此外,空间飞行改变的分子互作模式可能与一系列疾病发生和病毒重激活有关.
关键词
空间环境
单样本网络
分子互作模式
多组学
Keywords
Space environment
Single-sample network
Molecular interaction pattern
Multi-omics
分类号
V524 [航空宇航科学与技术—人机与环境工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
具有局部和全局注意力机制的图注意力网络学习单样本组学数据表征
周丰丰
张金楷
《吉林大学学报（理学版）》
CAS
北大核心
2023
3
在线阅读
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职称材料
2
空间飞行条件下小鼠不同组织中多组学分子互作模式挖掘及关键基因识别
张彦
杨青
杜晓辉
赵磊
孙野青
《空间科学学报》
北大核心
2025
0
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职称材料
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