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基于单分子纳米孔测序技术揭示大白菜抽薹期全长转录组差异的复杂性
1
作者
王树彬
张志刚
+5 位作者
王荣花
李巧云
王立华
胡新新
赵智中
刘栓桃
《山东农业科学》
北大核心
2024年第11期1-12,共12页
为了解春白菜抽薹相关转录组的结构和表达差异,采用单分子纳米孔测序技术对早抽薹材料He102与晚抽薹材料06-247带叶片的花序轴进行了全长转录组分析。与大白菜参考基因组V3.0比对后,He102与06-247分别得到了6051557条和4844987条有效读...
为了解春白菜抽薹相关转录组的结构和表达差异,采用单分子纳米孔测序技术对早抽薹材料He102与晚抽薹材料06-247带叶片的花序轴进行了全长转录组分析。与大白菜参考基因组V3.0比对后,He102与06-247分别得到了6051557条和4844987条有效读段以及37309条和30415条非冗余全长转录本。两材料中共鉴定到46485个非冗余基因,其中包括1688个新基因。从He102与06-247中分别鉴定出2421个和993个独有的可变剪切事件,内含子保留是最常见的可变剪切类型;分别鉴定到3286个和2646个独有的可变多聚酰胺酸位点。共筛选出453个lncRNA,80%以上的lncRNA属于基因间区非编码RNA,分别鉴定到81个和55个He102和06-247独有的lncRNA。在两材料中筛选到5197个差异表达基因,其中He102中上调的有2453个,下调的有2744个,结合功能富集分析获得了41个与抽薹有关的候选基因。本研究结果揭示了不同抽薹期大白菜材料转录组在结构和表达上存在复杂的差异,这为阐释大白菜抽薹分子机理提供了新的线索。
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关键词
第三代高通量
测
序
技术
单分子纳米孔测序
技术
大白菜
抽薹期
全长转录本
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职称材料
表观遗传学研究方法进展
被引量：
7
2
作者
郑小国
陈亮
+1 位作者
楼巧君
罗利军
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第9期63-71,共9页
表观遗传调控是基因表达调控的重要组成部分,已成为当前研究的热点。目前其研究主要集中在DNA甲基化和组蛋白修饰。针对这两种表观修饰,其研究方法也取得了较大进展,一方面方法的灵敏度和特异性都在不断提高;另一方面表观修饰的检测正...
表观遗传调控是基因表达调控的重要组成部分,已成为当前研究的热点。目前其研究主要集中在DNA甲基化和组蛋白修饰。针对这两种表观修饰,其研究方法也取得了较大进展,一方面方法的灵敏度和特异性都在不断提高;另一方面表观修饰的检测正在逐步从定性检测向定量分析方向发展,从个别位点向高通量检测发展。此外,新一代测序技术的应用将大大推动表观遗传研究的发展,包括单分子实时测序法、单分子纳米孔测序法等。综述目前常用的DNA甲基化、组蛋白修饰研究方法以及最新的单分子测序技术,并对它们在表观遗传修饰检测中的应用作了简要对比分析。
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关键词
表观遗传学
DNA甲基化
组蛋白修饰
限制性内切酶酶切法
重亚硫酸盐法
染色质免疫共沉淀
单
分子
实时
测
序
单分子纳米孔测序
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职称材料
题名
基于单分子纳米孔测序技术揭示大白菜抽薹期全长转录组差异的复杂性
1
作者
王树彬
张志刚
王荣花
李巧云
王立华
胡新新
赵智中
刘栓桃
机构
山东省农业科学院蔬菜研究所/国家蔬菜改良中心山东分中心/山东省设施蔬菜生物学重点实验室/农业部黄淮地区蔬菜科学观测实验站(山东)
出处
《山东农业科学》
北大核心
2024年第11期1-12,共12页
基金
山东省自然科学基金项目(ZR2021QC228,ZR2019BC048)
山东省农业良种工程项目(2022LZGCQY005,2019LZGC006)
山东省农业科学院农业科技创新工程项目(CXGC2021B17,CXGC2021A30-2)。
文摘
为了解春白菜抽薹相关转录组的结构和表达差异,采用单分子纳米孔测序技术对早抽薹材料He102与晚抽薹材料06-247带叶片的花序轴进行了全长转录组分析。与大白菜参考基因组V3.0比对后,He102与06-247分别得到了6051557条和4844987条有效读段以及37309条和30415条非冗余全长转录本。两材料中共鉴定到46485个非冗余基因,其中包括1688个新基因。从He102与06-247中分别鉴定出2421个和993个独有的可变剪切事件,内含子保留是最常见的可变剪切类型;分别鉴定到3286个和2646个独有的可变多聚酰胺酸位点。共筛选出453个lncRNA,80%以上的lncRNA属于基因间区非编码RNA,分别鉴定到81个和55个He102和06-247独有的lncRNA。在两材料中筛选到5197个差异表达基因,其中He102中上调的有2453个,下调的有2744个,结合功能富集分析获得了41个与抽薹有关的候选基因。本研究结果揭示了不同抽薹期大白菜材料转录组在结构和表达上存在复杂的差异,这为阐释大白菜抽薹分子机理提供了新的线索。
关键词
第三代高通量
测
序
技术
单分子纳米孔测序
技术
大白菜
抽薹期
全长转录本
Keywords
The third-generation high-throughput sequencing technology
Single-molecule nanopore DNA sequencing technology
Chinese cabbage
Bolting stage
Full-length transcript
分类号
S634.1 [农业科学—蔬菜学]
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职称材料
题名
表观遗传学研究方法进展
被引量：
7
2
作者
郑小国
陈亮
楼巧君
罗利军
机构
上海市农业生物基因中心
华中农业大学
出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第9期63-71,共9页
文摘
表观遗传调控是基因表达调控的重要组成部分,已成为当前研究的热点。目前其研究主要集中在DNA甲基化和组蛋白修饰。针对这两种表观修饰,其研究方法也取得了较大进展,一方面方法的灵敏度和特异性都在不断提高;另一方面表观修饰的检测正在逐步从定性检测向定量分析方向发展,从个别位点向高通量检测发展。此外,新一代测序技术的应用将大大推动表观遗传研究的发展,包括单分子实时测序法、单分子纳米孔测序法等。综述目前常用的DNA甲基化、组蛋白修饰研究方法以及最新的单分子测序技术,并对它们在表观遗传修饰检测中的应用作了简要对比分析。
关键词
表观遗传学
DNA甲基化
组蛋白修饰
限制性内切酶酶切法
重亚硫酸盐法
染色质免疫共沉淀
单
分子
实时
测
序
单分子纳米孔测序
Keywords
Epigenetic DNA methylation Histone modification Restriction endonuclease enzyme digestion Bisulfate Chromatin immunoprecipitation（ChIP） Single-molecular real-time sequencing Single-molecule nanopore DNA sequencing
分类号
Q34 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于单分子纳米孔测序技术揭示大白菜抽薹期全长转录组差异的复杂性
王树彬
张志刚
王荣花
李巧云
王立华
胡新新
赵智中
刘栓桃
《山东农业科学》
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
表观遗传学研究方法进展
郑小国
陈亮
楼巧君
罗利军
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2011
7
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职称材料
已选择
0
条
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参考文献
引证文献
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